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利用SSR方法鉴定大豆品种纯度 被引量:71
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作者 关荣霞 刘燕 +2 位作者 刘章雄 常汝镇 邱丽娟 《分子植物育种》 CAS CSCD 2003年第3期357-360,共4页
本研究以遗 75 - 14,中黄 14,中品 6 6 2和中品 6 6 1共 4个品种为试验材料 ,利用不同连锁群上的SSR引物对其随机选择个体进行分析 ,以确定分析品种纯度所需的引物数 ,为大豆品种资源的保存及品种指纹图谱的建立提供理论依据。通过 11对... 本研究以遗 75 - 14,中黄 14,中品 6 6 2和中品 6 6 1共 4个品种为试验材料 ,利用不同连锁群上的SSR引物对其随机选择个体进行分析 ,以确定分析品种纯度所需的引物数 ,为大豆品种资源的保存及品种指纹图谱的建立提供理论依据。通过 11对SSR引物对遗 75 - 14,中黄 14,中品 6 6 2各 10个单株的检测 ,发现中品 6 6 2纯度最高 ,遗 75 - 14次之 ,而中黄 14的纯度最低。用SSR引物对中品 6 6 1和中品6 6 2每 10个单株混合样品分析并经单株检测验证 ,其纯度分别为 99 0 %和 98 3%,研究结果表明 ,10个植株混合时 ,即使有一个单株为杂合位点也能被检测出来 ,并发现用 3- 5对位于不同连锁群的SSR引物可以对随机或混合样品进行快速、准确的纯度鉴定。 展开更多
关键词 大豆 纯度鉴定 ssr 品种纯度
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四川主栽小麦品种遗传多样性的SSR标记研究 被引量:50
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作者 张志清 郑有良 +4 位作者 魏育明 吴卫 周永红 刘登才 兰秀锦 《麦类作物学报》 CAS CSCD 2002年第2期5-9,共5页
采用微卫星分子标记 (SSR)对四川省近 5 0年以来年推广面积达 6 6 70 0 hm2 (10 0万亩 )以上的 4 0个主栽小麦品种的遗传多样性进行了研究。结果发现 ,在小麦全基因组 4 2条染色体臂上的 4 6个 SSR位点上 30个 SSR位点 (6 5 .2 2 % )具... 采用微卫星分子标记 (SSR)对四川省近 5 0年以来年推广面积达 6 6 70 0 hm2 (10 0万亩 )以上的 4 0个主栽小麦品种的遗传多样性进行了研究。结果发现 ,在小麦全基因组 4 2条染色体臂上的 4 6个 SSR位点上 30个 SSR位点 (6 5 .2 2 % )具有多态性。这 4 6个位点共检测到 110个等位变异 ,每个 SSR位点能检测到 1~ 8个 ,平均为 2 .4个。聚类分析表明 ,SSR标记能将 4 0个品种相互区分开。品种间遗传相似系数 (GS)变幅为 0 .4 5 1~ 0 .76 7,平均 GS值为0 .6 0 1。据此认为 ,SSR标记揭示出四川主栽小麦品种具有较高的遗传多样性。各年代间 GS值变化趋势分析表明 ,2 0世纪 70年代后 。 展开更多
关键词 四川 品种 遗传多样性 小麦 ssr标记 遗传相似 聚类分析
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分析中国栽培大豆遗传多样性所需SSR引物的数目 被引量:29
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作者 王彪 常汝镇 +5 位作者 陶莉 关荣霞 闫丽 张明恢 冯忠孚 邱丽娟 《分子植物育种》 CAS CSCD 2003年第1期82-88,共7页
我国拥有极其丰富的大豆资源 ,传统的方法是根据农艺性状来分析其遗传变异 ,但农艺性状受自然环境和人为因素影响明显。随着大豆育成品种的增加 ,有限的表型变异已难以详细阐明我国 2万余份大豆品种的遗传变异情况 ,需要从DNA分子水平... 我国拥有极其丰富的大豆资源 ,传统的方法是根据农艺性状来分析其遗传变异 ,但农艺性状受自然环境和人为因素影响明显。随着大豆育成品种的增加 ,有限的表型变异已难以详细阐明我国 2万余份大豆品种的遗传变异情况 ,需要从DNA分子水平深入研究我国大豆资源遗传变异分布规律。本研究以 190份为大豆为初选核心种质的一个无偏样本 ,用 6 0对SSR引物扩增 ,获得 6 0 6个等位变异 ,平均每个位点有 10个等位变异 ,位点多态信息量范围从 0 5 5到 0 99,平均为 0 83。