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结核分枝杆菌膜囊泡RNA表达谱分析及功能研究
1
作者 吕翎娜 刘秋月 《中国医学前沿杂志（电子版）》 CSCD 北大核心 2024年第3期28-33,I0002,共7页
目的 描绘结核分枝杆菌膜囊泡(mycobacterium tuberculosis membrane vesicles,MVs)的RNA特征表达谱,分析其主要的生物功能,初步探索其诱导巨噬细胞凋亡的作用。方法 分离结核分枝杆菌MVs,提取总RNA,采用illumina Hiseq 2500-SE50平台... 目的 描绘结核分枝杆菌膜囊泡(mycobacterium tuberculosis membrane vesicles,MVs)的RNA特征表达谱,分析其主要的生物功能,初步探索其诱导巨噬细胞凋亡的作用。方法 分离结核分枝杆菌MVs,提取总RNA,采用illumina Hiseq 2500-SE50平台进行双端测序。使用BWA软件进行序列比对,通过COG数据库对基因进行功能注释。通过MTT试验检测细胞存活率,采用Annexin-V联合PI染色法检测细胞凋亡。结果 本研究通过RNA测序及生物信息学分析描绘了结核分枝杆菌MVs中RNA的种类及含量,COG数据库功能注释结果显示这些RNA主要富集的生物学功能包括脂质转运代谢、氨基酸转运代谢、能量产生与转化、次级代谢物合成转运与代谢和转录等。生物分析显示富集的主要功能包括脂质转运代谢、氨基酸转运代谢、能量产生与转化、次级代谢物合成转运与代谢和转录等。功能实验表明,结核分枝杆菌MVs可以降低THP-1源巨噬细胞的存活率,促进细胞凋亡。结论 结核分枝杆菌MVs中含有丰富的短片段RNA,具有诱发细胞凋亡的作用。然而其具体作用机制仍需要更深入细致的研究。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 膜囊泡 核糖核酸测序 细胞凋亡
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基于核糖核酸测序探讨马尔尼菲篮状菌感染致小鼠脑皮层损伤的机制
2
作者 韦雪芹 袁宗祥 +8 位作者 张君涵 李炫蓉 韦吴迪 蒋俊俊 王凤仪 莫初叶 康旖雯 梁浩 叶力 《广西医学》 CAS 2023年第3期289-295,共7页
目的应用核糖核酸测序(RNA-seq)技术探讨马尔尼菲篮状菌(TM)致小鼠脑皮层损伤的可能机制。方法(1)将10只C57/BL6小鼠随机分为TM感染组和健康对照组(5只/组)后,分别经尾静脉注射TM分生孢子悬液、生理盐水。将BV2细胞和N2a细胞均随机分为T... 目的应用核糖核酸测序(RNA-seq)技术探讨马尔尼菲篮状菌(TM)致小鼠脑皮层损伤的可能机制。方法(1)将10只C57/BL6小鼠随机分为TM感染组和健康对照组(5只/组)后,分别经尾静脉注射TM分生孢子悬液、生理盐水。将BV2细胞和N2a细胞均随机分为TM感染组和空白对照组,TM感染组加入TM分生孢子悬液,空白对照组加入等量培养液。(2)建模成功后,取小鼠脑皮层组织进行RNA-seq后分析差异表达基因(DEGs);采用R 4.1.2软件对DEGs进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析和基因本体论(GO)功能富集分析等。取两组小鼠脑皮层组织及两组BV2细胞、N2a细胞,采用实时荧光定量PCR对富集通路相关DEGs、促炎因子进行体内体外验证。结果(1)共获得871个DEGs,其中上调基因373个、下调基因498个。KEGG通路富集分析结果显示,显著性最大的通路为氧化磷酸化通路(Q=9.60×10^(-3)),基因数目比例最大的通路为神经退行性病变-多种疾病通路;GO功能富集分析结果显示,DEGs主要涉及细胞因子产生的正向调节、突触组织等生物学过程和组织。