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颗粒结合型淀粉合成酶研究进展 被引量:20
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作者 时岩玲 田纪春 《麦类作物学报》 CAS CSCD 2003年第3期119-122,共4页
本文综述了小麦胚乳中合成直链淀粉的关键酶——颗粒结合型淀粉合成酶(GBSS)的研究进展,展望了GBSS的研究前景。小麦中的GBSS基因在种子中特异表达;控制3个Waxy位点的基因Wx-A_1、Wx-B_1和Wx-D_1,分别位于7AS、4AL和7DS上;六倍体小麦和... 本文综述了小麦胚乳中合成直链淀粉的关键酶——颗粒结合型淀粉合成酶(GBSS)的研究进展,展望了GBSS的研究前景。小麦中的GBSS基因在种子中特异表达;控制3个Waxy位点的基因Wx-A_1、Wx-B_1和Wx-D_1,分别位于7AS、4AL和7DS上;六倍体小麦和二倍体小麦中3个GBSS的DNA序列从起始密码子到终止密码子,Wx-A_1为2781bp,Wx-B_1为2794bp,Wx-D_1为2862bp。基因的完全编码区含有11个外显子和10个内含子,在核苷酸序列上三个糯基因彼此之间有惊人的同源性;研究表明,直链淀粉含量和淀粉糊化特性受Wx-B_1的影响最大,其次是Wx-_D1缺失蛋白,Wx-A_1缺失蛋白的影响最小。GBSS的鉴定技术包括I_2-KI染色、电泳和分子标记技术鉴定。 展开更多
关键词 颗粒结合型淀粉合成酶 小麦 胚乳 直链淀粉 序列特征 签定技术 种类 基因表达
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苦瓜谷胱甘肽磷脂氢过氧化物酶cDNA的克隆及其特征分析 被引量:14
2
作者 李文君 刘进元 赵南明 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2001年第6期908-911,共4页
根据谷胱甘肽磷脂氢过氧化物酶 (PHGPX)氨基酸序列中高度保守的区段设计引物 ,采用RACE PCR从苦瓜中克隆到一个全长 92 7bp的cDNA片段 .DNA序列的数据库分析比较表明 ,该cDNA编码 16 7个氨基酸 ,含有动植物PHGPX的特征结构 ,是一个新发... 根据谷胱甘肽磷脂氢过氧化物酶 (PHGPX)氨基酸序列中高度保守的区段设计引物 ,采用RACE PCR从苦瓜中克隆到一个全长 92 7bp的cDNA片段 .DNA序列的数据库分析比较表明 ,该cDNA编码 16 7个氨基酸 ,含有动植物PHGPX的特征结构 ,是一个新发现的苦瓜PHGPX基因 (mocPHGPX) .RNA印迹结果显示 ,该基因在苦瓜幼苗的根中表达相对较弱 ,茎的信号较强 ,叶中最强 . 展开更多
关键词 苦瓜 CDNA 克隆 序列特征 谷胱甘肽磷脂氢过氧化物酶 植物
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液质联用(LC/MS)技术在单克隆抗体(曲妥珠单抗)结构表征上的应用 被引量:13
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作者 Henry Shion Asish Chakraborty +5 位作者 YU Ying-qing 陈熙 孙庆龙 Scott Berger CHEN Wei-bin 宋兰坤 《中国新药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期418-426,431,共10页
目的:应用LC/MS(液质联用)和LC/MSE方法(液相色谱/非数据依赖二级质谱数据采集方法,等频率切换高与低碰撞能量进行质谱数据扫描)对单克隆抗体(曲妥珠单抗,人源化单克隆免疫球蛋白IgG1)的结构进行深度表征。方法:先用LC/MS对曲妥珠单抗... 目的:应用LC/MS(液质联用)和LC/MSE方法(液相色谱/非数据依赖二级质谱数据采集方法,等频率切换高与低碰撞能量进行质谱数据扫描)对单克隆抗体(曲妥珠单抗,人源化单克隆免疫球蛋白IgG1)的结构进行深度表征。方法:先用LC/MS对曲妥珠单抗完整蛋白及其亚基(轻链和重链)的相对分子质量进行测定;然后用多种酶(胰蛋白酶和AspN)酶解蛋白并用LC/MSE肽图分析法对曲妥珠单抗的氨基酸全序列进行解析和确定,同时对可能发生的翻译后修饰(PTMs)进行定性和定量分析。再通过PNGase F酶来释放抗体上的糖链并应用LC/FLR/MS(液相色谱荧光检测与质谱联用)方法对其糖基化修饰进行结构分析及确认。结果:对曲妥珠单抗的完整蛋白及其亚基(轻链和重链)的相对分子质量测定得到良好的质量准确度,由此可判定特定蛋白修饰在轻链和重链上的分布。通过对曲妥珠单抗酶解后的氨基酸全序列确认,可对其翻译后修饰以及可能的错误氨基酸序列进行解析。该抗体肽图分析的氨基酸序列覆盖率是100%。糖基化分析是通过对游离的N-链接寡糖进行2-AB荧光标记后再用LC/FLR/MS(液相色谱荧光检测与质谱联用)方法来进行的。联合使用这些分析方法,能够有效地对不同批号和不同工艺的抗体药物进行常规质量检测和深度表征,控制药物质量,为患者提供安全可靠的生物治疗药品。结论:结合液质联用(LC/MS和LC/MSE)技术,通过完整蛋白相对分子质量的测量,肽图分析测定氨基酸序列以及翻译后修饰的定性和定量分析,结合游离N-链接寡糖的分析表征,对单克隆抗体曲妥珠单抗进行了全面的结构表征,并建立了一套单克隆抗体结构表征的平台化方案。 展开更多