对 190份大豆相似系数矩阵的标准误分析表明 ,SSR引物数增加到 5 0左右时 ,再增加引物 ,标准误变化很小。共表型矩阵之间的相关性测验显示 ,当等位变异数达到 5 70以上 ,相互之间相关性极显著。从实验材料中选取东北春大豆类型作为一个小样本进行共表型矩阵相关性分析也有类似结果。用SSR方法分析中国栽培大豆 (G max)遗传变异关系时 ,只有等位变异数达到一定的范围时 ,才能真实地反映出品种之间的遗传变异关系。当群体的遗传变异范围变得相对较小时 ,分析个体之间的遗传变异关系所需的等位变异数目也相应降低。结合SSR位点在大豆基因组中的分布和基因多样性水平 ,能够找到分析栽培大豆遗传多样性的核心SSR引物。只有获得等位变异数在 5 70以上 , 展开更多
关键词 中国 栽培大豆 种质资源 遗传多样性 ssr标记 引物数量
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杨树EST-SSR标记的开发 被引量:36
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作者 张新叶 宋丛文 +2 位作者 张亚东 杨彦伶 黄敏仁 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2009年第9期53-59,共7页
利用来自美洲黑杨及欧美杨的20023条EST序列,进行EST-SSR标记开发研究。首先对这些EST序列进行序列拼接,然后在非重复序列中发现由二核苷酸至五核苷酸组成的SSR重复序列。共在10816个非重复序列中发现1604个序列含有SSR,占总非重复序列... 利用来自美洲黑杨及欧美杨的20023条EST序列,进行EST-SSR标记开发研究。首先对这些EST序列进行序列拼接,然后在非重复序列中发现由二核苷酸至五核苷酸组成的SSR重复序列。共在10816个非重复序列中发现1604个序列含有SSR,占总非重复序列的14.8%。在发现的1918个SSR重复序列中,二核苷酸重复是最丰富的重复类型,占总类型的62.3%。设计合成48对SSR引物,利用6个不同的杨树品种对其进行验证。结果约90%的引物获得扩增产物,58%的引物在6个不同杨树品种中产生多态性分离。另外,还对重复序列的数量及重复类型进行了讨论。 展开更多
关键词 杨树 表达序列标签(EST) 简单重复序列(ssr)
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缢蛏(Sinonovacula constricta)EST-SSR分布特征及引物开发利用 被引量:29
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作者 刘博 邵艳卿 +2 位作者 滕爽爽 柴雪良 肖国强 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期132-137,共6页
采用CAP3软件对NCBI上的5296条缢蛏ESTs序列进行了微卫星特征分析。结果表明,经拼接、去冗得到非冗余EST序列3453条,含SSR位点的EST序列267条,共307个SSR位点,检出率为8.89%,平均每6.83kb出现1个SSR位点。设计了40对EST-SSR引物并进行PC... 采用CAP3软件对NCBI上的5296条缢蛏ESTs序列进行了微卫星特征分析。结果表明,经拼接、去冗得到非冗余EST序列3453条,含SSR位点的EST序列267条,共307个SSR位点,检出率为8.89%,平均每6.83kb出现1个SSR位点。设计了40对EST-SSR引物并进行PCR扩增,29对引物能扩增出理想的PCR产物,其中多态性引物14对。利用14对多态性引物分析了乐清湾缢蛏遗传多样性,共检测到等位基因数(Na)61个,每个位点的等位基因数为2—12个。二核苷酸、三核苷酸和四核苷酸重复是最主要的重复类型,分别占15.96%、37.13%和35.50%。乐清湾缢蛏群体观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)分别为0.569、0.490和0.449,表明乐清湾缢蛏遗传多样性较丰富。 展开更多
关键词 缢蛏 表达序列标签(EST) 简单重复序列(ssr)
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基于SSR标记和生物学性状进行桃遗传多样性的比较分析 被引量:25
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作者 陈巍 王力荣 +4 位作者 朱更瑞 方伟超 陈昌文 曹珂 张绍铃 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第1期86-90,96,共6页
