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我国五大湖三角帆蚌群体ITS-1序列变异分析 被引量:11
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作者 王建军 李家乐 +1 位作者 汪桂玲 白志毅 《湖泊科学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期208-214,共7页
对我国五大淡水湖:鄱阳湖、洞庭湖、太湖、巢湖、洪泽湖,鄱阳湖内包括进贤、余干、珠湖、都昌、湖口、永修,合计10个群体三角帆蚌78个个体核糖体DNA基因转录间隔子ITS-1进行PCR扩增、序列测定,获得78条长度为430 bp的同源序列.同源基因... 对我国五大淡水湖:鄱阳湖、洞庭湖、太湖、巢湖、洪泽湖,鄱阳湖内包括进贤、余干、珠湖、都昌、湖口、永修,合计10个群体三角帆蚌78个个体核糖体DNA基因转录间隔子ITS-1进行PCR扩增、序列测定,获得78条长度为430 bp的同源序列.同源基因序列分析显示,五大淡水湖10个群体三角帆蚌78条ITS-1序列片段,G+C的含量都明显高于A+T的含量.鄱阳湖三角帆蚌的核苷酸多态性指数最高,而巢湖的核苷酸多样性指数最低.基于ITS-1序列片段的遗传距离表明,鄱阳湖内六个点群体间遗传距离很小,在0.0071到0.0092之间.五大湖间三角帆蚌群体遗传距离较远,在0.0752到0.1381之间,ITS-1序列片段构建系统树显示,鄱阳湖6个群体聚在了一起为单独一支,并与巢湖群体亲缘关系相近.洞庭湖群体和洪泽湖群体亲缘关系相近,单独为一支.太湖群体从鄱阳湖、巢湖群体分离开来,单独为一支. 展开更多
关键词 三角帆蚌 转录间隔区 ITS-1 遗传多样性 亲缘关系
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我国不同利什曼病流行区利什曼原虫分离株核糖体内转录间隔区1的多态性分析 被引量:11
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作者 程芳洲 高春花 +1 位作者 杨玥涛 汪俊云 《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期196-201,共6页
目的分析我国不同利什曼病流行区的利什曼原虫分离株核糖体内转录间隔区1 (ITS-1)序列的多态性。方法实验室培养10个分离自我国不同利什曼病流行区的利什曼原虫分离株,包括四川/甘肃山丘型内脏利什曼病流行区的SC6和Cy分离株,新疆喀什... 目的分析我国不同利什曼病流行区的利什曼原虫分离株核糖体内转录间隔区1 (ITS-1)序列的多态性。方法实验室培养10个分离自我国不同利什曼病流行区的利什曼原虫分离株,包括四川/甘肃山丘型内脏利什曼病流行区的SC6和Cy分离株,新疆喀什人源型内脏利什曼病流行区的801和KS-2分离株,新疆伽师荒漠型内脏利什曼病流行区的JIASHI-1、 JIASHI-5、 XJ771分离株以及新疆克拉玛依皮肤利什曼病流行区的KXG-Xu、KXG-Liu和KXG-927分离株。收集利什曼原虫前鞭毛体,提取DNA, PCR扩增各利什曼原虫分离株的ITS-1并送测序,用GENEDOC软件对ITS-1序列进行比对分析,从GenBank下载利什曼原虫其他分离株的ITS-1序列,构建系统进化树,分析我国利什曼原虫分离株的亲缘关系。结果我国10个利什曼原虫分离株均扩增出单一的条带。序列分析结果显示, 801和KS-2分离株的ITS-1片段为316 bp,与MHOM/IN/80/DD8参照株比较其碱基突变率为0; JIASHI-1、 JIASHI-5和XJ771分离株为313 bp,碱基突变率为1.6%; KXG-Xu、 KXG-Liu和KXG-927分离株为312 bp,碱基突变率为1.6%; Cy和SC6分离株为318 bp,碱基突变率为0.6%。系统进化树显示,这10个利什曼原虫分离株ITS-1序列聚集成2个群和3个亚群,其中JIASHI-1、 JIASHI-5和XJ771分离株聚集为A亚群, KXG-Xu、 KXG-Liu和KXG-927分离株聚集为B亚群, A和B亚群聚集于群Ⅰ,为婴儿利什曼原虫; Cy、SC6、 801和KS2分离株聚集为C亚群,属群Ⅱ,为杜氏利什曼原虫。结论我国不同利什曼病流行区的利什曼原虫分离株的ITS-1序列存在多态性。 展开更多
关键词 利什曼病 利什曼原虫 分离株 内转录间隔区1 基因分型 中国
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四个鲤鱼种群ITS-1序列的遗传变异分析 被引量:10