关键词 曲妥珠单抗 单克隆抗体 序列变异 翻译后修饰 PTMS N-链接糖基化 寡糖 微观非均质特征 单克隆抗体表征 完整蛋白相对分子质量测量 肽图谱 肽图 序列覆盖率 糖链分析 2-AB标记 UPLC QTof MS LC MS LC MS E BiopharmaLynx 液相色谱荧光检测与质谱联用
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一起儿童病毒性脑炎暴发肠道病毒ECHO6型分离株VP1基因特征分析 被引量:13
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作者 陈前进 曹春远 +4 位作者 吴水新 杨秀惠 罗招福 何云 廖亦红 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期523-526,共4页
目的对埃可病毒6型(ECHO6)福建龙岩分离株进行分子生物学分析,阐明ECHO6病毒福建龙岩分离株的分子生学特征及其与世界其它分离株的基因关系。方法采集暴发病例脑脊液标本,用RD细胞进行分离病毒,阳性分离物采用中和试验及PCR序列分析确... 目的对埃可病毒6型(ECHO6)福建龙岩分离株进行分子生物学分析,阐明ECHO6病毒福建龙岩分离株的分子生学特征及其与世界其它分离株的基因关系。方法采集暴发病例脑脊液标本,用RD细胞进行分离病毒,阳性分离物采用中和试验及PCR序列分析确定其血清型别;RT-PCR扩增VP1基因全长,测定序列进行同源性及亲缘进化树分析。结果 13例细胞培养阳性分离物经中和试验及序列分析结果均为ECHO6。随机选取4株病毒株进行VP1全基因序列分析显示:4个病毒株之间同源性>99%;与山东病毒株E6/SD/sewage/081226/2-2同源性高于其他参考株。在遗传进化树上,4株分离病毒株同属一个分支,为C2亚型。结论 ECHO6是引起本次福建省龙岩市长汀县儿童病毒性脑炎暴发的病原体,其基因型为C2亚型。 展开更多
关键词 病毒性脑炎 埃可病毒6型 序列分析 基因特征
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白及苯丙氨酸解氨酶基因的克隆、序列特征及激素响应表达分析 被引量:13
5
作者 罗才林 李林 +5 位作者 陈立 邓琴 张俊 马璇 徐德林 钱刚 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期694-701,共8页
目的苯丙氨酸解氨酶(PAL)是植物次生代谢与抗逆反应的关键酶类之一,研究PAL基因的序列信息与逆境胁迫响应模式,揭示其蛋白结构与功能及抗逆信号网络。方法采用RT-PCR、RACE技术获得白及PAL基因c DNA全长;Protparam、SOPMA、SWISS-MODEL... 目的苯丙氨酸解氨酶(PAL)是植物次生代谢与抗逆反应的关键酶类之一,研究PAL基因的序列信息与逆境胁迫响应模式,揭示其蛋白结构与功能及抗逆信号网络。方法采用RT-PCR、RACE技术获得白及PAL基因c DNA全长;Protparam、SOPMA、SWISS-MODEL等生物信息学软件分析其编码蛋白的理化特性、结构域等特征;DNAMAN、MEGA软件分别进行氨基酸多序列比对与系统进化分析;实时荧光定量PCR(q RT-PCR)技术进行PAL基因时空表达特异性与外源激素胁迫下响应检测。结果克隆得到的Bs PAL基因c DNA全长为2 708 bp,编码1条797个氨基酸组成的多肽,预测蛋白质相对分子质量为86 216.94,等电点6.24,具有植物PAL酶的典型结构域和活性中心,不具有跨膜结构域,与铁皮石斛、蝴蝶兰的PAL基因亲缘关系最近。q RT-PCR结果表明白及根中PAL表达量显著高于叶与茎。在Me JA处理下,PAL表达量呈逐渐上升再下降的趋势;SA处理下,则是先下降再上升的趋势。结论白及PAL基因的克隆与序列特征分析、表达检测及响应Me JA和SA胁迫后的表达变化为阐明白及苯丙烷代谢途径与激素信号通路研究提供实验基础。 展开更多
关键词 白及 苯丙氨酸解氨酶 基因克隆 序列特征 表达分析 激素响应
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栉孔扇贝Cf-dmrt4-like基因的克隆、序列特征及表达分析 被引量:11
6
作者 冯政夫 邵明瑜 +1 位作者 孙大鹏 张志峰 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期930-940,共11页
DMRT家族是一类转录因子,在性别决定与分化、器官形成等早期胚胎发育中起重要的作用。本研究采用简并PCR扩增和cDNA末端快速扩增技术(RACE),从栉孔扇贝(Chlamys farreri)精巢中克隆得到1个全长为2312bp的dmrtcDNA序列,其开放阅读框(Open... DMRT家族是一类转录因子,在性别决定与分化、器官形成等早期胚胎发育中起重要的作用。本研究采用简并PCR扩增和cDNA末端快速扩增技术(RACE),从栉孔扇贝(Chlamys farreri)精巢中克隆得到1个全长为2312bp的dmrtcDNA序列,其开放阅读框(Open reading frame,ORF)1110bp,编码369个氨基酸,具有dmrt基因家族共有的DM保守结构域。同源比对和系统进化分析结果显示,其为Cf-dmrt4-like基因。半定量RT-PCR结果显示,该基因从受精卵至匍匐幼虫各发育时期均有表达,卵裂期表达量较高;在雄性成体的鳃和精巢以及雌性成体的外套膜、鳃、肾和闭壳肌中表达,但卵巢中未见表达。qRT-PCR检测不同发育时期的精卵巢,以成熟期精巢表达量最高。由此推测,栉孔扇贝Cf-dmrt4-like基因参与个体的早期发育,并在两性成体中发挥着不同的作用。 展开更多
关键词 栉孔扇贝 DMRT基因 全长CDNA 序列特征 组织表达