利用生物学性状和SSR分子标记对50个桃品种进行遗传多样性研究,并将两种标记所得结果进行比较。14个生物学性状揭示出品种间的遗传相似系数范围为0~0.9,均值为0.4;而13对SSR引物揭示出遗传相似系数范围为0.52~0.97,均值为0.75。对两... 利用生物学性状和SSR分子标记对50个桃品种进行遗传多样性研究,并将两种标记所得结果进行比较。14个生物学性状揭示出品种间的遗传相似系数范围为0~0.9,均值为0.4;而13对SSR引物揭示出遗传相似系数范围为0.52~0.97,均值为0.75。对两种标记进行共表型相关系数检测,结果显示两种结果无明显差异。经Mental检测,两种标记之间相关性较差,这可能与形成机理差异大有关。进行聚类和主成分分析,生物学性状方面品种主要分为3个组且与果肉性状相关,而分子方面品种主要分为2组,与地域相关。 展开更多
关键词 生物学性状 微卫星(ssr) 遗传多样性
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SSR标记对籼稻品种的遗传多样性分析 被引量:14
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作者 黄建勋 张凯 +2 位作者 江良荣 黄育民 王侯聪 《厦门大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期120-124,共5页
利用500多对SSR标记对广陆矮4号、珍汕97B、佳辐占、明恢86和明恢63 5个籼稻亲本品种进行遗传多样性分析.结果表明,佳辐占与明恢63、明恢86、珍汕97B和广陆矮4号之间的相似系数分别为78.1%、76.1%、72.8%和71.7%.相对而言,其相似系数越... 利用500多对SSR标记对广陆矮4号、珍汕97B、佳辐占、明恢86和明恢63 5个籼稻亲本品种进行遗传多样性分析.结果表明,佳辐占与明恢63、明恢86、珍汕97B和广陆矮4号之间的相似系数分别为78.1%、76.1%、72.8%和71.7%.相对而言,其相似系数越小,遗传距离越大,因此利用佳辐占与这些品种组配较有希望选育出品质优良、综合优势明显的新品系.同时研究表明,标记间平均距离为10 cM或小于10 cM时,分析所得结果较为可靠. 展开更多
关键词 水稻 微卫星标记 遗传多样性 相似系数
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利用SSR研究不同国家桃育成品种的遗传多样性 被引量:20
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作者 陈巍 王力荣 +2 位作者 张绍铃 陈昌文 曹珂 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第5期580-584,共5页
利用34对SSR分子标记对来自不同国家的56份桃育成品种进行遗传多样性分析。筛选的13对SSR引物共检测出226个等位基因,其中多态性等位基因为222个。桃群体的平均Nei’s基因多样度为0.224,Shannon遗传多样性表型指数为0.367,说明桃总群体... 利用34对SSR分子标记对来自不同国家的56份桃育成品种进行遗传多样性分析。筛选的13对SSR引物共检测出226个等位基因,其中多态性等位基因为222个。桃群体的平均Nei’s基因多样度为0.224,Shannon遗传多样性表型指数为0.367,说明桃总群体遗传变异较低;基因分化系数为0.081,与AMOVA分析结果8.13%相近,说明2者遗传变异以群体内遗传变异为主;基因流值为5.657,则说明不同国家间桃育成品种交流比较频繁。根据Nei’s基因多样度和Shannon遗传多样性表型指数2指标所得,欧美品种群遗传变异最高,其次为中国,最后为日本。UP-GMA聚类分析结果表明,品种间的遗传距离与系谱关系基本吻合。 展开更多
关键词 简单重复序列(ssr) 遗传多样性
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植物EST-SSR技术及其应用 被引量:21
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作者 姜春芽 廖娇 +3 位作者 徐小彪 辜青青 刘善军 陈金印 《分子植物育种》 CAS CSCD 2009年第1期125-129,共5页