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作者 钟立强 张成锋 +3 位作者 周凯 李冰 王建新 朱健 《湖泊科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第2期271-276,共6页
对我国四个鲤鱼种群的核糖体DNA内转录间隔区ITS-1进行了PCR扩增、测序.序列分析显示,370bp的ITS-1序列中GC含量明显高于AT含量,共检测到34个变异位点,96个样本得到14个单倍型,平均单倍型多样性为0.637±0.055,核苷酸多样性为0.0085... 对我国四个鲤鱼种群的核糖体DNA内转录间隔区ITS-1进行了PCR扩增、测序.序列分析显示,370bp的ITS-1序列中GC含量明显高于AT含量,共检测到34个变异位点,96个样本得到14个单倍型,平均单倍型多样性为0.637±0.055,核苷酸多样性为0.00857±0.00200,遗传多样性表现较低.黑龙江野鲤种群与建鲤种群间遗传距离最远,为0.10129,黑龙江野鲤种群与黄河鲤种群间遗传距离最近,为0.02305.分子方差分析(AMOVA)表明,群体间遗传分化系数Fst为0.05373,几乎所有变异都来自群体内,群体间遗传分化极小.ITS-1序列构建系统进化树显示,四个种群分为南北2支,黑龙江野鲤和黄河鲤种群聚为北方支,建鲤和荷包红鲤种群聚为南方一支. 展开更多
关键词 鲤鱼 内转录间隔区1(ITS-1) 种质资源 遗传变异
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上海市1例输入性罗阿丝虫病的临床特征与诊断 被引量:9
4
作者 蔡祺 叶乃芳 +2 位作者 艾琳 陈家旭 王剑飚 《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期370-374,共5页
目的对上海市1例输入性罗阿丝虫病的临床特征与诊治进行分析。方法收集患者临床资料,进行相关流行病学调查;采集患者骨髓及外周血,制作涂片瑞氏染色后镜检;提取患者血样DNA,用丝虫核糖体内转录间隔区1(ITS-1)通用引物PCR进行扩增,对扩... 目的对上海市1例输入性罗阿丝虫病的临床特征与诊治进行分析。方法收集患者临床资料,进行相关流行病学调查;采集患者骨髓及外周血,制作涂片瑞氏染色后镜检;提取患者血样DNA,用丝虫核糖体内转录间隔区1(ITS-1)通用引物PCR进行扩增,对扩增产物进行基因测序检测并进行BLAST比对分析。根据诊断结果给予相应治疗。结果患者,浙江仙居人,2015年5-11月在刚果(金)务工,回国后于2016年1月发现左上肢远端皮肤肿胀,伴皮肤颜色加深。当地医院血检显示嗜酸粒细胞计数升高,核磁共振检查示左前臂部分肌群及腕关节肌腱炎性病变,诊断为"嗜酸性筋膜炎",服用甲泼尼龙片(美卓乐)治疗1年余,无明显效果。2018年2月27日至上海市瑞金医院皮肤科就诊。查体:皮肤黝黑,无皮疹、肿块及淋巴结肿大,其余均无异常。外周血嗜酸粒细胞计数8.2×10~9/L,外周血、骨髓涂片查见微丝蚴,8 ml全血离心浓缩后检出较多微丝蚴。PCR扩增出457 bp的阳性条带,条带序列与罗阿丝虫(Gen Bank登录号:DQ995497)ITS1的相似性为100%。根据微丝蚴形态学和PCR检测结果诊断该病例为罗阿丝虫病,给予伊维菌素150μg/(kg·d)单剂口服,治疗2周后复查,外周血厚、薄血膜中均未查见虫体,8 ml全血离心浓缩后检出12条微丝蚴,外周血嗜酸粒细胞计数为6.39×109/L,伊维菌素治疗有效。结论经病原学和分子生物学检测确诊病例为输入性罗阿丝虫病例。 展开更多
关键词 罗阿丝虫 输入性 诊断 内转录间隔区1
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PCR-SSCP技术在假丝酵母属菌种鉴别中的应用 被引量:5
5
作者 宋维娟 程池 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期918-922,共5页
选取中国工业微生物菌种保藏管理中心(CICC)保藏的假丝酵母属的7个种30株菌,对其rDNA的ITS1区及ITS2区进行了PCR-SSCP指纹图谱分析,结果表明在假丝酵母属种水平的区分鉴定中,ITS1区与ITS2区的PCR-SSCP图谱均能对本研究所选7个种的菌株... 选取中国工业微生物菌种保藏管理中心(CICC)保藏的假丝酵母属的7个种30株菌,对其rDNA的ITS1区及ITS2区进行了PCR-SSCP指纹图谱分析,结果表明在假丝酵母属种水平的区分鉴定中,ITS1区与ITS2区的PCR-SSCP图谱均能对本研究所选7个种的菌株进行显著区分,比较两个区段的PCR-SSCP图谱及鉴别效果,发现ITS2区的应用效果要优于ITS1区。 展开更多
关键词 ITS1 ITS2 PCR-SSCP 假丝酵母 鉴别
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二月兰叶斑病病原甘蓝链格孢的分离鉴定及生物学特性研究 被引量:6