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远志叶绿体基因组序列特征与系统发育分析 被引量:6
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作者 王星璐 李慧娟 +3 位作者 赵伟 李彦青 秦雪梅 张福生 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期3655-3665,共11页
目的解析远志Polygalatenuifolia叶绿体基因组信息序列特征和确定其在远志属的系统位置。方法获得远志叶绿体基因组序列,借助Ge Seq、Chloroplot、MISA、REPute、Tandem repeats finder、CodonW、Geneious、IRscope、MAFFT7和IQtree2.0.... 目的解析远志Polygalatenuifolia叶绿体基因组信息序列特征和确定其在远志属的系统位置。方法获得远志叶绿体基因组序列,借助Ge Seq、Chloroplot、MISA、REPute、Tandem repeats finder、CodonW、Geneious、IRscope、MAFFT7和IQtree2.0.5等生物信息学工具进行序列分析、密码子偏好分析、远志属基因组比较分析和系统发育研究。结果远志的叶绿体基因组全长165423 bp,为典型的环状四段式结构;包括1个大单拷贝区(large single copy,LSC;83699 bp),1个小单拷贝区(small single copy,SSC;8044 bp)和1对反向重复区(inverted repeats,IRs;36840 bp),该基因组共注释到135个基因,包括8个rRNA基因、38个tRNA基因和89个蛋白编码基因。该基因组中共检测到161个SSR位点,223条散在重复序列,90条串联重复序列;亮氨酸(Leu)是远志叶绿体基因组中使用次数最高的氨基酸(10.21%),同义密码子相对使用频次(RSCU)>1的密码子有35种且均以A/U结尾;序列长度、基因组成以及GC含量等方面相对保守。IR边界分析除了西南远志Polygala crotalarioides和密花远志Polygala karensium外,其余远志属边界高度保守;基于远志科9个物种的叶绿体基因组数据同时选择远志属的近缘类鸦胆子Brucea javanica和九里香Murraya exotica作为外类群,采用最大似然法和邻接法分别构建系统发育树,支持率均为100,显示远志P.tenuifolia与卵叶远志Polygala sibirica、瓜子金Polygala japonica和香港远志Polygalahongkongensis聚类到一起,能够反映远志属的亲缘关系。结论远志与卵叶远志、瓜子金和香港远志的亲缘关系最近。首次采用生物信息学分析方法对远志叶绿体基因组进行了全面、深度解析,结果将为远志属药用植物的遗传多样性分析以及新品系的遗传育种研究等提供理论依据。 展开更多
关键词 远志 叶绿体基因组 序列特征 密码子偏好性 系统发育分析
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地黄环烯醚萜合酶基因的克隆、序列特征与表达分析 被引量:10
8
作者 杨超飞 李欣容 +4 位作者 智惊宇 耿晓桐 洪利亚 王丰青 谢彩侠 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期2472-2479,共8页
环烯醚萜合酶(IS)是环烯醚萜类成分合成途径的关键酶,催化10-oxogeranial生成烯醇化物中间体epi-iridodial。该文通过同源比对,在地黄转录组中筛选出4条与长春花CrIS同源的cDNA序列,长度分别为1 527,1 743,1 425,1 718 bp,依次命名为RgI... 环烯醚萜合酶(IS)是环烯醚萜类成分合成途径的关键酶,催化10-oxogeranial生成烯醇化物中间体epi-iridodial。该文通过同源比对,在地黄转录组中筛选出4条与长春花CrIS同源的cDNA序列,长度分别为1 527,1 743,1 425,1 718 bp,依次命名为RgIS1,RgIS2,RgIS3,RgIS4。它们编码389~392个氨基酸残基,蛋白质相对分子质量44. 30~44. 74 k Da,等电点pI在5. 30~5. 87,亚细胞定位预测均分布在细胞质中。序列分析表明地黄4个环烯醚萜合酶的氨基酸序列均包含6个保守的短链脱氢酶/还原酶(SDR)基序,其三维结构包含N端Rossmann结构域和C端伸展结构域。进化分析表明,RgIS3与CrIS、橄榄OeIS聚在同一类群,另外3个环烯醚萜合酶与其他植物的15个蛋白亲缘关系较近。实时荧光定量PCR分析表明,RgIS1和RgIS3在展开叶中表达量均最高,RgIS2在茎中表达量最高,而RgIS4在块根中表达量最高。RgIS1和RgIS2在QH1的非菊花心部位表达量较高,RgIS3在2个品种的非菊花心部位表达量均较高,而RgIS4在QH1菊花心有较高的表达量。RgIS1,RgIS2和RgIS3在MeJA处理后的毛状根均显著上调表达。因此,该研究为进一步研究地黄环烯醚萜合酶的分子功能奠定基础,同时有助于揭示地黄环烯醚萜类成分的合成机制。 展开更多
关键词 地黄 环烯醚萜合酶基因 克隆 序列分析 表达特性
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鲮β-肌动蛋白基因和启动子的克隆及序列特征分析 被引量:6
9
作者 张殿昌 邵艳卿 +1 位作者 苏天凤 江世贵 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2007年第3期345-351,共7页
