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四种鹿属动物的线粒体DNA差异和系统进化关系研究 被引量：27
1
作者 李明 王小明 +4 位作者 盛和林 玉手英利 增田隆一 永田纯子 大泰司纪之 《动物学报》 SCIE CAS CSCD 1999年第1期99-105,共7页
用聚合酶链反应 ,从水鹿、坡鹿、梅花鹿和马鹿等四种鹿属动物中分别扩增出线粒体DNA的细胞色素 b基因片段 ,并测定得到 367bp的碱基序列 ,它们之间的序列差异在 4 .0 9%～ 7.0 8%之间。用 NJ法、最大简约法和最大似然法进行分子系统进... 用聚合酶链反应 ,从水鹿、坡鹿、梅花鹿和马鹿等四种鹿属动物中分别扩增出线粒体DNA的细胞色素 b基因片段 ,并测定得到 367bp的碱基序列 ,它们之间的序列差异在 4 .0 9%～ 7.0 8%之间。用 NJ法、最大简约法和最大似然法进行分子系统进化树的构建和分析并得出 ,水鹿与坡鹿、梅花鹿和马鹿约在 2 4 0～ 2 80万年前分化的 ,梅花鹿和马鹿大约在 1 60万年前左右分化。 展开更多
关键词 鹿属 线粒体DNA 细胞色素B 系统进化
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北京昌平区北京/W系结核分枝杆菌的流行特征 被引量：6
2
作者 高铁杰 李卫民 +9 位作者 刘毅 张治国 周辉 邱云青 田苗 张旭霞 张建源 韩跃飞 高峰 李传友 《郑州大学学报（医学版）》 CAS 北大核心 2010年第1期47-50,共4页
目的:探讨北京/W系结核分枝杆菌在北京市昌平区的流行特征。方法:连续收集北京市昌平区2004年1月1日至2006年12月31日的结核分枝杆菌分离株336株,采用Spoligotyping和多重PCR法对其进行分型及亚分型;同时采用谱系定义靶标RD105、RD181、... 目的:探讨北京/W系结核分枝杆菌在北京市昌平区的流行特征。方法:连续收集北京市昌平区2004年1月1日至2006年12月31日的结核分枝杆菌分离株336株,采用Spoligotyping和多重PCR法对其进行分型及亚分型;同时采用谱系定义靶标RD105、RD181、RD150、RD142和Real-timePCR方法进行分型和亚分型,并分析北京/W系的2个亚系与其对应患者年龄、出生地、抗结核药物敏感谱和卡介苗(BCG)接种情况之间的关系。结果:2种方法对该地区结核分枝杆菌分型及亚分型结果完全一致,均为:299株为北京/W系和37株为非北京/W系结核分枝杆菌;在北京/W系结核分枝杆菌中,存在RD181的非典型北京菌株47株(15.7%),而相对现代的缺失RD181的W菌/典型北京家族菌株252株(84.3%);在W菌/典型北京家族菌株中,RD150和RD142缺失的菌株分别为168和173株。W菌/典型北京家族菌株和非典型北京菌株2个亚系的分布与患者出生地、BCG接种情况、年龄以及抗结核药物敏感谱(链霉素、异烟肼、利福平和乙胺丁醇)均无关(χ2分别为0.530、1.623、2.180、<0.001、0.849、0.038和0.006,P均>0.05)。结论:初步绘制出北京市昌平区结核分枝杆菌的系统进化树,其中北京/W系呈现较为明显的优势。北京/W系中较现代的W菌/典型北京家族菌株又占明显优势。以RD105为靶标的Real-timePCR方法鉴定北京/W系结核分枝杆菌快速、准确。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 北京/W系 进化树 北京 流行病学
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白边大叶蝉线粒体基因组测序与分析 被引量：4
3
作者 俞鹏飞 吴国火 韩宝瑜 《安徽农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第5期874-881,共8页
采用引物步移法测得白边大叶蝉Kolla paulula(Walker)线粒体基因组90%左右的序列,并分析了该叶蝉的线粒体基因组特征。基于23个物种(半翅目)的蛋白编码基因序列,以最大似然法和贝叶斯法构建了头喙亚目系统发育树。已测得序列长度为13 57... 采用引物步移法测得白边大叶蝉Kolla paulula(Walker)线粒体基因组90%左右的序列,并分析了该叶蝉的线粒体基因组特征。基于23个物种(半翅目)的蛋白编码基因序列,以最大似然法和贝叶斯法构建了头喙亚目系统发育树。已测得序列长度为13 579 bp(AT:73.33%),其中包含了13个蛋白编码基因、21个t RNA基因和1个r RNA基因。除了ND5基因使用GTT作为起始密码子外,其他所有蛋白编码基因均使用ATN作为起始密码子;除了CO II使用不完整的T作为终止密码子,其他所有蛋白编码基因均使用TAA或TAG作为终止密码子。21个t RNA基因中,除了t RNASer(AGN)缺失1个稳定的茎环结构外,其他所有t RNA基因均能形成典型的三叶草二级结构。系统发育分析结果表明,进化树明显可以被分为沫蝉总科+(角蝉总科+蜡蝉总科);白边大叶蝉属于角蝉总科的叶蝉科,白边大叶蝉线粒体基因组特征与其他叶蝉科昆虫相同。 展开更多
