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2008至2009年北京地区分离的肠道病毒71型全基因组序列分析 被引量:12
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作者 张慧娟 朱汝南 +5 位作者 钱渊 邓洁 赵林清 王芳 邓莉 张艳玲 《中国循证儿科杂志》 CSCD 2011年第1期23-30,共8页
目的了解2008至2009年从北京地区手足口病(HFMD)患儿分离到的肠道病毒71型(EV71)全基因组序列特点(未包括多聚腺苷尾),以探讨基因序列的改变是否与病毒的致病性有关。方法选取首都儿科研究所病毒研究室2008年分离到的5株EV71毒株和2009... 目的了解2008至2009年从北京地区手足口病(HFMD)患儿分离到的肠道病毒71型(EV71)全基因组序列特点(未包括多聚腺苷尾),以探讨基因序列的改变是否与病毒的致病性有关。方法选取首都儿科研究所病毒研究室2008年分离到的5株EV71毒株和2009年分离到的4株EV71毒株,其中4株来源于重症HFMD患儿(伴高热、持续抽搐及意识丧失等中枢神经系统症状),5株来源于轻症HFMD患儿。设计覆盖病毒全基因组的10对特异性引物,对9株EV71毒株进行RT-PCR扩增、全基因组序列测定和分析。结果 9株EV71毒株的全基因组长度为7406bp或7405bp,部分毒株在5′UTR存在1处1个碱基的缺失。9株EV71毒株的全基因组核苷酸和氨基酸同源性分别为96.3%~99.4%和98.2%~99.6%,在VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为96.9%~99.9%和98.3%~100.0%。重症HFMD来源的4株毒株中有3株在VP2蛋白第144位及3D聚合酶(3Dpol)第140和263位同时出现相同的氨基酸变异(T144S、R140K和I263V),并且在5′UTR区第208和254位同时出现相同的碱基变异(G208A和A254G)。9株EV71毒株的全基因组与C4亚型毒株具有最高的核苷酸同源性,在VP1区为94.3%~95.5%;在3D及3′UTR区与CV-A16/G10的同源性(84.3%~85.0%和89.0%~91.5%)高于与EV71-B型、A型及C型(C1~3、C5)的同源性。VP1和3D基因的遗传进化分析显示,9株EV71毒株与C4亚型毒株属同一分支。结论 VP2蛋白第144位氨基酸突变(T→S)、3Dpol第140和263位氨基酸突变(R→K和I→V)及5′UTR区第254位碱基突变(A→G)可能与EV71感染后引起的不同临床症状有关。根据VP1核苷酸序列,2008至2009年北京地区流行的EV71属于C4亚型;非结构蛋白基因在EV71进化中可能有一定的作用。 展开更多
关键词 手足口病 肠道病毒71型 全基因组 序列分析 儿童
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中国首次分离的二株基因Ⅰ型流行性乙型脑炎病毒全基因组序列分析(英文) 被引量:4
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作者 冯云 李灿委 +2 位作者 章域震 杨卫红 张海林 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第9期829-835,共7页
目的分析中国首次分离的基因Ⅰ型流行性乙型脑炎病毒(JEV)全基因组的基因组特征。方法设计JEV全基因组扩增引物,RT-PCR扩增片断,PCR产物直接测序,拼接后获得全基因组序列。采用生物学软件进行同源性和系统进化分析。结果 1977和1982年... 目的分析中国首次分离的基因Ⅰ型流行性乙型脑炎病毒(JEV)全基因组的基因组特征。方法设计JEV全基因组扩增引物,RT-PCR扩增片断,PCR产物直接测序,拼接后获得全基因组序列。采用生物学软件进行同源性和系统进化分析。结果 1977和1982年分离自云南蚊虫的M28和BN82215病毒株基因组全长分别为10 969bp和10 970bp,5′非编码区均含有96个核苷酸,3′非编码区含有573和574个核苷酸。它们的开放阅读框(ORF)都从97到10 396位,共10 299个核苷酸,编码3 433个氨基酸。M28和BN82215株与来自GenBank的5个基因型JEV株的全基因组核苷酸和氨基酸同源性分别为78.4%~96.3%和91.4%~99.6%,与近几年国内外基因Ⅰ型流行株的同源性最高,进化关系最接近,都属于基因Ⅰ型。这两株病毒与JEV疫苗株SA14-14-2相比,有56个氨基酸差异,其中E基因有11个氨基酸差异,但都不属抗原关键位点。结论本研究阐明了中国首次分离的基因Ⅰ型JEV的全基因组分子特征,决定病毒抗原和毒力的E蛋白关键位点无明显变化。证实20世纪70和80年代云南省就有基因Ⅰ型JEV流行。 展开更多
关键词 流行性乙型脑炎病毒 基因Ⅰ型 全基因组 同源性分析 系统进化分析
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猪繁殖与呼吸综合征病毒CH-1R株全基因组序列测定及遗传变异分析 被引量:4
3
作者 石文达 刘永刚 +5 位作者 王洪峰 王淑杰 马平 徐敏 武佳斌 蔡雪辉 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第7期512-516,共5页
