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生物信息学的现状与展望 被引量：74
1
作者 张春霆 《世界科技研究与发展》 CSCD 2000年第6期17-20,共4页
本文阐述了生物信息学产生的背景 ,生物学数据库 ,生物信息学的主要研究内容 ,与生物信息学关系密切的数学和计算机科学技术领域 ,生物信息学产业等内容 ,展望了其未来并提出了若干在我国发展生物信息学的建议。着重指出 ,理解大量生物... 本文阐述了生物信息学产生的背景 ,生物学数据库 ,生物信息学的主要研究内容 ,与生物信息学关系密切的数学和计算机科学技术领域 ,生物信息学产业等内容 ,展望了其未来并提出了若干在我国发展生物信息学的建议。着重指出 ,理解大量生物学数据所包括的生物学意义已成为后基因组时代极其重要的课题。生物信息学的作用将日益重要。有理由认为 ,今日生物学数据的巨大积累将导致重大生物学规律的发现。生物信息学的发展在国内、外基本上都处在起步阶段。因此 ,这是我国生物学赶超世界先进水平的一个百年一遇的极好机会。 展开更多
关键词 人类基因组计划 生物信息学 中国 计算机科学
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植物基因组表达序列标签(EST)计划研究进展 被引量：83
2
作者 骆蒙 贾继增 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2001年第4期494-497,共4页
植物表达序列标签 (EST)计划是随机挑选cDNA克隆 ,并对其 3′或 5′端进行大规模一次性测序 ,将得到的 15 0～ 5 0 0bp长度的DNA片段与数据库中的序列进行比较 ,获得对基因组结构、组织、表达等认识的基因组研究策略 .就近年来国际植物... 植物表达序列标签 (EST)计划是随机挑选cDNA克隆 ,并对其 3′或 5′端进行大规模一次性测序 ,将得到的 15 0～ 5 0 0bp长度的DNA片段与数据库中的序列进行比较 ,获得对基因组结构、组织、表达等认识的基因组研究策略 .就近年来国际植物EST计划的实施情况、植物EST计划的研究范围、生物信息学在EST研究中的应用、EST数据库及查询。 展开更多
关键词 植物基因组 表达序列标签 生物信息学
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人脑内一含有ACP样结构域新基因的发现 被引量：95
3
作者 邓艳春 药立波 +4 位作者 刘新平 聂晓燕 王吉村 张晓光 苏成芝 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2001年第1期72-76,共5页
为寻找脑内新基因 ,以正常成人全脑cDNA为模板 ,采用锚定PCR方法进行扩增 ,将经琼脂糖DNA电泳鉴定获得的一约 12 0 0bp大小的特异性条带回收 ,并克隆入Teasy载体 .用 310GeneticAnalyzer进行自动测序 .所得序列进行生物信息学分析 :BLAS... 为寻找脑内新基因 ,以正常成人全脑cDNA为模板 ,采用锚定PCR方法进行扩增 ,将经琼脂糖DNA电泳鉴定获得的一约 12 0 0bp大小的特异性条带回收 ,并克隆入Teasy载体 .用 310GeneticAnalyzer进行自动测序 .所得序列进行生物信息学分析 :BLAST相似性分析结果证明所得序列为新序列 ,读框分析表明 ,该序列中存在一完整编码区 ,编码含 35 7个氨基酸的蛋白质 .ProDom软件分析发现其含有酰基携带蛋白 (ACP)样结构域 .随后 ,经 3′RACE法克隆到该基因的全长cDNA ,其全长为 2 0 2 4bp ,染色体定位在 14q11 2 ,含有 16个外显子 ,15个内含子 ,该基因已登录到GenBank .经设计编码区引物 ,从Teasy载体扩增出编码区后再克隆入pGEX 4T1表达载体 ,经异丙基硫代 D 乳糖苷 (IPTG)化学诱导表达 .其编码区克隆入 pGEX 4T1表达载体后 ,转入JM10 9宿主菌 ,经IPTG诱导已得到表达 .点杂交及RNA印迹表明 ,该基因在正常成人脑内广泛高表达 . 展开更多
关键词 基因 脑 乙酰基载体蛋白结构域 生物信息学
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生物信息学 被引量：68
4
作者 陈润生 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 1999年第1期5-12,共8页
近年来，随着人类基因组计划（ＨＧＰ）在世界范围内的开展，破译人类及多种模式生物的遗传密码已成为生物学领域的重要学科。同时产生了巨量的基因组信息。分析这些信息是人类基因组研究必不可少的重要内容，从而也促成了生物信息学的... 近年来，随着人类基因组计划（ＨＧＰ）在世界范围内的开展，破译人类及多种模式生物的遗传密码已成为生物学领域的重要学科。同时产生了巨量的基因组信息。分析这些信息是人类基因组研究必不可少的重要内容，从而也促成了生物信息学的产生与发展。生物信息学作为一门新的... 展开更多