鲮(Cirrhinus molitorella)是华南地区重要的淡水养殖品种之一,但是鲮生长速度慢,且不耐低温,是目前鲮养殖产业所面临的主要问题。作为利用转基因技术培育快速生长鲮新品系研究工作的一部分,本实验利用PCR和一种新的染色体步移方法克隆... 鲮(Cirrhinus molitorella)是华南地区重要的淡水养殖品种之一,但是鲮生长速度慢,且不耐低温,是目前鲮养殖产业所面临的主要问题。作为利用转基因技术培育快速生长鲮新品系研究工作的一部分,本实验利用PCR和一种新的染色体步移方法克隆了鲮β-肌动蛋白(β-actin)基因启动子和全基因组DNA序列。鲮β-actin基因长4 351 bp,由6个外显子和5个内含子组成。鲮β-actin基因启动子区域包含1个TATA盒,1个CCAAT盒,2个CArG调控元件和1个CRE调控元件,并且鲮β-actin基因内含子1中也含有一个CArG调控元件。这些结构特征说明本研究所克隆的鲮β-actin基因序列具有典型的启动子特征。鲮β-actin基因启动子的克隆为转基因鲮表达载体的构建提供了一个重要的调控结构元件。 展开更多
关键词 Β-肌动蛋白 启动子 序列特征 转基因鱼
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Method and Description of Sedimentary System Characterization Based on Sequence Stratigraphy
10
作者 Jianmin Zhang Hui Cai +1 位作者 Honglin Yue Pengfei Mu 《Journal of Geoscience and Environment Protection》 2024年第5期60-68,共9页
A Oilfield is the most representative mid to deep oil field in the Bohai Sea, with the main oil bearing intervals being the upper and middle Shahejie-3 sections of the Paleogene Shahejie Formation. By combining well s... A Oilfield is the most representative mid to deep oil field in the Bohai Sea, with the main oil bearing intervals being the upper and middle Shahejie-3 sections of the Paleogene Shahejie Formation. By combining well seismic analysis, the middle section of Shahejie-3 is divided into high-level system tract and forced lake retreat system tract, corresponding to the II oil formation and I oil formation, respectively. Using sequence stratigraphy methods, based on seismic profiles and drilling lithological cycles, the high stand system tract is divided into 5 stages of delta progradation. The first and second stages are high angle S-type progradation with large sedimentary thickness, the third stage is oblique progradation, and the fourth and fifth stages are S-oblique composite progradation;By combining seismic data, we characterized the large-scale (8 small-scale) progradation bodies of 5 periods, clarified the distribution characteristics of reservoir planes, and laid the foundation for the later exploration of oilfield potential. 展开更多
关键词 Middle Section of Shasan sequence Stratigraphy Sedimentary System characterization
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黄瓜全基因组SnRK2基因的鉴定和序列特征分析 被引量:7
11
作者 李利斌 曹齐卫 +1 位作者 张允楠 孙小镭 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期800-807,共8页