为了解猪繁殖与呼吸综合征的弱毒(PRRSV)株在基因组水平上的变异和分子遗传特征,本研究对致弱毒株CH-1R株进行了全基因组序列的测定。结果表明,CH-1R株基因组序列全长15424nt,具有典型的动脉炎病毒基因组结构。通过与亲本株CH-1a株序列... 为了解猪繁殖与呼吸综合征的弱毒(PRRSV)株在基因组水平上的变异和分子遗传特征,本研究对致弱毒株CH-1R株进行了全基因组序列的测定。结果表明,CH-1R株基因组序列全长15424nt,具有典型的动脉炎病毒基因组结构。通过与亲本株CH-1a株序列进行比对,发现其基因组内碱基的缺失和突变主要分布在ORF1a基因的第2191位~2193位、ORF5基因的第439位、ORF6基因的第49位和ORF7基因的第28位和第139位。其中PRRSVCH-1R株的Nsp2蛋白和结构蛋白的变异相对较大,尤其是Nsp2蛋白的变异,同CH-la株相比,CH-1R株的Nsp2蛋白存在多处核苷酸的突变,其中包括连续3个核苷酸发生缺失;由结构蛋白基因推导的氨基酸序列共有17处变异,在各结构蛋白中以GP3和GP5蛋白变异较大,而高度保守的M蛋白和N蛋白,同样发生了变异,由此预测了Nsp2蛋白的R631E、GP5蛋白的L146Q、M蛋白的Q16L和N蛋白的K46N处毒力相关的氨基酸位点,推测其在毒株致弱过程中起到了重要的作用。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 全基因组序列分析
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云南省西南边境登革2型病毒全基因组序列特征研究 被引量:4
4
作者 胡挺松 张海林 +8 位作者 范建华 邓波 刘永华 徐松淼 李鸿斌 尹小雄 朱进 张富强 范泉水 《寄生虫与医学昆虫学报》 CAS 北大核心 2017年第2期109-117,共9页
为阐明云南省西南边境地区登革2型病毒(DENV-2)流行株的全基因组序列特征及流行病学特点,采用C6/36细胞培养法分离病毒,用RT-PCR法扩增新分离DENV-2的全基因组序列,采用Clastal X1.83和MEGA6等生物信息学软件进行核苷酸同源性及系统进... 为阐明云南省西南边境地区登革2型病毒(DENV-2)流行株的全基因组序列特征及流行病学特点,采用C6/36细胞培养法分离病毒,用RT-PCR法扩增新分离DENV-2的全基因组序列,采用Clastal X1.83和MEGA6等生物信息学软件进行核苷酸同源性及系统进化分析。结果从登革热患者血清中分离到10株DENV-2,其中德宏州瑞丽市6株(2013年3株和2015年3株),西双版纳州景洪市2015年4株。经RTPCR和序列测定,获得这10株DENV-2的全基因组序列。基于结构蛋白和非结构蛋白基因的系统进化和同源性分析表明,这10株病毒中5株为亚洲基因Ⅰ型(AsianⅠGenotype,AG-Ⅰ),5株为全球基因型(Cosmopolitan genotype,CG)。其中2013和2015年瑞丽流行株均为AG-Ⅰ,景洪市2015年流行株均属CG,它们均与东南亚相同基因型流行株具有较高的同源性和较近的亲缘关系。云南株与DENV-2原型株(New Guinea-C)的E和NS5基因核苷酸同源性分别为93.38%~93.77%和92.80%~94.74%。所有云南株和东南亚参考株与New Guinea-C株在结构蛋白或非结构蛋白的氨基酸位点均存在一定程度的改变。本研究证实,云南省西南边境地区存在DENV-2两种基因型流行,瑞丽和景洪流行株分别为AG-Ⅰ和CG,但它们的输入来源均为相邻东南亚国家。云南株与DENV-2原型株New Guinea-C株间存在明显差异,但决定病毒抗原、致病性和毒力的关键位点未发现明显变化。 展开更多
关键词 登革2型病毒 全基因组 系统进化分析 同源性分析 氨基酸位点分析
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不同动物源脑心肌炎病毒的分离、鉴定和全基因组序列分析 被引量:3
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作者 常洪涛 刘慧敏 +5 位作者 陈陆 杨霞 赵军 王新卫 姚惠霞 王川庆 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第9期1442-1447,共6页
为研究脑心肌炎病毒(encephalomyocarditis virus,EMCV)对不同动物宿主的感染情况。本试验应用改进的"细胞接种与RT-PCR方法相结合"技术,成功分离到国内首株地方土猪源EMCV、首株家养野猪源EMCV、1株鼠源EMCV和3株良种猪源EMCV,并... 为研究脑心肌炎病毒(encephalomyocarditis virus,EMCV)对不同动物宿主的感染情况。本试验应用改进的"细胞接种与RT-PCR方法相结合"技术,成功分离到国内首株地方土猪源EMCV、首株家养野猪源EMCV、1株鼠源EMCV和3株良种猪源EMCV,并进行了全基因组序列测定和分析。