(2)体内体外验证结果表明,与对应对照组相比,TM感染组小鼠脑皮层组织和N2a细胞中Atp4a、Abcg3的mRNA表达水平均上调,Med8 mRNA表达水平下调,N2a细胞中Ifi47、AA388235的mRNA表达水平上调(均P<0.05),TM感染组小鼠脑皮层组织及BV2细胞中白细胞介素6、白细胞介素1β和肿瘤坏死因子α的mRNA表达水平均上调(均P<0.05),均与RNA-seq结果一致。结论TM感染可能通过直接改变神经元细胞糖代谢,或间接激活小胶质细胞炎症反应,从而导致脑皮层损伤。 展开更多
关键词 马尔尼菲篮状菌 脑皮层损伤 核糖核酸测序 氧化磷酸化 炎症反应 小鼠 细胞实验
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肝脏特异性Ⅰ型11β-羟基类固醇脱氢酶转基因小鼠肝脏核糖核酸测序差异表达基因分析研究 被引量：2
3
作者 胡蒙亮 任航江 +3 位作者 韩亭亭 满永 黎健 李国平 《心肺血管病杂志》 2019年第7期781-787,共7页
目的:本研究通过对肝脏特异性Ⅰ型11β-羟基类固醇脱氢酶(11β-HSD1)转基因小鼠进行表型分析,并对其肝脏组织进行RNA测序(RNA-seq),获得长链非编码RNA(lncRNA)和信使RNA(mRNA)表达谱,重点分析与脂质代谢相关的mRNA和lncRNA的差异表达基... 目的:本研究通过对肝脏特异性Ⅰ型11β-羟基类固醇脱氢酶(11β-HSD1)转基因小鼠进行表型分析,并对其肝脏组织进行RNA测序(RNA-seq),获得长链非编码RNA(lncRNA)和信使RNA(mRNA)表达谱,重点分析与脂质代谢相关的mRNA和lncRNA的差异表达基因。方法:构建肝脏特异性11β-HSD1转基因小鼠;收集野生型和肝脏特异性11β-HSD1转基因小鼠的肝脏组织;油红O染色观察肝脏组织脂质蓄积情况;酶法测定肝脏组织三酰甘油含量;利用蛋白免疫印迹检测脂代谢相关蛋白表达情况;提取两组小鼠肝脏RNA,通过RNA-seq构建mRNA和lncRNA差异表达谱;通过GO和KEGG PATHWAY分析对差异表达的基因进行生物学过程的富集和脂质代谢通路的分析,筛选出与脂代谢相关的差异显著的mRNA和lncRNA;通过实时荧光定量PCR验证肝脏组织中部分差异显著的与脂代谢相关的基因表达水平。结果:肝脏特异性11β-HSD1转基因小鼠相比野生型小鼠,肝脏高度表达11β-HSD1蛋白,模型构建成功。与野生型小鼠相比,肝脏特异性11β-HSD1转基因小鼠肝脏脂质蓄积,脂质合成通路激活。RNA-seq测序显示,两组样本中有323条差异表达的lncRNA和825条差异表达的mRNA。其中123条lncRNA表达上调,200条lncRNA表达下调;表达上调和下调的mRNA数目分别为376和449。进一步对其进行GO富集分析,结果显示差异表达的RNA主要参与脂质代谢、脂质生物合成和脂肪酸代谢等生物学过程。实时荧光定量PCR验证部分基因表达水平的结果与RNA-seq测序一致。结论:本研究获取了全面的肝脏特异性11β-HSD1转基因小鼠转录组信息,加深了对肝脏特异性11β-HSD1转基因小鼠肝脏脂质蓄积的理解,为脂肪肝的防治提供理论依据。 展开更多
关键词 Ⅰ型11β-羟基类固醇脱氢酶 核糖核酸测序 信使核糖核酸 长链非编码核糖核酸 非酒精性脂肪肝
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基于RNA-Seq技术分析非致病细胞病变BVDV感染牛单核细胞对NF-κB信号通路的影响 被引量：1
4
作者 何延华 马旭升 +4 位作者 钟发刚 黄新 张云峰 赵新霞 陈创夫 《动物医学进展》 北大核心 2020年第2期39-46,共8页