关键词 生物信息学 基因组信息学 后基因组时代
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SSRHunter,一个本地化的SSR位点搜索软件的开发 被引量：93
5
作者 李强 万建民 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期808-810,共3页
基因组研究的发展,使得利用生物信息学方法在一个相对狭小的基因组区段内开发新的SSR标记成为可能。要实现这一点,首先面临的任务就是潜在的SSR位点的搜索。已有的方法或多或少存在这样或那样的缺陷。文章介绍了利用Visual Basic语言开... 基因组研究的发展,使得利用生物信息学方法在一个相对狭小的基因组区段内开发新的SSR标记成为可能。要实现这一点,首先面临的任务就是潜在的SSR位点的搜索。已有的方法或多或少存在这样或那样的缺陷。文章介绍了利用Visual Basic语言开发本地化的SSR位点搜索软件的尝试。所编制的SSRHunter软件能够较出色地完成这一任务。此外,SSRHunter还提供了自动序列预处理,常规的序列整理和序列变换功能以及方便的结果输出方式。 展开更多
关键词 SSR VB 生物信息学 SSRHunter
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基于生物网络调控的方剂研究模式与实践 被引量：87
6
作者 李梢 《中西医结合学报》 CAS 2007年第5期489-493,共5页
方剂的证候效应及其多靶点作用的科学阐释是目前方剂现代研究的关键问题。我们引入和发展了生物信息学和系统生物学等多学科方法,提出从生物网络调控角度研究方剂原理的框架。并在此基础上阐述方证关系和方剂协同作用机制等研究实例,包... 方剂的证候效应及其多靶点作用的科学阐释是目前方剂现代研究的关键问题。我们引入和发展了生物信息学和系统生物学等多学科方法,提出从生物网络调控角度研究方剂原理的框架。并在此基础上阐述方证关系和方剂协同作用机制等研究实例,包括从寒热证候网络构建与模式分析角度探讨方证关系,以血管新生为例构建疾病相关网络,从寒性方剂中提取具有抗血管新生协同作用的中药组合并研究其网络调控机制。研究结果表明,从生物网络的角度可较好地解释方证、病证关系,方剂协同作用的"涌现"可能来自方中多成分在作用靶点上的网络联系。提示基于生物网络及其调控的方剂研究模式,结合"中医药生物信息学"、"中医药计算系统生物学"计算与实验方法,可望为方剂研究开辟新途径。 展开更多
关键词 中药方剂学 证候 生物信息学 系统生物学
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生物信息学的共词分析研究 被引量：73
7
作者 张晗 崔雷 《情报学报》 CSSCI 北大核心 2003年第5期613-617,共5页
本文应用共词分析的方法对生物信息学的主题词进行聚类,得到其研究的热点内容,然后利用战略坐标进一步定量地分析了各热点的发展阶段.
关键词 生物信息学 共词分析 聚类分析 情报分析 文献计量学
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生物信息学:生物实验数据和计算技术结合的新领域 被引量：38
8
作者 欧阳曙光 贺福初 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 1999年第14期1457-1468,共12页
大量的蛋白质和核酸数据的积累与理性地分析这些数据中所蕴涵的生物学意义的双重需要 ,产生了综合生物学研究与计算技术研究等领域最新成果的交叉性学科“生物信息学” .分别从基因序列或蛋白质结构等生物信息数据库、基因组分析或蛋白... 大量的蛋白质和核酸数据的积累与理性地分析这些数据中所蕴涵的生物学意义的双重需要 ,产生了综合生物学研究与计算技术研究等领域最新成果的交叉性学科“生物信息学” .分别从基因序列或蛋白质结构等生物信息数据库、基因组分析或蛋白质结构分析等常规生物学计算软件、基因组数据库检索或蛋白质空间结构识别与预测等在线生物学计算服务器、人工生命等几个方面 ,概述了发展中的生物信息学的最近动态和有关信息 ,并同时提供了相关的热门生物信息学站点和资源在互联网上的超文本或文件传输协议地址 .此外 ,还介绍了讨论组、新闻组等其他形式的医学、生物学、信息学资源 .最后 ,就生物信息学存在的问题与前景进行了讨论 ,指出生物信息学将是一次国际性的科学大协作 。 展开更多
关键词 生物信息学 计算机科学 生物实验数据 计算技术
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复杂系统意义下的中医药学及其案例研究 被引量：69
