环状RNA分子circ＿0007766通过上调细胞周期相关蛋白Cyclin D1/CyclinE1/CDK4的表达促进肺腺癌细胞增殖 被引量：17

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作者 张帅 夏文佳 +3 位作者 董高超 徐维章 李明 许林 《中国肺癌杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期271-279,共9页

背景与目的环状RNA(circular RNA, circRNA)是有别于传统线性RNA的一类新型非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA),越来越多的研究提示circRNA可作为诸多恶性肿瘤的生物学标志物,并成为治疗的潜在靶标。因此从circRNA角度挖掘肺腺癌新型分子靶... 背景与目的环状RNA(circular RNA, circRNA)是有别于传统线性RNA的一类新型非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA),越来越多的研究提示circRNA可作为诸多恶性肿瘤的生物学标志物,并成为治疗的潜在靶标。因此从circRNA角度挖掘肺腺癌新型分子靶标,将有助于揭示肺腺癌发生发展新机制,并为临床诊疗提供新思路。本研究针对前期筛选出的一个肺腺癌组织高表达circRNA即circ_0007766进行体外生物学功能验证和分析,从而对circ_0007766促进肺腺癌增殖的相关机制进行初步探索。方法首先通过qPCR检测考察肺腺癌细胞中circ_0007766的表达水平,然后采用siRNA干扰circ_0007766的表达,通过CCK8法、划痕修复、PI单染和AnnexinV/PI双染方法检测circ_0007766沉默表达对肺腺癌细胞的增殖、周期和凋亡作用的影响。此外,我们还采用qPCR和western blots方法初步研究了circ_0007766在肺腺癌细胞中的生物学作用机制。结果 qPCR检测表明肺腺癌细胞株中表达有circ_0007766,在SPCA-1细胞中干扰circ_0007766表达,发现细胞增殖和迁移能力受到了抑制,细胞周期发生了G_0/G_1期阻滞,而细胞凋亡则不受影响。circ_0007766的缺失并不影响其亲本基因ERBB2的mRNA表达,而对eIF4A3调控的细胞周期相关基因Cyclin D1/Cyclin E1/CDK4的mRNA和蛋白水平均有影响。结论本研究通过体外功能学研究,发现circ_0007766可能对肺腺癌细胞增殖、迁移具有促进的作用,进一步的分子机制研究发现circ_0007766可上调细胞周期关键蛋白Cyclin D1/Cyclin E1/CDK4的表达,进而促进肺腺癌恶性增殖。本研究以circRNA为视角,将对肺腺癌发生发展机理及预后判断提供新线索,为临床治疗应用提供新靶标。 展开更多

关键词 肺腺癌 环状rna/circrna circ_0007766

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基于环状RNA测序探讨当归芍药散对APPswe/PS1ΔE9转基因小鼠的神经保护作用 被引量：8

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作者 贺春香 宋祯彦 +4 位作者 李泽 杨苗 于文静 李平 成绍武 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期16-24,共9页

目的:研究环状RNA(circRNA)在当归芍药散对APPswe/PS1ΔE9双转基因(APP/PS1)小鼠神经保护作用及其机制。方法:6月龄APP/PS1小鼠20只随机分为模型组和药物组,药物组予以当归芍药散水提液灌胃,10只野生C57BL/6小鼠为正常组,正常组和模型... 目的:研究环状RNA(circRNA)在当归芍药散对APPswe/PS1ΔE9双转基因(APP/PS1)小鼠神经保护作用及其机制。方法:6月龄APP/PS1小鼠20只随机分为模型组和药物组,药物组予以当归芍药散水提液灌胃,10只野生C57BL/6小鼠为正常组,正常组和模型组给予等体积生理盐水,各组连续灌药8周。应用circRNA测序分析当归芍药散干预前后APP/PS1小鼠差异表达circRNA,构建circRNA-miRNA mRNA相互作用网络,实时荧光定量聚合酶链式反应(Real-time PCR)验证cric RNA测序结果,应用蛋白免疫印迹法(Western blot)检测海马区磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K),磷酸化PI3K(p-PI3K),蛋白激酶B1(Akt1),p-Akt1,B淋巴细胞瘤-2和Bcl-2-相关X的蛋白质(Bax)的蛋白表达水平,应用免疫组化检测海马区的Caspase-3的蛋白表达水平,应用末端标记(TUNEL)法检测小鼠海马区神经元凋亡水平。结果:与模型组比较,当归芍药散干预后有90个差异表达的circRNA,其中46个上调,44个下调。与正常组比较,模型组circRNA1398,circRNA1399表达水平下降,miR-103-3p,miR-153-3p,miR-143-3p及miR-143-5p表达水平上调(P<0.01),与模型组比较,当归芍药散组circRNA1398,circRNA1399表达水平上调,miR-103-3p,miR-153-3p,miR-143-3p及miR-143-5p表达水平下降(P<0.01)。通过circRNA-miRNA mRNA相互作用网络分析circRNA1398和circRNA1399调控Bcl-2和Akt1基因表达。与正常组比较,模型组的p-PI3K,Akt1,p-Akt1和Bcl-2表达量下降(P<0.01),Bax和Caspase-3的蛋白表达量升高(P<0.01);与模型组比较,当归芍药散组APP/PS1小鼠海马区的p-PI3K,Akt1,p-Akt1和Bcl-2表达量增加(P<0.01),Bax和Caspase-3的蛋白表达量下降(P<0.01)。与正常组比较,模型组小鼠海马区神经元凋亡水平上升,细胞凋亡率为(43.76±2.92)%。与模型组比较,当归芍药散干预后细胞凋亡率为(24.64±3.39)%。结论:当归芍药散可以激活PI3K/Akt通路和抑制APP/PS1小鼠海马区神经元凋亡,发挥神经保护作用,具体机制可能与其上调ci 展开更多

