丙型肝炎病毒非结构蛋白NS5A反式激活基因2基因组DNA结构分析及其不同剪切体的克隆化研究 被引量：7

1

作者 杨倩 成军 +3 位作者 刘妍 洪源 王建军 张树林 《世界华人消化杂志》 CAS 2004年第4期801-804,共4页

目的:HCV NS5A病毒蛋白反式激活作用的新的靶基因NS5ATP2及其不同剪接体基因序列的确立、克隆化研究. 方法:依据我室构建的NS5A反式激活基因差异表达的cDNA消减文库,利用生物信息学技术获得,提取HepG2 细胞的总RNA,进行反转录(RT-PCR),... 目的:HCV NS5A病毒蛋白反式激活作用的新的靶基因NS5ATP2及其不同剪接体基因序列的确立、克隆化研究. 方法:依据我室构建的NS5A反式激活基因差异表达的cDNA消减文库,利用生物信息学技术获得,提取HepG2 细胞的总RNA,进行反转录(RT-PCR),扩增产物与原核表达载体连接,进行测序鉴定. 结果:经测序鉴定成功获得新基因的编码序列,并意外发现了NS5ATP2的不同剪接体,对NS5ATP2基因组进行分析,获得剪接体的编码序列,并成功进行了克降化研究. 结论:利用分子生物信息学技术,发现并鉴定了HCV NS5A反式激活作用的新的靶基因NS5ATP2(615)及其可变剪接体NS5ATP2(216),为研究新基因的生物学功能及丙肝发病机制提供新的依据. 展开更多

关键词 丙型肝炎病毒 非结构蛋白 NS5A 靶基因 基因差异 DNA结构 剪切体 克隆化 编码序列

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核不均一核糖核蛋白AB的两个剪切体在胰腺肿瘤中的表达差异分析 被引量：2

2

作者 孙铭悦 雷珂 +3 位作者 任琳琳 王佳 巩芮宁 田字彬 《中华胰腺病杂志》 CAS 2022年第1期71-74,共4页

采用RT-PCR法检测RNA结合蛋白核不均一核糖核蛋白(HNRNP)AB的两个剪接体HNRNPAB1和HNRNPAB2在15株恶性肿瘤细胞系、1株正常胰腺导管上皮细胞系、4株胰腺癌细胞系及17例胰腺肿瘤组织中的表达。结果显示胰腺癌细胞系以HNRNPAB2表达为主, ... 采用RT-PCR法检测RNA结合蛋白核不均一核糖核蛋白(HNRNP)AB的两个剪接体HNRNPAB1和HNRNPAB2在15株恶性肿瘤细胞系、1株正常胰腺导管上皮细胞系、4株胰腺癌细胞系及17例胰腺肿瘤组织中的表达。结果显示胰腺癌细胞系以HNRNPAB2表达为主, 而肝癌、结肠癌、胃癌、宫颈癌、视网膜恶性肿瘤、乳腺癌细胞系等肿瘤细胞系以HNRNPAB1表达为主。正常胰腺导管上皮细胞的HNRNPAB1与HNRNPAB2表达量显著低于胰腺癌细胞系。HNRNPAB1与HNRNPAB2的表达量比值与胰腺癌恶性程度呈正相关。 展开更多

关键词 胰腺肿瘤 RNA结合蛋白 核不均一核糖核蛋白AB 剪切体

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PBX1基因剪切体表达与SLE的相关研究 被引量：2

3

作者 孙莉 王元 +3 位作者 沈南 鲍春德 顾越英 陈顺乐 《现代免疫学》 CAS CSCD 北大核心 2004年第2期120-123,共4页

了解PBX1基因各种剪切体的表达在SLE患者和正常人中是否存在差异 ,探讨PBX1的表达与SLE发病的相关性。通过PCR扩增及毛细管芯片电泳 ,确证剪切体h、k、l存在于人体 ;通过实时荧光定量PCR技术 ,对剪切体h、k、l分别进行SLE患者组和正常组... 了解PBX1基因各种剪切体的表达在SLE患者和正常人中是否存在差异 ,探讨PBX1的表达与SLE发病的相关性。通过PCR扩增及毛细管芯片电泳 ,确证剪切体h、k、l存在于人体 ;通过实时荧光定量PCR技术 ,对剪切体h、k、l分别进行SLE患者组和正常组的mRNA表达定量比较。结果发现这 3种剪切体在患者组中的表达较正常人明显降低 ,正常人的表达是SLE的 9～ 12倍。重度患者的k、l剪切体与轻中度的病人相比表达明显降低 ,并发狼疮性肾炎的病人k剪切体的表达较无肾累及的病人显著降低。说明PBX1基因剪切体h、k、l在SLE患者中mRNA表达水平下降 ,并与SLE活动度及肾累及有关。 展开更多