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作者 王春明 元维伟 +3 位作者 张小杰 周天旺 郭成 金社林 《草业学报》 CSCD 北大核心 2020年第5期88-97,共10页
2017年10月在河北省黄骅市发现二月兰的一种叶部病害,感病叶片初生黑褐色、形状不规则的小病斑,后逐步发展成为具有明显同心轮纹状病斑,平均病株率和病叶率分别为96.2%和87.6%。为了明确该病害的致病菌,以组织分离法进行病原物的分离培... 2017年10月在河北省黄骅市发现二月兰的一种叶部病害,感病叶片初生黑褐色、形状不规则的小病斑,后逐步发展成为具有明显同心轮纹状病斑,平均病株率和病叶率分别为96.2%和87.6%。为了明确该病害的致病菌,以组织分离法进行病原物的分离培养,对分离得到的菌落进行纯化和单孢分离后,选取代表性菌株GS1-1、HH2-1和HH3-1按照柯赫氏法则进行致病性测定,均能引起二月兰叶斑病。并对这3个菌株进行rDNA-ITS和EF-1α(tef)序列分析,结果表明,菌株GS1-1、HH2-1和HH3-1的ITS序列均与甘蓝链格孢(MN173824、MN173825、MN173823、MF462311)相似性达99%以上,其中与甘蓝链格孢(MF462311)相似性达100%;GS1-1、HH2-1和HH3-1的EF-1α基因序列与甘蓝链格孢(JX213350、KF889266、KT895946、KC584642、LC480212和KT895946)的亲缘关系最近,同源性达99%,且和以上各自对应的菌株在系统发育树上聚为一类,与形态学鉴定结果相一致。选取菌株GS1-1进行生物学特性研究,结果表明该菌株最适营养生长和产孢的培养基为马铃薯蔗糖琼脂培养基,最适营养生长的碳源和氮源分别为麦芽糖和蛋白胨,最适产孢的碳源和氮源分别为葡萄糖和酵母膏;最适菌丝生长温度为25℃(在5~35℃均可生长),最佳产孢温度为28℃;12 h光暗交替条件促进菌丝营养生长和产孢。 展开更多
关键词 二月兰 叶斑病 甘蓝链格孢 内转录间隔区(ITS) EF-1α 生物学特性
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鸡六种艾美耳球虫ITS-1的克隆和序列分析 被引量:6
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作者 夏延富 陈兆国 +2 位作者 陈铁桥 米荣升 薛方民 《中国家禽》 北大核心 2009年第13期24-27,共4页
为对上海地区分离的6种鸡艾美耳球虫内转录间隔区1(ITS-1)进行克隆和序列分析,探索ITS-1区域序列在鸡球虫分类学中的作用,利用一对属特异性引物,对上海地区分离的6种球虫的ITS-1序列进行PCR扩增,扩增产物克隆到pMD18-T后进行序列测定,并... 为对上海地区分离的6种鸡艾美耳球虫内转录间隔区1(ITS-1)进行克隆和序列分析,探索ITS-1区域序列在鸡球虫分类学中的作用,利用一对属特异性引物,对上海地区分离的6种球虫的ITS-1序列进行PCR扩增,扩增产物克隆到pMD18-T后进行序列测定,并与GenBank上下载的序列进行系统进化树分析。结果显示,巨型艾美耳球虫有大小分别为547bp和422bp两条PCR扩增条带;和缓艾美耳球虫有大小为627bp和493bp两条PCR扩增条带;其他4种球虫均为一条PCR扩增条带,大小分别为柔嫩艾美耳球虫668bp,毒害艾美耳球虫691bp,堆型艾美耳球虫507bp,早熟艾美耳球虫541bp。6种球虫序列之间的同源性为34%~52%。系统进化分析显示,各个种分别与GenBank中下载的对应球虫种在同一分支上。 展开更多
关键词 艾美耳球虫 内转录间隔区 克隆 序列分析
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Molecular Evidence for the Hybrid Origin of Bauhinia blakeana(Caesalpinioideae) 被引量:3
8
作者 Chun Yin Mak Ka Shing Cheung +1 位作者 Pui Ying Yip Hoi Shan Kwan 《Journal of Integrative Plant Biology》 SCIE CAS CSCD 2008年第1期111-118,共8页
