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由残基计算蛋白质的可及表面积 被引量:1
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作者 温元凯 戴亚 +1 位作者 孟庆涛 赵辉 《生物化学杂志》 CSCD 1989年第4期344-347,343,共5页
蛋白质的高级结构是由一级结构决定的,这就是说,蛋白质中氨基酸的排列顺序及其相互作用决定了蛋白质的结构和功能。本文从这一基本原则出发,分析并计算了氨基酸残基在折叠和非折叠状态下的暴露和埋藏,得到了一种计算蛋白质可及表面积的... 蛋白质的高级结构是由一级结构决定的,这就是说,蛋白质中氨基酸的排列顺序及其相互作用决定了蛋白质的结构和功能。本文从这一基本原则出发,分析并计算了氨基酸残基在折叠和非折叠状态下的暴露和埋藏,得到了一种计算蛋白质可及表面积的新方法。 展开更多
关键词 蛋白 氨基酸残基 表面积
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基于序列与结构特征结合的蛋白质与DNA绑定位点预测 被引量:1
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作者 杨骥 《计算机与现代化》 2016年第1期20-25,共6页
目前国内外对于DNA-蛋白质绑定位点预测的研究大多集中在仅以蛋白质序列信息或仅以蛋白质结构信息为基础进行计算,而二者结合所实现的预测效果较差。本文提出一种在蛋白质位置特异性得分矩阵序列特征的基础上,结合蛋白质残基的溶剂可及... 目前国内外对于DNA-蛋白质绑定位点预测的研究大多集中在仅以蛋白质序列信息或仅以蛋白质结构信息为基础进行计算,而二者结合所实现的预测效果较差。本文提出一种在蛋白质位置特异性得分矩阵序列特征的基础上,结合蛋白质残基的溶剂可及表面积、相对表面积、深度和突出指数这几个结合效果良好的结构特征的DNA与蛋白质绑定位点预测方法,并使用随机下采样方法解决训练集样本不平衡问题,最后使用支持向量机算法进行预测。实验结果表明,本文方法具有较好的预测能力。 展开更多
关键词 位置特异性得分矩阵 表面积 相对表面积 深度与突出指数 随机下采样 支持向量机
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应用集成神经网络预测蛋白质相互作用位点 被引量:1
3
作者 沈孝利 陈月辉 《山东大学学报(工学版)》 CAS 北大核心 2010年第6期144-149,共6页
蛋白质相互作用位点在现代药物设计与构建蛋白质相互作用网络方面有着重要的意义。基于一个含有35个蛋白质分子的数据集,首先提取蛋白质的序列谱、熵值、可及表面积3种特征,然后运用误差反向传播神经网络以及其集成对蛋白质的相互作用... 蛋白质相互作用位点在现代药物设计与构建蛋白质相互作用网络方面有着重要的意义。基于一个含有35个蛋白质分子的数据集,首先提取蛋白质的序列谱、熵值、可及表面积3种特征,然后运用误差反向传播神经网络以及其集成对蛋白质的相互作用位点进行了预测。采用35次留一法(一倍交叉验证)进行训练与测试,结果显示每当加入一种新特征时,预测结果都有相应的提高,并且把神经网络集成时,结果又有了一定程度的提高。 展开更多
关键词 蛋白质相互作用位点 序列谱 表面积 集成神经网络
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应用支持向量机预测蛋白质相互作用位点 被引量:1
4
作者 孟炜 王飞飞 +2 位作者 彭新俊 沈称意 王翼飞 《应用科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期403-408,共6页
蛋白质相互作用位点的识别对于突变设计和预测蛋白质相互作用的网络是非常重要的.基于支持向量机学习方法,该文提出一种用于预测蛋白质相互作用位点的有效数据属性抽取方法,该方法利用蛋白质的序列信息、蛋白质残基的可及表面积和进化... 蛋白质相互作用位点的识别对于突变设计和预测蛋白质相互作用的网络是非常重要的.基于支持向量机学习方法,该文提出一种用于预测蛋白质相互作用位点的有效数据属性抽取方法,该方法利用蛋白质的序列信息、蛋白质残基的可及表面积和进化率来构造向量,通过十倍交叉验证来对数据进行训练和预测.实际计算的结果显示,该方法的准确率为72.19%,比只利用序列信息和进化率信息的方法提高了5.71%. 展开更多