关键词 PBX1基因 剪切体 系统性红斑狼疮 实时荧光定量PCR技术 发病机制

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小檗碱干预食管癌细胞基因表达及剪切作用研究 被引量：2

4

作者 刘学俊 马俊华 +4 位作者 吴耀松 尹素改 周凌 陈玉龙 任闪闪 《中国中西医结合杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第8期969-973,共5页

目的观察小檗碱对食管癌细胞生长影响,探讨其作用机制。方法于37℃,5%CO2培养箱常规培养食管癌细胞株EC-9706和ECa-109,设对照组、小檗碱组(12.5、25、50、100、200mg/L),MTT法检测小檗碱对细胞生长的抑制作用;Trizol法抽提总RNA,基因... 目的观察小檗碱对食管癌细胞生长影响,探讨其作用机制。方法于37℃,5%CO2培养箱常规培养食管癌细胞株EC-9706和ECa-109,设对照组、小檗碱组(12.5、25、50、100、200mg/L),MTT法检测小檗碱对细胞生长的抑制作用;Trizol法抽提总RNA,基因表达谱芯片检测细胞基因表达,RT-qPCR检测部分差异基因及包含内含子的β-tubulin和Actin表达片段。结果小檗碱可抑制管癌细胞株EC-9706和ECa-109生长,IC50值分别为12.33、49.63mg/L;小檗碱干预后得到差异基因1 782个,下调基因数占差异基因比率为78.84%。这些基因主要参与剪切子、癌通路、核糖体等信号通路。与对照组比较,小檗碱组SF3B3、SNRPD1、NCBP1mRNA表达降低(P<0.01),包含内含子的β-tubulin和Actin mRNA表达片段增加(P<0.01)。结论小檗碱可抑制食管癌细胞生长,干预多个肿瘤相关基因表达,可通过干预剪切体相关基因影响RNA成熟。 展开更多

关键词 小檗碱 食管癌细胞 基因表达谱芯片 差异基因 剪切体

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实时荧光定量PCR检测人组织因子及其剪切体方法的构建 被引量：2

5

作者 朱江 陈陆俊 +3 位作者 罗光华 牟琴峰 郑璐 徐宁 《江苏医药》 CAS CSCD 北大核心 2011年第13期1507-1510,共4页

目的建立检测人组织因子（flTF）及其剪切体（asTF）的实时荧光定量PCR检测技术。方法分别采用文献报导及自行设计的检测人flTF和asTF的引物及TaqMan探针,经优化反应体系及反应条件后,用于检测人flTF和asTF基因。将扩增的人flTF和asTF... 目的建立检测人组织因子（flTF）及其剪切体（asTF）的实时荧光定量PCR检测技术。方法分别采用文献报导及自行设计的检测人flTF和asTF的引物及TaqMan探针,经优化反应体系及反应条件后,用于检测人flTF和asTF基因。将扩增的人flTF和asTF的基因片段纯化后分别与pMD19-T载体连接,分别克隆构建含flTF和asTF基因片段的重组质粒,作为实时荧光定量PCR检测flTF和asTF基因表达的标准品。结果 PCR扩增产物分别经测序证实为flTF和asTF的特异性片段。本法检测flTF和asTF基因表达的灵敏度均为40拷贝/μl,线性范围均为4.00×101~4.00×107拷贝/μl,相关系数均为1.000;扩增效率分别为flTF 91.15%,asTF 90.53%,批间变异系数分别为flTF 3.04%~9.31%,asTF 3.01%~9.64%。结论成功建立了检测人flTF和asTF的实时荧光定量PCR方法,且该方法特异性好,灵敏度高。 展开更多

关键词 组织因子 剪切体 实时荧光定量PCR

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PRPF8蛋白在真核生物可变剪切中的作用 被引量：1

6

作者 曹涤非 黄国庆 +4 位作者 薛佳莹 吴琼 王雷 李瑶 孙尧 《中国草食动物科学》 CAS 2021年第1期49-51,共3页

可变剪切是真核生物转录过程中的重要调控机制,剪切体是可变剪切过程中的关键元素。PRPF8是可变剪切组分U5中的关键蛋白,在剪切过程中具有重要的作用。为此,文章介绍了PRPF8蛋白在可变剪切5’和3’位点的作用方式及其参与调控可变剪切... 可变剪切是真核生物转录过程中的重要调控机制,剪切体是可变剪切过程中的关键元素。PRPF8是可变剪切组分U5中的关键蛋白,在剪切过程中具有重要的作用。为此,文章介绍了PRPF8蛋白在可变剪切5’和3’位点的作用方式及其参与调控可变剪切因子的途径,总结了PRPF8蛋白可变剪切在动物生产和肿瘤研究中的应用,得出了PRPF8蛋白的研究价值,并对PRPF8蛋白在真核生物中的应用前景进行了展望。 展开更多