Bauhinia blakeana Dunn is the Hong Kong Special Administrative Region emblem and a popular horticultural species in many Asian countries. It was first described as a new species from Hong Kong almost a century ago. Th... Bauhinia blakeana Dunn is the Hong Kong Special Administrative Region emblem and a popular horticultural species in many Asian countries. It was first described as a new species from Hong Kong almost a century ago. This plant is sterile and has long been considered a hybrid, possibly from two related species, B. purpurea and B. variegata. However, not much evidence based on molecular methods was available to support this hypothesis. In this study, sequences of internal transcribed spacer I (ITS1), rbcL and atpB-rbcL intergenic spacer for five Bauhinia species and two varieties of one of the species were determined and compared. There were two types of ITS1 sequences in B. blakeana, one indistinguishable from that of B. purpurea and the other one identical to that of B. variegata. This confirmed that B. blakeana was a hybrid of these two species. Chloroplast atpB-rbcL intergenic spacer sequence of B. blakeana was identical to that of B. purpurea, indicating that B. purpurea was the female parent. The hybridization event seemed to occur only recently and was a rare incident. Its occurrence was likely facilitated by interspecific pollen competition. It appeared that human efforts played a crucial role in the preservation and ubiquity of B. blakeana. 展开更多
关键词 atpB-rbcL intergenic spacer BAUHINIA internal transcribed spacer 1 interspecific hybrid interspecific pollen competition.
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基于rDNAITS 1序列探讨臂尾轮属轮虫的系统发生关系(英文) 被引量:4
9
作者 项贤领 席贻龙 胡好远 《动物学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第6期1067-1074,共8页
本文通过对剪形臂尾轮虫、矩形臂尾轮虫、十指臂尾轮虫、红臂尾轮虫、角突臂尾轮虫、双棘臂尾轮虫、裂足臂尾轮虫和萼花臂尾轮虫等八种臂尾轮虫rDNAITS 1序列分析,并以西氏晶囊轮虫为外群,使用PAUP和贝叶斯软件分别构建臂尾轮属轮虫系... 本文通过对剪形臂尾轮虫、矩形臂尾轮虫、十指臂尾轮虫、红臂尾轮虫、角突臂尾轮虫、双棘臂尾轮虫、裂足臂尾轮虫和萼花臂尾轮虫等八种臂尾轮虫rDNAITS 1序列分析,并以西氏晶囊轮虫为外群,使用PAUP和贝叶斯软件分别构建臂尾轮属轮虫系统发生树( MP树、NJ树、ML树和贝叶斯树) ,以探讨臂尾轮属的系统发生关系,并解决其中的一些分类问题。结果表明:本研究所涉及的轮虫rDNAITS 1平均序列差异百分比较高,为29 %;海水和淡水臂尾轮虫被明显分为不同的进化枝;除双棘臂尾轮虫外,在淡水臂尾轮虫中具有三对前棘刺且营附着生活的种类与前棘刺少于三对且营浮游生活的种类聚在不同支系中,这与以形态特征为主所进行的系统发生研究结果基本一致;所有的系统树均支持将十指臂尾轮虫作为一个独立的支系分离出来,裂足臂尾轮虫应归入臂尾轮属。 展开更多