植物SnRK2基因在逆境应答和ABA信号转导及生长发育过程中具有重要功能。但是有关黄瓜(cucumis satovus L.)SnRK2全基因组水平的研究鲜见报道。本文利用生物信息学的方法从黄瓜基因组中鉴定出9个SnRK2基因,并对这些基因的染色体分布、内... 植物SnRK2基因在逆境应答和ABA信号转导及生长发育过程中具有重要功能。但是有关黄瓜(cucumis satovus L.)SnRK2全基因组水平的研究鲜见报道。本文利用生物信息学的方法从黄瓜基因组中鉴定出9个SnRK2基因,并对这些基因的染色体分布、内含子-外显子结构、系统进化、顺式调控元件等进行了系统分析。结果显示,黄瓜的SnRK2基因不均匀地的分布在基因组中,它们的外显子多数为9,编码区序列长度在909-1140bp之间。它们在遗传上分为3个不同的类群,预测编码的蛋白都具有激酶的典型结构。而且,在SnRK2基因上游调控序列中都含有多个不同激素和逆境应答顺式元件,预示它们在逆境应答和激素信号转导过程中具有一定功能。本文为进一步研究黄瓜SnRK2基因在逆境和激素应答中的功能奠定了基础。 展开更多
关键词 黄瓜 蔗糖非发酵因子1相关蛋白激酶2 基因组分布 遗传进化 序列特征分析
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家蚕谷胱甘肽-S-转移酶基因BmGSTz1的克隆、序列分析及组织表达特征 被引量:7
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作者 余泉友 房守敏 +2 位作者 左伟东 张泽 鲁成 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第10期1061-1068,共8页
谷胱甘肽-S-转移酶(GSTs)是一个功能广泛的超基因家族,其中Zeta家族在动物、植物和细菌中均有分布。在哺乳动物中,Zeta GSTs具有马来酰乙酰乙酸异构酶(MAAI)活性,参与苯丙氨酸/酪氨酸的代谢过程。本研究对家蚕Bombyxmori基因组中预测的... 谷胱甘肽-S-转移酶(GSTs)是一个功能广泛的超基因家族,其中Zeta家族在动物、植物和细菌中均有分布。在哺乳动物中,Zeta GSTs具有马来酰乙酰乙酸异构酶(MAAI)活性,参与苯丙氨酸/酪氨酸的代谢过程。本研究对家蚕Bombyxmori基因组中预测的GST基因(BmGSTz1)进行了表达序列标签的搜索,经拼接后获得一条含有3′和5′非翻译区在内的长度为1239bp的cDNA序列,其3′端含有AATAAA加尾信号。BmGSTz1基因含有4个内含子,外显子/内含子边界均符合GT-AG规则。经TA克隆证实,BmGSTz1基因编码区序列全长648bp,共编码215个氨基酸。BmGSTz1推定的分子量为24.8kD,等电点pI为8.06。BmGSTz1与其他昆虫和哺乳动物GSTz1的氨基酸序列高度保守,进化分析表明家蚕BmGSTz1与黑腹果蝇Drosophila melanogaster、冈比亚按蚊Anopheles gambiae、意大利蜜蜂Apismellifera和赤拟谷盗Tribolium castaneum的GSTz1形成1∶1∶1∶1∶1的直系同源关系。RT-PCR和基因芯片数据表明BmGSTz1在家蚕5龄第3天幼虫各组织中都有表达。序列和组织表达特征分析结果提示家蚕BmGSTz1可能具有MAAI活性,这将为进一步深入研究BmGSTz1基因的功能提供参考。 展开更多
关键词 家蚕 谷胱甘肽-S-转移酶 酪氨酸代谢 序列分析 CDNA克隆 表达特征
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白鼠尾草叶绿体基因组序列特征与系统进化分析
13
作者 房振西 季倩 +2 位作者 胡佳栋 陈万生 李卿 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期1484-1493,共10页
白鼠尾草(Salvia apiana Jepson)是唇形科鼠尾草属多年生亚灌木植物,具有悠久的药用历史。本研究采用PacBio HiFi三代测序技术对白鼠尾草叶绿体基因组进行了测序,完成了物理图谱绘制,对其基因组序列结构特征、密码子偏好性和重复序列进... 白鼠尾草(Salvia apiana Jepson)是唇形科鼠尾草属多年生亚灌木植物,具有悠久的药用历史。本研究采用PacBio HiFi三代测序技术对白鼠尾草叶绿体基因组进行了测序,完成了物理图谱绘制,对其基因组序列结构特征、密码子偏好性和重复序列进行了分析,并与同属近缘物种进行了系统进化和叶绿体基因组比较分析。白鼠尾草叶绿体基因组序列长度为151701 bp(GenBank登录号:OR389048),包含典型的四分体结构,GC含量为38.06%。共注释得到132个基因,包括87个蛋白质编码基因、37个tRNA基因和8个rRNA基因,其中17个基因含有内含子,18个基因为双拷贝基因。密码子偏好性分析显示,白鼠尾草密码子偏好使用A或U结尾的密码子。白鼠尾草叶绿体重复结构分析共检测得到170个简单重复序列(SSR)位点和65条散在重复序列,大部分SSR位点由A和T碱基组成。与同属21个药用植物的叶绿体全基因组系统进化分析显示,白鼠尾草与西班牙鼠尾草(Salvia hispanica Ettling.ex Willk.&Lange)、墨西哥鼠尾草(Salvia leucantha Cav.)和椴叶鼠尾草(Salvia tiliifolia Vahl)亲缘关系最近。叶绿体基因组比较分析显示,白鼠尾草的反向重复区域(IR)边界存在轻微的收缩和扩张情况,且叶绿体基因组序列中存在多处高遗传变异区。本研究建立了一种适用于利用三代测序数据组装白鼠尾草叶绿体基因组的方法,首次对白鼠尾草叶绿体基因组进行了较为全面和深入的解析,为白鼠尾草叶绿体基因工程、遗传多样性分析、分子育种及物种鉴定等研究提供了理论依据。 展开更多
关键词 白鼠尾草 叶绿体基因组 序列特征 密码子偏好性 系统进化