9
作者 李梢 王永炎 +1 位作者 季梁 李衍达 《系统仿真学报》 CAS CSCD 2002年第11期1429-1431,1442,共4页
中医整体观、辨证论治体系所具有的系统大规模、开放于环境以及重视相互作用等特点,以及整体、活体、动态的观察方式是其复杂性的来源;通过对寒、热方剂作用的有关时间序列数据,1607例风湿病疼痛的节律性变化调查,中药方剂的最优配比等... 中医整体观、辨证论治体系所具有的系统大规模、开放于环境以及重视相互作用等特点,以及整体、活体、动态的观察方式是其复杂性的来源;通过对寒、热方剂作用的有关时间序列数据,1607例风湿病疼痛的节律性变化调查,中药方剂的最优配比等案例研究及分析,综合发现多种非特异性指标的特定组合、节律变动形式是寒热方剂、证候的系统特性之一。同时发现中药的总体效应不能用每一成分单独作用的线性叠加来表示,中药对复杂性疾病可发挥多因微效的综合调节作用。 展开更多
关键词 复杂系统 中医药学 案例 复杂性 生物信息学 系统理论
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蛋白质组学的应用研究进展 被引量：72
10
作者 尹稳 伏旭 李平 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期32-38,共7页
蛋白质组学(Proteomics)是一门大规模、高通量、系统化的研究某一类型细胞、组织或体液中的所有蛋白质组成及其功能的新兴学科。虽然基因决定蛋白质的水平,但是基因表达的水平并不能代表细胞内活性蛋白的水平,蛋白质组学分析是对蛋白质... 蛋白质组学(Proteomics)是一门大规模、高通量、系统化的研究某一类型细胞、组织或体液中的所有蛋白质组成及其功能的新兴学科。虽然基因决定蛋白质的水平,但是基因表达的水平并不能代表细胞内活性蛋白的水平,蛋白质组学分析是对蛋白质翻译和修饰水平等研究的一种补充,是全面了解基因组表达的一种必不可少的手段。蛋白质组学相关技术的发展极大地推动了蛋白质组学的研究进展,使其在各研究领域得到了广泛的应用。对蛋白质组学相关技术及其在各领域的应用进行了综述,最后对蛋白质组学的发展趋势和应用前景作出展望。 展开更多
关键词 蛋白质组学 双向凝胶电泳 质谱 生物信息学 应用现状
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电子克隆技术及其在植物基因工程中的应用 被引量：59
11
作者 王冬冬 朱延明 +2 位作者 李勇 李杰 柏锡 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 2006年第3期403-408,共6页
电子克隆是随着基因组计划和EST计划的实施而发展起来的,是利用生物信息学手段进行基因克隆的新方法。它具有投入低、速度快、技术要求低和针对性强等优点。因此,电子克隆技术必将成为植物基因工程中获得新基因的重要手段。阐述了电子... 电子克隆是随着基因组计划和EST计划的实施而发展起来的,是利用生物信息学手段进行基因克隆的新方法。它具有投入低、速度快、技术要求低和针对性强等优点。因此,电子克隆技术必将成为植物基因工程中获得新基因的重要手段。阐述了电子克隆应用所依据的数据库与生物信息资源,介绍了利用电子克隆获得功能基因的方法,及其在植物基因工程中的应用现状与前景。 展开更多
关键词 电子克隆 植物基因工程 表达序列标签EST 生物信息学
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新一代高通量RNA测序数据的处理与分析 被引量：64
12
作者 王曦 汪小我 +2 位作者 王立坤 冯智星 张学工 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第8期834-846,共13页
随着新一代高通量DNA测序技术的快速发展,RNA测序(RNA-seq)已成为基因表达和转录组分析新的重要手段.RNA-seq技术产生的海量数据为生物信息学带来了新的机遇和挑战.有效地对测序数据进行针对性的生物信息学处理和分析,成为RNA-seq技术... 随着新一代高通量DNA测序技术的快速发展,RNA测序(RNA-seq)已成为基因表达和转录组分析新的重要手段.RNA-seq技术产生的海量数据为生物信息学带来了新的机遇和挑战.有效地对测序数据进行针对性的生物信息学处理和分析,成为RNA-seq技术能否在科学探索中发挥重大作用的关键.以新一代Illumina/Solexa测序平台所产生的数据为例,在扼要介绍高通量RNA-seq测序流程的基础上,对RNA-seq数据处理和分析的方法和现有软件做一个较为全面的综述,并对其中有待进一步研究的问题进行展望。 展开更多
关键词 高通量RNA测序 转录组 基因表达 数据处理与分析 生物信息学