关键词 MRNA 可变剪切 剪切体 PRPF8

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HCV p7蛋白反式调节新基因3及其剪切体克隆化和生物信息学分析

7

作者 陶明亮 成军 +4 位作者 王春花 郭江 袁菊 靳亚平 毛羽 《世界华人消化杂志》 CAS 北大核心 2006年第6期576-580,共5页

目的:筛选HCV p7病毒蛋白反式调节的新靶基因p7TP3,克隆p7TP3基因及其不同剪切体基因序列,并进行功能分析,探讨丙型肝炎病毒(HCV)p7病毒蛋白在HCV致病过程中的作用．方法:依据我们构建的真核表达载体pcDNA 3．1(-)-p7转染肝母细胞瘤细胞... 目的:筛选HCV p7病毒蛋白反式调节的新靶基因p7TP3,克隆p7TP3基因及其不同剪切体基因序列,并进行功能分析,探讨丙型肝炎病毒(HCV)p7病毒蛋白在HCV致病过程中的作用．方法:依据我们构建的真核表达载体pcDNA 3．1(-)-p7转染肝母细胞瘤细胞系HepG2,提取总RNA,逆转录为cDNA后进行基因表达谱芯片分析,利用生物信息学技术获得新基因 p7TP3及其可变剪切体的编码序列,设计特异性引物,并对其进行克隆化研究. 结果:经测序鉴定获得新基因p7TP3的编码序列,并发现了p7TP3的不同剪切体,对 D7TP3基因组进行分析,获得剪切体的编码序列,并进行了克隆化研究及生物信息学分析．p7TP3(416 bp)编码蛋白质序列比 p7TP3(477 bp)少TQNTDVYPGLAVFFQNAL IFFSTLIY 26个氨基酸残基,其余序列相同．结论:HCV p7蛋白是一种典型的病毒基因组编码的具有反式调节作用的蛋白．利用分子生物学技术与生物信息学分析,发现并鉴定了HCV p7TP3反式调节作用的新的靶基因 p7TP3及其剪切体,为阐明HCV p7蛋白的反式调节作用及其机制开辟了新的研究方向． 展开更多

关键词 丙型肝炎病毒 剪切体 p7蛋白 剪切体克隆化 生物信息学

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人TRAF2新剪切体的鉴定与表达分析 被引量：1

8

作者 罗红雨 张波 +3 位作者 严杰 李玲 尹抗抗 韩梅 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第11期1176-1179,共4页

目的:对TRAF2的新剪切体进行鉴定与表达分析。方法:以人脑库为模板,利用PCR扩增,电泳确定新剪切体的存在。再提取不同细胞与组织的总RNA,逆转录得到cD-NA后作为模板对两种不同剪切体的表达进行比较分析。结果:利用P1与P2引物对从人脑库... 目的:对TRAF2的新剪切体进行鉴定与表达分析。方法:以人脑库为模板,利用PCR扩增,电泳确定新剪切体的存在。再提取不同细胞与组织的总RNA,逆转录得到cD-NA后作为模板对两种不同剪切体的表达进行比较分析。结果:利用P1与P2引物对从人脑库扩增出1条约1 500 bp的条带,而利用P3与P4引物对则得到2条明显电泳带,通过测序表明其中1条包含TRAF2的第6外显子,另1条缺失了TRAF2的第6外显子。通过对新剪切体TRAF2Δ6与全长剪切体TRAF2的表达量比较表明在T47D中全长剪切体表达占优势;而在Hep3B、GC-1与MCF7中TRATΔ6剪切体表达占优势;在HepG2、HBL100、A549与HeLa细胞中未发现两种剪切体的明显表达;在PANCI与SW480中两种剪切体表达量相近。在胎大脑与一级神经胶质瘤中TRAF2Δ6表达占优,而二级与三级神经胶质瘤中则全长剪切体TRAF2表达占优势。结论:人体TRAF2基因除可表达全长TRAF2 mRNA外,还可通过可变剪切表达缺失第6外显子的TRAF2Δ6 mRNA,而且这两种剪切体的表达存在细胞与组织特异性。 展开更多

关键词 TRAF2 剪切体 PCR

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母鼠孕期和哺乳期连续染毒双酚A对子代雄鼠睾丸发育的影响 被引量：1

9

作者 张石磊 包佳鹭 +1 位作者 史万玉 钟秀会 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期993-1005,共13页

