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木犀科植物叶绿体基因组结构特征和系统发育关系 被引量:11
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作者 赵月梅 杨振艳 +3 位作者 赵永平 李筱玲 赵志新 赵桂仿 《植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期441-454,共14页
木犀科11属19个种叶绿体基因组的一般特征和变异特征的比较分析显示,结果表明,该科叶绿体基因组大小为154–165kb,其差异主要是大单拷贝(LSC)长度的差异所致。Jasminum属3个物种的叶绿体基因组长度与其余物种有较大差异,该属clpP基因内... 木犀科11属19个种叶绿体基因组的一般特征和变异特征的比较分析显示,结果表明,该科叶绿体基因组大小为154–165kb,其差异主要是大单拷贝(LSC)长度的差异所致。Jasminum属3个物种的叶绿体基因组长度与其余物种有较大差异,该属clpP基因内含子和accD基因丢失。共线性分析表明, Jasminum属3个物种多个基因出现基因重排现象,倒位可能是重排的主要原因。Jasminum属在IRb/SSC和SSC/IRa边界的基因均与其它物种不同;重复序列与SSR数量检测结果表明,Jasminum属与其余物种在数量及重复长度上差异较大。基于CDS数据构建的系统发育树表明, Abeliophyllum distichum和Forsythia suspensa为木犀科中较早分化的类群。 展开更多
关键词 木犀科 叶绿体基因组 结构特征 系统发育
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苜蓿属不同物种叶绿体基因组结构比较及亲缘关系分析 被引量:9
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作者 田春育 李志勇 +2 位作者 刘倩 于林清 武自念 《中国草地学报》 CSCD 北大核心 2021年第10期1-8,共8页
以苜蓿属24个种1个亚种叶绿体基因组为研究对象,利用REPuter、mVISTA和MAFFT等分析叶绿体基因组的重复序列、序列变异情况及进化关系。结果表明,苜蓿属不同种间叶绿体基因组介于121313~132269bp之间,编码110~118个基因,基因数目的差异... 以苜蓿属24个种1个亚种叶绿体基因组为研究对象,利用REPuter、mVISTA和MAFFT等分析叶绿体基因组的重复序列、序列变异情况及进化关系。结果表明,苜蓿属不同种间叶绿体基因组介于121313~132269bp之间,编码110~118个基因,基因数目的差异主要是因蛋白编码基因数目不一所致。在苜蓿叶绿体基因组中共检测出49~59个重复序列,鉴定出139~163个SSR位点且单碱基重复居多数。序列多样性比对表明,非编码序列在各物种间的差异性较大。此外,筛选到2个核苷酸多样性较高的基因,即clpP和ycf1。通过Maximum likelihood(ML)构建的系统发育树表明,Medicago edgeworthii(毛荚苜蓿)、Medicago archiducis-nicolai(青海苜蓿)和Medicago ruthenica(扁蓿豆)亲缘关系较近。 展开更多
关键词 苜蓿属 叶绿体全基因组 结构变异 系统发育
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鲑科鱼类线粒体全基因组序列结构特征及其系统发育信息分析 被引量:9
3
作者 李瑶瑶 刘云国 +1 位作者 刘凌霄 王敏强 《烟台大学学报(自然科学与工程版)》 CAS 2016年第4期271-279,共9页
为了深入开展鲑科鱼类的线粒体全基因组序列的结构特征和系统发育信息的研究,利用生物信息学的方法分析了已获得的40种鲑科鱼类的线粒体全基因组序列.通过软件Clustal X进行对比,然后用软件MEGA5.05分析DNA的序列差异,并用邻接法生成系... 为了深入开展鲑科鱼类的线粒体全基因组序列的结构特征和系统发育信息的研究,利用生物信息学的方法分析了已获得的40种鲑科鱼类的线粒体全基因组序列.通过软件Clustal X进行对比,然后用软件MEGA5.05分析DNA的序列差异,并用邻接法生成系统进化树.结果发现:1)鲑科鱼类线粒体基因组的结构和基因排列顺序和其他硬骨鱼类的相同,其全长为16 526-16 997 bp.2)从系统进化树可以看出白鲑亚科(Coregonidaeinae)位于祖先的位置,是最早出现分化的一枝,鲑亚科(Salmoninae)和茴鱼亚科(Thymallinae)亲缘关系较近,互为姐妹群.3)在所有编码基因中,序列变异程度最大的是ND2基因(47.6%),最小的是16S rRNA基因(11.0);Kimura双参数遗传距离最大的是ND2基因(0.203),最小的是12S rRNA基因(0.037). 展开更多