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功能基因组学的研究内容与方法 被引量：33
13
作者 赵剑华 王秀琴 +1 位作者 刘芝华 吴旻 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2000年第1期6-8,共3页
基因组学的研究已从结构基因组学转向功能基因组学.综述了功能基因组学研究的内容和方法,主要包括应用微点阵、基因表达系列分析(SAGE)、蛋白质组、生物信息学等方法来研究基因组表达概况、基因组多样性。
关键词 人类基因组计划 功能基因组学 生物信息学
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后基因组时代的生物信息学 被引量：40
14
作者 陈铭 《生物信息学》 2004年第2期29-34,共6页
随着人类基因组计划的完成,不断积累的巨量的生物学数据和快速发展的信息学技术,给后基因组时代的生物信息学研究带来了新的挑战。该文对后基因组时代的生物信息学研究内容进行了比较全面的描述,分别就其研究对象和研究方向作了区别讨论... 随着人类基因组计划的完成,不断积累的巨量的生物学数据和快速发展的信息学技术,给后基因组时代的生物信息学研究带来了新的挑战。该文对后基因组时代的生物信息学研究内容进行了比较全面的描述,分别就其研究对象和研究方向作了区别讨论,分析了生物信息学研究的现状和趋势,比较了国内外的研究发展情况和差距。针对我国在研究中所存在的主要问题,提出了建议并做了展望。 展开更多
关键词 后基因组 生物信息学
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从中国对虾ESTs中筛选微卫星标记的研究 被引量：38
15
作者 徐鹏 周令华 +1 位作者 田丽萍 相建海 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第3期213-218,共6页
利用生物信息学方法在含有10446个中国对虾ESTs的数据库中进行微卫星序列的筛选,共发现微卫星序列229个,占整个ESTs数据库的2.19%,其中含双碱基重复序列146个和3碱基重复序列58个,分别占在ESTs数据库中发现微卫星序列总数的63.76%和25.3... 利用生物信息学方法在含有10446个中国对虾ESTs的数据库中进行微卫星序列的筛选,共发现微卫星序列229个,占整个ESTs数据库的2.19%,其中含双碱基重复序列146个和3碱基重复序列58个,分别占在ESTs数据库中发现微卫星序列总数的63.76%和25.33%,大部分发现的微卫星序列均为Perfect形式的重复序列。根据筛选得到的微卫星序列设计并合成引物19对进行多态性检测,在有扩增产物的16对引物中,首次筛选得到8个中国对虾微卫星标记,并对这些微卫星标记进行了等位基因频率、观测杂合度、期望杂合度、PIC值等统计学指标的评价。结果表明,在8个微卫星位点上,等位基因的数目从5到15不等,等位基因长度从165～305bp,期望杂合度和多态性信息含量分别为0.59到0.89和0.56到0.88,表明这8个中国对虾微卫星标记完全适合于遗传分析。 展开更多
关键词 中国对虾 ESTS 微卫星标记 生物信息学 微卫星序列 等位基因频率 观测杂合度 期望杂合度
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环境微生物的宏基因组学研究新进展 被引量：56
16
作者 孙欣 高莹 杨云锋 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期393-400,共8页
宏基因组学以环境中微生物的基因组的总和为研究对象,从而规避了传统方法中绝大部分微生物不能培养的缺陷,因此近年来在环境微生物学研究中得到了广泛应用。本文重点介绍了宏基因组学技术中关键的两类技术:即以罗氏454及Illumina为代表... 宏基因组学以环境中微生物的基因组的总和为研究对象,从而规避了传统方法中绝大部分微生物不能培养的缺陷,因此近年来在环境微生物学研究中得到了广泛应用。本文重点介绍了宏基因组学技术中关键的两类技术:即以罗氏454及Illumina为代表的高通量测序技术和以基因芯片(GeoChip)为代表的基因芯片技术在微生物研究中的应用。测序技术可以发现新物种和新基因,但由于测序深度有限,定量性差,不易发现低丰度物种,且易受污染物干扰。芯片技术很好地克服了这些局限,但不易于发现新基因。本文介绍了这些技术近年来在气候变化、水处理工程系统、极端环境、人体肠道、石油污染修复、生物冶金等方面取得的部分代表性成果。在此基础上,对宏基因组技术在环境微生物研究方面的未来发展方向提出了预判和展望。我们认为由于两种技术各自的优缺点,今后将两类技术结合起来的综合研究会越来越多。另外,由于大量数据的处理方法已成为制约宏基因组学发展的瓶颈,相应的生物信息学技术开发将是未来科研的热点和难点。 展开更多