非致细胞病变(NCP)牛病毒性腹泻病毒(BVDV)可引起持续的潜伏感染和免疫抑制,但是具体的感染机制尚不清楚。采用RNA测序(RNA-seq)技术,以NCP BVDV感染牛单核细胞2h和24h的细胞为样本分别提取总RNA,并采用HiSeqTM2500高通量测序技术进行... 非致细胞病变(NCP)牛病毒性腹泻病毒(BVDV)可引起持续的潜伏感染和免疫抑制,但是具体的感染机制尚不清楚。采用RNA测序(RNA-seq)技术,以NCP BVDV感染牛单核细胞2h和24h的细胞为样本分别提取总RNA,并采用HiSeqTM2500高通量测序技术进行转录组测序,对获得的有效序列进行功能注释及相关生物信息学分析。结果显示,在感染2h后,筛选出差异表达基因9959个,其中4968基因表达上调;在感染24h后,筛选出差异表达基因7977个,其中4184的基因表达上调;进一步分析NF-κB信号通路的变化,结果显示,在感染后2h,与免疫反应或抗病毒活性相关的基因表达显著增加,到感染24h表达水平显著下降。变化显著的基因均与炎症、免疫、自噬和凋亡密切相关。研究建立的牛外周血单核细胞感染BVDV后差异表达基因数据库,丰富了BVDV与宿主之间的相互关系,为BVDV持续感染机制的研究奠定基础。 展开更多
关键词 牛病毒性腹泻病毒 牛单核细胞 核糖核酸测序 核转录因子-κB信号通路
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基于多源域适应的单细胞智能分类
5
作者 魏琢艺 罗迈 +3 位作者 李文兵 曾远松 余伟江 杨跃东 《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期48-55,共8页
单细胞核糖核酸(RNA)测序技术被成功应用于产生人体组织和器官的高分辨率细胞图谱,这加深了研究者们对人类疾病组织中细胞异质性的理解。细胞注释是单细胞RNA测序数据分析中非常关键的一步,许多典型的模型利用一个有标签的单细胞参考数... 单细胞核糖核酸(RNA)测序技术被成功应用于产生人体组织和器官的高分辨率细胞图谱,这加深了研究者们对人类疾病组织中细胞异质性的理解。细胞注释是单细胞RNA测序数据分析中非常关键的一步,许多典型的模型利用一个有标签的单细胞参考数据集去注释目标数据集,但目标数据集中部分细胞类型可能不在参考数据集中。整合多个参考数据集可以更好地覆盖目标数据集中的细胞类型,然而多个参考数据集和目标数据集之间存在因测序技术差异等原因造成的批次效应。为此,提出一种基于多源域适应的单细胞分类模型,利用多个已标注细胞类型的参考数据集分别与未标注细胞类型的目标数据集进行对抗训练,消除了批次效应。采用虚拟对抗训练,进一步提升模型预测结果对数据点周围局部微小扰动或噪声的鲁棒性,防止过拟合。在多个单细胞数据集上的实验结果表明,该模型比目前主流模型的细胞识别精度至少提升了5个百分点,为新测序的单细胞身份鉴定提供了新的选择和参考。 展开更多
关键词 单细胞核糖核酸测序 单细胞分类 多源域适应 对抗训练 深度学习
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蛇龙珠卷叶病毒病原鉴定和对果实品质的影响 被引量：4
6
作者 刘万好 于素珍 +5 位作者 肖慧琳 郑秋玲 宋建强 宋志忠 宫磊 唐美玲 《中国酿造》 CAS 北大核心 2020年第11期187-191,共5页
以烟台蓬莱的蛇龙珠为试验材料,研究叶片反卷变红对果实品质的影响,同时利用小核糖核酸(sRNA)测序鉴定卷叶病毒病原种类。结果表明,叶片反卷变红症状的蛇龙珠成熟果实中还原糖、总酚和花色苷含量显著减少,含酸量增加。通过sRNA测序鉴定... 以烟台蓬莱的蛇龙珠为试验材料,研究叶片反卷变红对果实品质的影响,同时利用小核糖核酸(sRNA)测序鉴定卷叶病毒病原种类。结果表明,叶片反卷变红症状的蛇龙珠成熟果实中还原糖、总酚和花色苷含量显著减少,含酸量增加。通过sRNA测序鉴定出叶片反卷的蛇龙珠携带有7种已知病毒和4种类病毒,比起常规反转录-聚合酶链反应(RT-PCR),其检测结果更精确,不仅确定了病毒种类,还确定了类病毒种类,以及未知的病毒。 展开更多