关键词 鲑科 线粒体基因组 结构特征 系统发育
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芸香科植物叶绿体基因组结构和系统发育分析 被引量:3
4
作者 王雪芹 宋卫武 +2 位作者 高晓燕 林悦 郭慧 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2023年第5期1510-1520,共11页
本研究对已公布的芸香科12属43个物种叶绿体全基因组序列的结构特征进行了比较分析。芸香科叶绿体基因组大小为157~161 kb,基因数目为119~138,蛋白质编码基因数目为83~92。蛋白质编码基因中,11个为重复基因,共有基因为79个,13个基因存... 本研究对已公布的芸香科12属43个物种叶绿体全基因组序列的结构特征进行了比较分析。芸香科叶绿体基因组大小为157~161 kb,基因数目为119~138,蛋白质编码基因数目为83~92。蛋白质编码基因中,11个为重复基因,共有基因为79个,13个基因存在不同程度的丢失。长度≥200 bp的蛋白质编码共有基因中,变异率最高的5个基因依次为ndhA、clpP、matK、rps16和rpl16。重复序列分析结果表明,最主要的重复序列类型为串联重复和回文重复,山小橘属2个物种的重复序列显著多于其他物种。大部分SSR (Simple sequence repeats)位点都偏向于A或者T组成,柑橘属中以三核苷酸重复最多,花椒属中主要为二核苷酸重复(单核苷酸重复除外)。基于基因组序列和蛋白质编码基因,均得到支持率高,拓扑结构基本一致的系统发育树结果。芸香科为单系类群,科下形成两个大分支,其中柑橘亚科为单系和芸香属形成一支;另一大支中,香肉果属是最早分化出来的类群,黄檗属+吴茱萸属为花椒属的姐妹群。本研究结果有助于更好的了解芸香科物种的系统进化。 展开更多
关键词 芸香科 叶绿体基因组 结构 系统发育
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毛茛科植物叶绿体基因组结构变异及系统发育分析 被引量:4
5
作者 王媛媛 白万富 杨美青 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2020年第21期7030-7043,共14页
为了探究毛茛科植物的叶绿体基因组结构变异模式和属间系统发育关系,本研究利用生物信息学方法对NCBI上获取的毛茛科30个属33个物种叶绿体基因组结构变异进行了分析,同时以小檗科的大叶小檗Berberis amurensis Rupr.和Berberis aristate... 为了探究毛茛科植物的叶绿体基因组结构变异模式和属间系统发育关系,本研究利用生物信息学方法对NCBI上获取的毛茛科30个属33个物种叶绿体基因组结构变异进行了分析,同时以小檗科的大叶小檗Berberis amurensis Rupr.和Berberis aristate DC.为外类群,基于叶绿体基因组72个蛋白编码序列(coding sequence, CDS)和4个核糖体RNA (rRNA)序列利用Maximum likelihood (ML)法构建了毛茛科的系统发育树。结果显示,33个物种叶绿体基因组均为四分体结构,全基因组大小在151~164 kb左右;基因顺序和基因组结构出现一定的变异:在长瓣铁线莲(Clematis macropetala Ledeb.)、大火草(Anemone tomentosa (Maxim.)Pei)等8个物种中发现5种不同长度的倒位现象,其中铁线莲属(Clematis L.) 3个物种中同时检测到移位现象,10个基因(trnT-UGU, trnH-GUG, trnE-UUC, trnG-UCC, ycf15, rps16, rpl32, rpl16, infA和rps7)在至少1个物种中缺失;13个物种中反向重复区域(inverted repeat, IR)发生了扩张或收缩;利用毛茛科33个物种的叶绿体基因组序列所构建的系统发育树与之前的研究结果基本一致,部分存在相似结构变异的物种聚在同一分支。本研究结果表明叶绿体基因组信息及结构变异对系统发育分析具有重要的价值,可为植物的系统发育和进化研究提供依据。 展开更多
关键词 毛茛科 叶绿体基因组 结构变异 系统发育
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连香树叶绿体基因组测序与特征分析 被引量:3
6
作者 张东旭 孔丽丽 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2023年第17期5654-5662,共9页
