为了利用叶绿体基因工程技术改良普通油茶的重要经济性状,该研究以普通油茶叶绿体全基因组序列为材料,从中筛选出51条长度大于300 bp且以ATG起始的非重复CDS(Coding DNA Sequence)为对象,利用CodonW软件分析其密码子偏好性。结果表明:...为了利用叶绿体基因工程技术改良普通油茶的重要经济性状,该研究以普通油茶叶绿体全基因组序列为材料,从中筛选出51条长度大于300 bp且以ATG起始的非重复CDS(Coding DNA Sequence)为对象,利用CodonW软件分析其密码子偏好性。结果表明:密码子第三位GC含量为27.55%,ENC范围在35.23~56.67之间,平均值为46.09;RSCU值大于1.00的密码子数目为30个,其中29个第三位碱基以U或A结尾;中性绘图表明GC12与GC3的相关系数为0.143,相关性不显著,回归系数为0.0573;频数分布显示,55%基因的ENC比值集中分布在0~0.1,25%基因的ENC比值分布在0.1~0.2之间;对应分析结果表明,第一向量轴占10.12%的差异,第二向量轴占9.36%的差异,其余两轴分别占7.97%和7.46%,前4轴累计差异为34.91%。中性绘图、ENC-plot和对应性分析均表明普通油茶叶绿体基因密码子偏好受突变作用,更多受选择的影响。最终取高表达优越密码子和高频密码子共有的CUU、AUU、GUU、GUA、UAA、CAA、AAA、GAC、GAA、CCU、ACU、GCU、GCA、UGU、CGU、AGU、UUG、GGU等18个密码子作为最优密码子。该研究结果为利用叶绿体基因工程技术改良普通油茶重要经济性状奠定了基础。展开更多
【目的】了解灯盏花[Erigeron breviscapus(Vant.)Hand-Mazz]叶绿体基因组密码子的使用偏好性。【方法】以灯盏花叶绿体基因组全序列为研究对象,利用CodonW 1.4.2软件和CUSP程序等对筛选出的47条CDS(coding DNA sequence)进行分析,并进...【目的】了解灯盏花[Erigeron breviscapus(Vant.)Hand-Mazz]叶绿体基因组密码子的使用偏好性。【方法】以灯盏花叶绿体基因组全序列为研究对象,利用CodonW 1.4.2软件和CUSP程序等对筛选出的47条CDS(coding DNA sequence)进行分析,并进行中性绘图、ENC-plot绘图和PR2-plot绘图分析。【结果】叶绿体基因组密码子中不同位置的GC碱基含量比值为GC_1>GC_2>GC_3,说明密码子末位碱基偏性以A/T(U)结尾;有效密码子数的均值为47.18,密码子使用偏性较弱;3种绘图分析结果发现:影响灯盏花叶绿体基因组密码子偏好性的主要因素是自然选择,也受到其他因素(如突变)的影响;最优密码子分析中确定了UUU、UUA和UUG等18个最优密码子,且大多数以A和U结尾,有且仅有1个以G结尾。【结论】灯盏花叶绿体基因组密码子第3位偏好性以A或U碱基结尾,密码子使用模式受选择和其他因素共同影响,其中选择的作用较大。该结果可为后续利用基因工程手段对外源基因密码子改造、提高所转基因在灯盏花叶绿体中的表达提供参考。展开更多
采用高频密码子分析法,对甜橙C itrus sinensis、温州蜜柑C.unshiu、葡萄柚C.paradisi和柠檬C.lim on等4种柑橘的蛋白质编码基因序列(codon DNA sequence,CDS)进行了分析,计算出了柑橘同义密码子相对使用频率(rela-tive frequency of sy...采用高频密码子分析法,对甜橙C itrus sinensis、温州蜜柑C.unshiu、葡萄柚C.paradisi和柠檬C.lim on等4种柑橘的蛋白质编码基因序列(codon DNA sequence,CDS)进行了分析,计算出了柑橘同义密码子相对使用频率(rela-tive frequency of synonymous codon,RFSC),确定出了4种柑橘的高频率密码子,发现不同种类柑橘偏爱密码子稍有差别.展开更多