关键词 当归芍药散 阿尔兹海默病 凋亡 环状rna(circrna) microrna(mirna) 磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)/蛋白激酶Bα(Akt1)通路

原文传递

外泌体在肝细胞癌诊疗中的应用

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作者 仝心语 谭凯 +1 位作者 白亮亮 杜锡林 《中华肝脏外科手术学电子杂志》 CAS 2024年第3期384-388,共5页

外泌体是细胞外囊泡,内含蛋白质、脂类、核酸、microRNA、长链非编码RNA(lncRNA)和环状RNA(circRNA)等多种生物活性物质。外泌体可以通过影响血管内皮细胞功能促进肝癌血管的生成和肿瘤的转移,还可以通过调节各种免疫细胞的数量和功能,... 外泌体是细胞外囊泡,内含蛋白质、脂类、核酸、microRNA、长链非编码RNA(lncRNA)和环状RNA(circRNA)等多种生物活性物质。外泌体可以通过影响血管内皮细胞功能促进肝癌血管的生成和肿瘤的转移,还可以通过调节各种免疫细胞的数量和功能,影响免疫因子的分泌,致使肿瘤细胞免疫逃逸发生。一些外泌体所包含的物质表达含量的变化与肝癌疾病过程有密切关系。外泌体是与肿瘤进展密切相关的生物标志物,在所有的体液中均可检测到外泌体,在临床有广阔的应用前景。因此,探索外泌体与HCC病情变化的联系,对于HCC患者的早诊、早治有重要意义。 展开更多

关键词 癌 肝细胞 外泌体 长链非编码rna(lncrna) 环状rna(circrna) 肝星状细胞

原文传递

基于转录组测序筛选疆南绒山羊次级毛囊周期发育相关的circRNA

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作者 陆庆伟 唐森 +6 位作者 李彬 秦崇凯 刘文娜 蒲雪 王亚倩 吴翠玲 付雪峰 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期1793-1806,共14页

【目的】探讨疆南绒山羊皮肤毛囊的生长发育机制,加深对次级毛囊发育相关候选基因遗传调控和功能的认识,为指导疆南绒山羊后期培育,改善其绒产量提供参考。【方法】利用高通量测序技术对疆南绒山羊次级毛囊生长期、退行期和休止期皮肤... 【目的】探讨疆南绒山羊皮肤毛囊的生长发育机制,加深对次级毛囊发育相关候选基因遗传调控和功能的认识,为指导疆南绒山羊后期培育,改善其绒产量提供参考。【方法】利用高通量测序技术对疆南绒山羊次级毛囊生长期、退行期和休止期皮肤组织中环状RNA(circRNA)进行分析,筛选出不同比较组的差异表达circRNA(DE circRNA),对其宿主基因进行GO功能、KEGG通路及蛋白互作(PPI)分析,并联合前期转录组数据构建竞争性内源RNA(ceRNA)网络。【结果】在9个疆南绒山羊皮肤组织中共鉴定到2482个circRNAs。其中包含138个DE circRNAs,退行期和生长期、退行期和休止期、休止期和生长期比较组中分别存在54、74、65个DEcircRNAs。GO功能和KEGG通路分析揭示,DEcircRNA宿主基因主要富集在细胞黏附、整合素介导信号通路、细胞整合素复合物等功能通路,以及一些与毛囊生理过程有关的信号通路,如MAPK、TGF-beta、Hedgehog等。结合PPI网络推测14个circRNAs可能参与调控疆南绒山羊皮肤次级毛囊生长发育。通过6个DEcircRNAs、20个DE miRNAs、3个DEmRNAs和2个DElncRNAs构建了疆南绒山羊ceRNA网络。【结论】本研究通过转录组测序筛选出与疆南绒山羊次级毛囊周期发育相关的关键circRNAs,包括novel-gene5238-2、novel-gene7855-1、novel-gene4455-1等。研究结果为circRNA在绒山羊次级毛囊发育中的生物学功能和调控特性提供理论依据,也为疆南绒山羊育种提供了新的方向。 展开更多