旨在探究双酚A (BPA)对子代雄鼠睾丸发育的影响。本研究将8周龄体重18～22 g的SPF级母鼠随机分为7组,每组4个重复,每个重复5只,A组每天给予普通蒸馏水,B组每天饮水给予0.05 mg·kg^(-1) BPA,C组每天饮水给予0.5 mg·kg^(-1) BPA... 旨在探究双酚A (BPA)对子代雄鼠睾丸发育的影响。本研究将8周龄体重18～22 g的SPF级母鼠随机分为7组,每组4个重复,每个重复5只,A组每天给予普通蒸馏水,B组每天饮水给予0.05 mg·kg^(-1) BPA,C组每天饮水给予0.5 mg·kg^(-1) BPA组,D组每天饮水给予5 mg·kg^(-1) BPA,E组每天饮水给予10 mg·kg^(-1) BPA,F组每天饮水给予20 mg·kg^(-1) BPA,G组每天饮水给予50 mg·kg^(-1) BPA。F0代母鼠自怀孕起直至F1代子鼠断奶止饮水染毒BPA,F1代雄鼠于断奶(21日龄)处死。ELISA结果显示,母鼠染毒BPA剂量5 mg·kg^(-1)以上时,子代血清和睾丸组织BPA含量显著增加(P<0.05)。睾丸器官指数测定结果证明,染毒BPA剂量大于等于20 mg·kg^(-1)可导致子代雄鼠睾丸指数显著增大(P<0.05)。H&E染色显示,母鼠染毒BPA剂量大于等于10 mg·kg^(-1)可导致睾丸生精小管萎缩,小管间隙变大。彗星试验结果证明,染毒BPA大于等于5 mg·kg^(-1)可使子代睾丸细胞核DNA损伤显著上升(P<0.05)。免疫组化结果显示,母鼠染毒BPA剂量大于等于20 mg·kg^(-1)时子代睾丸雄激素受体(AR)表达量显著减少(P<0.05)。转录组测序结果显示,母鼠染毒50 mg·kg^(-1)BPA后子代雄鼠睾丸剪切体代谢通路U5 snRNA亚基编码基因Snrnp40上调,剪切体通用蛋白组件编码基因Hnrnpu下调,导致mRNA转录后修饰第一步受阻,荧光定量PCR结果与转录组测序结果一致,证实了转录组结果。结果表明,母鼠暴露于低剂量BPA可以引起子代睾丸发育异常,其分子机制可能与剪切体进行mRNA转录后修饰第一步反应受阻有关。 展开更多

关键词 双酚A 睾丸发育 彗星试验 转录组测序 剪切体

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急性淋巴细胞白血病中DNA甲基转移酶3A剪切体的表达 被引量：1

10

作者 林娜 富威 +1 位作者 李艳 颜晓菁 《现代肿瘤医学》 CAS 2018年第20期3180-3183,共4页

目的:检测急性淋巴细胞白血病(ALL)患者骨髓标本中DNA甲基转移酶3A(DNMT3A)各剪切体的表达情况,并分析其临床意义。方法:应用SYBR-Green RT-PCR方法检测成人初诊ALL患者及非恶性血液病对照患者骨髓有核细胞中DNMT3A各剪切体(DNMT3A1、DN... 目的:检测急性淋巴细胞白血病(ALL)患者骨髓标本中DNA甲基转移酶3A(DNMT3A)各剪切体的表达情况,并分析其临床意义。方法:应用SYBR-Green RT-PCR方法检测成人初诊ALL患者及非恶性血液病对照患者骨髓有核细胞中DNMT3A各剪切体(DNMT3A1、DNMT3A2、DNMT3A2V)的表达情况,并分析其与ALL分型、ph染色体及预后的关系。结果:对照组DNMT3A2/DNMT3A1比值及DNMT3A2V/DNMT3A1比值均在1以下,ALL患者DNMT3A2V/DNMT3A1比值多数均高于1,显著高于对照组DNMT3A2V/DNMT3A1比值(P<0.001)及ALL患者DNMT3A2/DNMT3A1比值(P<0.01)。DNMT3A2V在急性B淋巴细胞白血病(B-ALL)及急性T淋巴细胞白血病(T-ALL)患者中的表达均显著升高(P<0.01)。在ph(+)患者中,DNMT3A1及DNMT3A2表达均显著下降(P<0.05);在ph(-)患者中,DNMT3A2及DNMT3A2V表达均显著上升(P分别<0.01和<0.001)。以ALL患者中主要剪切体DNMT3A2V表达水平的中位值为界,分为低表达组(n=7)及高表达组(n=6),高表达组1年累积总生存率高于低表达组,但由于样本量较少,未见统计学差异(P=0.085)。结论:ALL中DNMT3A主要剪切体由DNMT3A1转换为DNMT3A2V,DNMT3A2V表达显著升高,且DNMT3A2V高表达可能与良好预后相关。这种剪切体转换及表达改变可能在ALL发病、预后及治疗选择中有一定价值,值得进一步深入研究。 展开更多

关键词 DNA甲基转移酶3A 剪切体 急性淋巴细胞白血病 基因表达

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PD-L2剪切异构体与EGFP融合蛋白的表达及其亚细胞定位研究 被引量：1