结果显示,6株EMCV分离毒的基因组全长从7 724~7 735bp不等,ORF长度均为6 879bp,彼此间核苷酸同源性为99.3%~99.8%,与其他不同动物源EMCV参考毒株的同源性为79.9%~99.9%,与国内猪源、鼠源分离毒的同源性均在99.4%以上;各基因片段中,以VP1和2A变异幅度最大,VP2和3D最为保守;基于EMCV全基因组、ORF和VP1基因序列绘制的系统发育进化树显示,EMCV可分为G1、G2和G3 3个群,猪源EMCV主要分布在G1、G2群,鼠源EMCV在G1、G3群中均有分布;6株EMCV分离毒与其他国内参考毒株同属于G1群,但分布并不完全集中。结果表明,地方土猪和家养野猪可感染EMCV并引起发病,提醒在进行地方品种养殖和野生动物家养时要充分考虑人兽共患疫病传播的生态学;鼠在良种猪、家养野猪和地方土猪EMCV之间的交叉感染、传播与流行中起到重要媒介作用;不同EMCV地方流行株间存在较大的地域差异,其传播具有一定的区域限制性;EMCV在感染不同动物时可能会发生某些突变,以适应新的宿主。 展开更多
关键词 脑心肌炎病毒 不同动物宿主 RT-PCR 全基因组 分子特征分析
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长距离PCR法扩增RHDV全基因组及其序列分析
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作者 张玉颖 刘光清 +3 位作者 倪征 云涛 吴润 张淼涛 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期1-5,共5页
从人工感染RHDV致死的兔肝组织中提取病毒总RNA,应用特异性引物将病毒RNA反转录成cD-NA,以此为模板用长距离PCR法扩增RHDV全基因组,将成功扩增出的RHDV全基因组克隆到pMD18-T载体中,经PCR鉴定及酶切分析后进行序列测定。测序结果表明,J... 从人工感染RHDV致死的兔肝组织中提取病毒总RNA,应用特异性引物将病毒RNA反转录成cD-NA,以此为模板用长距离PCR法扩增RHDV全基因组,将成功扩增出的RHDV全基因组克隆到pMD18-T载体中,经PCR鉴定及酶切分析后进行序列测定。测序结果表明,JX97全基因组由7 437个核苷酸组成,包括由9个核苷酸组成5′NCR、59个核苷酸组成3′NCR和一个至少含有27个核苷酸的poly(A)尾。序列比较结果显示,RHDVJX97株的衣壳蛋白与已报道的参考毒株具有较高的序列同源性,均在90%以上,提示所有的RHDV分离株具有较近的亲缘关系。 展开更多
关键词 免病毒性出血症病 长距离扩增 全基因组
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不同猪源脑心肌炎病毒的分离、鉴定和全基因组序列分析
7
作者 常洪涛 刘慧敏 +5 位作者 陈陆 杨霞 赵军 王新卫 姚惠霞 王川庆 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期967-973,共7页
为研究脑心肌炎病毒(encephalomyocarditis virus,EMCV)对不同猪种的感染情况,本研究应用改进的'细胞接种与RT-PCR方法相结合'技术,成功分离到中国国内首株地方土猪源EMCV、首株家养野猪源EMCV和3株良种猪源EMCV,并进行了全基... 为研究脑心肌炎病毒(encephalomyocarditis virus,EMCV)对不同猪种的感染情况,本研究应用改进的'细胞接种与RT-PCR方法相结合'技术,成功分离到中国国内首株地方土猪源EMCV、首株家养野猪源EMCV和3株良种猪源EMCV,并进行了全基因组序列测定和分析。结果显示,5株EMCV分离毒株的基因组全长7 724~7 735bp,彼此间核苷酸相似性为99.3%~99.8%,与其他不同动物源EMCV参考毒株的相似性为79.9%~99.9%,与国内猪源、鼠源毒株的相似性均在99.4%以上;各基因片段中,以VP1和2A变异幅度最大,VP2和3D最为保守;基于EMCV全基因组、ORF和VP1基因序列绘制的系统发育进化树显示,EMCV可分为G1、G2和G33个群,猪源EMCV主要分布在G1群和G2群,鼠源EMCV在G1群和G3群中均有分布;5株EMCV分离毒株与其他国内参考毒株同属于G1群。研究结果证实,地方土猪和家养野猪可感染EMCV并引起发病,提醒在进行地方品种养殖和野生动物家养时要充分考虑人兽共患疫病传播的生态学;鼠在不同猪种间交叉感染EMCV时,可能起到重要媒介作用;EMCV流行毒株存在较大的地域差异,其传播具有一定的区域限制性;EMCV在感染不同猪种时可能会发生某些氨基酸突变,以适应新的宿主。 展开更多
关键词 脑心肌炎病毒 不同猪种 RT-PCR 全基因组 分子特征分析
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地方蛋鸡群中A亚群禽白血病病毒的分离与全基因组序列分析 被引量:10
8
作者 钱琨 朱钰峰 +2 位作者 沈海玉 金文杰 秦爱建 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第10期1005-1010,共6页