EST是指从EST cDNA文库中随机挑取克隆进行单轮自动测序所获得的短的、常常是未加编译的cDNA序列。目前,大约有200种植物共超过1500多万条的EST的序列,研究表明对EST进行大规模研究已成为功能基因组学研究的最佳途经之一。分析和比较ES... EST是指从EST cDNA文库中随机挑取克隆进行单轮自动测序所获得的短的、常常是未加编译的cDNA序列。目前,大约有200种植物共超过1500多万条的EST的序列,研究表明对EST进行大规模研究已成为功能基因组学研究的最佳途经之一。分析和比较EST序列就可以得到关于基因的表达、功能及进化信息,利用大量的EST序列已经成为发现新基因及了解植物新陈代谢一种简便有效的方法。通过介绍基于植物表达序列标签(EST)的微卫星(SSR)标记的研究现状,并对一些植物中利用EST-SSR标记在遗传图谱构建、遗传多样性、通用性等方面的应用进行了综合评述。同时也提出利用EST存在的一些不足及发展趋势。 展开更多
关键词 表达序列标签(EST) 简单重复序列(ssr) EST-ssr
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野生稻不同基因组的SSR多样性分析 被引量:17
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作者 郑景生 陈良兵 +1 位作者 符文英 李义珍 《分子植物育种》 CAS CSCD 2004年第1期25-34,共10页
本研究应用SSR标记分析了 18份野生稻不同基因组材料的遗传多样性。结果表明 :18份野生稻不同基因组材料可分为 3大组 ,即AA和BCD为一组、FF和GG为一组和HHJJ为一组 ;同一基因组内的野生稻亲缘较近 ,不同基因组间的亲缘较远 ;不同基因... 本研究应用SSR标记分析了 18份野生稻不同基因组材料的遗传多样性。结果表明 :18份野生稻不同基因组材料可分为 3大组 ,即AA和BCD为一组、FF和GG为一组和HHJJ为一组 ;同一基因组内的野生稻亲缘较近 ,不同基因组间的亲缘较远 ;不同基因组的平均遗传多样性和亲缘关系远近的顺序为AA >BCD >BBCC >CCDD >CC >FF ,其中CC和CCDD基因组、FF、GG和HHJJ基因组间的亲缘性较高 ,并推测CC基因组中的药用野生稻 (O officinalis)和宿根野生稻 (O rhizomatis)可能是CCDD基因组的高秆野生稻 (O alta)、阔叶野生稻 (O latifolia)和重颖野生稻 (O grandiglumis)的共同母系亲本。 展开更多
关键词 野生稻 基因组 ssr标记 遗传多样性 亲缘关系
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花生表型及SSR遗传多样性的研究 被引量:20
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作者 康红梅 李保云 孙毅 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期66-71,76,共7页
对山西省农业科学院经济作物研究所保存的75份花生材料(包括28个已审定的花生品种和47个地方品种)进行了包括株型、茸毛的有无、叶色、粒形、叶形、生长习性、开花习性、粒大小、粒色等表型性状的Shannon-Weaver遗传多样性指数(简称SWI)... 对山西省农业科学院经济作物研究所保存的75份花生材料(包括28个已审定的花生品种和47个地方品种)进行了包括株型、茸毛的有无、叶色、粒形、叶形、生长习性、开花习性、粒大小、粒色等表型性状的Shannon-Weaver遗传多样性指数(简称SWI)和Simpson遗传多样性指数(简称SI)分析。结果表明:参试的75份花生品种遗传多样性指数分别为SWI=0.924,SI=0.500,其中以开花习性最低(SWI=0.139,SI=0.014),而Shannon-Weaver指数以粒色最高为1.841,Simpson指数为0.712。利用48对SSR引物对这些材料进行了遗传多样性分析,结果如下:(1)在48对花生的SSR引物中,有35对(占所用引物总数的72.9%)具有多态性,共检测到215条多态性条带,平均每对引物可扩增6条多态性带。(2)根据SSR扩增结果对75份材料的聚类分析结果表明,这些材料的相似系数(GS)为0.25~0.85,平均GS值为0.55。28个审定品种的相似系数为0.39~0.85,平均为0.60。 展开更多
关键词 花生 ssr标记 相似系数 聚类分析
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小白菜品种的SSR指纹图谱及遗传特异性分析 被引量:18