关键词 疆南绒山羊 转录组测序 环状rna(circrna) 次级毛囊周期

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内源性竞争RNA在脓毒症调控作用中的研究进展

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作者 杨慧慧 郭贺 +4 位作者 谭睿敏 闫娅婷 祖一文 葛晨 杜全胜 《中国急救医学》 CAS CSCD 2023年第12期990-998,共9页

脓毒症是最常见的急危重症之一,其发病率和病死率在全球仍较高,及时的诊断和治疗脓毒症已成为一个亟待解决的问题。内源性竞争RNA(ceRNA)包括长链非编码RNA(lncRNA)、环状RNA(circRNA)和假基因的非编码RNA(ncRNA),它们通过相同的微小RNA... 脓毒症是最常见的急危重症之一,其发病率和病死率在全球仍较高,及时的诊断和治疗脓毒症已成为一个亟待解决的问题。内源性竞争RNA(ceRNA)包括长链非编码RNA(lncRNA)、环状RNA(circRNA)和假基因的非编码RNA(ncRNA),它们通过相同的微小RNA(miRNA)反应元件(MRE)竞争结合miRNA,进而调节下游目标基因的表达。因此,ceRNA也就是内源性RNA的调节机制,当这种机制出现不平衡的情况下,可能参与脓毒症和其他各种疾病的发生。本文重点论述lncRNA、circRNA和假基因的分子特点、重要生物学功能和它们作为ceRNA在脓毒症病理生理中的调控机制,并且讨论了目前ceRNA研究尚未成熟致使其应用到脓毒症临床诊疗中所面临的困难和发展前景,这对于精准定位脓毒症敏感的早期生物标志物以及潜在治疗靶点至关重要,也为脓毒症的及时诊断、治疗和监管提供新线索。 展开更多

关键词 脓毒症 内源性竞争rna(cerna) 长链非编码rna(lncrna) 环状rna(circrna) 假基因 增殖 凋亡 焦亡 炎症反应

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联合TCGA和GEO数据库构建和分析胃癌中circRNA相关的ceRNA网络 被引量：3

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作者 李让 廖苑君 +4 位作者 孙胜南 蓝树金 赵小蕾 覃继恒 饶绍奇 《生命科学研究》 CAS CSCD 2020年第4期275-283,共9页

环状RNA (circular RNA, circRNA)是一类呈闭环状结构的竞争性内源RNA (competing endogenous RNA, ceRNA),其通过竞争性地吸附微RNA (microRNA, mi RNA)来调节基因表达。circRNA失调与癌细胞的增殖、分化和侵袭等密切相关。本研究基于... 环状RNA (circular RNA, circRNA)是一类呈闭环状结构的竞争性内源RNA (competing endogenous RNA, ceRNA),其通过竞争性地吸附微RNA (microRNA, mi RNA)来调节基因表达。circRNA失调与癌细胞的增殖、分化和侵袭等密切相关。本研究基于生物信息学分析和多数据库的联合应用,以ceRNA为切入点探析胃癌中circRNA潜在的致病机制,以期为胃癌提供潜在的临床诊疗靶点,并为胃癌的科学研究提供新思路。首先,通过挖掘胃癌差异表达的circRNA、mi RNA和m RNA构建circRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络;随后,利用网络拓扑属性分析确定核心的节点,并根据这些核心的节点从原始的ceRNA网络中提取子网;最后,对子网进行功能学分析和生存分析,分析网络行使的生物学功能并挖掘预后相关的基因。结果显示:共挖掘了6个核心节点(hsacirc0008468、hsacirc0005822、hsacirc0025842、hsa-miR-940、hsa-miR-944及hsa-miR-515-5p);从原始的ceRNA网络中提取了包含8对circRNA-miRNA和539个mi RNA-m RNA关系对的子网络。功能富集结果表明子网涉及癌症相关的多个生物学过程,包括代谢途径、cAMP信号通路、pathways in cancer信号通路等,生存分析发现子网中ACO2、E2F8、GHR、ITIH5等14基因与预后显著相关,这表明3个核心circRNA介导的ceRNA网络与胃癌的发生发展及预后密切相关。 展开更多