【目的】为了解云南油杉叶绿体基因密码子的偏好性使用模式。以云南油杉叶绿体基因组密码子为研究对象,筛选出41条蛋白编码序列,进行密码子偏好性分析,进一步揭示密码子组成特点及影响密码子偏好的因素,确定其最优密码子,为云南油杉开...【目的】为了解云南油杉叶绿体基因密码子的偏好性使用模式。以云南油杉叶绿体基因组密码子为研究对象,筛选出41条蛋白编码序列,进行密码子偏好性分析,进一步揭示密码子组成特点及影响密码子偏好的因素,确定其最优密码子,为云南油杉开展叶绿体基因工程提供理论依据。【方法】利用Codon W 1.4.2和CUSP在线软件对云南油杉叶绿体基因密码子进行了中性绘图分析、ENC-plot、PR2-plot分析和对应性分析,分析密码子偏好性的影响因素,并从中得到最优密码子。【结果】云南油杉叶绿体基因组密码子不同位置上的GC含量依次是GC_(1)(49.65%)>GC_(2)(40.66%)>GC_(3)(29.79%),表明其叶绿体基因组密码子末位碱基偏好以A和U结尾;叶绿体基因组中大部分编码基因的ENC值>45;可推断出其密码子的偏性较弱。GC_(12)和GC_(3)的相关系数和回归系数分别为-0.208和-0.206,相关性不显著;ENC频数比值分布在-0.05~0.05间的有21个,这部分基因密码子偏好性主要受突变的影响;云南油杉叶绿体基因组中大部分基因分布在PR2平面图的右下方,即T>A、G>C;说明在云南油杉叶绿体基因组密码子使用模式上,其偏好性更多地受到选择影响,同时亦受到突变因素的影响。对应性分析发现,第1轴存在16.57%的差异,为主要影响因素,与ENC、GC_(3)相关系数为0.097、0.142,均无显著相关关系。最终UUA、CUU、AUU等15个密码子被确定为云南油杉叶绿体基因组的最优密码子。【结论】云南油杉叶绿体基因组密码子末位碱基偏好以A和U结尾,其密码子偏好性在受到选择影响的同时亦受到突变因素的影响。该结果可为今后开展云南油杉叶绿体基因工程、遗传多样性分析、种源鉴定等研究提供参考依据,同时也为油杉属叶绿体基因组进化机制研究提供理论基础。展开更多
为探究湖北山楂叶绿体基因组密码子的偏好性及偏好性的成因,本研究以湖北山楂叶绿体基因组中的53条CDS为研究对象,具体使用了Codon W 1.4.2和在线软件CUSP进行ENC-plot、PR2-plot和中性绘图等进行分析。结果表明,湖北山楂叶绿体基因组...为探究湖北山楂叶绿体基因组密码子的偏好性及偏好性的成因,本研究以湖北山楂叶绿体基因组中的53条CDS为研究对象,具体使用了Codon W 1.4.2和在线软件CUSP进行ENC-plot、PR2-plot和中性绘图等进行分析。结果表明,湖北山楂叶绿体基因组中密码子GC含量为GC_(1)(46.99%)>GC_(2)(39.45%)>GC_(3)(28.37%),有效密码子数(ENC)值大于45的有40个。相对同义密码子使用度(RSCU)分析结果表明,有32个密码子的RSCU>1,其中以A和U结尾的有29个,说明湖北山楂叶绿体基因组A/U使用的频率较高。中性绘图分析发现,GC_(3)与GC_(1)、GC_(2)的相关性不显著,说明密码子偏好性的成因主要是受选择因素的影响。通过中性绘图分析、ENC-plot分析和PR2-plot分析得到主要结论:选择作为主要因素影响着湖北山楂叶绿体基因组密码子的偏好性。此外,通过构建的高低基因表达库最终确定12个最优密码子:UAG、UUC、GUA、UUA、GUU、UCU、CCU、CAA、AAA、AUU、GAA和CGA。本研究揭示了影响密码子偏好性形成的主要因素,为基因工程理论研究和目标性状的改良奠定了科学基础。展开更多
文摘为了利用叶绿体基因工程技术改良普通油茶的重要经济性状,该研究以普通油茶叶绿体全基因组序列为材料,从中筛选出51条长度大于300 bp且以ATG起始的非重复CDS(Coding DNA Sequence)为对象,利用CodonW软件分析其密码子偏好性。结果表明:密码子第三位GC含量为27.55%,ENC范围在35.23~56.67之间,平均值为46.09;RSCU值大于1.00的密码子数目为30个,其中29个第三位碱基以U或A结尾;中性绘图表明GC12与GC3的相关系数为0.143,相关性不显著,回归系数为0.0573;频数分布显示,55%基因的ENC比值集中分布在0~0.1,25%基因的ENC比值分布在0.1~0.2之间;对应分析结果表明,第一向量轴占10.12%的差异,第二向量轴占9.36%的差异,其余两轴分别占7.97%和7.46%,前4轴累计差异为34.91%。中性绘图、ENC-plot和对应性分析均表明普通油茶叶绿体基因密码子偏好受突变作用,更多受选择的影响。最终取高表达优越密码子和高频密码子共有的CUU、AUU、GUU、GUA、UAA、CAA、AAA、GAC、GAA、CCU、ACU、GCU、GCA、UGU、CGU、AGU、UUG、GGU等18个密码子作为最优密码子。该研究结果为利用叶绿体基因工程技术改良普通油茶重要经济性状奠定了基础。
