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青海省格尔木牦牛的母系遗传多样性及支系组成 被引量:6
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作者 白诗睿 马志杰 +5 位作者 李广祯 杨振菲 陈生梅 谢银禄 郭东风 陈立 《中国牛业科学》 2022年第2期33-38,共6页
[目的]从分子水平上探究青海省格尔木牦牛的母系遗传多样性、群体遗传结构及其遗传背景。[方法]对49头格尔木牦牛mtDNA D-loop区部分序列进行了测定,后使用DnaSP 5.10.01、Arlequin 3.11和MEGA 5.05等生物信息学软件确定其多态位点和单... [目的]从分子水平上探究青海省格尔木牦牛的母系遗传多样性、群体遗传结构及其遗传背景。[方法]对49头格尔木牦牛mtDNA D-loop区部分序列进行了测定,后使用DnaSP 5.10.01、Arlequin 3.11和MEGA 5.05等生物信息学软件确定其多态位点和单倍型数目,计算核苷酸多样度和单倍型多样度大小,并进行系统发育分析。[结果]在截取的618 bp格尔木牦牛D-loop区分析序列中,排除1处插入(缺失)后共检测到45处多态位点,包括10处单一多态位点和35处简约信息位点;根据序列间核苷酸变异共确定了18种单倍型,其中单倍型H4为优势单倍型,核苷酸多样度为0.015±0.008,单倍型多样度为0.911±0.022。与野牦牛及大通、天祝、金川等其他家牦牛品种相比,格尔木牦牛群体单倍型多样度和核苷酸多样度值均较高,表明该群体具有丰富的母系遗传多样性。以美洲野牛为外群,邻接法(即NJ法)构建的系统发育树结果显示:格尔木牦牛群体18种单倍型分布在A、B、C、D和G 5种单倍型组中,且聚为3个大的分支,提示格尔木牦牛由3个母系支系组成,拥有3个母系起源。[结论]格尔木牦牛群体具有丰富的母系遗传多样性,由3个母系支系组成,推测其有3个母系起源。 展开更多
关键词 格尔木牦牛 MTDNA D-LOOP区 母系遗传多样性 支系组成
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建昌马mtDNA D-loop区遗传多样性及系统进化分析 被引量:6
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作者 周凡莉 黄卫平 +4 位作者 金素钰 杨世忠 黄林 饶开晴 郑玉才 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2020年第1期63-73,共11页
试验旨在以线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)为切入点,研究建昌马的母系遗传多样性与系统进化。从建昌马(n=39)血液中提取基因组DNA,用PCR方法扩增mtDNA D-loop区并直接测序,分析其高变区247 bp序列信息,统计mtDNA D-loop区的单倍型... 试验旨在以线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)为切入点,研究建昌马的母系遗传多样性与系统进化。从建昌马(n=39)血液中提取基因组DNA,用PCR方法扩增mtDNA D-loop区并直接测序,分析其高变区247 bp序列信息,统计mtDNA D-loop区的单倍型及变异位点,计算单倍型多样性(haplotype diversity,Hd)、核苷酸多样性(nucleotide diversity,Pi)和平均核苷酸变异数(average number of nucleotide differences,K)。构建包括建昌马在内的19个品种马的NJ系统进化树,计算各品种间的遗传距离。结果显示,试验获得了清晰的PCR扩增产物,并通过直接测序方法获得了约1200 bp的序列。39匹建昌马mtDNA D-loop区247 bp序列(其中1个样品缺失1 bp)的AT碱基含量为61.45%,属AT碱基对富集区,检测到33个多态性位点,共显示26种单倍型,其中4种为共享单倍型,且Hap7和Hap1为优势单倍型,单倍型多样性为0.947,核苷酸多样性为0.02399,平均核苷酸变异数为5.901,显示丰富的母系遗传多样性;NJ系统进化树显示,建昌马分布在A、C、D、E、F、G共6个支系中,约50%的样品分布在A支系,显示出复杂的母系起源;建昌马与关中马的遗传距离最小(0.021),其次是三河马、文山马、韩国车巨马(0.024),与韩国济州岛马遗传距离最大(0.032)。本研究结果表明,建昌马的mtDNA D-loop高变区遗传多样性丰富,具有多个母系起源,且A支系占有明显优势,与关中马、文山马可能有共同的母系起源。 展开更多