关键词 竞争性内源rna(cerna) 胃癌 cerna网络 环状rna(circrna) 生物信息学分析

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环状RNA的海绵活性作为肿瘤新型生物标志物可行性的研究进展 被引量：4

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作者 吴银洁 徐晓彦 +1 位作者 徐飞 于壮 《临床肿瘤学杂志》 CAS 北大核心 2018年第1期79-83,共5页

目前多项研究表明不同的环状RNA(circRNA)作为特殊的非编码RNA可以通过与特定的miRNA结合发挥海绵活性,并因此抑制miRNA功能,从而影响相关通路的进行,对特定肿瘤的发生发展产生影响。本文通过收集已有实验研究,对内源性circRNA海绵的生... 目前多项研究表明不同的环状RNA(circRNA)作为特殊的非编码RNA可以通过与特定的miRNA结合发挥海绵活性,并因此抑制miRNA功能,从而影响相关通路的进行,对特定肿瘤的发生发展产生影响。本文通过收集已有实验研究,对内源性circRNA海绵的生物发生、性质和功能进行总结,并对circRNA海绵与人类肿瘤发生发展的影响作一综述。 展开更多

关键词 环状rna(circrna) 生物标志物 综述

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环状RNA与激素性股骨头坏死发病机制的相关性研究

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作者 高向明 周明旺 +4 位作者 王晓萍 肖振 郑昊天 黄克松 付志斌 《生命科学研究》 CAS 2023年第1期16-22,共7页

激素性股骨头坏死(steroid-induced necrosis of the femoral head, SANFH)作为髋关节常见疾病,早期诊断及治疗较为困难,寻找SANFH分子生物标志物对其早期诊断具有重要意义。环状RNA (circular RNA, circRNA)是一类闭合环状非编码RNA (n... 激素性股骨头坏死(steroid-induced necrosis of the femoral head, SANFH)作为髋关节常见疾病,早期诊断及治疗较为困难,寻找SANFH分子生物标志物对其早期诊断具有重要意义。环状RNA (circular RNA, circRNA)是一类闭合环状非编码RNA (non-coding RNA, ncRNA),可通过海绵吸附微RNA (microRNA, miRNA)、结合RNA结合蛋白(RNA-binding protein, RBP)、直接翻译蛋白质、调控基因表达等方式参与众多疾病的发生发展,是机体重要的调控因子。近年来,诸多研究基于circRNA探讨SANFH发病机制。本文就circRNA的生物学特征、功能,以及其在作为SANFH发病机制的血管微循环障碍、脂代谢紊乱、骨代谢异常中的调控作用进行综述,探讨circRNA作为早期诊断SANFH生物标志物的可能性。 展开更多

关键词 激素性股骨头坏死(SANFH) 环状rna(circrna) 生物学功能 发病机制 生物标志物

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基于图注意力网络的环状RNA与疾病关联关系预测

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作者 张瀚元 赵博伟 +2 位作者 胡伦 王磊 尤著宏 《计算机技术与发展》 2023年第11期126-134,共9页

环状RNA是一种具有环状结构并且表达水平与多种疾病有关的非编码RNA分子,挖掘环状RNA与疾病之间的内在关联关系在生命医学研究中具有重要意义。基于图注意力机制,该文提出了一种由图注意力网络(GAT)、编码器-解码器(AE)和全连接神经网络... 环状RNA是一种具有环状结构并且表达水平与多种疾病有关的非编码RNA分子,挖掘环状RNA与疾病之间的内在关联关系在生命医学研究中具有重要意义。基于图注意力机制,该文提出了一种由图注意力网络(GAT)、编码器-解码器(AE)和全连接神经网络(DNN)结构组合的端到端深度学习模型GATECDA来预测潜在的环状RNA与疾病的关联关系。在包含739个关系的CircR2Disease数据集上,GATECDA模型五折交叉验证实验取得了ROC曲线下面积AUC为0.9618,AUPR为0.9032,衡量在非平衡数据上性能MCC指标达到了0.7576的优异结果,综合性能在同领域预测模型中表现出色。表明基于深度学习图表示学习的策略有助于提升环状RNA与疾病关联关系预测模型的综合性能,同时端到端的学习模型更易于训练与泛化到其他问题中。在预测的结果得到的前30个环状RNA与疾病的关联关系中,有25个在最近医学文献中有支持。表明人工智能方法可以为医学研究筛选与疾病相关的标志物提供新的角度。 展开更多

关键词 环状rna/circrna 疾病 关联关系预测 图注意力网络 深度学习

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A型塞内卡病毒感染PK-15细胞环状RNA表达谱分析

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作者 陈彦希 王晨 +5 位作者 罗愿 周远成 徐志文 彭远义 宋振辉 刘骁 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期280-289,共10页