关键词 蛋白质相互作用位点 支持向量机 序列信息 表面积 进化率
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基于序列剖面和可及表面积的蛋白质相互作用位点的预测 被引量:1
5
作者 刘阳 张冬宁 +3 位作者 邵建林 沈称意 汤正诠 王翼飞 《上海大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期593-598,共6页
蛋白质相互作用位点的预测对于突变设计和蛋白质相互作用网络的重构都是至关重要的.由于实验确定的蛋白质复合物和蛋白质配体复合物的结构依然相当少,预测蛋白质相互作用位点的计算方法就显得十分重要.该文提出了一种以支持向量机为分类... 蛋白质相互作用位点的预测对于突变设计和蛋白质相互作用网络的重构都是至关重要的.由于实验确定的蛋白质复合物和蛋白质配体复合物的结构依然相当少,预测蛋白质相互作用位点的计算方法就显得十分重要.该文提出了一种以支持向量机为分类器,以邻近残基的序列剖面和可及表面积为输入数据来预测蛋白质相互作用位点的方法.计算结果显示,界面残基和非界面残基被识别的准确率为75.12%,假阳性率为28.04%.与输入数据仅有序列剖面的方法相比,界面残基和非界面残基被识别的准确率提高了4.34%,假阳性率降低了4.63%. 展开更多
关键词 蛋白质相互作用位点 支持向量机 剖面 表面积
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利用可及表面积研究朊病毒结构的变化
6
作者 吴显辉 艾建宇 +4 位作者 冯胜彦 陈蔚梅 熊晓然 郭明雄 吴 斌 《武汉大学学报(理学版)》 CAS CSCD 北大核心 2002年第2期227-231,共5页
利用Monte-Carlo模型并根据PDB提供的关于肮病毒氨基酸残基的原子坐标,对肮病毒蛋白质121-230位氨基酸的可及表面积(ASA)进行了计算和分析,讨论了相似的三维结构具有相近的可及性,并从PrPc溶剂表面可及性特点分析了一些从PrPc转变到Pr... 利用Monte-Carlo模型并根据PDB提供的关于肮病毒氨基酸残基的原子坐标,对肮病毒蛋白质121-230位氨基酸的可及表面积(ASA)进行了计算和分析,讨论了相似的三维结构具有相近的可及性,并从PrPc溶剂表面可及性特点分析了一些从PrPc转变到PrPSc的可能信息. 展开更多
关键词 表面积 Monte-Carlo模型 朊病毒 自由能 氨基酸残基 三维结构 蛋白质
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蛋白质系统突变分析及系综优化算法的计算机实现
7
作者 沈称意 李冯 +2 位作者 彭新俊 刘祥 王翼飞 《上海大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期377-382,共6页
蛋白质突变分析是研究蛋白质活性位点、蛋白质相互作用分析及蛋白质功能的重要手段,由于常规的实验方法费时费力,计算机模拟蛋白质位点系统突变,并对突变的效果作合理的评价就显得尤为重要.介绍了计算机模拟蛋白质位点系统突变的实现方... 蛋白质突变分析是研究蛋白质活性位点、蛋白质相互作用分析及蛋白质功能的重要手段,由于常规的实验方法费时费力,计算机模拟蛋白质位点系统突变,并对突变的效果作合理的评价就显得尤为重要.介绍了计算机模拟蛋白质位点系统突变的实现方法,利用系综优化算法对各突变体的自由能进行计算,并提出合理的评估标准.与现有的生物学实验结果相比较,计算机模拟计算的正确率为69.23%,假阳性率为30.77%. 展开更多
关键词 自治系综优化 蛋白质系统突变 突变分析 表面积
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T4溶菌酶晶体分子堆积的研究 被引量:3
8
作者 徐兴 毕汝昌 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2000年第4期673-679,共7页