为明确连香树叶绿体基因组的大小、结构、基因组成、简单重复序列(SSR)位点、密码子偏好性及近缘种的关系,本研究以连香树为原材料,提取其基因组DNA,建立测序文库,然后进行测序、组装、SSR分析、密码子偏好性分析及系统发育分析。结果显... 为明确连香树叶绿体基因组的大小、结构、基因组成、简单重复序列(SSR)位点、密码子偏好性及近缘种的关系,本研究以连香树为原材料,提取其基因组DNA,建立测序文库,然后进行测序、组装、SSR分析、密码子偏好性分析及系统发育分析。结果显示,连香树叶绿体基因组全长为159 854 bp,总GC含量为37.9%,具有叶绿体典型的四分体结构,包括大单拷贝区(LSC) 88 035 bp,小单拷贝区(SSC) 18 965 bp,反向重复序列(IR) 26 427 bp。经注释共编码134个基因,其中编码蛋白质的基因90个、编码rRNA的基因8个以及编码tRNA的基因36个。经序列分析共鉴定出52个SSR位点,其中单核苷酸重复为43个,二核苷酸重复为7个,三核苷酸重复为1个,四核苷酸重复为1个,所有的重复基元均为A/T碱基。连香树叶绿体基因组的有效密码子数(ENc)为55.05,说明其密码子偏好性较弱。其密码子的GC含量(38.9%)和密码子第3位的GC含量(35.4%)均低于50%,同义密码子相对使用度(RSCU)高于1的密码子共有33个,其中以A或U碱基结尾占87.88%,说明连香树叶绿体基因组的密码子偏向以A或U碱基结尾。系统发育分析显示,连香树与金缕梅亲缘关系最近,表明两者在进化上具有共线性。本研究检测了连香树完整叶绿体基因组,并对其进行特征分析,为进一步研究提供基本遗传资源。 展开更多
关键词 连香树 叶绿体 基因组测序 结构特征 系统发育
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What makes a cry a cry? A review of infant distress vocalizations 被引量:3
7
作者 Susan LINGLE Megan T. WYMAN +2 位作者 Radim KOTRBA Lisa J. TEICHROEB Cora A. ROMANOW 《Current Zoology》 SCIE CAS CSCD 2012年第5期698-726,共29页
In contrast to the cries of human infants, sounds made by non-human infants in different stressful behavioral contexts (hunger or physical discomfort, isolation, capture by humans or predators) are usually treated a... In contrast to the cries of human infants, sounds made by non-human infants in different stressful behavioral contexts (hunger or physical discomfort, isolation, capture by humans or predators) are usually treated as distinct types of vocalizations. However, if distress vocalizations produced by different species and in different contexts share a common motivational state and associated neurochemical pathways, we can expect them to share a common acoustic structure and adaptive function, showing only limited variation that corresponds to the infant's level of arousal. Based on this premise, we review the acoustic structure and adaptive function of two types of distress calls, those given when infants were isolated from their mothers (isolation caUs) or captured by humans (capture calls). We conducted a within-context comparison examining the two call types across a diverse se- lection of mammalian species and other vertebrate groups, followed by a comparison of how acoustic structure and function dif- fers