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长爪栘[木衣]叶绿体基因组特征系统发育及密码子偏好性分析
被引量：
9
1
作者
李连星
彭劲谕
+1 位作者
王大玮
段安安
《生物工程学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第1期328-342,共15页
长爪栘[木衣](Docynia longiunguis Q. Luo&J. L. Liu)是我国特有的栘[木衣]属植物,具有较高的食药用价值。对其叶绿体基因组进行分析,有助于阐明栘[木衣]属内的系统发育关系,为长爪栘[木衣]资源的开发利用及进一步研究奠定基础。...
长爪栘[木衣](Docynia longiunguis Q. Luo&J. L. Liu)是我国特有的栘[木衣]属植物,具有较高的食药用价值。对其叶绿体基因组进行分析,有助于阐明栘[木衣]属内的系统发育关系,为长爪栘[木衣]资源的开发利用及进一步研究奠定基础。结合其近缘种云南栘[木衣]叶绿体基因组数据,在进行全序列比对后,对其系统发育、密码子偏好性等进行分析。长爪栘[木衣]叶绿体基因组序列总长为158914bp(GenBank登录号为MW367027),总GC含量为36.7%,其中大的单拷贝区(large single-copy, LSC)长度为87 020 bp,小的单拷贝区(small single-copy, SSC)长度为19 156 bp,反向重复区(inverted repeats, IRs)长度为26 369 bp。共注释了102个功能性基因,包括72个蛋白编码基因、26个编码tRNA基因和4个编码rRNA基因。构建系统发育树的最佳模型为TVM+F+R2。系统发育分析结果表明,长爪栘[木衣]与栘[木衣](Docynia indica (Wall.) Dcne.)聚为一支,栘[木衣]属物种与苹果属(Malus)聚为一支。对长爪栘[木衣]及近缘种叶绿体基因组序列进行比对分析,trnY (GUA)-psbD、ndhC-trnV (UAC)、accD-psaI、psbZ-trnFM (CAU)和ndhF-trnL等区域的变异较大,核酸多样性分析则表明有11处Pi值>0.01的高变区域,且都位于LSC区及SSC区。除长爪栘[木衣]外,其他序列中均有trnH基因位于IRs/LSC区交界处且都没有越过边界。密码子偏好分析显示,长爪栘[木衣]叶绿体基因中异亮氨酸的密码子编码数量最多,达到了1 205个。长爪栘[木衣]与山荆子(Malusbaccata(L.)Borkh.)、三叶海棠(Malussieboldii(Regel)Rehd.)、湖北海棠(Malus hupehensis (Pamp.) Rehd.)及木瓜(Chaenomeles sinensis (Thouin) Koehne)的亲缘关系最近;其叶绿体基因密码子更偏好于使用A/T结尾;长爪栘[木衣]叶绿体基因组与其他蔷薇科植物叶绿体基因组在4个边界区域基因分布显示出较大差异,与同属的云南栘[木衣]及栘[木衣]叶绿体基因组差异相对较小。长爪栘[�
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关键词
长爪栘[木衣]
栘[木衣]属
叶绿体基因组
系统发育
IR边界
分析
密码子
偏好
性
分析
原文传递
川芎转录组密码子使用偏好性分析
被引量：
6
2
作者
李慧娟
潘思皓
+5 位作者
杜函圳
孙静莹
刘蓄坚
谭艳
周嘉裕
廖海
《湖北农业科学》
2017年第18期3549-3553,共5页
为了解川芎(Ligusticum chuanxiong Hort.)阿魏酸生物合成相关基因的密码子使用偏好性特点,为运用基因工程技术实现阿魏酸的异源生物合成提供理论依据,对川芎转录组中共50 108条Unigenes使用Codon W、Cusp和Chips进行在线分析。结果表明...
为了解川芎(Ligusticum chuanxiong Hort.)阿魏酸生物合成相关基因的密码子使用偏好性特点,为运用基因工程技术实现阿魏酸的异源生物合成提供理论依据,对川芎转录组中共50 108条Unigenes使用Codon W、Cusp和Chips进行在线分析。结果表明,总GC含量为41.4%,有效密码子占总数的16.17%,最优密码子偏好以A/U结尾,表明川芎转录组Unigenes密码子偏好程度整体水平不高。比较分析了川芎转录组中阿魏酸生物合成相关基因(PAL、C4H、C3H与COMT)与不同模式生物的稀有密码子,表明与大肠杆菌基因组密码子使用频率差值较大的有4个,与酵母、烟草和拟南芥基因组差值较大的均有3个,这预示着川芎阿魏酸生物合成相关基因在酵母、烟草和拟南芥中的表达效率较高。
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关键词
川芎(Ligusticum
chuanxiong
Hort.)