以不对称单位中只有一个分子的10种不同晶型的T4溶菌酶晶体为材料 ,对晶体中的分子堆积进行了研究。结果表明 ,在溶剂含量较高的晶型中 ,非极性基团在接触面积中所占的比例略高于溶剂含量较低的晶型 ,而其极性和带电荷基团在接触面积中... 以不对称单位中只有一个分子的10种不同晶型的T4溶菌酶晶体为材料 ,对晶体中的分子堆积进行了研究。结果表明 ,在溶剂含量较高的晶型中 ,非极性基团在接触面积中所占的比例略高于溶剂含量较低的晶型 ,而其极性和带电荷基团在接触面积中所占的比例略低于溶剂含量较低的晶型。溶剂含量较高的晶型多含有晶体学二重轴 ,二重轴相关的分子间的接触与其他接触相比 ,含有较少的极性相互作用。这些结果说明溶剂含量的高低可能是由不同结晶环境引起的不同分子间的相互作用决定的。另外 ,研究进一步证实了分子堆积的非特异性 ,即不存在特异性的接触。研究还表明某些溶剂可及表面积较大的极性或带电荷的残基对分子堆积较为重要 ,常在不同的晶型中参与接触。 展开更多
关键词 T4溶菌酶 溶剂含量 分子堆积 溶剂表面积 接触面积
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PEG在线定点修饰水蛭素及其修饰位点的理论预测与分析 被引量:3
9
作者 赵军 李雪芹 修志龙 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2009年第7期1410-1416,共7页
比较了液相和固相修饰水蛭素的实验结果,并在实验的基础上对水蛭素以及水蛭素/凝血酶复合物进行分子动力学模拟,分析了容易被修饰的水蛭素赖氨酸残基的位点.结果表明,在液相修饰的时候,水蛭素在水溶液中可被修饰的赖氨酸残基除Lys47外,... 比较了液相和固相修饰水蛭素的实验结果,并在实验的基础上对水蛭素以及水蛭素/凝血酶复合物进行分子动力学模拟,分析了容易被修饰的水蛭素赖氨酸残基的位点.结果表明,在液相修饰的时候,水蛭素在水溶液中可被修饰的赖氨酸残基除Lys47外,都容易被修饰.而在固相修饰的时候,水蛭素仅Lys35和Lys27容易被修饰. 展开更多
关键词 水蛭素 分子动力学模拟 聚乙二醇(PEG)修饰 溶液表面积
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机器学习在蛋白质疏水相互作用模型研究中的应用
10
作者 冯晨博 马维强 +1 位作者 程润 王骏 《南京大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期919-927,共9页
疏水相互作用是一种十分复杂的非线性多体等效相互作用,在蛋白质折叠中发挥着主导作用,对蛋白质溶剂可及表面积(SASA)的分析是刻画该作用的重要手段.为了解决SASA解析或数值方法难以平衡计算成本和精确度的问题,将机器学习方法应用于蛋... 疏水相互作用是一种十分复杂的非线性多体等效相互作用,在蛋白质折叠中发挥着主导作用,对蛋白质溶剂可及表面积(SASA)的分析是刻画该作用的重要手段.为了解决SASA解析或数值方法难以平衡计算成本和精确度的问题,将机器学习方法应用于蛋白质SASA的预测中.与传统的典型方法进行比较,该方法得到的结果,误差小了一个数量级,计算速度比解析方法提升了近两个数量级.将该方法拓展到基于蛋白质粗粒化结构的SASA预测上,也取得了良好的结果.该方法为蛋白质物理的研究提供了新的高效计算工具. 展开更多
关键词 蛋白质折叠 疏水相互作用 溶剂表面积(SASA) 机器学习
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聚乙二醇修饰猪血红蛋白的计算机模拟研究 被引量:2
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作者 胡远东 白坚石 +2 位作者 焦克芳 卜凤荣 李松 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 2001年第3期263-267,共5页