【目的】分析A型塞内卡病毒(Seneca virus A,SVA)感染猪肾上皮细胞(PK-15)后环状RNA(circular RNA,circRNA)表达谱的变化,探究circRNAs在SVA感染过程中发挥的潜在调控作用。【方法】本研究基于Illumina HiSeq 2000平台对SVA感染及对照PK... 【目的】分析A型塞内卡病毒(Seneca virus A,SVA)感染猪肾上皮细胞(PK-15)后环状RNA(circular RNA,circRNA)表达谱的变化,探究circRNAs在SVA感染过程中发挥的潜在调控作用。【方法】本研究基于Illumina HiSeq 2000平台对SVA感染及对照PK-15细胞circRNAs转录组进行测序,并对差异表达circRNAs的来源基因进行GO功能及KEGG通路富集分析,通过实时荧光定量PCR对新发现的circRNAs进行表达水平鉴定。【结果】转录组测序结果显示,SVA感染组、PK-15细胞对照组中共有432种circRNAs被发现。在SVA感染PK-15细胞中,87种circRNAs表达水平相对对照组PK-15细胞显著上调,74种circRNAs表达水平显著下调。对差异表达circRNAs的来源基因进行GO功能注释分析表明,SVA感染组差异表达circRNAs来源基因主要富集于核仁、细胞器膜和细胞大分子代谢、发育等生理过程。KEGG通路富集结果显示,SVA感染组差异表达circRNAs来源基因主要富集于胞吞过程、cAMP信号通路、Rap1信号通路、Ras信号通路。对6种新发现的显著差异表达的circRNAs进行实时荧光定量PCR验证,结果显示,其表达水平与高通量测序结果趋势一致。【结论】本研究首次对SVA感染PK-15细胞的circRNAs表达谱进行差异分析,发现差异表达的circRNAs广泛参与动物机体大分子代谢、胞吞及细胞增殖、黏附、抗病毒过程,为进一步探究circRNAs在SVA感染过程中的分子机制提供了理论依据。 展开更多

关键词 环状rna(circrna) A型塞内卡病毒(SVA) 高通量测序 PK-15细胞

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环状RNA(circRNA)与类风湿性关节炎关系的研究进展 被引量：5

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作者 文建庭 刘健 +2 位作者 孙艳秋 龙琰 张颖 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期276-280,共5页

环状RNA(circRNA)是一类不具有3′端poly(A)和5′端帽子结构的、以共价键首尾相连的单链内源闭合环状RNA,具有广泛性、多样性、稳定性和保守性等生物学特点,同时也具有转录调控和蛋白质翻译等功能。类风湿性关节炎(RA)是以滑膜炎、关节... 环状RNA(circRNA)是一类不具有3′端poly(A)和5′端帽子结构的、以共价键首尾相连的单链内源闭合环状RNA,具有广泛性、多样性、稳定性和保守性等生物学特点,同时也具有转录调控和蛋白质翻译等功能。类风湿性关节炎(RA)是以滑膜炎、关节软骨进行性破坏和骨损伤为特征的一种慢性炎症性自身免疫性疾病。circRNA广泛参与RA滑膜细胞持续增生、滑膜的慢性炎症、滑膜的增厚、滑膜的纤维样改变、细胞因子之间平衡破坏,以及与血管翳的形成、软骨、软骨下骨的破坏有密切关系。 展开更多

关键词 类风湿性关节炎(RA) 环状rna(circrna) 综述

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环状RNA(circRNA)在肿瘤中的研究进展 被引量：4

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作者 鲁菱娇 张艳亮 段勇 《实验与检验医学》 CAS 2017年第6期823-826,共4页

环状RNA(circularRNA,circRNA)是一种新发现的具有特殊结构的非编码RNA(non codingRNA,ncRNA),其在真核生物中广泛表达,并广泛存在于细胞胞浆内。circRNA具有跨物种保守性,且在体内表达具有时间、空间特异性。circRNA大多数是由蛋白编... 环状RNA(circularRNA,circRNA)是一种新发现的具有特殊结构的非编码RNA(non codingRNA,ncRNA),其在真核生物中广泛表达,并广泛存在于细胞胞浆内。circRNA具有跨物种保守性,且在体内表达具有时间、空间特异性。circRNA大多数是由蛋白编码基因的外显子可变剪接产生的共价闭合环状结构,并且circRNA对核酸酶不敏感,因此比线性RNA更稳定。研究表明,circRNA具有miRNA海绵样作用,可抑制miRNA活性,阻断miRNA对其靶标的抑制作用,从而调控其他相关RNA的表达。此外,circRNA还能与RNA结合蛋白结合,调控基因的表达。基于circRNA的稳定性、时空表达特异性及参与基因的调控等特性,使得circRNA有望成为肿瘤诊断的生物学标志物或肿瘤治疗的潜在靶点。本文将对现阶段circRNA在肿瘤方面的研究进展作一综述。 展开更多