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柑橘类病毒的分子鉴定与分型 被引量:6
14
作者 马先锋 韩健 +3 位作者 邓子牛 舒广平 Rizza S Catara A 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第9期2670-2677,共8页
【目的】检测湖南地区柑橘所携带的柑橘类病毒类型,并鉴定柑橘类病毒的亚型。【方法】以田间柑橘枝条韧皮部为试材,提取总RNA,反转录成cDNA,再用不同类型类病毒的特异引物进行PCR扩增,鉴定出各个样品所携带的柑橘类病毒类型;通过测序分... 【目的】检测湖南地区柑橘所携带的柑橘类病毒类型,并鉴定柑橘类病毒的亚型。【方法】以田间柑橘枝条韧皮部为试材,提取总RNA,反转录成cDNA,再用不同类型类病毒的特异引物进行PCR扩增,鉴定出各个样品所携带的柑橘类病毒类型;通过测序分析各类型的序列,并与国内外报道的序列进行同源性分析,确定所测样品的亚型。【结果】建立了CEVd、CVdII、CVdⅢ等柑橘类病毒的RT-PCR检测方法。在5个供试样品中检测出3种类型的柑橘类病毒,即柑橘裂皮病类病毒(citrus exocortis viroid,CEVd)、柑橘类病毒Ⅱ型(citrus viriodⅡ,CVdⅡ,又名hop stunt viroid,HSVd)和柑橘类病毒Ⅲ型(citrus viriodⅢ,CVdⅢ),其中CVdⅡ和CVdⅢ为国内首次发现。亚型分析表明CVdⅡ可能为新的亚型;CVdⅢ为b亚型,可能具有矮化功能。【结论】在中国鉴定出3种类型的柑橘类病毒,CEVd与国内已报道的序列完全一致,其中CVdⅡ和CVdⅢ为首次在中国发现;检测到的CVdⅡ可能为新的亚型。 展开更多
关键词 柑橘 类病毒 检测 序列分析 分型
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锈毛钝果寄生叶绿体基因组的序列特征和系统发育分析 被引量:2
15
作者 蒋明 王军峰 +4 位作者 吴丹 朱晏 汤紫依 何海叶 张慧娟 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2023年第10期3273-3280,共8页
目的 以药用植物锈毛钝果寄生Taxilluslevinei为材料,在高通量测序、组装的基础上,明确叶绿体因组的结构、序列特征和系统发育关系。方法 利用SDS法提取基因组DNA,采用Illumina HiSeq X Ten进行高通量测序,用Novo Plasty组装叶绿体基因... 目的 以药用植物锈毛钝果寄生Taxilluslevinei为材料,在高通量测序、组装的基础上,明确叶绿体因组的结构、序列特征和系统发育关系。方法 利用SDS法提取基因组DNA,采用Illumina HiSeq X Ten进行高通量测序,用Novo Plasty组装叶绿体基因组,借助PhyML生成系统发育树。结果 锈毛钝果寄生的叶绿体基因组全长为122 208 bp,GC值为37.3%,大单拷贝区(large single copy region,LSC)、小单拷贝区(small single copy region,SSC)和反向重复区(inverted repeat region,IR)的长度分别为70 522、6084和22 801 bp;锈毛钝果寄生的叶绿体基因组共有基因108个,其中的编码蛋白基因、t RNA与r RNA分别为66、29和8个,另有5个假基因;inf A基因、所有的ndh基因及6个t RNA发生丢失。序列比对结果表明,锈毛钝果寄生与桑寄生T. sutchuenensis (Lecomte) Danser叶绿体基因组之间的相似性最高,达96.7%。系统发育分析结果表明,7种植物在发育树上分成5组,其中,锈毛钝果寄生与桑寄生和广寄生聚于一组。结论 锈毛钝果寄生叶绿体基因组的组装、序列分析和系统发育分析,为后续开展遗传结构和遗传多样性研究奠定了基础,并为桑寄生科植物的进化和系统发育研究提供了依据。 展开更多
关键词 锈毛钝果寄生 桑寄生 广寄生 叶绿体基因组 序列特征 系统发育分析
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栉孔扇贝17β-hsd4基因的克隆和表达分析 被引量:6
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作者 王丹 李海龙 +2 位作者 毕颖 刘建国 张志峰 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期367-375,共9页
为了研究17β-hsd4基因在无脊椎动物生殖过程中的作用,实验从栉孔扇贝转录组数据库中获得一个表达序列标签,采用cDNA末端快速扩增技术克隆得到1条全长为2 417 bp的cDNA序列,其开放阅读框为2 223 bp,编码740个氨基酸,推测的氨基酸序列含... 为了研究17β-hsd4基因在无脊椎动物生殖过程中的作用,实验从栉孔扇贝转录组数据库中获得一个表达序列标签,采用cDNA末端快速扩增技术克隆得到1条全长为2 417 bp的cDNA序列,其开放阅读框为2 223 bp,编码740个氨基酸,推测的氨基酸序列含有17β-HSDs特有的4个保守区和17β-HSD4的3个酶结构域,且与人等脊椎动物的序列相似性均在58%以上。半定量RT-PCR显示,该基因在栉孔扇贝精巢、卵巢、肌肉、外套膜、鳃、肝胰腺和肾脏等各组织中均有表达,其中在肝胰腺和肾脏中表达量明显高于其他组织。对不同发育时期性腺中该基因表达的qRT-PCR检测发现,其在精卵巢发育周期的表达模式不同,且在生长期和成熟期的精巢中表达量显著性高于同时期的卵巢。由此推测,栉孔扇贝多种组织中均可以合成17β-HSD4,在精巢的发育和成熟的作用明显高于卵巢。 展开更多