利用DF1细胞培养、ELISA和多聚酶链式反应(PCR)从地方蛋鸡群中分离并鉴定了1株A亚群禽白血病病毒(ALV-A),命名为AH10。依据GenBank中已发表的序列分段扩增获得AH10株的全基因序列。序列对比分析发现,AH10株基因全长7 458 bp,其中gp85与... 利用DF1细胞培养、ELISA和多聚酶链式反应(PCR)从地方蛋鸡群中分离并鉴定了1株A亚群禽白血病病毒(ALV-A),命名为AH10。依据GenBank中已发表的序列分段扩增获得AH10株的全基因序列。序列对比分析发现,AH10株基因全长7 458 bp,其中gp85与国内另一蛋鸡A亚群SDAU09C3株同源性最高,氨基酸同源性达到96.5%。此外,AH10株在非编码区5′-LTR区域存在蛋鸡群A亚群禽白血病所共有的19个碱基的插入突变。研究结果进一步完善了我国地方蛋鸡群中禽白血病的流行病学信息。 展开更多
关键词 禽白血病病毒 A亚群 分离鉴定 全基因序列分析
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中国烟草曲叶病毒广西株的初步研究 被引量:2
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作者 张颖 殷勤燕 +3 位作者 刘玉乐 陈刚 蔡健和 田波 《中国病毒学》 CSCD 2000年第4期405-408,共4页
Using DNA of Chinese Tobacco Leaf Curl Virus Guangxi(TbLCV Guangxi)as the template,a 0.4 kb virus specific fragment induding the total common region of the virus and DNA sequence of 52 aa of N terminal of AV1 was obta... Using DNA of Chinese Tobacco Leaf Curl Virus Guangxi(TbLCV Guangxi)as the template,a 0.4 kb virus specific fragment induding the total common region of the virus and DNA sequence of 52 aa of N terminal of AV1 was obtained by PCR with primers specific to whitefly transmittal gemniviruses,cloned and sequenced.This fragment can basically represent the characteristics of the virus full length genome.The sequence of this fragment is the same as that of chinese tomato yellow leaf curl virus (TYLCV Chi), which indicates that TbLCV Guangxi and TYLCV Chi are the same gemniviruses. According to the sequence of the common region of the 0.4 kb fragment, the virus full length genome DNA was amplified from the infected tobacco plant by PCR with primers back to back. 展开更多
关键词 中国烟草 曲叶病毒 广西株 双生病毒
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动态分析老年重症乙肝患者乙肝病毒全基因组及其表达蛋白抗原性变化 被引量:1
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作者 余祖江 李晓菲 +2 位作者 阚全程 张万广 雷延昌 《中国老年学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2003年第8期486-488,共3页
目的 动态分析 1例老年重症乙型肝炎患者全基因组序列变化 ,在全基因组水平上阐述 HBV基因组变异对其不同基因生物学特性的影响。方法 一次扩增全长乙型肝炎病毒 (hepatitis B virus,HBV) DNA基因组 ,测序鉴定 ,建立 HBV全基因组克隆... 目的 动态分析 1例老年重症乙型肝炎患者全基因组序列变化 ,在全基因组水平上阐述 HBV基因组变异对其不同基因生物学特性的影响。方法 一次扩增全长乙型肝炎病毒 (hepatitis B virus,HBV) DNA基因组 ,测序鉴定 ,建立 HBV全基因组克隆、转染表达。结果 通过测序鉴定、同源性比较和真核细胞转染分析 ,显示 HBV基因组序列变异集中在 S基因 ,其表达蛋白前后有抗原性变化。结论  S基因变异可以导致 S蛋白抗原性变化 ,打破宿主体内免疫耐受 ,诱发重症肝炎的发生。 展开更多
关键词 全基因组 乙型肝炎病毒 抗原性变化 老年人 S基因
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猪圆环病毒2型全基因组的克隆及病毒拯救
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作者 王紫凝 高章照 +2 位作者 董沁芳 全滟平 姜永厚 《浙江理工大学学报(自然科学版)》 2018年第4期468-473,共6页