关键词 臂尾轮属 RDNA ITS 1 基因序列 系统发生
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基于荧光重组酶介导等温扩增技术的利什曼原虫核酸检测方法的建立 被引量:5
10
作者 林红 赵松 +3 位作者 刘燕红 邵雷 应清界 杨坤 《中国血吸虫病防治杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期452-456,463,共6页
目的建立一种基于荧光重组酶介导等温扩增(recombinase-aided isothermal amplification,RAA)技术的检测利什曼原虫核酸的方法。方法针对利什曼原虫内转录间隔基因序列1(ITS1)基因设计用于RAA检测的特异性引物和探针,通过引物配对筛选... 目的建立一种基于荧光重组酶介导等温扩增(recombinase-aided isothermal amplification,RAA)技术的检测利什曼原虫核酸的方法。方法针对利什曼原虫内转录间隔基因序列1(ITS1)基因设计用于RAA检测的特异性引物和探针,通过引物配对筛选、引物和探针浓度优化,建立检测利什曼原虫核酸的荧光RAA法。分别以构建的含利什曼原虫ITS1基因序列的不同拷贝数重组质粒和不同浓度利什曼原虫基因组DNA为模板进行RAA扩增,评估其检测灵敏度;以田鼠巴贝西虫、刚地弓形虫、间日疟原虫、卵形疟原虫、恶性疟原虫、三日疟原虫、杜氏利什曼原虫、婴儿利什曼原虫等其他经输血传播的寄生虫基因组DNA为模板进行RAA扩增,评价其检测特异度。结果从9对引物组合中筛选出1对最佳引物对后,引物和探针终浓度经优化分别确定为0.3μmol/L和0.08μmol/L。所建立的荧光RAA法在39℃等温条件下20 min内可完成样本核酸检测。采用建立的RAA法对田鼠巴贝西虫、刚地弓形虫、间日疟原虫、卵形疟原虫、恶性疟原虫、三日疟原虫、杜氏利什曼原虫、婴儿利什曼原虫等8种寄生虫基因组DNA进行检测,杜氏利什曼原虫、婴儿利什曼原虫基因组DNA在5 min内即出现明显荧光信号,与田鼠巴贝西虫、刚地弓形虫、间日疟原虫、卵形疟原虫、恶性疟原虫、三日疟原虫无交叉反应。以含利什曼原虫ITS1基因序列的重组质粒为模板,荧光RAA法最低检测限为10拷贝/μL;以利什曼原虫基因组DNA为模板,荧光RAA法最低检测限为1 fg/μL。结论成功建立了一种基于荧光RAA法的利什曼原虫核酸检测技术,该方法反应快速、操作简便、灵敏度和特异度均较高,可用于利什曼原虫病流行区现场筛查。 展开更多
关键词 杜氏利什曼原虫 婴儿利什曼原虫 荧光重组酶介导的等温扩增 核酸检测 内转录间隔基因序列1 检测效果
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甘肃省迭部县犬利什曼原虫种型鉴定及种系发育分析 被引量:4
11
作者 余大为 李凡 +5 位作者 冯宇 杨成明 杨俊克 尕让东主 张永福 王成 《中华地方病学杂志》 CAS 北大核心 2022年第5期351-355,共5页
目的了解甘肃省迭部县犬利什曼原虫虫种类型和种系发育关系,为探索犬源型内脏利什曼病防控新方法提供依据。方法提取8份甘肃省迭部县洛大行政村无症状感染利什曼原虫犬血液样本DNA,采用PCR法扩增分离核糖体内转录间隔区1(ITS-1)基因片段... 目的了解甘肃省迭部县犬利什曼原虫虫种类型和种系发育关系,为探索犬源型内脏利什曼病防控新方法提供依据。方法提取8份甘肃省迭部县洛大行政村无症状感染利什曼原虫犬血液样本DNA,采用PCR法扩增分离核糖体内转录间隔区1(ITS-1)基因片段,对扩增的目的片段进行基因测序;采用MEGA 7.0软件进行多序列比对,并经邻接法构建系统发育树,分析甘肃省迭部县犬利什曼原虫种系发育关系。结果8份无症状感染利什曼原虫犬血液样本均扩增出约320 bp的片段,与目标序列ITS-1大小一致。ITS-1序列比对显示,8份样本与婴儿利什曼原虫MG969403、MN648755虫株序列同源性为99.1%~100.0%;系统发育树显示,8份样本均与婴儿利什曼原虫聚为一支。结论甘肃省迭部县8份无症状感染利什曼原虫犬血液样本的原虫种型均为婴儿利什曼原虫。 展开更多
关键词 犬科 利什曼原虫 内转录间隔区1 种系发育
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黑龙江野鲤核糖体内转录间隔区1(ITS-1)的克隆及二级结构的预测与分析 被引量:3
12
作者 钟立强 张成锋 +3 位作者 蔡生力 刘红 李冰 朱健 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2010年第4期778-783,共6页