关键词 白边大叶蝉 引物步移法 线粒体基因组 系统发育
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长尾管蚜蝇Eristalis tenax(Linnaeus,1758)线粒体基因组测序及分析 被引量：3
4
作者 张玉波 史娅琴 孙翠英 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期5371-5378,共8页
为了研究长尾管蚜蝇在双翅目的系统发育地位,本研究采用全基因组鸟枪法获得其线粒体基因组95%左右的序列,长度为15996 bp,登录号为MH159199,包含13个蛋白编码基因,2个rRNA基因,22个tRNA基因,共有9处基因重叠区和16处基因间隔区。13个蛋... 为了研究长尾管蚜蝇在双翅目的系统发育地位,本研究采用全基因组鸟枪法获得其线粒体基因组95%左右的序列,长度为15996 bp,登录号为MH159199,包含13个蛋白编码基因,2个rRNA基因,22个tRNA基因,共有9处基因重叠区和16处基因间隔区。13个蛋白编码基因的起始密码子均为ATN,终止密码子除ND5为T外其余均为TAA。从线粒体基因组水平探讨了双翅目3亚目12科28种的系统进化地位,结果表明:食蚜蝇科和潜蝇科聚在一起形成无缝组与以丽蝇科、麻蝇科、寄蝇科、蝇科、花蝇科等构成的有缝组形成姊妹群。 展开更多
关键词 长尾管蚜蝇 密码子偏好性 线粒体基因组 系统发育
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海链藻属一新变种艾伦海链藻肋纹变种 被引量：1
5
作者 郭晓慧 郭雅琼 李扬 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期824-831,共8页
为了澄清海链藻属Thalassiosira的物种多样性,采用毛细管复洗技术建立了单克隆培养株系。利用光镜和扫描电镜观察形态学特征,并扩增其核糖体小亚基和大亚基序列,用于分子系统树的构建。结合形态学和分子系统学数据,发现艾伦海链藻株系... 为了澄清海链藻属Thalassiosira的物种多样性,采用毛细管复洗技术建立了单克隆培养株系。利用光镜和扫描电镜观察形态学特征,并扩增其核糖体小亚基和大亚基序列,用于分子系统树的构建。结合形态学和分子系统学数据,发现艾伦海链藻株系之间存在一定的形态差异和遗传多样性。经过与原始文献的比对,确认了艾伦海链藻原变种的特征,并报道了该种的一个新变种艾伦海链藻肋纹变种Thalassiosira allenii var.striata X.H.Guo,Y.Q.Guo&Y.Li。该变种与原变种的形态特征基本相似,区别在于壳面边缘具有肋纹结构,原变种则无。基于核糖体小亚基和大亚基的系统树均显示,肋纹变种与原变种聚在同一个分支上,形成姐妹支(BPP>0.90),表明两者之间具有最近的亲缘关系。2个变种的核糖体小亚基序列完全一致,没有碱基差异。但用于分析的556个核糖体大亚基序列中,两者存在11个差异碱基,遗传距离为0.01。 展开更多
关键词 艾伦海链藻肋纹变种 形态学 分子系统学 艾伦海链藻
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采自广东大亚湾水域的海链藻属一新种——扇形海链藻
6
作者 郭晓慧 郭雅琼 李扬 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期1132-1138,共7页
为澄清广东大亚湾水域海链藻属的物种多样性,研究建立了它的单克隆培养株系。结合光镜和扫描电镜下的形态学特征,以及基于核糖体大、小亚基序列的分子系统发育分析,报道了中国海链藻属的1个新种,即扇形海链藻Thalassiosira flabellata s... 为澄清广东大亚湾水域海链藻属的物种多样性,研究建立了它的单克隆培养株系。结合光镜和扫描电镜下的形态学特征,以及基于核糖体大、小亚基序列的分子系统发育分析,报道了中国海链藻属的1个新种,即扇形海链藻Thalassiosira flabellata sp.nov.X.H.Guo,Y.Q.Guo&Y.Li。该种以短链状群体或单细胞生活,壳面具有一圈壳缘支持突、一个中央支持突和一个壳缘唇形突。壳面孔纹束状排列,是此种的典型特征。此种与帕尔海链藻T.partheneia较为相似,区别特征如下:此种的壳面支持突和唇形突均具有外管,而帕尔海链藻的突起没有外管,只有内管;其次,此种的壳面较平,而帕尔海链藻的壳面隆起呈鼓状;第三,此种的中央支持突具有3个围孔,而帕尔海链藻具有4—5个围孔。 展开更多
关键词 海链藻属 形态学 分子系统学 扇形海链藻
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