关键词 环状rna(circrna) 竞争性内源rna(cerna) 肿瘤 肿瘤标志物

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环状RNA在抑郁症中的研究进展 被引量：2

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作者 谭桂凤 肖颂华 +2 位作者 张涵 冯文辉 刘中霖 《生命科学研究》 CAS CSCD 2021年第6期509-513,共5页

环状RNA(circular RNA,circRNA)是一类通过非经典方式反向剪接形成的环状非编码RNA,在生物体内表达丰富,具有高度保守性、组织发育阶段特异性,且较线性RNA更稳定,可发挥基因表观调控、细胞通信、蛋白质翻译等多种生物功能。近来研究表明... 环状RNA(circular RNA,circRNA)是一类通过非经典方式反向剪接形成的环状非编码RNA,在生物体内表达丰富,具有高度保守性、组织发育阶段特异性,且较线性RNA更稳定,可发挥基因表观调控、细胞通信、蛋白质翻译等多种生物功能。近来研究表明,在抑郁症模型动物研究中,circRNA能够影响星形胶质细胞、小胶质细胞的激活和功能,与神经元发育、突触生长以及神经生长因子表达水平等有关。在临床研究中,circRNA有助于抑郁症的诊断及疗效评估。本文就circRNA的生物学特征和功能及其在抑郁症研究中的进展进行综述。 展开更多

关键词 环状rna(circrna) 抑郁症 生物标记物 诊断 疗效评估

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香猪3种组织环状RNA的表达及其功能分析 被引量：2

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作者 张晓 冉雪琴 +2 位作者 牛熙 黄世会 王嘉福 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2020年第12期3870-3881,共12页

本研究旨在探索环状RNA(circular RNA,circRNA)在香猪皮肤、皮下脂肪及背最长肌的表达及其潜在功能。本研究采用RNA-Seq技术和生物信息学方法,分析香猪皮肤、皮下脂肪及背最长肌circRNA的表达,对3种组织特有circRNA亲本基因进行GO和KEG... 本研究旨在探索环状RNA(circular RNA,circRNA)在香猪皮肤、皮下脂肪及背最长肌的表达及其潜在功能。本研究采用RNA-Seq技术和生物信息学方法,分析香猪皮肤、皮下脂肪及背最长肌circRNA的表达,对3种组织特有circRNA亲本基因进行GO和KEGG富集分析,对样品组织结构功能相关亲本基因中circRNA结合的靶miRNA进行预测。从香猪3种组织表达谱中共鉴定出6483个circRNAs,皮肤、皮下脂肪及背最长肌分别鉴定出4575、5180、5219个circRNAs,其中特异性表达的分别有83、234、586个;circRNAs在染色体上分布广泛,主要来源于外显子,少数来源于内含子和基因间隔区;多数circRNAs表达量较低;皮肤特有circRNAs的亲本基因主要参与蛋白水解、RNA转运、缝隙连接等过程,其中NF1、MAPK1等亲本基因与皮肤性疾病相关,可能以circRNAs的形式发挥作用,其中亲本基因MAPK1中的circRNA(circ-MAPK1)可结合miR-18a、miR-132、miR-411等,可能参与调控胶原蛋白的形成;皮下脂肪特有circRNAs的亲本基因富集于脂肪细胞生长、发育及癌症等信号通路,ABHD5、PTPN11等亲本基因与脂肪代谢有关,circ-PTPN11结合的miR-103、miR-107、miR-199a-5p等参与调控脂肪细胞增殖、分化及脂质沉积;背最长肌特有的circRNAs亲本基因富集于癌症、感染、肌肉发育等过程,ROCK2、PPP1CC等基因与肌细胞分化及肌肉收缩相关,circ-PPP1CC结合的miR-339、miR-181a、miR-181b等参与调控肌细胞分化、增殖及生长。综上,本研究筛选出的circRNAs及其结合的miRNAs可能参与皮肤胶原蛋白形成、脂肪沉积、肌细胞分化成熟等生物学过程。 展开更多

关键词 香猪 环状rna(circrna) 皮肤 皮下脂肪 背最长肌

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沉默环状RNA_胚胎致死异常视觉样蛋白2(circELAVL2)抑制小鼠睾丸TM4支持细胞增殖并促进其凋亡

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作者 史圣甲 季兴哲 +1 位作者 孙建华 张洲 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第11期1005-1010,共6页