为构建猪圆环病毒(Porcine circovirus,PCV)2型(PCV2)感染性DNA克隆,以淋巴结病料组织中分离的PCV2细胞培养适应毒株为材料,通过基因序列分析比对,在PCV2基因组序列XbaⅠ酶切位点区设计重叠引物,进行全长扩增并克隆至pMD-18T和pBluescri... 为构建猪圆环病毒(Porcine circovirus,PCV)2型(PCV2)感染性DNA克隆,以淋巴结病料组织中分离的PCV2细胞培养适应毒株为材料,通过基因序列分析比对,在PCV2基因组序列XbaⅠ酶切位点区设计重叠引物,进行全长扩增并克隆至pMD-18T和pBluescript SK,获得载体pMD-PCV2和pBluescript SK-PCV2。将pMDPCV2重组质粒大量扩增后,用XbaⅠ切出PCV2全基因组,在体外用T4DNA连接酶使其自环化。通过脂质体法将PCV2自环化产物转染至PK15细胞,并且经15次连续传代,分别用PCR、RT-PCR和间接免疫荧光测定(Indirect immunofluorescence assay,IFA)检测到PCV2的复制、转录和蛋白表达。该研究成功构建具有感染性的PCV2全基因组DNA,为PCV2致病机理和基因功能研究奠定基础。 展开更多
关键词 猪圆环病毒2型 全长基因组克隆 细胞转染 病毒拯救
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阿卡斑病毒云南分离株全基因组序列特征研究 被引量:13
12
作者 冯云 章域震 +1 位作者 杨卫红 张海林 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期161-169,共9页
为阐明分离自云南省的蚊媒阿卡斑病毒(Akabane virus,AKV)DHL10M110株(简称云南株)的分子生物学特征,采用RT-PCR和核苷酸序列测定方法,对云南株进行全基因组序列测定和分析。结果获得了云南株全基因组核苷酸序列,该病毒株的L、M和S基因... 为阐明分离自云南省的蚊媒阿卡斑病毒(Akabane virus,AKV)DHL10M110株(简称云南株)的分子生物学特征,采用RT-PCR和核苷酸序列测定方法,对云南株进行全基因组序列测定和分析。结果获得了云南株全基因组核苷酸序列,该病毒株的L、M和S基因核苷酸序列全长分别为6 869bp、4 309bp和856bp,其中开放读码框(Open reading frame,ORF)核苷酸序列依次为6 756bp、4 206bp和702bp,并分别编码2252、1402和234个氨基酸。这三个基因片段ORF的系统进化分析表明,云南株L基因与AKV标准株OBE-1(日本)和AKVS-7/SKR/2010株(韩国)处于同一进化分支;在M和S基因进化树中,云南株与日本、韩国和台湾地区的AKV流行株亲缘关系较近,但云南株单独处于一个小的进化分支。同源性分析表明,云南株L、M和S片段ORF与OBE-1株的核苷酸(氨基酸)同源性分别为92.6%(98%)、88.5%(94%)和96.4%(99.1%)。云南株与OBE-1株的L、M和S片段分别有45、84和2个氨基酸位点的差异。此外,无论L、M和S基因核苷酸序列的同源性或系统进化分析均表明,云南株与肯尼亚和澳大利亚AKV分离株进化关系较远,同源性较低。本研究进一步通过病毒全基因组序列分析证实DHL10M110病毒株为AKV,属亚洲进化群,但与日本和韩国株相比仍有一定差异,云南株地域特征明显。这是首次在中国大陆地区测定到该病毒的全基因组序列。 展开更多
关键词 阿卡斑病毒 全基因组 系统进化分析 同源性分析
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云南中缅边境登革1型病毒全基因组序列特征研究 被引量:12
13
作者 胡挺松 张海林 +7 位作者 刘永华 徐松淼 李华昌 邓波 尹小雄 黄瑛 张富强 范泉水 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期473-480,共8页
目的阐明云南省中缅边境地区2013-2015年14株登革1型病毒(DENV-1)全基因组序列特征。方法采用C6/36细胞培养法分离病毒,用RT-PCR法扩增新分离DENV-1的全基因组序列,采用ClastalX1.83和MEGA6等生物信息学软件进行核苷酸和推导氨基酸序列... 目的阐明云南省中缅边境地区2013-2015年14株登革1型病毒(DENV-1)全基因组序列特征。方法采用C6/36细胞培养法分离病毒,用RT-PCR法扩增新分离DENV-1的全基因组序列,采用ClastalX1.83和MEGA6等生物信息学软件进行核苷酸和推导氨基酸序列同源性及系统进化分析。结果从登革热患者血清中分离到14株DENV-1,其中瑞丽市9株,临沧市3株,昆明市2株。经RT-PCR和序列测定,获得这14株DENV-1的全基因组序列(10 735nt),其开放读码框(95-10 271)编码3 392个氨基酸。系统进化和同源性分析表明,13株为基因I型(G-I),其中瑞丽和临沧本地病例7株,缅甸输入性病例6株;1株为G-III(昆明的印度输入性病例)。云南13株G-I可分为2个进化群,但均与缅甸、泰国等东南亚流行株具有较近的亲缘关系。云南13株G-I的E基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为97.02%-100%和98.78%-100%,它们与6株东南亚G-I参考株的核苷酸和氨基酸同源性分别为96.53%-99.53%和97.33%-100%,与DENV-1原型株US_Hawaii核苷酸和氨基酸同源性分别为93.76%-94.45%和95.86%-96.91%。所有云南株和东南亚参考株与US_Hawaii株在结构蛋白或非结构蛋白的氨基酸位点分别存在44和150个位点差异。结论云南中缅边境地区2013-2015年流行的DENV-1均为G-I,并具有基因多样性特点但均为来自缅甸的多个传播来源。 展开更多
