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基于RNA-Seq数据筛选的小桐子抗冷相关基因的表达模式及其聚类分析
被引量:
10
1
作者
王海波
邹竹荣
龚明
《基因组学与应用生物学》
CSCD
北大核心
2014年第6期1196-1205,共10页
能源树种小桐子属冷敏植物,受低温胁迫影响涉及到形态、生理、生化、基因表达及调控等多个方面。我们最近通过RNA-Seq技术获得了小桐子低温锻炼转录组(45 251条Unigene)及其数字基因表达谱数据,发现在12℃低温锻炼下有4 185个基因表达...
能源树种小桐子属冷敏植物,受低温胁迫影响涉及到形态、生理、生化、基因表达及调控等多个方面。我们最近通过RNA-Seq技术获得了小桐子低温锻炼转录组(45 251条Unigene)及其数字基因表达谱数据,发现在12℃低温锻炼下有4 185个基因表达量发生变化,其中在不同锻炼时间(12 h,24 h,48 h)内都发生变化的基因有553个。本工作从中选择了22个与对照相比有较大表达差异、新诱导的或被公认的抗冷相关基因,通过半定量RT-PCR及进一步聚类分析检测它们在小桐子不同组织及低温锻炼过程中的表达模式,结合其数字基因表达结果以期找出与小桐子抗冷性密切相关的潜在关键基因,为小桐子抗冷性的遗传改良打下基础。
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关键词
小桐子
RNA-SEQ
抗
冷
相关
基因
表达模式
聚类分析
原文传递
棉花幼苗对低温胁迫的响应及抗冷机制初步研究
被引量:
22
2
作者
王俊娟
王帅
+7 位作者
陆许可
阴祖军
王德龙
樊伟莉
穆敏
郭丽雪
叶武威
喻树迅
《棉花学报》
CSCD
北大核心
2017年第2期147-156,共10页
【目的】探讨棉花不同组织对低温胁迫的响应,初步探讨研究抗冷的生理生化和分子机制。【方法】测定了4个抗冷性差异显著的材料在低温处理后的生物量、抗氧化酶活力和可溶性蛋白含量,同时分析了抗冷相关基因在豫2067根、茎、叶的表达情...
【目的】探讨棉花不同组织对低温胁迫的响应,初步探讨研究抗冷的生理生化和分子机制。【方法】测定了4个抗冷性差异显著的材料在低温处理后的生物量、抗氧化酶活力和可溶性蛋白含量,同时分析了抗冷相关基因在豫2067根、茎、叶的表达情况。【结果】4℃低温处理24 h对冷敏感材料生长抑制最大,对根系生长的抑制大于地上部分;细胞膜透性测定结果表明,受低温胁迫后4个材料根系细胞膜能保持相对稳定的结构,而叶片细胞膜对低温胁迫敏感,抗冷材料叶片细胞膜稳定性大于冷敏感材料,低温胁迫后叶片细胞膜透性与棉花的抗冷性呈负相关,可以作为棉花抗冷性的鉴定指标;棉花在受到低温胁迫24 h后,抗冷材料根中SOD的活力基本不变,冷敏感材料根中SOD的活力却极显著下降,2个材料的根系中POD、CAT的活力均下降,但抗冷材料豫2067下降的幅度小于冷敏感材料,可溶性蛋白含量在抗冷材料叶茎中基本不变,在冷敏材料的叶片和茎中均下降。低温胁迫后5个与抗冷相关的基因在豫2067叶片中上调表达的多于下调表达的,上调表达的基因分别是脂肪酸脱氢酶基因、胁迫诱导蛋白基因、假定R2R3-MYB转录因子基因、b HLH1转录因子基因;在根中下调表达的多于上调表达的,下调的基因分别为b HLH1转录因子基因、胁迫诱导蛋白基因、伸展蛋白基因2,这与根系的生长受抑制的结果是一致的。【结论】推测这些抗冷相关基因在叶片中的上调表达与叶片生长受低温抑制程度低有一定的关系。
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关键词
棉花
低温胁迫
生物量
细胞膜透性
抗
氧化酶活性
抗
冷
相关
基因
表达
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职称材料
题名
基于RNA-Seq数据筛选的小桐子抗冷相关基因的表达模式及其聚类分析
被引量:
10
1
作者
王海波
邹竹荣
龚明
机构
云南师范大学生命科学学院
曲靖师范学院生物资源与环境科学学院
云南师范大学生命科学学院
出处
《基因组学与应用生物学》
CSCD
北大核心
2014年第6期1196-1205,共10页