黑龙江野鲤是中国北方重要的养殖鱼类,分析和了解其遗传结构对鲤鱼种质资源的保护和遗传性状的改良具有重要的意义。该研究对黑龙江野鲤(Cyprinus carpio haematopterus)核糖体内转录间隔区1(ITS-1)进行了克隆测序,并对ITS-1序列进行了... 黑龙江野鲤是中国北方重要的养殖鱼类,分析和了解其遗传结构对鲤鱼种质资源的保护和遗传性状的改良具有重要的意义。该研究对黑龙江野鲤(Cyprinus carpio haematopterus)核糖体内转录间隔区1(ITS-1)进行了克隆测序,并对ITS-1序列进行了分析。结果显示:所克隆的黑龙江野鲤ITS-1序列长度为365 bp,其中A、T、G、C 4种碱基的含量分别为21.4%、12.3%、34.0%和32.3%;与从GenBank中检索到的6种鲤科鱼类的ITS-1序列相比较,相似性较低,介于24.9%至59.5%之间;同时利用最小自由能原理预测7种鲤科鱼类ITS-1序列的二级结构,并分析了其结构特点。根据鲤鱼与其他6种鲤科鱼类的ITS-1序列的同源性构建NJ系统进化树,与根据该保守序列形成的发夹结构的相似性构建的进化树大致相同,所得的分类结果与传统的分类结果基本一致。因此,一、二级结构相结合将是研究物种分子系统学的重要手段。 展开更多
关键词 黑龙江野鲤 内转录间隔区1(ITS-1) 基因克隆 二级结构
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贵州大眼鳜3个群体rDNA ITS-1序列分析 被引量:3
13
作者 郭健康 安苗 +3 位作者 王金娜 曹恒源 李珊 陈薛伟杰 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期1383-1387,共5页
运用PCR扩增技术及DNA测序技术,对贵州3个大眼鳜群体的ITS-1序列进行了分析,结果显示3个大眼鳜群体存在序列长度多态性,主要有753 by和755 by两种类型,GC(72.8%)平均含量远高于AT含量(27.3%)洪检测到6个多态位点,产生6种单倍型;3个群体... 运用PCR扩增技术及DNA测序技术,对贵州3个大眼鳜群体的ITS-1序列进行了分析,结果显示3个大眼鳜群体存在序列长度多态性,主要有753 by和755 by两种类型,GC(72.8%)平均含量远高于AT含量(27.3%)洪检测到6个多态位点,产生6种单倍型;3个群体各自都表现出较低的遗传多样性水平,从总体上看,单倍型多样性指数为0.622,表明贵州大眼鳜群体的遗传多样性较丰富。在贵州大眼鳜ITS-1序列中发现(GC)_n、(CT)_n、(CG)_n、(TCG)_n4种微卫星序列,其中(GC)_n出现的频率最高。群体间的遗传分化指数(Fst)和基因交流值(Nm)均表明,铜仁大眼鳜群体与沿河大眼群体遗传分化小,有基因交流而关岭大眼鳜群体与这两个群体间,遗传分化大,缺乏基因交流。 展开更多
关键词 大眼鳜 ITS-1 遗传多样性
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源于长颈鹿毛首线虫的形态特征及分子鉴定 被引量:3
14
作者 徐前明 赵长城 +4 位作者 方芬 徐晓佩 刘文阁 张钦 王桂军 《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期109-112,共4页
目的 以合肥野生动物园长颈鹿体内分离出的毛首线虫(Trichuris)为研究对象,分析感染长颈鹿毛首线虫的形态特征并对其作分子鉴定。方法 对长颈鹿体内分离出的毛首线虫进行形态学特征分析,采用PCR扩增其内转录间隔区1(ITS-1),构建... 目的 以合肥野生动物园长颈鹿体内分离出的毛首线虫(Trichuris)为研究对象,分析感染长颈鹿毛首线虫的形态特征并对其作分子鉴定。方法 对长颈鹿体内分离出的毛首线虫进行形态学特征分析,采用PCR扩增其内转录间隔区1(ITS-1),构建克隆载体并送测序,所获得的序列在GenBank中进行同源性分析,利用最大简约法构建系统进化树。 结果 雄虫总长35.89-58.56 mm;食道占体长比例为0.29-0.40,交合刺长1.96-3.89 mm,粗部长7.02-23.45 mm,细部长28.05-40.05 mm,与已报道的感染长颈鹿的毛首线虫呈不同程度的差异。PCR扩增片段为491 bp,包含部分18S rRNA和全长ITS-1,序列比对分析结果表明,其与野牛毛首线虫西班牙株(T. bos taurus,HE608848)、捷克狍毛首线虫(T. capreolus,JX218218)、日本瞪羚毛首线虫(T. japanese,AB367795)的同源性最高,为98.6%;与异色首线虫(T. discolor,AB367794)同源性仅为46.0%。在系统进化树上它与异色毛首线虫、绵羊毛首线虫(T. ovis)和野牛毛首线虫西班牙株等均不在同一分枝上。 结论 从长颈鹿分离的毛首线虫与已报道的毛首线虫在形态学和ITS-1基因序列上均存在明显的差异,是否为毛首线虫新种有待进一步研究。 展开更多