对猪血红蛋白αβ二聚晶体结构的分析和氨基酸残基溶剂可及表面积的计算表明 ,猪血红蛋白表面赖氨酸 (Lys)上的氨基适合进行聚乙二醇 (PEG)修饰 ,对其修饰不会影响血红蛋白的携氧能力 ,在此基础上设计了连接物连接PEG和猪血红蛋白。猪... 对猪血红蛋白αβ二聚晶体结构的分析和氨基酸残基溶剂可及表面积的计算表明 ,猪血红蛋白表面赖氨酸 (Lys)上的氨基适合进行聚乙二醇 (PEG)修饰 ,对其修饰不会影响血红蛋白的携氧能力 ,在此基础上设计了连接物连接PEG和猪血红蛋白。猪血红蛋白和牛血红蛋白赖氨酸的保守性及其氨基可及性的差异表明 ,同源的蛋白质性质相似 ,但依据同源性分析单个氨基酸残基的性质时可能会有一定的偏差。分子模拟研究结果显示 。 展开更多
关键词 猪血红蛋白 聚乙二醇 血液代用品 PEG 计算机模拟 溶剂表面积
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伴刀豆球蛋白A-糖复合物的模拟分析 被引量:3
12
作者 吴显辉 郭明雄 +4 位作者 冯胜彦 陈蔚梅 艾建宇 吴斌 熊晓然 《武汉植物学研究》 CSCD 2003年第1期66-72,共7页
主要分析 Con A与不同的糖特异性结合时其活性位点构象变化的特征。模拟分析了 Con A糖结合活性中心氨基酸残基结构特征 ,同时对相应残基原子可及性表面进行了计算和分析。结果表明 :(1) Con A在和不同的糖结合时 ,存在不同的结合方式 ;... 主要分析 Con A与不同的糖特异性结合时其活性位点构象变化的特征。模拟分析了 Con A糖结合活性中心氨基酸残基结构特征 ,同时对相应残基原子可及性表面进行了计算和分析。结果表明 :(1) Con A在和不同的糖结合时 ,存在不同的结合方式 ;(2 )不管 Con A和什么糖结合 ,主要的作用是由活性中心的 Tyr12、Asn14、Asp2 0 8和 Arg2 2 8提供的 ;(3)无论是结合单糖还是寡糖 ,活性中心总是与第一个糖环起主要的结合作用。 展开更多
关键词 伴刀豆球蛋白A 溶剂表面积 模拟
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ABEEMσπ-GB/SA方法计算6种氨基酸四肽溶剂化自由能 被引量:2
13
作者 赵东霞 董慧馨 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2013年第4期502-506,共5页
使用ABEEMσπ浮动电荷极化分子力场,在298K,NVT系综下对5种构象的Ala四肽水溶液进行了动力学模拟.计算了动力学平衡态下Ala四肽中非氢原子的均方根偏差.结合广义玻恩模型(GB)计算了溶剂化自由能的极性部分,使用SA方法计算了溶剂化自由... 使用ABEEMσπ浮动电荷极化分子力场,在298K,NVT系综下对5种构象的Ala四肽水溶液进行了动力学模拟.计算了动力学平衡态下Ala四肽中非氢原子的均方根偏差.结合广义玻恩模型(GB)计算了溶剂化自由能的极性部分,使用SA方法计算了溶剂化自由能的非极性部分.溶剂化自由能的结果表明,Ala四肽αR螺旋和β折叠构象容易在水溶液中存在.使用类似方法分别对Gly,Leu,Val,Asn和Asp四肽的αL螺旋构象水溶液进行了动力学研究,计算了这5种四肽的溶剂化自由能.结果表明,Asp和Asn四肽亲水性较强,Leu、Val和Ala四肽疏水性较强,Gly四肽居中,此结论与实际相符.该类研究为ABEEMσπ浮动电荷力场用于其他生物大分子体系奠定了很好的基础. 展开更多
关键词 ABEEMσπ MM浮动电荷分子力场 四肽 分子动力学模拟 溶剂表面积 溶剂化自由能
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应用PCM和ABEEM/GBr4-SA模型计算二肽的溶剂化自由能 被引量:2
14
作者 赵东霞 郭威威 马悦 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2015年第3期344-348,共5页