关键词 登革1型病毒 全基因组 系统进化分析 同源性分析 氨基酸位点分析
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传染性法氏囊病病毒超强毒株HLJ-0504全基因组克隆及其新特征分析 被引量:11
14
作者 高立 祁小乐 +5 位作者 高玉龙 高宏雷 秦立廷 邓小芸 宇文延青 王笑梅 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期401-404,共4页
为了解传染性法氏囊病病毒(IBDV)HLJ-0504株的分子生物学特征,本研究利用融合PCR技术获得HLJ-0504株全基因组序列。核苷酸和推导氨基酸序列遗传演化分析发现,HLJ-0504A节段位于IBDV超强毒的分枝上,而B节段则介于超强毒株和减毒株之间,... 为了解传染性法氏囊病病毒(IBDV)HLJ-0504株的分子生物学特征,本研究利用融合PCR技术获得HLJ-0504株全基因组序列。核苷酸和推导氨基酸序列遗传演化分析发现,HLJ-0504A节段位于IBDV超强毒的分枝上,而B节段则介于超强毒株和减毒株之间,形成一个独立分枝,属于一株新的自然重组病毒。VP2抗原性预测分析表明,HLJ-0504株VP2第Ⅰ亲水区中的氨基酸发生突变(D212N),该突变可能导致了HLJ-0504株抗原性发生漂变。本实验结果为深入研究IBDV的分子特征奠定了基础。 展开更多
关键词 传染性法氏囊病病毒超强毒 HLJ-0504株 全基因组 重组
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血管瘤相关J亚群禽白血病病毒ZH-08株的分离与全基因组序列测定 被引量:10
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作者 张小桃 史伟伟 +4 位作者 刘红波 张贺楠 廖明 辛朝安 曹伟胜 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期193-199,共7页
本研究从临床表现为典型血管瘤型禽白血病病例的广东某肉种鸡场的病鸡中,分离到1株J亚群禽白血病病毒(ALV-J),命名为ZH-08。利用ELISA抗原检测、PCR和间接免疫荧光试验对分离株进行鉴定,结果都呈阳性。依据ALV-J原型株HPRS-103前病毒全... 本研究从临床表现为典型血管瘤型禽白血病病例的广东某肉种鸡场的病鸡中,分离到1株J亚群禽白血病病毒(ALV-J),命名为ZH-08。利用ELISA抗原检测、PCR和间接免疫荧光试验对分离株进行鉴定,结果都呈阳性。依据ALV-J原型株HPRS-103前病毒全基因组序列设计并合成3对引物,采用分段扩增的方法完成了分离株的全基因组序列测定。结果显示该分离株基因组序列全长7 597 bp,与已公开的全基因组序列大小比较略有差异,但符合典型的复制完全型反转录病毒的基因组结构,基因序列中不含已知致癌基因。将该分离株的亚群特异性gp85基因序列与国内外各参考株相应序列进行相似性比较,发现ZH-08与YZ9901株相似性最高(93.7%)。基于gp85核苷酸序列的系统进化分析表明:ZH-08株与SD07LK1株的亲缘关系最近。本研究为该毒株的生物学特性以及致病机制研究奠定了基础。 展开更多
关键词 血管瘤 J亚群禽白血病病毒 全基因组序列 gp85
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基于全基因组分析2017-2021年福建省猪繁殖与呼吸综合征病毒基因组特征 被引量:5
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作者 刘建奎 徐叶 +8 位作者 刘辰 于慧 杨圆 何乐 李佳睿 但惠娟 戴爱玲 杨小燕 魏春华 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期1579-1589,共11页
通过对福建地区规模化猪场猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)进行病毒分离及全基因组序列分析,从而了解PRRSV流行情况及基因组特征,为猪场防控PRRS提供理论基础。2017—2021年从福建... 通过对福建地区规模化猪场猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)进行病毒分离及全基因组序列分析,从而了解PRRSV流行情况及基因组特征,为猪场防控PRRS提供理论基础。2017—2021年从福建地区规模化猪场采集疑似感染PRRSV的组织病料和血清,进行病毒分离鉴定,采用RT-PCR方法对PRRSV分离株进行全基因组序列扩增,应用DNAstar 7.0软件进行序列分析,使用MEGA 7.0软件邻近法进行遗传演化分析,并利用生物软件SimPlot 3.51和RDP4.10对PRRSV基因组序列进行重组分析。