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红螯螯虾累代繁养群体的遗传多样性分析 被引量：6
1
作者 彭刚 徐宇 +4 位作者 张燕 王静 黄鸿兵 严维辉 许志强 《水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期615-619,共5页
为研究国内不同繁养基地红螯螯虾群体的遗传结构特征,采用线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)序列直接测序的方法,获取红螯螯虾国内6个繁养群体(安徽阜阳、浙江湖州、广东珠海、江苏镇江、海南澄迈、江苏苏州)共180个样本的COⅠ序列。试... 为研究国内不同繁养基地红螯螯虾群体的遗传结构特征,采用线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)序列直接测序的方法,获取红螯螯虾国内6个繁养群体(安徽阜阳、浙江湖州、广东珠海、江苏镇江、海南澄迈、江苏苏州)共180个样本的COⅠ序列。试验结果显示,序列比对长度为831 bp,其中变异位点56个,简约信息位点16个。基因序列G+C(%)含量较低(39.765%),表现出较明显的碱基组成偏倚性。180个样本共检测到10种单倍型,其中单倍型H1出现次数最多,为安徽阜阳、广东珠海、江苏镇江、海南澄迈、江苏苏州群体的共享单倍型。国内红螯螯虾繁养群体的遗传多样性较高,所有样本的总体单倍型多样性指数为0.693,核苷酸多样性指数为0.00652。其中苏州群体的单倍型多样性指数最高(0.964),海南澄迈群体最低(0.618)。不同群体间的遗传距离为0.00403~0.00969,海南澄迈和安徽阜阳群体间的遗传距离较大(0.00969),广东珠海和江苏苏州群体间遗传距离最小(0.00403)。试验结果表明,国内红螯螯虾繁养群体保持着较高的遗传多样性,群体间存在着一定的基因交流。试验结果为后续合理开发利用国内红螯螯虾种质资源积累了数据资料。 展开更多
关键词 红螯螯虾 遗传多样性 线粒体细胞色素氧化酶亚基ⅰ(coⅰ)
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动物性中药材地龙DNA条形码初步研究 被引量：19
2
作者 吕国庆 牛宪立 姬可平 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第17期114-116,共3页
利用通用引物对中药材地龙的COⅠ、16S rDNA片断进行PCR扩增、测序、分析,并构建系统进化树,将获得的中药材地龙COⅠ、16S rDNA片断序列提交到GenBank中的DNA Barcoding数据库进行分析。结果显示:(1)中药材地龙COⅠ片断的长度为682 bp,... 利用通用引物对中药材地龙的COⅠ、16S rDNA片断进行PCR扩增、测序、分析,并构建系统进化树,将获得的中药材地龙COⅠ、16S rDNA片断序列提交到GenBank中的DNA Barcoding数据库进行分析。结果显示:(1)中药材地龙COⅠ片断的长度为682 bp,其中变异位点(SNP多态位点)有179个,多态位点约占片断总长的26%,碱基A+T的含量为58.8%、G+C的含量为41.2%。16S rDNA片断的长度为503 bp,其中变异位点有70个,多态位点约占片断总长的14%,碱基A+T的含量为62.4%、G+C的含量为37.6%;(2)获得COⅠ序列的登录号为HQ405769-HQ405776,16S rDNA序列的登录号为HQ405777-HQ405783;(3)中药材地龙DNA中COⅠ序列的基因多态性比16S rDNA序列更显著,适合做为中药材地龙的DNA条形码。 展开更多
关键词 中药材 地龙 DNA条形码 线粒体细胞色素c氧化酶亚基ⅰ基因(coⅰ) 16SrRNA基因(16SrDNA)
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裕民地区地熊蜂形态学及分子生物学鉴定
3
作者 冯广余 王建 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2018年第22期211-214,251,共5页
为了对新疆裕民地区抓捕的野生熊蜂进行形态学和分子生物学鉴定,试验通过形态学初步筛选,进而进行线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ（COⅠ）基因序列扩增、测序,并与GenBank中的地熊蜂参考序列进行遗传进化比对分析。结果表明：抓捕的裕民... 为了对新疆裕民地区抓捕的野生熊蜂进行形态学和分子生物学鉴定,试验通过形态学初步筛选,进而进行线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ（COⅠ）基因序列扩增、测序,并与GenBank中的地熊蜂参考序列进行遗传进化比对分析。结果表明：抓捕的裕民地区野生熊蜂为地熊蜂（Bombus terrestris）,COⅠ基因DNA序列的碱基组成均显示较高的A＋T比例（76. 21%）;序列同源性比对显示裕民地区的地熊蜂与北京地区、俄罗斯及中亚几国的地熊蜂有较高的同源性。本研究应用形态学、COⅠ基因测序分析,表明新疆裕民地区有地熊蜂亚种分布,且与北京及周边国家及欧洲各国地熊蜂具有较高同源性。 展开更多