使用B3LYP/6-311++G(d,p)方法优化了极性的Gly、Ser、Cys、Asn、Gln和Thr二肽以及非极性的Ala、Pro、Val、Met、Leu、Ile、Phe和Trp二肽的结构,然后使用MP2/aug-cc-pvdz/PCM方法分别计算了这些二肽在水、四氢呋喃、氯仿和四氯化碳溶剂... 使用B3LYP/6-311++G(d,p)方法优化了极性的Gly、Ser、Cys、Asn、Gln和Thr二肽以及非极性的Ala、Pro、Val、Met、Leu、Ile、Phe和Trp二肽的结构,然后使用MP2/aug-cc-pvdz/PCM方法分别计算了这些二肽在水、四氢呋喃、氯仿和四氯化碳溶剂中的溶剂化自由能.应用ABEEMσπ浮动电荷极化分子力场,在298K、NVT系综下分别对这些二肽的水溶液进行分子动力学模拟.模拟了1ns后,计算骨架原子坐标与初始结构相比的均方根偏差.使用ABEEM/GBr4-SA模型计算这些二肽的溶剂可及表面积和溶剂化自由能.获得其溶剂可及表面积与自身原子数成正比.比较了ABEEM/GBr4-SA模型所计算的氨基酸二肽分子的溶剂化自由能与从头算所获得的结果,两者有很好的线性关系.说明该模型和力场参数是合理的,可应用到这些氨基酸多肽的溶剂化自由能的研究中. 展开更多
关键词 ABEEMσπ浮动电荷极化分子力场 二肽 分子动力学模拟 溶剂表面积 溶剂化自由能
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蛋白质表面模块划分及其在结合位点预测中的应用 被引量:2
15
作者 王攀文 龚新奇 +2 位作者 李春华 陈慰祖 王存新 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2012年第11期2729-2734,共6页
蛋白质-蛋白质复合物的结合位点预测是计算分子生物学的一个难题.本文对蛋白质-蛋白质复合物数据集Benchmark3.0中的双链蛋白质复合物进行了研究,计算了单体的残基溶剂可接近表面积和残基间的接触面积,并据此提出了蛋白质表面模块划分方... 蛋白质-蛋白质复合物的结合位点预测是计算分子生物学的一个难题.本文对蛋白质-蛋白质复合物数据集Benchmark3.0中的双链蛋白质复合物进行了研究,计算了单体的残基溶剂可接近表面积和残基间的接触面积,并据此提出了蛋白质表面模块划分方法.发现模块的溶剂可接近表面积与其内部接触面积的乘积(PSAIA)值能够提供结合位点的信息.在78个双链蛋白质复合物中,有74个体系其受体或配体上具有最大或次大PSAIA值的模块是界面模块.将该方法获得的结合位点信息应用在CAPRI竞赛Target39的复合物结构预测中取得了较好的结果.本文提出的基于模块的蛋白质结合位点预测方法不同于以残基为基础且仅考虑表面残基的传统预测方法,为蛋白质-蛋白质复合物结合位点预测提供了新思路. 展开更多
关键词 蛋白质结合位点预测 模块划分 溶剂接近表面积 内部接触面积
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二联咪唑环芳识别氨基酸甲酯的理论研究
16
作者 刘祥均 娄永峰 +2 位作者 肖蓉 杨明理 向明礼 《成都工业学院学报》 2013年第1期7-10,13,共5页
对二联咪唑环芳(DBICP)受体和氨基酸甲酯(AME)配体间的相互作用,重点从受配体间的电荷转移和配体溶剂可及表面积2个方面进行研究。受配体各单体经G03在B3LYP/6-31G(d)水平上优化后,用CDOCKER将配体与受体对接,为每对复合物获得了一组最... 对二联咪唑环芳(DBICP)受体和氨基酸甲酯(AME)配体间的相互作用,重点从受配体间的电荷转移和配体溶剂可及表面积2个方面进行研究。受配体各单体经G03在B3LYP/6-31G(d)水平上优化后,用CDOCKER将配体与受体对接,为每对复合物获得了一组最低能量的初始构象。将构成复合物的单体及每个复合物初始构象用Turbomole在BLYP/def-TZVP水平进行几何构型优化。之后对收敛后的复合物最低能量构象及各单体作NBO分析。以受配体间的电荷转移量及配体带负电荷原子的溶剂可及表面积构建了表达复合物稳定性的2参数定量关系模型。该模型能准确地计算DBICP-AME复合物的结合常数,计算值与实验值间的相关系数高达0.997。最后对DBICP与AME间的相互作用进行讨论,揭示了一些共同作用特征。 展开更多
关键词 咪唑环芳 分子间相互作用 密度泛函理论 溶剂表面积
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