11

作者 何贤辉 徐丽慧 +2 位作者 曾耀英 刘毅 蔡小嫦 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第11期878-882,共5页

目的　探讨PD L2的剪切异构体在哺乳动物细胞的表达和亚细胞定位。方法　以RT PCR方法克隆人PD L2基因的常规剪切体和新型剪切异构体的cDNA ,构建其与EGFP融合的表达载体 ,分别转染K5 6 2细胞进行表达 ,经抗PD L2抗体染色后以流式细胞... 目的　探讨PD L2的剪切异构体在哺乳动物细胞的表达和亚细胞定位。方法　以RT PCR方法克隆人PD L2基因的常规剪切体和新型剪切异构体的cDNA ,构建其与EGFP融合的表达载体 ,分别转染K5 6 2细胞进行表达 ,经抗PD L2抗体染色后以流式细胞仪和激光共聚焦显微镜分析融合蛋白的表达及其亚细胞定位。结果　从活化的人白细胞中克隆到常规剪切体PD L2Ⅰ和新型剪切异构体PD L2Ⅱ的cDNA ,后者删除了编码胞外区Ig C结构域的外显子 3。进而构建了PD L2Ⅰ EGFP和PD L2Ⅱ EGFP融合蛋白表达载体 ,分别转染K5 6 2细胞。流式细胞仪分析显示 ,转染前者的细胞中既可检测到EGFP的表达又可在细胞膜上检测到PD L2表达 ;而转染后者的细胞中只能检测到EGFP的表达 ,在其细胞膜上不能检测到PD L2表达。共聚焦显微镜观察显示 ,PD L2Ⅰ EGFP主要分布于细胞膜表面 ,PD L2Ⅱ EGFP则主要分布于细胞内。结论　常规剪切体PD L2Ⅰ能正确定位于细胞膜表面 ,而新型剪切异构体PD L2Ⅱ则位于细胞内 ,不能运输至细胞膜 ,提示不同PD 展开更多

关键词 PD 表达载体 EGFP 转染 剪切体 细胞膜 融合蛋白 亚细胞定位 结构域 哺乳动物细胞

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人脑胶质瘤差异表达的基因的获得及一条全长新基因的克隆 被引量：1

12

作者 祁震宇 惠国桢 +3 位作者 李瑶 周宗祥 应康 谢毅 《中华实验外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第7期849-851,i002,共4页

目的运用基因芯片技术获取正常成人脑组织与人脑胶质瘤中差异表达的基因,并对其中一条基因进行了初步的研究。方法抽提正常成人脑组织与人脑胶质瘤组织中的mRNA来制备探针,经杂交、洗涤后,通过计算机观察两者表达谱的差异情况,对681F05... 目的运用基因芯片技术获取正常成人脑组织与人脑胶质瘤中差异表达的基因,并对其中一条基因进行了初步的研究。方法抽提正常成人脑组织与人脑胶质瘤组织中的mRNA来制备探针,经杂交、洗涤后,通过计算机观察两者表达谱的差异情况,对681F05克隆子进行了Northernblot,5’RACE和生物信息学分析。结果通过4次基因芯片筛选,获得15条与胶质瘤相关的新基因,经Northernblot证实681F05基因在人正常脑组织中低表达,而在人脑胶质瘤中高表达。BLASTn和BLASTx分析显示,它们编码蛋白与线虫Cyp10蛋白同源性分别为52%和72%。cDNA序列分析发现这两上克隆是同一个基因[命名为cyclophilinlikegene(PPIL3)]的两个不同的剪切体(PPIL3a和PPIL3b)。结论基因芯片筛选正常脑组织与人脑胶质瘤差异表达的基因具有样品用量少,高质量,高速度,高敏感等特性。681F05基因可能是与人脑胶质瘤形成有关的一条全长新基因。 展开更多

关键词 全长新基因 差异表达 克隆 CDNA序列分析 人脑胶质瘤组织 生物信息学分析 Northem 正常脑组织 基因芯片技术 人脑组织 blot mRNA RACE 编码蛋白 表达谱 计算机 低表达 高表达 同源性 剪切体 筛选

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小鼠arhgap39基因真核过表达载体的构建及其蛋白表达的初步研究

13

作者 黄朝帅 冯东福 《中国临床神经外科杂志》 2017年第10期703-706,共4页

目的构建arhgap39基因真核过表达载体并初步研究arhgap39蛋白表达的相关问题。方法提取小鼠海马组织总RNA,逆转录合成c DNA,根据Gene Bank中基因信息设计引物,高保真PCR扩增arhgap39基因的编码区,随后将其转移到真核载体上,转染NG-108... 目的构建arhgap39基因真核过表达载体并初步研究arhgap39蛋白表达的相关问题。方法提取小鼠海马组织总RNA,逆转录合成c DNA,根据Gene Bank中基因信息设计引物,高保真PCR扩增arhgap39基因的编码区,随后将其转移到真核载体上,转染NG-108细胞并观察其在细胞内的表达情况。结果经酶切和测序鉴定表明成功构建arhgap39基因的相关真核过表达载体;将其转染NG-108细胞,免疫印迹试验证实arhgap39成功过表达,arhgap39的分子量约为140 k D。结论我们的实验结果确认了arhgap39蛋白的分子量,并对其可能存在的存在形式做了验证性研究,可以为进一步的研究提供理论基础和研究工具。 展开更多