关键词 地熊蜂 形态学结构 分子生物学 线粒体细胞色素C氧化酶亚基ⅰ基因(coⅰ) 开发利用
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基于COⅠ基因对东北林蛙、中国林蛙等蛙属24种的鉴定 被引量：5
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作者 王孟虎 孙一帆 +7 位作者 许亮 康廷国 张腾腾 左亚锋 朱丽婷 孟祥松 汤建 徐倩 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第16期150-158,共9页
目的:利用DNA条形码线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因(COⅠ)技术对东北林蛙等24种进行鉴别,构建邻接(NJ)系统发育树,对24种进行系统聚类分析,为东北林蛙等蛙类的鉴别,分类及新种的发现提供一定的依据。方法:收集东北林蛙、中国林蛙、黑... 目的:利用DNA条形码线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因(COⅠ)技术对东北林蛙等24种进行鉴别,构建邻接(NJ)系统发育树,对24种进行系统聚类分析,为东北林蛙等蛙类的鉴别,分类及新种的发现提供一定的依据。方法:收集东北林蛙、中国林蛙、黑龙江林蛙、徂崃林蛙、桓仁林蛙各10只,提取其DNA并进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,将扩增成功的序列测序,共测得50条COⅠ基因序列;从GenBank数据库中获得蛙科蛙属24种163条COⅠ基因序列及蛙科侧褶蛙属,臭蛙属,琴蛙属,水蛙属,湍蛙属各一条COⅠ基因序列;利用MEGA X进行序列比对,分析各物种COⅠ基因序列简约性信息位点,计算种内,种间遗传距离,构建NJ树进行系统聚类分析。结果:东北林蛙等24种COⅠ基因序列长度为554 bp,共有210个简约性信息位点,各物种种内遗传距离均<2%;除桑植蛙与明全蛙种间遗传距离为0.004外,其余各物种种间遗传距离范围为0.024~0.228;桑植蛙与明全蛙聚为一支,部分东北林蛙与Rana uenoi聚为一支,中国林蛙有2个独立的分支,其余各物种均独立聚为一支。结论:DNA条形码COⅠ技术能够对东北林蛙等21种进行鉴定及鉴别,支持桑植蛙与明全蛙,韩国林蛙与昆嵛林蛙为同物异名,其中一支中国林蛙可能是蛙科蛙属未下载的4个种之一或新种。这表明DNA条形码COⅠ技术不仅可以鉴定及鉴别东北林蛙等24种蛙类,也可以为蛙科蛙属的分类,新种或亚种的发现提供一定的科学依据。 展开更多
关键词 东北林蛙 中国林蛙 蛙科 蛙属 DNA条形码 线粒体细胞色素C氧化酶亚基I基因(coⅰ)
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2个地理种群大银鱼COⅠ基因序列变异与遗传分化 被引量：4
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作者 赵琳 张敏莹 +4 位作者 徐东坡 周彦锋 方弟安 段金荣 刘凯 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期285-289,共5页
为探究大银鱼Protosalanx hyalocranius不同地理种群的遗传变异情况,采用PCR产物纯化测序方法,测定了太湖、洪泽湖两个种群共96尾大银鱼线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ亚基(cytochrome oxidaseⅠ,COⅠ)基因的部分序列。结果表明:在638 bp序列... 为探究大银鱼Protosalanx hyalocranius不同地理种群的遗传变异情况,采用PCR产物纯化测序方法,测定了太湖、洪泽湖两个种群共96尾大银鱼线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ亚基(cytochrome oxidaseⅠ,COⅠ)基因的部分序列。结果表明:在638 bp序列中共检测到6个变异位点,占核苷酸总数的0.94%;A、G、T、C平均含量依次为26.2%、34.0%、21.3%和18.5%,A+T含量(47.5%)低于G+C含量(52.5%);共发现7种单倍型,其中hap1、hap5和hap7为共享单倍型,hap6为洪泽湖种群特有,hap2、hap3和hap4为太湖种群特有,在7种单倍型中,hap1为明显的优势单倍体型,共54个个体(占总个体数的56.25%);平均单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.642和0.001 48,遗传多样性较低;AMOVA分析显示,种群内遗传变异为79.82%,种群间变异为20.18%,两种群间遗传分化系数(Fst)为0.201 79,表明两种群间遗传分化程度较高。本研究结果可为合理开发和利用大银鱼野生资源提供参考。 展开更多
关键词 大银鱼 地理种群 线粒体细胞色素C氧化酶ⅰ亚基(coⅰ) 遗传分化
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