目的了解2020年福州市哨点医院5岁以下腹泻住院儿童粪便样本中A组轮状病毒(group A rotavirus,RVA)的基因组特征。方法通过ELISA对腹泻住院儿童粪便样本进行RVA筛查,采用RT-PCR方法扩增RVA阳性样本的11个基因节段并进行Illumina二代测序...目的了解2020年福州市哨点医院5岁以下腹泻住院儿童粪便样本中A组轮状病毒(group A rotavirus,RVA)的基因组特征。方法通过ELISA对腹泻住院儿童粪便样本进行RVA筛查,采用RT-PCR方法扩增RVA阳性样本的11个基因节段并进行Illumina二代测序,使用MEGA等生物学软件对重要基因片段进行序列分析和抗原位点分析。结果成功获得20株RVA全基因组序列,包括4种G/P基因组合G9P[8](55%)、G3P[8](25%)、G8P[8](15%)以及G2P[4](5%),全基因组中DS-1-like重配株比例占40%(8/20)。相同型别的RVA序列同源性高,且与现今世界流行的毒株亲缘关系近。VP7、VP4和NSP4片段氨基酸位点变异情况复杂,重要抗原位点存在多处氨基酸变异情况发生。结论在福州地区首次检测到G3P[8]型和G8P[8]型DS-1-like重配株,VP7、VP4和NSP4片段抗原位点上存在变异。鉴于不常见DS-1-like重配株的检出和多个重要抗原位点变异现象的出现,有必要对RVA全基因组特征进行持续监测,为疫情防控和疫苗的免疫策略提供科学依据。展开更多
文摘目的了解2020年福州市哨点医院5岁以下腹泻住院儿童粪便样本中A组轮状病毒(group A rotavirus,RVA)的基因组特征。方法通过ELISA对腹泻住院儿童粪便样本进行RVA筛查,采用RT-PCR方法扩增RVA阳性样本的11个基因节段并进行Illumina二代测序,使用MEGA等生物学软件对重要基因片段进行序列分析和抗原位点分析。结果成功获得20株RVA全基因组序列,包括4种G/P基因组合G9P[8](55%)、G3P[8](25%)、G8P[8](15%)以及G2P[4](5%),全基因组中DS-1-like重配株比例占40%(8/20)。相同型别的RVA序列同源性高,且与现今世界流行的毒株亲缘关系近。VP7、VP4和NSP4片段氨基酸位点变异情况复杂,重要抗原位点存在多处氨基酸变异情况发生。结论在福州地区首次检测到G3P[8]型和G8P[8]型DS-1-like重配株,VP7、VP4和NSP4片段抗原位点上存在变异。鉴于不常见DS-1-like重配株的检出和多个重要抗原位点变异现象的出现,有必要对RVA全基因组特征进行持续监测,为疫情防控和疫苗的免疫策略提供科学依据。