关键词 arhgap39基因 过表达载体 剪切体 分子量 小鼠

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基因表达谱芯片筛选NS5ATP2剪切体NS5ATP2-512转染细胞差异表达基因

14

作者 白桂芹 张树林 +4 位作者 成军 杨倩 蔺淑梅 刘妍 黄燕萍 《胃肠病学和肝病学杂志》 CAS 2005年第4期331-335,共5页

目的应用基因芯片技术检测丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白5A(NS5A)反式激活基因NS5ATP2剪切体512的表达对肝母细胞瘤细胞HepG2基因表达谱的影响,进一步阐明NS5ATP2剪切体512蛋白可能的分子生物学功能。方法设计并合成NS5ATP2基因序列特异... 目的应用基因芯片技术检测丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白5A(NS5A)反式激活基因NS5ATP2剪切体512的表达对肝母细胞瘤细胞HepG2基因表达谱的影响,进一步阐明NS5ATP2剪切体512蛋白可能的分子生物学功能。方法设计并合成NS5ATP2基因序列特异性的引物,应用聚合酶链反应(PCR)技术扩增NS5ATP2蛋白编码基因片段,以常规的分子生物学技术将获得的NS5ATP2编码基因片段克隆到TA载体中进行核苷酸序列的测定,在此过程中发现其剪切体NS5ATP2512并构建真核表达载体pcDNA3.1(-)NS5ATP2512。以脂质体转染肝母细胞瘤细胞系HepG2,提取mRNA,逆转录为cDNA,与转染空白表达载体pcDNA3.1(-)的HepG2细胞进行cDNA芯片分析。结果构建的表达载体经过限制性内切酶分析和DNA序列测定,证实准确无误。提取高质量的mRNA,逆转录为cDNA,进行DNA芯片技术分析。在1152个基因表达谱的筛选中,发现有14个基因表达水平显著上调,15个基因表达水平显著下调。结论应用基因表达谱芯片技术成功筛选了NS5ATP2剪切体NS5ATP2512转染细胞后差异表达基因,为进一步阐明NS5ATP2512蛋白可能的生物学功能提供依据。 展开更多

关键词 丙型肝炎病毒 剪切体 基因芯片

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HBeAg结合蛋白4剪切体HBeBP4A基因酵母表达载体的构建及表达研究

15

作者 张健康 成军 +3 位作者 郭江 刘春艳 赵龙凤 洪源 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2007年第3期213-215,共3页

目的在真核生物酵母细胞中表达乙型肝炎病毒e抗原结合蛋白4基因剪切体HBeBP4A基因。方法以pcDNATM3.1/myc-HisA-HBeBP4A重组质粒作为模板,经RT-PCR扩增HBeBP4A基因,克隆到pGEM-T载体中并测序鉴定,酶切回收后连接到酵母表达质粒pGBKT7中... 目的在真核生物酵母细胞中表达乙型肝炎病毒e抗原结合蛋白4基因剪切体HBeBP4A基因。方法以pcDNATM3.1/myc-HisA-HBeBP4A重组质粒作为模板,经RT-PCR扩增HBeBP4A基因,克隆到pGEM-T载体中并测序鉴定,酶切回收后连接到酵母表达质粒pGBKT7中并转化酵母AH109,色氨酸缺陷型培养基(SD/-Trp)上筛选阳性菌落,提取酵母蛋白质,行SDS-PAGE电泳和Western blotting分析。结果成功扩增出HBeBP4A基因,测序结果符合GenBank报告序列。酶切回收的HBeBP4A基因片段成功克隆入酵母表达载体pGBKT7并转化入酵母细胞AH109中,Western blotting分析显示该基因在酵母细胞中表达,表达产物相对分子量为61.37kD。结论成功构建了HBeBP4A酵母表达载体,并在酵母细胞中表达。 展开更多

关键词 肝炎病毒 乙型 肝炎e抗原 乙型 剪切体 基因表达

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mM-CSF及其剪切体对淋巴细胞白血病Ramos细胞增殖的抑制作用

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作者 马翠花 种靖慧 +3 位作者 廖金凤 林永敏 卫佳 郑国光 《山东医药》 CAS 北大核心 2015年第19期1-4,共4页