关键词 栉孔扇贝 17β-hsd4基因 克隆 序列特征 组织表达
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卵叶远志叶绿体基因组序列特征与系统发育分析 被引量:2
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作者 罗瑶 胡本祥 +9 位作者 张晗 史嘉周 姬海月 净易尧 陈晓颖 王帮庆 颜永刚 赵璠 李艳茸 彭亮 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2023年第18期6065-6073,共9页
目的解析卵叶远志Polygala sibirica叶绿体因组的序列特征和系统发育关系。方法利用CTAB法提取卵叶远志叶片基因组DNA,通过IlluminaHi Seq平台测序,再用Get Cellelle组装叶绿体基因组,通过MEGA11构建邻接法(neighbor-joining,NJ法)系统... 目的解析卵叶远志Polygala sibirica叶绿体因组的序列特征和系统发育关系。方法利用CTAB法提取卵叶远志叶片基因组DNA,通过IlluminaHi Seq平台测序,再用Get Cellelle组装叶绿体基因组,通过MEGA11构建邻接法(neighbor-joining,NJ法)系统发育树。结果卵叶远志的叶绿体基因组全长165192bp,GC含量为36.70%,共编码124个基因,其中包含8个rRNA基因、42个tRNA基因和74个蛋白编码基因;相对同义密码子使用度显示,67.29%的密码子的使用度>1,密码子偏好A、T结尾;共检测到287个简单重复序列(simple sequence repeats,SSR),其中以单核苷酸重复次数最多,占80.61%,单核苷酸主要由A和T组成,这表明在碱基形成过程中A和T被频繁使用;边界分析显示,9种远志属植物叶绿体基因组边界较为稳定,卵叶远志、香港远志P.hongkongensis、远志P.tenuifolia、瓜子金P.japonica和合叶草P.subopposite基因结构存在相似性;变异分析显示,9种远志属植物叶绿体基因组变异幅度较小;系统发育分析结果显示,卵叶远志、香港远志、瓜子金、远志、合叶草和西南远志P.crotalarioide因较高的支持率可聚成一支。结论构建了高质量的卵叶远志全叶绿体基因组,为卵叶远志的遗传结构和遗传多样性研究奠定了基础。 展开更多
关键词 远志 卵叶远志 叶绿体基因组 序列特征 系统发育
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中华蜜蜂Smoothened基因的鉴定、表达及生物信息学分析
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作者 于点点 申红英 +2 位作者 王珏 郭媛 郭丽娜 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2024年第3期230-238,共9页
旨在明确中华蜜蜂Smoothened基因(AcerSmo)的序列特征及表达特性,为进一步研究其在蜜蜂体内的功能奠定理论基础,对中华蜜蜂AcerSmo基因DNA序列进行扩增鉴定,运用多种生物信息学软件对其进行结构和功能分析,并采用RT-qRCR对中华蜜蜂不同... 旨在明确中华蜜蜂Smoothened基因(AcerSmo)的序列特征及表达特性,为进一步研究其在蜜蜂体内的功能奠定理论基础,对中华蜜蜂AcerSmo基因DNA序列进行扩增鉴定,运用多种生物信息学软件对其进行结构和功能分析,并采用RT-qRCR对中华蜜蜂不同组织和发育时期的表达特性进行检测。序列分析结果表明,基因cDNA全长3 495 bp(GenBank登录号:OP616035),其中开放阅读框(ORF)区域2 952 bp,共编码936个氨基酸。该蛋白理论分子质量为111.15 ku,理论等电点为8.82,属于不稳定的两性蛋白。该蛋白N-末端有一段含21个氨基酸的信号肽,有6个跨膜结构域,亚细胞定位主要在内质网和细胞核。该蛋白二级结构和三级结构以无规则卷曲(50.76%)为主,其次为α-螺旋(25.33%),从昆虫到哺乳动物,AcerSmo蛋白序列高度保守;荧光定量PCR结果表明,AcerSmo在30日龄中华蜜蜂不同组织中均存在表达,而在触角与头的表达量显著高于其他组织,在中华蜜蜂触角与头组织中,5日龄时AcerSmo的mRNA表达量最高。AcerSmo蛋白具有Smoothened蛋白的保守结构,且在触角中呈高丰度表达,推测AcerSmo基因可能在蜜蜂的嗅觉识别过程发挥着重要作用。 展开更多
关键词 中华蜜蜂 SMOOTHENED 序列特征 生物信息学 表达特性
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桃潜隐花叶类病毒花叶分离物的分子和生物学特性分析
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作者 张子萌 卢美光 +1 位作者 杨丽娟 李世访 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期259-268,共10页