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作者 王笑一 于拴仓 +3 位作者 张凤兰 余阳俊 赵岫云 张德双 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2008年第5期97-103,共7页
为研制我国小白菜品种的DUS测试标准,搜集和筛选了形态差异大、不同生态类型的地方品种和目前生产上栽培面积大的杂交一代品种80份,在植物学性状调查的基础上,利用SSR标记对80份小白菜品种进行了遗传特异性分析,构建了SSR指纹图谱。从13... 为研制我国小白菜品种的DUS测试标准,搜集和筛选了形态差异大、不同生态类型的地方品种和目前生产上栽培面积大的杂交一代品种80份,在植物学性状调查的基础上,利用SSR标记对80份小白菜品种进行了遗传特异性分析,构建了SSR指纹图谱。从131对SSR引物中筛选了20对多态引物组合,对80个品种进行了分析,共检测出56个多态性条带,多态性比率73.68%,平均每对引物组合产生2.8个多态性条带。用5对引物Na12E02、Na12A08、Ni4D09、BRMS-269和BRMS-296的组合获得了每个品种的SSR特征带,可以将80个品种区分开来,从而建立80份小白菜品种的SSR指纹图谱。基于SSR标记的聚类分析表明,形态相似或来源相同的品种遗传基础相近,以遗传距离为0.36为划分标准,87.50%的品种具有遗传特异性。 展开更多
关键词 小白菜 ssr标记 指纹图谱
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玉米SSR连锁图谱构建及叶面积的QTL定位 被引量:18
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作者 刘建超 褚群 +2 位作者 蔡红光 米国华 陈范骏 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期625-631,共7页
叶片是玉米进行光合作用的主要器官,叶面积的大小(尤其是穗三叶面积)对于玉米干物质的积累及产量形成起着至关重要的作用。研究玉米叶面积的遗传基础对于指导玉米高产育种具有理论意义。文章以两个叶面积差异显著的亲本478×武312... 叶片是玉米进行光合作用的主要器官,叶面积的大小(尤其是穗三叶面积)对于玉米干物质的积累及产量形成起着至关重要的作用。研究玉米叶面积的遗传基础对于指导玉米高产育种具有理论意义。文章以两个叶面积差异显著的亲本478×武312为基础材料所构建的218个F8代的重组自交系为作图群体,构建了一张包含184个SSR标记的遗传连锁图谱,图谱总长度为2084.1cM,平均图距为11.3cM。通过两年的田间试验对玉米叶面积(穗三叶)进行了QTL定位分析。两年共定位到7个和叶面积相关的QTL位点,2006年定位到4个QTL位点;2007年定位到3个QTL位点。在第2染色体umc1542-umc1518标记区间发现一个主效QTL位点,该位点可以在两年同时检测到,两年分别解释12.5%和17.3%的表型变异。该位点能稳定地检测到且具有较大的贡献率,可能会在玉米叶面积分子标记辅助选择上有所应用。 展开更多
关键词 玉米 叶面积 微卫星标记 数量性状基因
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4个丛生杂种竹的SSR分子鉴定 被引量:16
14
作者 吴妙丹 董文娟 汤定钦 《分子植物育种》 CAS CSCD 2009年第5期959-965,共7页
本研究以撑麻7号、版麻1号、青麻11号和撑麻青1号共4个丛生杂种竹及亲本为试验材料,利用从绿竹cDNA文库中开发的15个EST-SSR分子标记,鉴别4个丛生杂种竹的真实性。4个杂交竹种在DOM03、DOM05、DOM09和DOM12的4个SSR座位上扩增产物的电... 本研究以撑麻7号、版麻1号、青麻11号和撑麻青1号共4个丛生杂种竹及亲本为试验材料,利用从绿竹cDNA文库中开发的15个EST-SSR分子标记,鉴别4个丛生杂种竹的真实性。4个杂交竹种在DOM03、DOM05、DOM09和DOM12的4个SSR座位上扩增产物的电泳条带分别为其父母本条带的组合,显示了这些标记的共显性特征。进一步的测序结果验证了4个座位上的扩增产物均含有SSR序列,且杂种和亲本之间的序列具有同源性,初步验证了杂种的真实性。 展开更多
关键词 杂交竹种 ssr 分子鉴定
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铁皮石斛种质资源DNA身份证的构建及遗传相似性分析 被引量:17