目的探讨膜结合型巨噬细胞集落刺激因子(mM-CSF)及其剪切体(mM-CSF-Δ)对淋巴细胞白血病Ramos细胞增殖的抑制作用。方法采用Overlap PCR法构建带有m M-CSF的真核表达质粒pTARGET-mM-CSF,再进一步构建胞内区截短30个氨基酸的表达质粒p TA... 目的探讨膜结合型巨噬细胞集落刺激因子(mM-CSF)及其剪切体(mM-CSF-Δ)对淋巴细胞白血病Ramos细胞增殖的抑制作用。方法采用Overlap PCR法构建带有m M-CSF的真核表达质粒pTARGET-mM-CSF,再进一步构建胞内区截短30个氨基酸的表达质粒p TARGET-m M-CSF-Δ,并进行PCR及DNA双向测序鉴定。将空载体p TARGET、p TARGET-mM-CSF、pTARGET-mM-CSF-Δ质粒分别转染Ramos细胞,经G418筛选稳定表达细胞株,并用RT-PCR、Western blotting进行鉴定;MTT法检测细胞增殖,流式细胞仪检测细胞周期。结果成功构建了m M-CSF和m M-CSF-Δ的真核表达载体,获得了稳定转染细胞株Ramos-V、Ramos-M和Ramos-Δ。Ramos-M、Ramos-Δ、Ramos-V细胞增殖能力的OD值分别为0.413±0.014、0.384±0.019、0.463±0.037,Ramos-M细胞与Ramos-Δ细胞比较,Ramos-M、Ramos-Δ细胞分别与Ramos-V细胞比较,P<0.05或<0.01。Ramos-M、Ramos-Δ、Ramos-V细胞处于G0/G1期的比例分别为41.54%±1.22%、45.60%±1.09%、39.20%±1.53%,Ramos-M细胞与Ramos-Δ细胞比较,Ramos-M、Ramos-Δ细胞分别与Ramos-V细胞比较,P<0.05或<0.01。结论 mM-CSF、mM-CSF-Δ均能抑制淋巴细胞白血病Ramos细胞增殖,且后者抑制作用更强。 展开更多

关键词 白血病 Ramos细胞 巨噬细胞集落刺激因子 膜结合型巨噬细胞集落刺激因子 剪切体 细胞增殖 细胞周期

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牦牛KLF8基因剪切体克隆及组织表达分析

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作者 林森 林亚秋 +3 位作者 朱江江 柏雪 江明锋 王永 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2017年第9期230-233,共4页

为了阐明KLF8基因在牦牛不同组织中的表达水平,试验采用RT-PCR方法克隆KLF8基因剪切体序列,利用荧光定量PCR技术检测该基因在不同组织中的表达丰度。结果表明:获得牦牛KLF8基因剪切体序列长度为1 246 bp(Gen Bank登录号为KX964629),其中... 为了阐明KLF8基因在牦牛不同组织中的表达水平,试验采用RT-PCR方法克隆KLF8基因剪切体序列,利用荧光定量PCR技术检测该基因在不同组织中的表达丰度。结果表明:获得牦牛KLF8基因剪切体序列长度为1 246 bp(Gen Bank登录号为KX964629),其中CDS为963 bp,编码320个氨基酸,与牛(登录号为XP_010820342.1)的氨基酸同源性达99.69%,无信号肽剪切位点和跨膜结构域,具有KLFs家族保守的锌指功能结构域;KLF8基因在牦牛的脂肪组织中存在高水平表达,极显著高于其他组织(P<0.01)。 展开更多

关键词 牦牛 KLF8基因 剪切体 克隆 组织表达

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凡纳滨对虾肌钙蛋白Ⅰ型基因4种不同剪切体的序列分析

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作者 赵永贞 陈秀荔 +3 位作者 杨春玲 彭敏 何苹萍 陈晓汉 《上海海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第6期807-814,共8页

采用RT-PCR技术克隆了凡纳滨对虾肌钙蛋白Ⅰ基因全长编码序列,对其核苷酸序列和编码的氨基酸序列进行了生物信息学分析,并在对虾肌钙蛋白Ⅰ基因的编码区查找了单核苷酸多态性位点。结果显示:本研究克隆获得了凡纳滨对虾肌钙蛋白Ⅰ基因的... 采用RT-PCR技术克隆了凡纳滨对虾肌钙蛋白Ⅰ基因全长编码序列,对其核苷酸序列和编码的氨基酸序列进行了生物信息学分析,并在对虾肌钙蛋白Ⅰ基因的编码区查找了单核苷酸多态性位点。结果显示:本研究克隆获得了凡纳滨对虾肌钙蛋白Ⅰ基因的4个可变剪切体,其编码的蛋白质均具有Troponin超家族结构域特征,同源性比对发现该蛋白的氨基酸序列在节肢动物中高度保守。系统进化分析发现凡纳滨对虾Tn-Ⅰ3和Tn-Ⅰ4与中国对虾和小龙虾的Tn-Ⅰ遗传距离较近,而Tn-Ⅰ1和Tn-Ⅰ2单独聚为一支,且与其他物种Tn-Ⅰ遗传距离较远;通过测序比较不同个体凡纳滨对虾Tn-Ⅰ基因序列发现在Tn-Ⅰ的4种不同剪切体编码区共同序列区第302位和472位碱基分别存在2个(A/G)SNP位点,其中位于第302位碱基的(A/G)错义突变使编码氨基酸由甘氨酸变为了谷氨酸(G/E)。凡纳滨对虾Tn-Ⅰ基因不同剪切体及编码区错义突变的发现为进一步探讨其基因功能奠定了基础。 展开更多