桃潜隐花叶类病毒(peach latent mosaic viroid,PLMVd)是桃树上的重要类病毒。PLMVd侵染桃树后会引起花叶、黄化和白化等不同的叶片症状。目前,PLMVd侵染引发花叶的机制不明。本文克隆了来自我国田间油桃样品的花叶(M)分离物和无症状(N... 桃潜隐花叶类病毒(peach latent mosaic viroid,PLMVd)是桃树上的重要类病毒。PLMVd侵染桃树后会引起花叶、黄化和白化等不同的叶片症状。目前,PLMVd侵染引发花叶的机制不明。本文克隆了来自我国田间油桃样品的花叶(M)分离物和无症状(N)分离物的86条PLMVd全长序列,大小为336~338 nt。用DnaSP 5.0对克隆的序列进行分析,获得31条单体型(变体)序列,来自M分离物的单体型多样性(Haplotype diversity)较低为0.79,N分离物较高为0.90。与无症状的N分离物序列相比,M分离物序列变异主要发生在全序列的五个核苷酸区,来自M分离物的MY1单体型序列为优势序列,与少数其他序列变体聚在系统发育树的Group I,并与已报道的典型白化P1.148分离物序列相似性为89.4%。通过PLMVd侵染性克隆和基因合成的构建、接种方法的比较,构建了有侵染性的PLMVd二倍体和有效接种技术。构建的PLMVd MY1二倍体cDNA质粒,通过强化茎切接种法接种,能系统侵染山毛桃并表现典型的花叶症状。研究结果为进一步研究PLMVd引发花叶的分子机制奠定了基础。 展开更多
关键词 桃潜隐花叶类病毒 桃花叶 序列 分子特征 生物学特性
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Sequences Characterization of Microsatellite DNA Sequences in Pacific Abalone(Haliotis discus hannai) 被引量:3
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作者 Kijima Akihiro 《Journal of Ocean University of China》 SCIE CAS 2007年第1期47-52,共6页
The microsatellite-enriched library was constructed using magnetic bead hybridization selection method, and the mi-crosatellite DNA sequences were analyzed in Pacific abalone Haliotis discus hannai. Three hundred and ... The microsatellite-enriched library was constructed using magnetic bead hybridization selection method, and the mi-crosatellite DNA sequences were analyzed in Pacific abalone Haliotis discus hannai. Three hundred and fifty white colonies were screened using PCR-based technique, and 84 clones were identified to potentially contain microsatellite repeat motif. The 84 clones were sequenced, and 42 microsatellites and 4 minisatellites with a minimum of five repeats were found (13.1% of white colonies screened). Besides the motif of CA contained in the oligoprobe, we also found other 16 types of microsatellite repeats including a dinucleotide repeat, two tetranucleotide repeats, twelve pentanucleotide repeats and a hexanucleotide repeat. According to Weber (1990), the microsatellite sequences obtained could be categorized structurally into perfect repeats (73.3%), imperfect repeats (13.3%), and compound repeats (13.4%). Among the microsatellite repeats, relatively short arrays (< 20 repeats) were most abundant, accounting for 75.0%. The largest length of microsatellites was 48 repeats, and the average number of repeats was 13.4. The data on the composition and length distribution of microsatellites obtained in the present study can be useful for choosing the repeat motifs for microsatellite isolation in other abalone species. 展开更多
关键词 HALIOTIS DISCUS HANNAI MICROSATELLITE DNA sequence characterization
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