between these contexts. In addition, we assessed acoustic traits that are critical to the response of caregivers. Across verte- brate species, distress vocalizations produced in these two behavioral contexts tend to be tonal with a simple chevron, flat or de- scending pattern of frequency modulation. Reports that both isolation and capture calls of vertebrate infants serve to attract care- givers are universal, and the fundamental frequency of infant vocalizations is often critical to this response. The results of our re- view are consistent with the hypothesis that differences in the acoustic structure of isolation and capture distress vocalizations re- flect differences in arousal, and not discrete functions. The similarity in acoustic structure and caregiver response observed across vertebrates adds support to the hypothesis that the production and processing of distress vocalizations are part of a highly-conserved system of social vocal behaviour in vertebrates. Bioacoustic research may move f 展开更多
关键词 CRYING Mother-infant communication Isolation calls Distress calls Motivational-structural rules Parental care phylogeny
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瘤背石磺的精子结构 被引量:3
8
作者 应雪萍 孙胜安 陈美英 《动物学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2008年第2期373-382,共10页
用光学显微镜和透射电子显微镜技术研究了瘤背石磺精子的结构特点,分析了其生理生态适应性以及在肺螺亚纲系统演化中的意义。瘤背石磺的精子由头部、中段和末段组成。头部由奶嘴形的顶体和长圆筒状的细胞核构成。顶体包括顶体囊和顶体... 用光学显微镜和透射电子显微镜技术研究了瘤背石磺精子的结构特点,分析了其生理生态适应性以及在肺螺亚纲系统演化中的意义。瘤背石磺的精子由头部、中段和末段组成。头部由奶嘴形的顶体和长圆筒状的细胞核构成。顶体包括顶体囊和顶体构架体两部分;两者的内含物都分布均匀,电子密度稍低于细胞核;顶体基部平整,与核前端之间有一空隙,内含物电子密度极低。细胞核由电子密度高的均匀颗粒物质组成,并出现核泡;核的后端有一"杯形"的凹陷,称为核后窝。中段结构复杂,主要包括一对位于核后窝内的中心粒、轴丝、质膜、线粒体及由线粒体衍生的糖原质螺旋体、基质层和类晶体层等。末段由"9+2"结构的轴丝及外包的质膜组成,无糖原质螺旋体和其它线粒体衍生物。比较瘤背石磺精子与肺螺亚纲其它物种的精子结构,我们认为该物种的精子属于"进化型",是一类在进化地位中比基眼目高等的动物。 展开更多
关键词 瘤背石磺 精子 结构特点 系统演化
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偶蹄动物朊蛋白基因变异性和其系统发生关系分析 被引量:2
9
作者 吴润 陈怀涛 谢庆阁 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期1253-1263,共11页