基金
国家自然科学基金(31260064
31460059
+1 种基金
31460179)
云南省教育厅科研基金重大专项项目(ZD2010004)共同资助
文摘
能源树种小桐子属冷敏植物,受低温胁迫影响涉及到形态、生理、生化、基因表达及调控等多个方面。我们最近通过RNA-Seq技术获得了小桐子低温锻炼转录组(45 251条Unigene)及其数字基因表达谱数据,发现在12℃低温锻炼下有4 185个基因表达量发生变化,其中在不同锻炼时间(12 h,24 h,48 h)内都发生变化的基因有553个。本工作从中选择了22个与对照相比有较大表达差异、新诱导的或被公认的抗冷相关基因,通过半定量RT-PCR及进一步聚类分析检测它们在小桐子不同组织及低温锻炼过程中的表达模式,结合其数字基因表达结果以期找出与小桐子抗冷性密切相关的潜在关键基因,为小桐子抗冷性的遗传改良打下基础。
关键词
小桐子
RNA-SEQ
抗
冷
相关
基因
表达模式
聚类分析
Keywords
Jatropha curcas,RNA-Seq,Cold tolerance-associated gene,Expression pattern,Cluster analysis
分类号
S794.9 [农业科学—林木遗传育种]
原文传递
题名
棉花幼苗对低温胁迫的响应及抗冷机制初步研究
被引量:
22
2
作者
王俊娟
王帅
陆许可
阴祖军
王德龙
樊伟莉
穆敏
郭丽雪
叶武威
喻树迅
机构
中国农业科学院棉花研究所/棉花生物学国家重点实验室
出处
《棉花学报》
CSCD
北大核心
2017年第2期147-156,共10页
基金
国家重点研发计划"七大农作物育种"(2016YFD0100203)
文摘
【目的】探讨棉花不同组织对低温胁迫的响应,初步探讨研究抗冷的生理生化和分子机制。【方法】测定了4个抗冷性差异显著的材料在低温处理后的生物量、抗氧化酶活力和可溶性蛋白含量,同时分析了抗冷相关基因在豫2067根、茎、叶的表达情况。【结果】4℃低温处理24 h对冷敏感材料生长抑制最大,对根系生长的抑制大于地上部分;细胞膜透性测定结果表明,受低温胁迫后4个材料根系细胞膜能保持相对稳定的结构,而叶片细胞膜对低温胁迫敏感,抗冷材料叶片细胞膜稳定性大于冷敏感材料,低温胁迫后叶片细胞膜透性与棉花的抗冷性呈负相关,可以作为棉花抗冷性的鉴定指标;棉花在受到低温胁迫24 h后,抗冷材料根中SOD的活力基本不变,冷敏感材料根中SOD的活力却极显著下降,2个材料的根系中POD、CAT的活力均下降,但抗冷材料豫2067下降的幅度小于冷敏感材料,可溶性蛋白含量在抗冷材料叶茎中基本不变,在冷敏材料的叶片和茎中均下降。低温胁迫后5个与抗冷相关的基因在豫2067叶片中上调表达的多于下调表达的,上调表达的基因分别是脂肪酸脱氢酶基因、胁迫诱导蛋白基因、假定R2R3-MYB转录因子基因、b HLH1转录因子基因;在根中下调表达的多于上调表达的,下调的基因分别为b HLH1转录因子基因、胁迫诱导蛋白基因、伸展蛋白基因2,这与根系的生长受抑制的结果是一致的。【结论】推测这些抗冷相关基因在叶片中的上调表达与叶片生长受低温抑制程度低有一定的关系。
关键词
棉花
低温胁迫
生物量
细胞膜透性
抗
氧化酶活性
抗
冷
相关
基因
表达
Keywords
cotton
low temperature stress
biomass
cell member permeability
antioxidase activity
chilling resistance-relatedgene expression
分类号
S562 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于RNA-Seq数据筛选的小桐子抗冷相关基因的表达模式及其聚类分析
王海波
邹竹荣
龚明
《基因组学与应用生物学》
CSCD
北大核心
2014
10
原文传递
2
棉花幼苗对低温胁迫的响应及抗冷机制初步研究
王俊娟
王帅
陆许可
阴祖军
王德龙
樊伟莉
穆敏
郭丽雪
叶武威
喻树迅
《棉花学报》
CSCD
北大核心
2017
22
下载PDF
职称材料
已选择
0
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