目的观测沉默环状RNA_胚胎致死异常视觉样蛋白2(circELAVL2)对小鼠睾丸TM4支持细胞增殖和凋亡的影响,并探索潜在机制。方法应用小干扰RNA技术沉默小鼠睾丸TM4细胞circELAVL2的表达,沉默circELAVL2后,采用CCK-8法和5-乙炔基-2′脱氧尿嘧... 目的观测沉默环状RNA_胚胎致死异常视觉样蛋白2(circELAVL2)对小鼠睾丸TM4支持细胞增殖和凋亡的影响,并探索潜在机制。方法应用小干扰RNA技术沉默小鼠睾丸TM4细胞circELAVL2的表达,沉默circELAVL2后,采用CCK-8法和5-乙炔基-2′脱氧尿嘧啶核苷染色评估TM4细胞增殖能力,流式细胞术和脱氧核糖核苷酸末端转移酶介导的缺口末端标记法(TUNEL)检测TM4细胞的凋亡。生物信息学方法预测微小RNA-382-3p(miR-382-3p)与circELAVL2的结合位点,荧光素酶报告实验检测circELAVL2与miR-382-3p的结合能力。实时定量PCR检测circEALVL2和miR-382-3p表达水平。结果沉默circELAVL2的表达后,TM4细胞增殖速度和EdU阳性细胞比例降低,凋亡细胞比例增加。机制研究结果显示circELAVL2可结合并下调miR-382-3p表达。结论circELAVL2可通过结合并抑制miR-382-3p表达促进小鼠TM4支持细胞增殖能力并抑制其凋亡。 展开更多

关键词 支持细胞 环状rna(circrna) 环状rna_胚胎致死异常视觉样蛋白2(circELAVL2) 微小rna(mirna) 细胞增殖 细胞凋亡

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人牙髓干细胞向成牙本质细胞分化中circRNAs差异表达的研究 被引量：1

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作者 肖婷婷 林诗晗 +6 位作者 柯志红 邱在玲 曾建钗 胡雪刚 林雪梅 邹璐宁 吕红兵 《实用口腔医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期706-710,共5页

目的:检测人牙髓干细胞(DPSCs)向成牙本质细胞分化过程中环状RNA(circRNA)的表达差异。方法:临床分离获取健康的牙髓组织,CD酶消化得到牙髓原代细胞,用鼠抗人STRO-1单克隆抗体孵育人牙髓细胞,用免疫磁珠分选出人DPSCs。用茜素红和碱性... 目的:检测人牙髓干细胞(DPSCs)向成牙本质细胞分化过程中环状RNA(circRNA)的表达差异。方法:临床分离获取健康的牙髓组织,CD酶消化得到牙髓原代细胞,用鼠抗人STRO-1单克隆抗体孵育人牙髓细胞,用免疫磁珠分选出人DPSCs。用茜素红和碱性磷酸酶试剂鉴定DPSCs分化能力;采用Arraystar基因芯片检测circRNAs在DPSCs成牙本质细胞诱导分化过程中的差异,并做生物信息学分析。结果:在成牙本质诱导的DPSCs组中,有42个circRNAs上调,101个circRNAs下调。GO注释显示差异表达的基因主要参与核转运,胆固醇代谢等生物学过程。Pathway注释显示其主要调节泛素介导的蛋白质水解、癌症途径以及甾体生物合成等途径,调控Wnt、PI3K-Akt和MAPK等多种信号通路。结论:差异表达的circRNAs可能影响DPSCs向成牙本质分化。 展开更多

关键词 牙髓干细胞(DPSCs) 环状rna(circrna) 基因功能 成牙本质分化

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环状RNA在病毒与宿主相互作用中功能的研究进展 被引量：1

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作者 张玳宁 于秀华 +1 位作者 张舒 段铭 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第8期645-649,共5页

环状RNA(circular RNA,circRNA)是近些年才发现的一类具有独特闭合环状结构的非编码RNA,由前体mRNA反向剪接产生。近年来的研究表明circRNA具备多样化的生物学功能,例如吸附微小RNA、影响RNA线性剪接和作为翻译的模板等,其表达及功能异... 环状RNA(circular RNA,circRNA)是近些年才发现的一类具有独特闭合环状结构的非编码RNA,由前体mRNA反向剪接产生。近年来的研究表明circRNA具备多样化的生物学功能,例如吸附微小RNA、影响RNA线性剪接和作为翻译的模板等,其表达及功能异常与多种疾病的发生发展密切相关。本文在介绍circRNA的生物学属性和功能的基础之上,综述了病毒和宿主编码circRNA的表达与功能的研究进展,以期为理解病毒与宿主间复杂的相互作用提供新的视角。 展开更多