目的为明了偶蹄动物PrP基因的结构特征及其变异与结构、功能和朊粒病传染种间屏障的关系以及系统发生关系;方法利用DNAstar和Clustalx程序及treev32软件进行了22种偶蹄动物的43个完整PrP基因序列的同源性分析、多重排比和进化树构建;结... 目的为明了偶蹄动物PrP基因的结构特征及其变异与结构、功能和朊粒病传染种间屏障的关系以及系统发生关系;方法利用DNAstar和Clustalx程序及treev32软件进行了22种偶蹄动物的43个完整PrP基因序列的同源性分析、多重排比和进化树构建;结果不同种属偶蹄动物的PrP基因完整ORF大小有所差异,范围为768~795bp,可编码255~264个氨基酸的朊蛋白。核苷酸和氨基酸序列的同源性,偶蹄动物间≥88.6%和≥93.3%,反刍动物间≥95.4%和≥96.5%。共发现40个点突变和2个突变区。在N-端柔韧无序“尾”区(25~135)以八肽重复缺失为主,球形结构域区(136~241)以点突变为主,点突变主要簇聚在S1β-折叠前的柔韧无规卷曲区的C-端部分和HCα-螺旋内。氨基酸104~135区和球形结构域区存在有8个高突变位点。已知PrP肽基元和功能位点如芳烃回文序列基元、2个N-连接糖基化位点、2个苏氨酸磷酸化位点、1个酪氨酸硫化位点、形成二硫键的2个半胱氨酸以及GPI锚锚着点丝氨酸为偶蹄动物所共有,各种间变异体的各结构模式非常一致。进化关系分析,可将偶蹄动物PrP基因区分为3大类,反刍动物PrP基因分为3小类。令人意外的是,2个双峰驼PrP基因的进化关系与牛属动物基因同源。结论偶蹄动物的PrP基因是一个保守基因,氨基酸104~135区和球形结构域区内的8个高突变位点可能是影响分子间相互作用、形成朊粒病传染种间屏障的主要位点,物种间各氨基酸变异并不影响PrP的主要结构和功能。 展开更多
关键词 偶蹄动物 朊蛋白基因 结构特征 分子进化 结构与功能的关系 种间屏障
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高原鳅属鱼类线粒体全基因组序列结构特征及其系统发育信息 被引量:1
10
作者 李瑶瑶 刘云国 +5 位作者 刘凌霄 韩庆典 马超 全先庆 张海光 张如华 《烟台大学学报(自然科学与工程版)》 CAS 2021年第1期93-99,共7页
为了深入开展高原鳅属(Triplophysa)鱼类的分类鉴定、系统进化等研究,利用生物信息学的方法分析了37种高原鳅属鱼类的线粒体全基因组序列及系统发育信息。通过Clustal X对线粒体DNA(mtDNA)全基因组序列进行对比,然后用MEGA7分析mtDNA的... 为了深入开展高原鳅属(Triplophysa)鱼类的分类鉴定、系统进化等研究,利用生物信息学的方法分析了37种高原鳅属鱼类的线粒体全基因组序列及系统发育信息。通过Clustal X对线粒体DNA(mtDNA)全基因组序列进行对比,然后用MEGA7分析mtDNA的序列差异,并用邻接法生成系统进化树。结果发现:(1)高原鳅属鱼类线粒体基因组的全长在16562~16681 bp之间,其基因组结构和基因排列顺序与其他硬骨鱼类的线粒体基因组特征相同;(2)在所有编码基因中,ND2基因的序列变异程度最大(52.5%),且Kimura双参数(K2P)遗传距离最大(0.232),而16S rRNA的变异程度最小(19.9%),12S rRNA基因的K2P遗传距离最小(0.034);(3)系统进化树显示高原鳅属中除叶尔羌高原鳅(Triplophysa yarkandensis)外,绝大多数物种能够聚为一支,未描述种(T.sp.)、玫瑰高原鳅(T.rosa)和湘西盲高原鳅(T.xiangxiensis)聚为一支并处于该属的基部位置。 展开更多
关键词 高原鳅属 线粒体基因组 结构特征 系统发育
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杜鹃花科质体基因组结构及系统发育分析
11
作者 高文静 李红丽 +1 位作者 宋卫武 王雪芹 《西部林业科学》 CAS 北大核心 2023年第5期20-28,共9页
为解析杜鹃花科质体基因结构特征,并澄清杜鹃花科内部的系统发育关系,利用Genbank数据库已公开发表的杜鹃花科13属51个物种的质体基因组数据,对其基因组大小、重复序列等进行统计分析,并采用最大似然法和贝叶斯推断重建其系统发育树。... 为解析杜鹃花科质体基因结构特征,并澄清杜鹃花科内部的系统发育关系,利用Genbank数据库已公开发表的杜鹃花科13属51个物种的质体基因组数据,对其基因组大小、重复序列等进行统计分析,并采用最大似然法和贝叶斯推断重建其系统发育树。结果显示:(1)异养类群的质体基因组大小为26~40 kb,自养类群的为150~230 kb,二者差异显著;非杜鹃属物种的基因组大小为150~195 kb,杜鹃属物种的为152~230 kp,二者差异显著。(2)简单重复序列(SSRs)、串联重复序列和散在重复序列在异养和自养类群间、非杜鹃属和杜鹃属物种间差异均显著。(3)杜鹃花科的系统发育关系分析表明,支持率≥95%的分支占总分支数目的87%,杜鹃花科为单系类群,草莓树亚科和水晶兰亚科为姐妹群,二者与鹿蹄草亚科形成的分支为较早分化的类群,越橘亚科和Ericoideae为姐妹群。草莓树亚科除外(仅包括一个种),其余4个亚科均为单系。属级水平,杜鹃属和白珠属为单系,越橘属和水晶兰属不为单系。杜鹃属内部,羊踯躅亚属和常绿杜鹃亚属为姐妹群,二者与杜鹃亚属形成中等支持率的一支,马银花亚属和映山红亚属为姐妹群。(4)杜鹃属19个物种中序列长度≥200 bp的共有单拷贝基因数目为36个,基因的变异率范围为0.81%~11.73%;越橘属12个物种的共有单拷贝基因数目为32个,变异率范围为0~9.09%。 展开更多