阿魏酸
生物合成相关基因
密码子
偏好
性
分析
下载PDF
职称材料
题名
长爪栘[木衣]叶绿体基因组特征系统发育及密码子偏好性分析
被引量：
9
1
作者
李连星
彭劲谕
王大玮
段安安
机构
西南林业大学云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室
西南林业大学西南山地森林资源保育与利用教育部重点实验室
出处
《生物工程学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第1期328-342,共15页
基金
国家自然科学基金(32060350)。
文摘
长爪栘[木衣](Docynia longiunguis Q. Luo&J. L. Liu)是我国特有的栘[木衣]属植物,具有较高的食药用价值。对其叶绿体基因组进行分析,有助于阐明栘[木衣]属内的系统发育关系,为长爪栘[木衣]资源的开发利用及进一步研究奠定基础。结合其近缘种云南栘[木衣]叶绿体基因组数据,在进行全序列比对后,对其系统发育、密码子偏好性等进行分析。长爪栘[木衣]叶绿体基因组序列总长为158914bp(GenBank登录号为MW367027),总GC含量为36.7%,其中大的单拷贝区(large single-copy, LSC)长度为87 020 bp,小的单拷贝区(small single-copy, SSC)长度为19 156 bp,反向重复区(inverted repeats, IRs)长度为26 369 bp。共注释了102个功能性基因,包括72个蛋白编码基因、26个编码tRNA基因和4个编码rRNA基因。构建系统发育树的最佳模型为TVM+F+R2。系统发育分析结果表明,长爪栘[木衣]与栘[木衣](Docynia indica (Wall.) Dcne.)聚为一支,栘[木衣]属物种与苹果属(Malus)聚为一支。对长爪栘[木衣]及近缘种叶绿体基因组序列进行比对分析,trnY (GUA)-psbD、ndhC-trnV (UAC)、accD-psaI、psbZ-trnFM (CAU)和ndhF-trnL等区域的变异较大,核酸多样性分析则表明有11处Pi值>0.01的高变区域,且都位于LSC区及SSC区。除长爪栘[木衣]外,其他序列中均有trnH基因位于IRs/LSC区交界处且都没有越过边界。密码子偏好分析显示,长爪栘[木衣]叶绿体基因中异亮氨酸的密码子编码数量最多,达到了1 205个。长爪栘[木衣]与山荆子(Malusbaccata(L.)Borkh.)、三叶海棠(Malussieboldii(Regel)Rehd.)、湖北海棠(Malus hupehensis (Pamp.) Rehd.)及木瓜(Chaenomeles sinensis (Thouin) Koehne)的亲缘关系最近;其叶绿体基因密码子更偏好于使用A/T结尾;长爪栘[木衣]叶绿体基因组与其他蔷薇科植物叶绿体基因组在4个边界区域基因分布显示出较大差异,与同属的云南栘[木衣]及栘[木衣]叶绿体基因组差异相对较小。长爪栘[�
关键词
长爪栘[木衣]
栘[木衣]属
叶绿体基因组
系统发育
IR边界
分析
密码子
偏好
性
分析
Keywords
Docynia longiunguis
Docynia
chloroplast genome
phylogenetic analysis
IR boundary analysis
codon preference
分类号
Q943.2 [生物学—植物学]
原文传递
题名
川芎转录组密码子使用偏好性分析
被引量：
6
2
作者
李慧娟
潘思皓
杜函圳
孙静莹
刘蓄坚
谭艳
周嘉裕
廖海
机构
西南交通大学生命科学与工程学院
中国人民解放军成都军区总医院
出处
《湖北农业科学》
2017年第18期3549-3553,共5页
基金
国家自然科学基金项目(31500276)
四川省应用基础研究项目(2017JY0222)
+2 种基金
成都市科技技术研发项目(2015-HM01-00051-SF)
省级大学生创新创业训练计划资助项目(2016088)
中央高校基本科研业务费医学类专题研究项目(NO.2682016YXZT09)
文摘
为了解川芎(Ligusticum chuanxiong Hort.)阿魏酸生物合成相关基因的密码子使用偏好性特点,为运用基因工程技术实现阿魏酸的异源生物合成提供理论依据,对川芎转录组中共50 108条Unigenes使用Codon W、Cusp和Chips进行在线分析。结果表明,总GC含量为41.4%,有效密码子占总数的16.17%,最优密码子偏好以A/U结尾,表明川芎转录组Unigenes密码子偏好程度整体水平不高。比较分析了川芎转录组中阿魏酸生物合成相关基因(PAL、C4H、C3H与COMT)与不同模式生物的稀有密码子,表明与大肠杆菌基因组密码子使用频率差值较大的有4个,与酵母、烟草和拟南芥基因组差值较大的均有3个,这预示着川芎阿魏酸生物合成相关基因在酵母、烟草和拟南芥中的表达效率较高。
关键词
川芎(Ligusticum
chuanxiong
Hort.)
阿魏酸
生物合成相关基因
密码子
偏好
性
分析
Keywords
Ligusticum chuanxiong Hort.
ferulic acid
genes involved in biosynthesis
codon preference analysis
分类号
S567.239 [农业科学—中草药栽培]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
长爪栘[木衣]叶绿体基因组特征系统发育及密码子偏好性分析
李连星
彭劲谕
王大玮
段安安
《生物工程学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
9
原文传递
2
川芎转录组密码子使用偏好性分析
李慧娟
潘思皓
杜函圳
孙静莹
刘蓄坚
谭艳
周嘉裕
廖海
《湖北农业科学》
2017
6
下载PDF
职称材料
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