成功分离得到32株PRRSV-2,其全基因组大小为14938~15439 bp(不包括ployA),32株PRRSV之间基因组核苷酸相似性为82.4%~99.4%,与PRRSV-2代表毒株(VR-2332、JXA1、NADC30、QYYZ)和PRRSV-1代表毒株(LV)之间核苷酸相似性分别为81.4%~99%和59.8%~60.6%。分别基于PRRSV全基因组与ORF5基因构建的遗传进化树对32株PRRSV进行分型,结果显示福建省呈现多种谱系毒株并存,两种分型结果符合率为75%(24/32)。PRRSV基因组中Nsp2和ORF5的变异程度最大,Nsp2蛋白存在不同程度的氨基酸(1~155aa)缺失,GP5蛋白主要中和表位发生广泛的变异。32株PRRSV存在较高的重组概率(27/32)且重组模式复杂多样,重组模式有9种:L1+L8、L1+L3、L8+L5、L8+L3、L1(Sublineage1.8+Sublineage1.5)+L8、L1+L5+L8、L1+L3+L8、L1+L3+L5、L1+L3+L5+L8,其中19株以NADC30-like PRRSV为主要亲本,重组方式主要为L1+L8和L1+L8+L3,重组热点主要分布在Nsp1、Nsp2、Nsp9和ORF3基因。综上,福建省主要流行毒株为以NADC30-like PRRSV为主要亲本的重组毒株,对PRRSV进行分型应当以全基因组结果为准。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 病毒分离鉴定 全基因组 遗传变异 基因重组
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两株不同宿主来源的基因VII型新城疫病毒的生物学特性比较及全基因组序列分析 被引量:8
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作者 刘开春 孟春春 +7 位作者 陈素娟 仇旭升 李仕超 孙英杰 谭磊 宋翠萍 彭大新 丁铲 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期89-92,共4页
为研究不同宿主来源的新城疫病毒(NDV)的生物特性及分子特征,本研究比较了两株(Ch/CH/SD/2008/128和Du/CH/SD/2009/134)同属ClassⅡ基因VII型的NDV分离株的生物学特性,并采用RT-PCR方法扩增及测定两株病毒的全基因组序列。结果显示,两... 为研究不同宿主来源的新城疫病毒(NDV)的生物特性及分子特征,本研究比较了两株(Ch/CH/SD/2008/128和Du/CH/SD/2009/134)同属ClassⅡ基因VII型的NDV分离株的生物学特性,并采用RT-PCR方法扩增及测定两株病毒的全基因组序列。结果显示,两株病毒对雏鸡具有相同的高致病性,但鸡源分离株Ch/CH/SD/2008/128对雏鸭致死率高达70%,而鸭源分离株Du/CH/SD/2009/134对雏鸭致死率仅为20%。全基因组序列比较分析显示:两株病毒的基因组长度均为15 192 nt,裂解位点为112RRQKQF117,属于典型的强毒特征,并且两者之间同源性超过96%。Ch/CH/SD/2008/128的F和HN蛋白中某些氨基酸位点与其他VII型病毒存在差异,这可能是导致该病毒对鸭具有高致病性的原因。结果表明两株不同宿主来源的ClassⅡ基因VII型NDV在遗传信息方面差异不大,但对鸭的致病力具有明显差异。 展开更多
关键词 新城疫病毒 全基因组序列 宿主 致病性
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云南省登革3型病毒全基因组序列特征研究 被引量:7
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作者 胡挺松 张海林 +9 位作者 刘永华 范建华 邓波 尹小雄 李鸿斌 李萍 朱进 杨召兰 张富强 范泉水 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期30-39,共10页
为阐明云南省2013年和2016年登革3型病毒(DENV-3)流行株的全基因组分子进化特征及流行病学特点。采用C6/36细胞培养法从登革热患者血清中分离病毒,用RT-PCR法扩增新分离DENV-3的全基因组序列,采用ClastalX1.83和MEGA6等生物信息学软... 为阐明云南省2013年和2016年登革3型病毒(DENV-3)流行株的全基因组分子进化特征及流行病学特点。采用C6/36细胞培养法从登革热患者血清中分离病毒,用RT-PCR法扩增新分离DENV-3的全基因组序列,采用ClastalX1.83和MEGA6等生物信息学软件进行核苷酸和氨基酸同源性及系统进化分析。结果从云南省本地登革热患者血清中分离到10株DENV-3,其中西双版纳州2013年5株(简称版纳分离株),德宏州瑞丽市2016年5株(简称瑞丽分离株)。经RT-PCR和序列测定,获得这10株DENV-3的全基因组序列(10 707nt),其开放读码框(95~10 265)编码3 389个氨基酸。基于全基因组或各种结构蛋白和非结构蛋白基因的系统进化分析表明,版纳分离株均为基因II型(genotype-II),瑞丽分离株均为基因I型(genotype-I),并各自高度聚集为同一进化群并与东南亚流行株具有较近亲缘关系。