关键词 蛇龙珠 葡萄卷叶病 病毒 果实品质 小核糖核酸测序
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瘢痕疙瘩人亚甲基四氢叶酸还原酶基因677及1298位点的突变 被引量：3
7
作者 张刚 叶永生 +2 位作者 罗少军 汤少明 梁杰 《中华医学美学美容杂志》 2008年第3期163-166,共4页
目的探讨瘢痕疙瘩人亚甲基四氢叶酸还原酶（methylenetetrahydrofolate reductase，MTHFR）基因677及1298位点的突变，以及对瘢痕疙瘩形成的作用。方法收集瘢痕疙瘩标本20例，设患者自身静脉血标本为正常对照，提取基因组DNA，PCR扩增MT... 目的探讨瘢痕疙瘩人亚甲基四氢叶酸还原酶（methylenetetrahydrofolate reductase，MTHFR）基因677及1298位点的突变，以及对瘢痕疙瘩形成的作用。方法收集瘢痕疙瘩标本20例，设患者自身静脉血标本为正常对照，提取基因组DNA，PCR扩增MTHFR基因677及1298位点片段，DNA测序，将测序结果与人类基因库（GenBank）比较。结果20例瘢痕疙瘩标本中有17例被检测出677位点基因突变，突变率为85．0％（17／20），有13例被检测出1298位点基因突变，突变率为65．0％（13／20）。突变类型主要为点突变、插入、缺失，为多位点、多类型，呈多态性。正常对照静脉血标本中均未检出突变。结论MTHFR基因677及1298位点突变与瘢痕疙瘩的发生有关。 展开更多
关键词 瘢痕疙瘩 去氧核糖核酸测序 基因 突变
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单细胞核糖核酸测序技术在艾滋病免疫致病机理研究中的应用
8
作者 文波 张纪元 +3 位作者 何云 王辉 何清 王福生 《中国艾滋病性病》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期976-980,共5页
单细胞核糖核酸(RNA)测序是全面研究免疫细胞及其功能的高效技术平台,近年获得了快速的发展。本文就该技术近期在艾滋病免疫学方面的重点研究进展进行综述:主要包括对艾滋病病毒(HIV)感染的CD4^+T淋巴细胞和HIV感染后的潜伏细胞及其特... 单细胞核糖核酸(RNA)测序是全面研究免疫细胞及其功能的高效技术平台,近年获得了快速的发展。本文就该技术近期在艾滋病免疫学方面的重点研究进展进行综述:主要包括对艾滋病病毒(HIV)感染的CD4^+T淋巴细胞和HIV感染后的潜伏细胞及其特征和相关机制的研究;此外,还有对精英控制病人淋巴组织内的CD8^+T淋巴细胞以及树突状细胞的分析研究,发现了与HIV的有效控制密切相关的细胞亚群和转录特征;同时还讨论了下一步研究重点和方向。 展开更多
关键词 单细胞核糖核酸测序 艾滋病病毒 潜伏储存库 精英控制病人
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肾综合征出血热患者血浆cf-DNA特征及其深度测序分析
9
作者 孙艺祯 张圆 +5 位作者 马樱 张宇丝 易静 李琦 庄然 金伯泉 《科学技术与工程》 北大核心 2016年第7期151-155,161,共6页