关键词 宏基因组学 生物信息学 高通量测序 基因芯片
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蛋白质组学及其技术发展 被引量：49
17
作者 王英超 党源 +1 位作者 李晓艳 王兴龙 《生物技术通讯》 CAS 2010年第1期139-144,共6页
蛋白质组学产生于20世纪90年代,发展至今已日趋成熟。蛋白质组学是以生物体的全部或部分蛋白为研究对象,研究它们在生命活动过程中的作用、功能。蛋白质组学较之前的基因组学对于生命现象的解释更直接、更准确,近年得到了快速发展,并受... 蛋白质组学产生于20世纪90年代,发展至今已日趋成熟。蛋白质组学是以生物体的全部或部分蛋白为研究对象,研究它们在生命活动过程中的作用、功能。蛋白质组学较之前的基因组学对于生命现象的解释更直接、更准确,近年得到了快速发展,并受到世界各国学者的高度关注。我们简要综述了蛋白质组学及其技术,并简单概述了这项技术在生命科学领域的应用。 展开更多
关键词 蛋白质组学 双向电泳 质谱 生物信息学
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当前生物信息学的重要研究任务 被引量：24
18
作者 陈润生 《生物工程进展》 CSCD 1999年第4期11-14,共4页
近年来，随着人类基因组计划（ＨＧＰ）在世界范围内的开展，破译人类及多种模式生物的遗传密码已成为生物学领域的重要学科。同时产生了巨量的基因组信息。分析这些信息是人类基因组研究必不可少的重要内容，从而也促成了生物信息学的... 近年来，随着人类基因组计划（ＨＧＰ）在世界范围内的开展，破译人类及多种模式生物的遗传密码已成为生物学领域的重要学科。同时产生了巨量的基因组信息。分析这些信息是人类基因组研究必不可少的重要内容，从而也促成了生物信息学的产生与发展。生物信息学作为一门新的... 展开更多
关键词 生物信息学 研究方向 基因组信息 新基因 网络
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大豆分子育种研究进展 被引量：48
19
作者 邱丽娟 王昌陵 +2 位作者 周国安 陈受宜 常汝镇 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2007年第11期2418-2436,共19页
大豆分子育种代表了大豆育种的发展方向,主要包括分子标记育种、转基因育种和品种分子设计育种三个方面。通过综合利用基因组学、生物信息学、计算机模拟与遗传育种学等多个学科的理论和方法,大豆分子育种可对大豆从表型到分子等多个层... 大豆分子育种代表了大豆育种的发展方向,主要包括分子标记育种、转基因育种和品种分子设计育种三个方面。通过综合利用基因组学、生物信息学、计算机模拟与遗传育种学等多个学科的理论和方法,大豆分子育种可对大豆从表型到分子等多个层次进行遗传操作,有助于大幅度提高育种效率,最终实现大豆品种的定向遗传改良。本文介绍了中国大豆分子标记育种、转基因育种和品种分子设计育种三个方面的开创者,将国内的主要研究进展与国外相关的最新研究成果进行了综述和比较,由于知识所限对未提及的做出重要贡献的科学家在此致歉。通过比较发现,中国大豆分子育种与国外相关研究的差距普遍存在,然而,有些分子育种相关研究如基因克隆及功能研究等方面则与国外的差距正在逐渐缩小。笔者认为,大豆分子育种正朝着遗传图谱信息多元化、基因发掘规模化、分子育种技术高效化、分子育种理论系统化的方向发展。 展开更多
关键词 大豆 分子育种 分子标记辅助育种 转基因育种 品种分子设计育种 基因组学 生物信息学
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人类基因组计划与后基因组时代 被引量：39
20
作者 骆建新 郑崛村 +1 位作者 马用信 张思仲 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 2003年第11期87-94,共8页
20 0 3年 4月 1 4日生命科学诞生了一个新的重要里程碑 ,人类基因组计划完成 ,后基因组时代正式来临。着重介绍了人类基因组计划的提出、目标与任务、实施与进展等方面的基本情况 ,讨论了后基因组时代的时间界定 ,分析展望了后基因组时... 20 0 3年 4月 1 4日生命科学诞生了一个新的重要里程碑 ,人类基因组计划完成 ,后基因组时代正式来临。着重介绍了人类基因组计划的提出、目标与任务、实施与进展等方面的基本情况 ,讨论了后基因组时代的时间界定 ,分析展望了后基因组时代与人类基因组计划密切相关的生物信息学、功能基因组学、蛋白质组学。 展开更多
关键词 人类基因组计划 后基因组时代 生物信息学 功能基因组学 蛋白质组学 药物基因组
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