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作者 余文霞 雷胄熙 +6 位作者 袁媛 吴玉林 顺庆生 魏刚 胡柳萍 胡菊婷 黄璐琦 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期16-21,共6页
该研究利用中国中医科学院中药资源中心筛选出的4对简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)引物对铁皮石斛主产区9个产地29个居群的铁皮石斛样品进行检测,4对SSR引物分别扩增出5,7,4,3条多态性带,根据不同居群的SSR指纹图谱构建DNA... 该研究利用中国中医科学院中药资源中心筛选出的4对简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)引物对铁皮石斛主产区9个产地29个居群的铁皮石斛样品进行检测,4对SSR引物分别扩增出5,7,4,3条多态性带,根据不同居群的SSR指纹图谱构建DNA身份证。聚类分析可将来自29个居群样本分成四大类,且表现出较好的地域相关性,其中来自云南、贵州、四川的铁皮石斛样品聚为一类,来自安徽和广西的铁皮石斛单独聚为一类,来自广东丹霞、浙江永康、浙江乐清及泰宁的样品聚为一类。采用PopGene(version 1.32)软件包对29个铁皮石斛居群进行遗传相似性分析,相似系数变异在0.4034~1.0。基于遗传相似系数可将不同居群铁皮石斛的遗传一致性分成A,B,C共3个等级,地理位置相近或生长地貌相似的居群遗传相似性系数较高,表明其遗传背景较为一致。本研究为铁皮石斛的品种鉴别及优良品种选育提供参考信息。 展开更多
关键词 铁皮石斛 DNA身份证 简单重复序列 遗传相似系数
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SSR分子标记的发展及其在动植物遗传育种中的应用 被引量:12
16
作者 朱英 陶刚 刘作易 《贵州农业科学》 CAS 2006年第B07期93-95,共3页
SSR是建立在PCR技术上的一种广泛应用的分子标记,本文对SSR标记的发展、特点及其在遗传图谱的构建、品种鉴定和在动植物育种等方面的研究进展进行了概述。
关键词 ssr 分子标记 育种
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江西省地方蚕豆种质资源遗传多样性分析及优异资源挖掘 被引量:13
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作者 辛佳佳 张南峰 +7 位作者 程华萍 戴兴临 张洋 涂玉琴 涂伟凤 谷德平 关峰 汤洁 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2022年第1期20-29,共10页
利用蚕豆的22个主要农艺性状和8个简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR)标记对“第三次全国农作物种质资源普查与收集行动”中收集到的57份江西省蚕豆种质资源进行遗传多样性分析。结果表明:江西省地方蚕豆种质资源具有丰富的遗传... 利用蚕豆的22个主要农艺性状和8个简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR)标记对“第三次全国农作物种质资源普查与收集行动”中收集到的57份江西省蚕豆种质资源进行遗传多样性分析。结果表明:江西省地方蚕豆种质资源具有丰富的遗传多样性,单株分枝数及单株总荚数与蚕豆籽粒的大小呈显著负相关。农艺性状聚类分析将57份种质资源分为两大类,其中第Ⅰ类群单株产量较高,可作为潜在高产优质蚕豆育种材料。8个SSR标记共扩增出65条清晰、可识别的条带,其中多态性条带49条,多态率为75.38%。通过NTSYS聚类分析,在遗传相似性系数为0.743处将57份蚕豆种质资源分为3个类群,这些类群中不同来源的种质相互交错,表明江西省蚕豆资源间的基因交流较充分。综合以上结果,筛选出4份优异的蚕豆资源,分别具有产量高、抗性强、高钙高蛋白质含量等特点,可作为蚕豆新品种的育种材料。研究结果可为蚕豆种质资源的评价利用及蚕豆育种亲本的选择等提供理论基础。 展开更多
关键词 江西 蚕豆 种质资源 简单重复序列(ssr) 遗传多样性
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枳壳EST-SSR标记的开发 被引量:12