探讨肾综合征出血热（HFRS）患者血浆cf-DNA含量与不同病情、病期等指标的相关性,定性分析游离DNA（cf-DNA）的来源与特征。收集了47例HFRS不同病情患者不同病程的128份血浆标本,以及20例健康志愿者的20份血浆标本。定量分析血浆总cf-DN... 探讨肾综合征出血热（HFRS）患者血浆cf-DNA含量与不同病情、病期等指标的相关性,定性分析游离DNA（cf-DNA）的来源与特征。收集了47例HFRS不同病情患者不同病程的128份血浆标本,以及20例健康志愿者的20份血浆标本。定量分析血浆总cf-DNA水平,提取纯化cf-DNA后进行定性分析,对其中9份HFRS患者血浆标本进行DNA高通量测序和生物信息学分析。统计学分析各参数指标间相关性。健康人血浆cf-DNA水平中位数为919.0 ng/m L,HFRS患者血浆cf-DNA含量明显增高,随着病程进展呈现动态变化的规律。轻型/中型患者与重型/危重型患者有着明显不同的分布格局：发热期cf-DNA水平即明显高于健康对照,在低血压休克期达到峰值,然后逐步下降,至多尿期与健康对照无显著性差异;急性期重型/危重型患者cf-DNA平均水平显著高于同期轻型/中型患者水平（p〈0.001）。健康人cf-DNA多为高分子量大片段DNA,而患者血浆cf-DNA高度富集于150-200 bp区域,显示为凋亡片段;血浆cf-DNA片段读长（reads）均匀分布于人类基因组的各条染色体,分布频度与染色体长度高度正相关（p〈0.001）,且与HTNV病毒基因组无同源性。HFRS患者,急性期血浆cf-DNA即明显升高,并且随病程进展的不同分期与病情分型,呈现出动态变化的规律。HFRS患者血浆cf-DNA主要来源于疾病状态下,机体细胞发生凋亡后产生的基因组和线粒体DNA断裂片段,不包含HTNV病毒基因组成分。 展开更多
关键词 游离脱氧核糖核酸 肾综合征出血热 汉滩病毒 胱氧核糖核酸测序
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西南区域核心地区中老年男性自然人群饮酒量与口腔菌群关系初探
10
作者 吴鲲鹏 赵洵颖 +7 位作者 刘齐 周婷慧 张维 杨帆 赵星 胡秀英 赵会玲 左浩江 《华西医学》 CAS 2021年第2期230-237,共8页
目的分析西南区域核心地区中老年男性自然人群饮酒量对口腔菌群的影响,探寻超量饮酒相关菌群与饮酒相关癌症的关系。方法2018年3月-6月,采集目标人群唾液样本进行16S核糖体RNA基因测序,并进行以饮酒史为目标变量的问卷调查。根据饮酒量... 目的分析西南区域核心地区中老年男性自然人群饮酒量对口腔菌群的影响,探寻超量饮酒相关菌群与饮酒相关癌症的关系。方法2018年3月-6月,采集目标人群唾液样本进行16S核糖体RNA基因测序,并进行以饮酒史为目标变量的问卷调查。根据饮酒量将受试者分为不饮酒组、适量饮酒组、超量饮酒组,进行菌群α多样性分析、组间菌群丰富度差异分析、菌群功能预测、受试者操作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线模型预测等分析。结果共纳入59例调查对象,其中不饮酒组23例(39.0%),适量饮酒组23例(39.0%),超量饮酒组13例(22.0%);平均年龄为(61.90±8.85)岁。超量饮酒可提高口腔菌群丰富度(P<0.05),改变消化链球菌(Peptostreptococcus)、TM7门[G-6]菌(TM7_[G-6])等特定菌属丰度(P<0.05),调节癌症相关通路(P<0.05)。ROC曲线分析发现TM7_[G-6]等3种菌属可有效区分不饮酒组与超量饮酒组(曲线下面积=0.915)。结论消化链球菌(Peptostreptococcus)、TM7门[G-6]菌(TM7_[G-6])菌属为西南区域核心地区中老年男性自然人群潜在超量饮酒标志物菌群,超量饮酒相关菌群与口腔癌关系密切。 展开更多
关键词 中老年男性 口腔菌群 16S核糖体核糖核酸基因测序 超量饮酒标志物 消化链球菌
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