关键词 凡纳滨对虾 肌钙蛋白Ⅰ基因 剪切体 单核苷酸多态性

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组织因子及其剪切体在胃癌组织中的表达及其预后的研究

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作者 吴敏 徐婷 +5 位作者 陈陆俊 郑晓 胡文蔚 徐斌 蒋敬庭 吴昌平 《中华实验外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期310-314,共5页

目的探讨组织因子（TF）及其剪切体在胃癌组织中的表达，并分析全长组织因子（flTF）及其剪切体（asTF）与胃癌患者预后的关系。方法采用实时荧光定量聚合酶链反应（FQ-PCR）方法检测52例胃癌组织及10例正常胃组织的flTF及asTF的基因表... 目的探讨组织因子（TF）及其剪切体在胃癌组织中的表达，并分析全长组织因子（flTF）及其剪切体（asTF）与胃癌患者预后的关系。方法采用实时荧光定量聚合酶链反应（FQ-PCR）方法检测52例胃癌组织及10例正常胃组织的flTF及asTF的基因表达水平并分析临床意义，应用Cox模型分析其与胃癌患者死亡的关联程度。结果胃癌组织flTFmRNA相对定量[7．45（0．34～33．68）]高于正常胃组织[3．00（1．36～5．02）]，差异有统计学意义（P〈0．05）。胃癌组织asTFmRNA相对定量[0．88（0．07—26．00）]高于正常胃组织[0．33（0．03～0．97）]，差异有统计学意义（P〈0．01）。flTF与asTF基因表达水平与性别、年龄、TNM分期、肿瘤大小、组织学分型和化疗敏感性等预后相关因素的关系差异均无统计学意义（P〉0．05）。Log—rank生存分析显示f1TF低表达组[33．83（25．24～42．43）个月]比高表达组[18．18（13．32～23．04）个月]平均术后生存时间显著延长15．66个月，差异有统计学意义（x^2=6．185，P〈0．05）。asTF低表达组[25．32（21．19～29．45）个月]比高表达组[20，50（12．51～28．48）个月]平均术后生存时间显著延长4．82个月，差异有统计学意义（x^2=4．604，P〈0．05）。多因素Cox模型分析显示，flTF及asTF均是胃癌独立的预后风险因素[风险比（HR）=6．03，95％可信区间（CU）：1．02—35．71，P〈0．05]及（HR=10．74，95％CI：2．32～49．59，P〈0．01）。结论flTF及asTFmRNA在胃癌组织中的表达水平较正常组织显著上调，flTF及asTF的基因表达水平是胃癌患者死亡的高危因素。 展开更多

关键词 胃癌 组织因子 剪切体 预后 实时荧光定量聚合酶链反应

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HBxAg反式调节基因11剪切体的克隆化及生物信息学分析

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作者 尹丽 林原 +1 位作者 唐泽耀 成军 《中国生化药物杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期183-186,共4页

目的克隆乙型肝炎病毒(HBV)X蛋白反式调节的靶基因11(XTP11),获得未知功能的新基因-XTP11剪切体,对其进行生物信息学分析,探讨其结构和功能。方法从肝母细胞瘤细胞系HepG2中提取总RNA,逆转录为cDNA后,设计特异性引物克隆XTP11剪切体,生... 目的克隆乙型肝炎病毒(HBV)X蛋白反式调节的靶基因11(XTP11),获得未知功能的新基因-XTP11剪切体,对其进行生物信息学分析,探讨其结构和功能。方法从肝母细胞瘤细胞系HepG2中提取总RNA,逆转录为cDNA后,设计特异性引物克隆XTP11剪切体,生物信息学技术获得编码序列、物理化学性质、蛋白质结构和功能等基本信息。结果成功扩增出XTP11剪切体基因,生物信息学分析推定ORF为1 314个核苷酸,编码产物为437个氨基酸残基。结论此文发现并鉴定了HBV XTP11剪切体,为阐明其在HBV X蛋白致病机制中的作用提供新的研究线索。 展开更多

关键词 乙型肝炎病毒 剪切体 克隆化 生物信息学

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