关键词 毛首线虫 种类鉴定 形态学分析 内转录间隔区1
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河南省溪蟹体内并殖吸虫内转录间隔区2与环氧化酶1基因序列分析 被引量:1
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作者 陈伟奇 蒋甜甜 +4 位作者 邓艳 张雅兰 艾琳 纪鹏慧 王丹 《中国血吸虫病防治杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期501-507,共7页
目的分析河南省溪蟹体内并殖吸虫囊蚴内转录间隔区2(internal transcribed spacer 2,ITS2)和环氧化酶1(cyclooxygenase 1,COX1)基因序列,鉴定并殖吸虫虫种,并分析其与国内其他省份并殖吸虫间的遗传学关系。方法2016—2021年,从河南省郑... 目的分析河南省溪蟹体内并殖吸虫囊蚴内转录间隔区2(internal transcribed spacer 2,ITS2)和环氧化酶1(cyclooxygenase 1,COX1)基因序列,鉴定并殖吸虫虫种,并分析其与国内其他省份并殖吸虫间的遗传学关系。方法2016—2021年,从河南省郑州市、洛阳市、平顶山市、南阳市及济源市等5个市8个调查点采集溪蟹,检出溪蟹中并殖吸虫囊蚴,计算溪蟹囊蚴感染率;提取囊蚴DNA进行PCR扩增并测序。使用DNASTAR软件拼接测序结果、进行基因序列比对,同时与GenBank数据库中并殖吸虫基因序列进行BLAST比对。以肝片吸虫为外群,使用MEGA 6.0软件,采用邻接法构建基于ITS2、COX1基因序列的系统进化树。结果河南省郑州市、洛阳市、平顶山市、南阳市及济源市等5个市8个调查点溪蟹并殖吸虫囊蚴感染率分别为6.83%(11/161)、50.82%(31/61)、18.52%(5/26)、8.76%(12/137)、14.29%(9/63)、17.76%(19/105)、18.50%(32/173)和42.71%(41/96),平均阳性率为19.46%(160/822),平均感染度为0.57个/g。PCR扩增结果显示,并殖吸虫ITS2、COX1基因片段长度分别约为500、450 bp。河南省8个调查点溪蟹并殖吸虫囊蚴ITS2基因序列与斯氏并殖吸虫(GenBank登录号:MW960209.1)同源性最高,为99.8%~100.0%;基因进化树中与四川省(GenBank登录号:AY618747.1)、广西壮族自治区(GenBank登录号:AY618729.1)、湖北省斯氏并殖吸虫(GenBank登录号:AY618751.1)以及福建(GenBank登录号:AY618741.1)和日本宫崎并殖吸虫(GenBank登录号:AB713405.1)聚为1个大分支。COX1基因序列与斯氏并殖吸虫(GenBank登录号:AY618798.1)同源性最高,为90.0%~100.0%;在进化树中与所有斯氏并殖吸虫聚为1个大分支,且与湖北省斯氏并殖吸虫(GenBank登录号:AY618782.1、AY618764.1)聚为1个小支。结论河南省溪蟹体内并殖吸虫虫种均为斯氏并殖吸虫,且与湖北省斯氏并殖吸虫基因序列同源性最高。本研究结果可望为河南省以及全国并殖吸虫研究提� 展开更多
关键词 并殖吸虫 溪蟹 内转录间隔区2 环氧化酶1 河南省
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鸭粪中环孢子虫18S rDNA部分基因和ITS-1基因的克隆与分析 被引量:2
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作者 程家林 李国清 +3 位作者 岳彩铃 徐前明 高振永 刘霞 《动物医学进展》 CSCD 北大核心 2010年第4期6-10,共5页
应用PCR技术对在鸭粪中发现的疑似环孢子虫的18 S rDNA部分基因和ITS-1+基因进行了扩增,将扩增出的片段纯化后连接至pMD-18T载体上,选取阳性克隆进行序列测定,并利用NCBI在线BLAST程序和MEGA 4软件对测序结果进行了同源性比较和系统发... 应用PCR技术对在鸭粪中发现的疑似环孢子虫的18 S rDNA部分基因和ITS-1+基因进行了扩增,将扩增出的片段纯化后连接至pMD-18T载体上,选取阳性克隆进行序列测定,并利用NCBI在线BLAST程序和MEGA 4软件对测序结果进行了同源性比较和系统发育树构建。结果显示,测得的18 SrDNA序列与环孢子虫的相似性最高(98%),且在系统树中位于同一分支上;测得的ITS-1序列高度特异,在GenBank中未发现同源性序列,可以确定其为环孢子虫的一个新种,暂命名为鸭源环孢子虫。 展开更多
