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张家界和湘西地区鲊广椒细菌菌群多样性比较分析
1
作者 陈邵德罡 柯悦 +2 位作者 郭壮 赵慧君 王玉荣 《中国酿造》 CAS 北大核心 2023年第9期68-72,共5页
该研究采用MiSeq测序技术对采集自湖南张家界地区的18个鲊广椒样品进行高通量测序,同时从MGRAST数据库中下载12个湖南湘西地区鲊广椒的高通量测序数据,在将数据合并分析的基础上,通过多种数据方法对张家界和湘西2个地区鲊广椒菌群结构... 该研究采用MiSeq测序技术对采集自湖南张家界地区的18个鲊广椒样品进行高通量测序,同时从MGRAST数据库中下载12个湖南湘西地区鲊广椒的高通量测序数据,在将数据合并分析的基础上,通过多种数据方法对张家界和湘西2个地区鲊广椒菌群结构进行比较分析,探究不同地区鲊广椒细菌群落结构的异同。结果表明,2个地区鲊广椒中细菌类群丰度和多样性均无显著差异(P>0.05),但其细菌类群结构存在显著差异(P<0.05)。Mann-Whitney检验发现,张家界地区鲊广椒中乳酸杆菌(Lactobacillus)和假单胞菌属(Pseudomonas)相对含量分别为93.04%和1.78%,较之湘西地区显著偏高(P<0.05),而醋酸杆菌(Acetobacter)相对含量仅为0.03%,较之湘西地区显著偏低(P<0.05)。线性判别分析(LDA)结果表明,乳酸杆菌(Lactobacillus)和假单胞菌属(Pseudomonas)可作为张家界地区鲊广椒中的生物标志物,醋酸杆菌(Acetobacter)为湘西地区鲊广椒中的生物标志物。PICRUSt分析发现,代谢途径E(氨基酸转运与代谢)和K(转录)在张家界地区鲊广椒细菌类群中显著高表达(P<0.05)。由此可见,2个地区鲊广椒细菌类群和功能存在明显差异。 展开更多
关键词 鲊广椒 细菌菌群多样性 高通量测序 代谢通路预测
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基于微生物16SrRNA测序技术对ICR小鼠传代后肠道菌群变化的分析 被引量：2
2
作者 张璐瑶 孟琳 +2 位作者 颛清芮 傅祥伟 侯云鹏 《中国农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第7期126-136,共11页
为探讨不同代次雄性ICR小鼠生长发育与其肠道微生物的关系,本研究通过对16SrRNA基因V3~V4区测序,分析F0到F3代雄性ICR小鼠肠道菌群多样性和菌种组成。结果显示:1)从F0到F3代,组间微生物的Alpha多样性中的Chao1指数,Observed-species指... 为探讨不同代次雄性ICR小鼠生长发育与其肠道微生物的关系,本研究通过对16SrRNA基因V3~V4区测序,分析F0到F3代雄性ICR小鼠肠道菌群多样性和菌种组成。结果显示:1)从F0到F3代,组间微生物的Alpha多样性中的Chao1指数,Observed-species指数和香侬指数(Shannon)指数随代次积累显著降低(P<0.05),Simpson指数无显著差异(P>0.05)。2)从F0到F3代的优势菌门均为厚壁菌门(Firmicutes)(F0、F1、F2和F3丰度分别为83.3%、79.0%、81.8%和90.3%)和拟杆菌门(Bacteroides)(F0、F1、F2和F3丰度分别为6.0%、5.1%、4.0%和3.2%)。3)F0,F1和F2代三组的优势菌属均为乳酸菌属(Lactobacillus)(F0、F1和F2丰度分别为83.1%、62.8%和38.2%),但F3代的一些未确认分类的菌属占比较高,丰度约为45.3%;从F0到F3代在属水平上微生物组成上存在显著差异(P<0.05),各组的乳酸菌属丰度随代次的积累显著降低(P<0.05)。4)对差异菌属进行了KEGG差异代谢通路预测,发现乙醛酸盐代谢、胰岛素信号通路、苯丙氨酸,色氨酸和酪氨酸生物合成途径,萜类化合物生物合成途径,肽聚糖生物合成和糖酵解糖异生作用在F3代中显著降低,表明F3代氨基酸合成、糖类代谢等多条基础代谢通路受损。综上,本研究基于微生物16SrRNA测序技术对ICR小鼠传代后肠道菌群变化进行了一系列分析和功能预测,发现微生物多样性发生改变,F0至F2代优势菌门未发生明显变化,但在F3代出现了较多的为确认分类菌属,并且在属水平上各组的乳酸菌属丰度随代次的积累显著降低,F3代氨基酸合成、糖类代谢等多条基础代谢通路受到影响。本研究有助于从肠道微生物与宿主间的相互作用角度解释ICR雄性小鼠传代后出现的体重偏低等现象产生的原因。 展开更多
关键词 肠道微生物 ICR雄性小鼠 16SrRNA测序 KEGG代谢通路预测
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