关键词 杜鹃花科 质体基因组 结构特征 系统发育
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吉林省磐石市三棚一带构造特征及构造发展史
12
作者 付晓婷 杨宇 《吉林地质》 2017年第3期7-12,共6页
三棚地区处于依兰-伊通深大断裂和敦化-密山深大断裂(吉中地区为辉发河断裂)之间的NW向裂陷槽之间。区内断裂构造发育,共有23条断裂及5条航磁及航卫片解译断裂。这些断裂带在古生代、中生代及新生代均有发育,走向以NW向和NE向为主;它们... 三棚地区处于依兰-伊通深大断裂和敦化-密山深大断裂(吉中地区为辉发河断裂)之间的NW向裂陷槽之间。区内断裂构造发育,共有23条断裂及5条航磁及航卫片解译断裂。这些断裂带在古生代、中生代及新生代均有发育,走向以NW向和NE向为主;它们构成了研究区内的基本构造骨架,控制了区内的构造格局,并严格控制着区内金属矿产的形成。研究区内断裂构造与岩浆活动和矿产形成有密切的内在联系,它们互相制约、互相依存,是较有规律的综合地质作用。 展开更多
关键词 三棚地区 NW向断裂构造 NE向断裂构造 构造事件 构造发展史
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大白菜CBF4基因的克隆和遗传进化分析 被引量:5
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作者 李利斌 刘立锋 +2 位作者 王殿峰 刘国明 高建伟 《山东农业科学》 2009年第4期1-4,共4页
采用RT-PCR法,从大白菜(Brassica rapasubsp.pekinensis)河头早中克隆了拟南芥CBF4的同源基因BrCBF4,并对它的序列特征、蛋白结构和遗传进化进行了分析。结果表明,BrCBF4全长663 bp,编码一个包含220个氨基酸残基和具有典型AP2结构域的蛋... 采用RT-PCR法,从大白菜(Brassica rapasubsp.pekinensis)河头早中克隆了拟南芥CBF4的同源基因BrCBF4,并对它的序列特征、蛋白结构和遗传进化进行了分析。结果表明,BrCBF4全长663 bp,编码一个包含220个氨基酸残基和具有典型AP2结构域的蛋白,并且含有两个潜在的豆蔻酰化位点。遗传进化分析表明,BrCBF4与BjDREB1-2的关系最近,与拟南芥AtCBF4同属一个类群,而AtCBF1,2,3与大白菜的BrCBF1,2,3及其它芸薹属植物相关基因分属另一个类群。推测BrCBF4与BjDREB1-2、AtCBF4为直系同源基因,在功能上相似,而与BrCBF1,2,3存在功能上的分化。本研究为进一步研究BrCBF4在大白菜非生物逆境响应中的功能奠定了基础。 展开更多
关键词 大白菜 CBF4 克隆 蛋白结构分析 遗传进化
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广州地区2011年肠道病毒71型基因特征分析
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作者 徐翼 罗丹 +5 位作者 叶家卫 谭莉梅 房春晓 毕丰 王弋 彭涛 《中国实用儿科杂志》 CSCD 北大核心 2012年第11期848-851,共4页
目的研究广州地区2011年手足口病病原流行特点及EV71的基因特征。方法收集2011年1~11月广州市妇女儿童研究中心63份不同患者来源的肛拭子、咽拭子以及血液样本,选择12份EV71阳性标本进行病毒分离,扩增EV71VP1区,测序并与EV71各血清型... 目的研究广州地区2011年手足口病病原流行特点及EV71的基因特征。方法收集2011年1~11月广州市妇女儿童研究中心63份不同患者来源的肛拭子、咽拭子以及血液样本,选择12份EV71阳性标本进行病毒分离,扩增EV71VP1区,测序并与EV71各血清型代表株序列比对,进行进化分析。结果 2011年广州地区12个临床分离株同A、B亚型的亲缘性较远,核苷酸同源性都不足85%,氨基酸同源性不足96.5%。其同C亚型的亲缘型较近,核苷酸、氨基酸同源性超过88.5%和97.5%,尤其与C4亚型的亲缘性最近,核苷酸和氨基酸的同源性分别为92.9%~94.6%和97.9%~98.9%。结论 2011年广州地区的12株EV71分离株都属于C4a亚型进化分支,并处于选择进化过程中。 展开更多
关键词 手足口病 肠道病毒71 种系发生 病毒结构蛋白质类
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