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作者 杨春霞 温强 +1 位作者 叶金山 朱培林 《分子植物育种》 CAS CSCD 2011年第1期123-127,共5页
GenBank上已公布的枳壳EST序列为开发新的SSR标记提供了宝贵的数据资源。本研究利用在线SSR鉴定软件SSRIT分析来自枳壳EST数据库的11029条Unigene序列。分析结果共发现327条EST序列含有348个SSR位点,占总数的2.96%。其中,三核苷酸重复的... GenBank上已公布的枳壳EST序列为开发新的SSR标记提供了宝贵的数据资源。本研究利用在线SSR鉴定软件SSRIT分析来自枳壳EST数据库的11029条Unigene序列。分析结果共发现327条EST序列含有348个SSR位点,占总数的2.96%。其中,三核苷酸重复的SSR类型最多,共有161个,占检索总数的46.26%。Primer 3.0设计合成58对EST-SSR引物,其中36对能扩增出产物,6对引物产生多态性分离,分别占所设计引物总数的62.07%和10.34%。本文研究成果为今后枳壳遗传多样性分析、遗传图谱构建及比较基因组等研究方面奠定了基础。 展开更多
关键词 枳壳 表达序列标签(EST) 简单重复序列(ssr)
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84个茶树品种遗传多样性及亲缘关系的SSR分析 被引量:13
19
作者 王旭 董丽娟 +2 位作者 段继华 李赛君 张曙光 《湖南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期260-266,共7页
利用33对多态性SSR引物对84个茶树品种进行亲缘关系和遗传多样性分析,并基于SSR数据,对供试品种进行UPGMA遗传相似性聚类分析。结果表明:参试品种具有较高的遗传多样性(共检测到94个等位位点,每个引物2~4个,平均2.85个;引物多态性信息... 利用33对多态性SSR引物对84个茶树品种进行亲缘关系和遗传多样性分析,并基于SSR数据,对供试品种进行UPGMA遗传相似性聚类分析。结果表明:参试品种具有较高的遗传多样性(共检测到94个等位位点,每个引物2~4个,平均2.85个;引物多态性信息含量为0.20~0.79,平均值为0.56;可观测等位位点数最多9个,最少3个,平均4.79个;杂合度观测值为0.08~0.97,平均值为0.53;杂合度期望值为0.14~0.86,平均值为0.62;群体内的Shannon指数平均值为1.17);聚类分析结果显示,阿萨姆茶等6个品种各自形成了单独的分支,其余78个品种聚成1个大类群,在相似系数0.54处,这个大类群又可分为6个亚类群。 展开更多
关键词 茶树 遗传多样性 亲缘关系 简单重复序列 非加权组平均法
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采用SSR标记辅助选育具有Xa22(t)的云南高原粳稻新种质 被引量:10
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作者 汤翠凤 樊传章 +3 位作者 徐福荣 余腾琼 叶昌荣 戴陆园 《分子植物育种》 CAS CSCD 2005年第2期173-178,共6页
以高原粳稻新品种滇粳优1号为轮回亲本,携带Xa22(t)基因的云南地方稻种扎昌龙为供体亲本,回交后代BC_3F_1290株和BC_3F_2290个株行为供试材料,采用与Xa22(t)紧密连锁标记RM224及其它11对3132SSR标记进行辅助选择。290株BC_3F_1个体在RM... 以高原粳稻新品种滇粳优1号为轮回亲本,携带Xa22(t)基因的云南地方稻种扎昌龙为供体亲本,回交后代BC_3F_1290株和BC_3F_2290个株行为供试材料,采用与Xa22(t)紧密连锁标记RM224及其它11对3132SSR标记进行辅助选择。290株BC_3F_1个体在RM224位点上杂合基因型个体的比率为21.04%;其它11对31SSR标记位点的轮回亲本纯合基因型个体比率平均为93.07%,但不同染色体标记位点上纯合基因型的比率不同。用云南高原粳稻上的白叶枯病优势菌株YH24对亲本、BC_3F_1单株和BC_3F_2株行接种鉴定,BC_3F_1中RM224位点上杂合基因型的61个植株表现为抗至中抗,RM224位点上滇粳优1号纯合基因型单株都表现为感病;由RM224位点杂合基因型BC_3F_1单株衍生的61个BC_3F_2代株行表现为抗、感分离。 展开更多
关键词 亲本 单株 标记位点 粳稻 基因型 云南高原 新种质 杂合 辅助 携带
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