关键词 建昌马 mtDNA D-LOOP 母系遗传多样性 系统进化
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青海省祁连牦牛的母系遗传多样性及群体遗传结构分析 被引量:3
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作者 杨振菲 马志杰 +4 位作者 陈生梅 白诗睿 李广祯 李文浩 李剑 《青海畜牧兽医杂志》 2022年第1期1-6,共6页
为明确青海省祁连牦牛的母系遗传多样性水平、群体遗传结构组成及母系遗传背景,本研究对33头祁连牦牛的线粒体DNA(mtDNA)D-loop区序列进行测定,结合Genbank中已报道的22条祁连牦牛D-loop区序列,用BioEdit7.2.5、Arlequin3.11和Mega5等... 为明确青海省祁连牦牛的母系遗传多样性水平、群体遗传结构组成及母系遗传背景,本研究对33头祁连牦牛的线粒体DNA(mtDNA)D-loop区序列进行测定,结合Genbank中已报道的22条祁连牦牛D-loop区序列,用BioEdit7.2.5、Arlequin3.11和Mega5等生物信息学软件对共计55条序列进行综合分析,探究其母系遗传多样性、群体遗传结构及系统发育关系。结果表明:在祁连牦牛mtDNA D-loop区692bp序列比对分析中,排除2处插入/缺失后共发现33处多态位点,其中单一多态位点3处、简约信息位点30处;共确定了17种单倍型,其中单倍型H2由19个个体共享,为优势单倍型;计算得到祁连牦牛群体的单倍型多样度为0.850±0.037,核苷酸多样度为0.016±0.008。与野牦牛及大通、青海高原、天祝等其他家牦牛品种相比,祁连牦牛群体单倍型多样度和核苷酸多样度值均较低,表明该群体的母系遗传变异较低,具有较低的母系遗传多样性。系统发育分析表明祁连牦牛的17种单倍型分属于5种单倍型组(即A、B、C、D和E),可分为2个大的母系支系(即支系Ⅰ和支系Ⅱ),推测其有2个母系起源。 展开更多
关键词 祁连牦牛 mtDNAD-loop区 母系遗传多样性 群体结构 母系起源
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青海省3个牦牛群体母系遗传多样性、分化及系统发育分析 被引量:4
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作者 白诗睿 马志杰 +3 位作者 梅萨 陈生梅 陈付菊 郭卫兴 《四川农业大学学报》 CSCD 北大核心 2022年第5期664-669,共6页
【目的】从分子水平上探究青海省果洛藏族自治州3个牦牛群体(即达日、玛沁和岗龙群体)的母系遗传多样性水平、分化状况、聚类关系及其遗传背景。【方法】对33头岗龙牦牛线粒体DNA(mtDNA)D-loop区序列进行了测定,后从GenBank中下载了已... 【目的】从分子水平上探究青海省果洛藏族自治州3个牦牛群体(即达日、玛沁和岗龙群体)的母系遗传多样性水平、分化状况、聚类关系及其遗传背景。【方法】对33头岗龙牦牛线粒体DNA(mtDNA)D-loop区序列进行了测定,后从GenBank中下载了已报道的37条达日牦牛和32条玛沁牦牛的相应序列,对共计102条mtDNA D-loop序列进行综合分析。【结果】根据638 bp D-loop区分析序列间核苷酸变异共确定了32种单倍型,其中达日、玛沁和岗龙牦牛群体分别拥有特有单倍型8、6和8种。3个牦牛群体总的单倍型多样度和核苷酸多样度为0.921±0.014和0.020±0.010,其中岗龙牦牛的单倍型多样度最高(0.951±0.019),达日牦牛的单倍型多样度居中(0.901±0.034),而玛沁牦牛的单倍型多样度最低(0.887±0.033)。岗龙牦牛与达日牦牛(F_(st)=0.118;N_(m)=1.869)、玛沁牦牛(F_(st)=0.129;N_(m)=1.688)群体间均呈中等遗传分化水平,基因交流贫乏,而达日牦牛和玛沁牦牛间(F_(st)=0.021;N_(m)=11.655)分化程度很弱,基因交流相对频繁。达日牦牛与玛沁牦牛最先聚为一类,后与岗龙牦牛再聚为一类。3个牦牛群体均由2个母系遗传分支组成,推测各群体均有2个母系起源。【结论】青海省果洛藏族自治州3个牦牛群体均拥有特有的母系遗传信息,岗龙、达日牦牛群体相比玛沁牦牛具有更丰富的母系遗传多样性;岗龙牦牛与达日、玛沁牦牛群体间遗传分化程度较高,而达日牦牛和玛沁牦牛间分化水平较低;各群体均由2个母系遗传分支组成,推测其均有2个母系起源。 展开更多
关键词 牦牛 mtDNA D-loop区 母系遗传多样性 分化 系统发育
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