关键词 鸭源环孢子虫 形态学 18S RDNA 转录间隔区-Ⅰ
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Illumina MiSeq对热带环境血蜱属成蜱内共生真菌多样性分析 被引量:1
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作者 芦亚君 袁传飞 +2 位作者 解芸芸 夏琪 夏乾峰 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期441-446,共6页
目的探讨海南热带环境血蜱属成蜱内共生真菌的群落组成及多样性分析。方法对成蜱样本进行形态学分类,扩增线粒体COI基因进行分子鉴定;应用Illumina MiSeq平台对血蜱属内共生真菌ITS1基因进行高通量测序,以OTU聚类分析、Alpha多样性分析... 目的探讨海南热带环境血蜱属成蜱内共生真菌的群落组成及多样性分析。方法对成蜱样本进行形态学分类,扩增线粒体COI基因进行分子鉴定;应用Illumina MiSeq平台对血蜱属内共生真菌ITS1基因进行高通量测序,以OTU聚类分析、Alpha多样性分析阐明内共生真菌群落组成及多样性。结果热带环境游离血蜱属内共生真菌聚类为245个OTU;群落组成分布于子囊菌门(Ascomycota)占80.56%、担子菌门(Basidiomycota)占15.43%及接合菌门(Zygomycota)占0.37%;优势菌种为Zasmidium citrigriseum,占7.72%。Alpha多样性分析表明,血蜱属内共生真菌具有十分丰富的生物多样性。结论热带环境血蜱属成蜱内共生真菌多样性的研究,可为揭示蜱与内共生真菌复杂的互作关系提供依据,为进一步阐明热带蜱的行为特征并探索有效的生物学防控策略提供新思路。 展开更多
关键词 热带环境 血蜱属 内共生真菌 ITS1 高通量测序
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两种眼蚤rDNA ITS1序列的克隆与分析 被引量:1
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作者 王赟 漆一鸣 《贵州科学》 2011年第4期29-32,共4页
首次研究伏河眼蚤异常亚种Ophthalmopsylla volgensis extrema Ioff et Scalon,1953和长突眼蚤Ophthalmopsylla kiritschenkoi Wagner,1930 rDNA第一内转录间隔区(ITS1)序列,并比较两者差异,为蚤类分子系统发育的研究提供重要的基础资料。
关键词 伏河眼蚤异常亚种 长突眼蚤 第一内转录间隔区
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金樱子资源的开发利用 被引量:30
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作者 顾志平 张曙明 刘东 《中国野生植物资源》 1994年第4期30-32,共3页
金樱子资源的开发利用顾志平,张曙明,刘东(中国医学科学院药用植物资源开发研究所北京100094)金樱子(BosaleavigataMichx.)是蔷薇科蔷薇属植物,果富含维生素,民间早有食用习惯,亦为我国较常用的中药... 金樱子资源的开发利用顾志平,张曙明,刘东(中国医学科学院药用植物资源开发研究所北京100094)金樱子(BosaleavigataMichx.)是蔷薇科蔷薇属植物,果富含维生素,民间早有食用习惯,亦为我国较常用的中药,历史悠久,现代研究表明,金樱子有... 展开更多
关键词 金樱子 资源 开发利用
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河南太行山区野生观赏植物资源及其开发利用 被引量:17
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作者 姚连芳 《中国野生植物资源》 1994年第2期26-28,共3页
河南太行山区野生观赏植物资源及其开发利用姚连芳(河南技术师院园艺系辉县453600)一、河南太行山区自然地理及植被情况河南太行山区位于河南北部,属太行山的南麓和东坡,在河南境内跨越林县、辉县、修武、济源、新乡、焦作,... 河南太行山区野生观赏植物资源及其开发利用姚连芳(河南技术师院园艺系辉县453600)一、河南太行山区自然地理及植被情况河南太行山区位于河南北部,属太行山的南麓和东坡,在河南境内跨越林县、辉县、修武、济源、新乡、焦作,安阳、卫辉等13个县和市区,总面积... 展开更多
关键词 观赏植物 资源 开发利用 太行山区
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