关键词 环状rna(circrna) 病毒 感染

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环状RNA与人类神经系统疾病 被引量：1

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作者 许飞 金磊 +2 位作者 聂志妍 陈林军 郑红 《生命科学研究》 CAS CSCD 2018年第6期496-502,共7页

环状RNA (circular RNA, circRNA)是通过非经典剪接方式将RNA的3′和5′端通过共价键相连而形成的一种环形非编码RNA。circRNA的主要功能之一是作为微RNA (microRNA, miRNA)的"分子海绵",通过抑制miRNA的功能参与神经系统疾... 环状RNA (circular RNA, circRNA)是通过非经典剪接方式将RNA的3′和5′端通过共价键相连而形成的一种环形非编码RNA。circRNA的主要功能之一是作为微RNA (microRNA, miRNA)的"分子海绵",通过抑制miRNA的功能参与神经系统疾病、肿瘤、肥胖以及炎症等多种人类疾病的调节。越来越多的研究表明,circRNA在人类疾病过程中起着非常重要的作用,甚至可以作为疾病早期诊断的生物标记物之一。在此,文章主要对circRNA的生物合成、特性和功能做简单概述,并着重对circRNA在神经系统疾病中的研究进展予以综述。 展开更多

关键词 环状rna(circrna) 非编码rna(ncrna) mirna分子海绵 神经系统疾病

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环状RNA(circRNA)及其在系统性红斑狼疮中的研究进展 被引量：1

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作者 尹志华 刘灿 +2 位作者 罗秀霞 邓燕群 叶志中 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期651-656,共6页

环状RNA(circRNA)是一类不具有5′端帽子和3′端多聚腺苷酸[poly(A)]尾结构,以共价键首尾相连的单链环状非编码RNA。我们总结了circRNA的特点、分类及生物学功能(如微小RNA海绵、与RNA结合蛋白相互作用、调节基因转录、翻译等),circRNA... 环状RNA(circRNA)是一类不具有5′端帽子和3′端多聚腺苷酸[poly(A)]尾结构,以共价键首尾相连的单链环状非编码RNA。我们总结了circRNA的特点、分类及生物学功能(如微小RNA海绵、与RNA结合蛋白相互作用、调节基因转录、翻译等),circRNA可作为系统性红斑狼疮(SLE)生物标志物,与狼疮肾炎的发生发展有关,其机制涉及固有免疫失调等,因此应加强circRNA参与SLE免疫紊乱和器官损伤的具体作用机制的研究,以期为SLE临床治疗提供理论支持。 展开更多

关键词 非编码rna 环状rna(circrna) 系统性红斑狼疮(SLE) 生物标志物 综述

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环状RNA hsa_circ_0017247高表达促进骨肉瘤细胞侵袭和迁移

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作者 张广峰 王兴存 朱立强 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期634-639,共6页

目的研究环状RNA hsa_circ_0017247在骨肉瘤细胞侵袭和迁移的作用。方法采用Fisher确切概率法分析其表达水平与骨肉瘤临床病理参数的相关性。采用实时定量PCR检测骨肉瘤与瘤旁组织,以及Saos-2细胞与hFOB1.19细胞中hsa_circ_0017247表达... 目的研究环状RNA hsa_circ_0017247在骨肉瘤细胞侵袭和迁移的作用。方法采用Fisher确切概率法分析其表达水平与骨肉瘤临床病理参数的相关性。采用实时定量PCR检测骨肉瘤与瘤旁组织,以及Saos-2细胞与hFOB1.19细胞中hsa_circ_0017247表达。通过小干涉RNA(siRNA)下调Saos-2细胞hsa_circ_0017247的表达,TranswellTM侵袭和迁移实验检测其侵袭和迁移能力的变化,实时定量PCR检测Saos-2细胞上皮钙黏素(E-cadherin)和神经钙黏素(N-cadherin)的mRNA水平,Western blot法检测E-cadherin和N-cadherin蛋白水平。结果与瘤旁组织相比,骨肉瘤组织中hsa_circ_0017247高表达。高表达hsa_circ_0017247的骨肉瘤具有更高的临床分期及转移率。Saos-2细胞中hsa_circ_0017247表达水平明显高于hFOB1.19细胞。转染siRNA后,Saos-2细胞内hsa_circ_0017247的表达明显下调,hsa_circ_0017247的低表达可抑制Saos-2细胞的侵袭和迁移。下调hsa_circ_0017247的表达可促进E-cadherin的表达,同时抑制N-cadherin的表达。结论hsa_circ_0017247高表达促进上皮间质转化进而促进骨肉瘤细胞的侵袭和迁移。 展开更多

关键词 骨肉瘤 环状rna(circrna) hsa_circ_0017247 细胞侵袭 细胞迁移

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