版纳分离株间和瑞丽分离株间的全基因组核苷酸(氨基酸)同源性分别为99.75%~99.91%(99.40%~99.91%)和99.21%~99.68%(98.78%~99.57%),并与DENV-3原型株(H87)的核苷酸(氨基酸)同源性分别为94.21%~94.34%(97.88%~98.14%)和93.81%~93.98%(97.12%~97.67%)。与H87株比较,本次云南分离株结构蛋白和非结构蛋白分别存在26和63个氨基酸位点的改变。本研究证实,云南省西双版纳州2013年流行的DENV-3为基因II型,瑞丽市2016年流行的DENV-3为基因I型,它们的传播来源分别为老挝和缅甸北部边境地区。本次云南DENV-3分离株与H87株间存在明显差异,但决定病毒抗原性和毒力的关键位点未见明显变化。 展开更多
关键词 登革3型病毒(DENV-3) 全基因组 系统进化分析 同源性分析 氨基酸位点分析
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我国2009年新分离乙脑病毒全基因组序列特征研究 被引量:7
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作者 杨杜鹃 李铭华 +2 位作者 付士红 张海林 梁国栋 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期571-579,共9页
本研究对我国2009年新分离的两株乙脑病毒进行全基因组序列测定和分析,以了解病毒全基因组分子特征。通过RT-PCR和核苷酸序列测定方法获得病毒全基因组序列,采用ClustalX、DNASTAR、MEGA等生物学软件完成核苷酸序列及氨基酸序列分析和... 本研究对我国2009年新分离的两株乙脑病毒进行全基因组序列测定和分析,以了解病毒全基因组分子特征。通过RT-PCR和核苷酸序列测定方法获得病毒全基因组序列,采用ClustalX、DNASTAR、MEGA等生物学软件完成核苷酸序列及氨基酸序列分析和系统进化分析等。研究结果显示,新分离两株乙脑病毒YN0911和YN0967株基因组全长均为10 965个核苷酸,编码3 432个氨基酸。这2株乙脑病毒之间核苷酸同源性为98.7%,氨基酸同源性为99.8%。与国际乙脑病毒流行株相比,核苷酸同源性为83.5%~98.9%,氨基酸同源性为94.8%~99.7%。与乙脑病毒疫苗株SA14-14-2相比,在E蛋白有13个氨基酸差异位点,但都位于抗原关键位点之外。这2株病毒在3′UTR区域存在11nt缺失。基于C/PrM区段、E基因、全基因组系统进化分析结果均显示新分离2株乙脑病毒为G I乙脑病毒,并且和越南、四川、贵州、广西以往的分离株遗传进化关系较近。本研究提示我国新分离的2株乙脑病毒均为G I乙脑病毒,决定病毒毒力的关键氨基酸位点未见明显变化。 展开更多
关键词 乙型脑炎病毒 全基因组 系统进化分析
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狐源犬瘟热病毒HBF-1株全基因组序列测定及其分析 被引量:6
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作者 卜研 薛向红 +3 位作者 闫喜军 朱翔宇 胡博 史宁 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期510-516,540,共8页
通过比对GenBank中已发表的21株犬瘟热病毒全基因组序列,利用Primer Premier5.0设计了首尾重叠的11对特异性引物,对1株适应Vero-dSlam细胞的犬瘟热病毒强毒HBF-1的全基因组进行RT-PCR扩增。将扩增获得的11个特异性目的片段分别连接到pEA... 通过比对GenBank中已发表的21株犬瘟热病毒全基因组序列,利用Primer Premier5.0设计了首尾重叠的11对特异性引物,对1株适应Vero-dSlam细胞的犬瘟热病毒强毒HBF-1的全基因组进行RT-PCR扩增。将扩增获得的11个特异性目的片段分别连接到pEASY-Blunt载体,筛选出阳性克隆子。经过反复测序后,对11个片段的序列进行拼接最终获得了HBF-1株全基因组序列。利用DNAstar和MEGA6.0软件,分析HBF-1株与其他已公布CDV序列遗传进化关系。结果显示,适应Vero-dSlam细胞的犬瘟热病毒强毒HBF-1基因组全长为15690bp,与最初分离株Hebei株的同源性高达为99.8%,与国内黑龙江分离株HLJ-06的亲缘关系较近,同源性为98.5%,同经典疫苗株的亲缘关系相对较远,同源率为92.7%。HBF-1是分离株Hebei的Vero-dSlam细胞适应株,对二者基因编码区的序列比对,共出现13处氨基酸突变。其中,P蛋白突变率为0.39%,H蛋白突变率为0.33%,是2个变异率最高的结构蛋白。这些变异很有可能是病毒在适应Vero-dSlam细胞过程中形成的,但它们对HBF-1的致病性和毒力强弱是否存在影响,后续我们将深入研究。因此,开展细胞适应株HBF-1的全基因组序列测定及序列分析,对未来研究强毒株与Slam受体互作关系,及强毒株的致弱机制提供基础。 展开更多
关键词 犬瘟热病毒 全基因组序列测定 序列分析
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