文摘【目的】了解灯盏花[Erigeron breviscapus(Vant.)Hand-Mazz]叶绿体基因组密码子的使用偏好性。【方法】以灯盏花叶绿体基因组全序列为研究对象,利用CodonW 1.4.2软件和CUSP程序等对筛选出的47条CDS(coding DNA sequence)进行分析,并进行中性绘图、ENC-plot绘图和PR2-plot绘图分析。【结果】叶绿体基因组密码子中不同位置的GC碱基含量比值为GC_1>GC_2>GC_3,说明密码子末位碱基偏性以A/T(U)结尾;有效密码子数的均值为47.18,密码子使用偏性较弱;3种绘图分析结果发现:影响灯盏花叶绿体基因组密码子偏好性的主要因素是自然选择,也受到其他因素(如突变)的影响;最优密码子分析中确定了UUU、UUA和UUG等18个最优密码子,且大多数以A和U结尾,有且仅有1个以G结尾。【结论】灯盏花叶绿体基因组密码子第3位偏好性以A或U碱基结尾,密码子使用模式受选择和其他因素共同影响,其中选择的作用较大。该结果可为后续利用基因工程手段对外源基因密码子改造、提高所转基因在灯盏花叶绿体中的表达提供参考。
文摘采用高频密码子分析法,对甜橙C itrus sinensis、温州蜜柑C.unshiu、葡萄柚C.paradisi和柠檬C.lim on等4种柑橘的蛋白质编码基因序列(codon DNA sequence,CDS)进行了分析,计算出了柑橘同义密码子相对使用频率(rela-tive frequency of synonymous codon,RFSC),确定出了4种柑橘的高频率密码子,发现不同种类柑橘偏爱密码子稍有差别.
文摘【目的】为了解云南油杉叶绿体基因密码子的偏好性使用模式。以云南油杉叶绿体基因组密码子为研究对象,筛选出41条蛋白编码序列,进行密码子偏好性分析,进一步揭示密码子组成特点及影响密码子偏好的因素,确定其最优密码子,为云南油杉开展叶绿体基因工程提供理论依据。【方法】利用Codon W 1.4.2和CUSP在线软件对云南油杉叶绿体基因密码子进行了中性绘图分析、ENC-plot、PR2-plot分析和对应性分析,分析密码子偏好性的影响因素,并从中得到最优密码子。【结果】云南油杉叶绿体基因组密码子不同位置上的GC含量依次是GC_(1)(49.65%)>GC_(2)(40.66%)>GC_(3)(29.79%),表明其叶绿体基因组密码子末位碱基偏好以A和U结尾;叶绿体基因组中大部分编码基因的ENC值>45;可推断出其密码子的偏性较弱。GC_(12)和GC_(3)的相关系数和回归系数分别为-0.208和-0.206,相关性不显著;ENC频数比值分布在-0.05~0.05间的有21个,这部分基因密码子偏好性主要受突变的影响;云南油杉叶绿体基因组中大部分基因分布在PR2平面图的右下方,即T>A、G>C;说明在云南油杉叶绿体基因组密码子使用模式上,其偏好性更多地受到选择影响,同时亦受到突变因素的影响。对应性分析发现,第1轴存在16.57%的差异,为主要影响因素,与ENC、GC_(3)相关系数为0.097、0.142,均无显著相关关系。最终UUA、CUU、AUU等15个密码子被确定为云南油杉叶绿体基因组的最优密码子。【结论】云南油杉叶绿体基因组密码子末位碱基偏好以A和U结尾,其密码子偏好性在受到选择影响的同时亦受到突变因素的影响。该结果可为今后开展云南油杉叶绿体基因工程、遗传多样性分析、种源鉴定等研究提供参考依据,同时也为油杉属叶绿体基因组进化机制研究提供理论基础。
文摘为探究湖北山楂叶绿体基因组密码子的偏好性及偏好性的成因,本研究以湖北山楂叶绿体基因组中的53条CDS为研究对象,具体使用了Codon W 1.4.2和在线软件CUSP进行ENC-plot、PR2-plot和中性绘图等进行分析。结果表明,湖北山楂叶绿体基因组中密码子GC含量为GC_(1)(46.99%)>GC_(2)(39.45%)>GC_(3)(28.37%),有效密码子数(ENC)值大于45的有40个。相对同义密码子使用度(RSCU)分析结果表明,有32个密码子的RSCU>1,其中以A和U结尾的有29个,说明湖北山楂叶绿体基因组A/U使用的频率较高。中性绘图分析发现,GC_(3)与GC_(1)、GC_(2)的相关性不显著,说明密码子偏好性的成因主要是受选择因素的影响。通过中性绘图分析、ENC-plot分析和PR2-plot分析得到主要结论:选择作为主要因素影响着湖北山楂叶绿体基因组密码子的偏好性。此外,通过构建的高低基因表达库最终确定12个最优密码子:UAG、UUC、GUA、UUA、GUU、UCU、CCU、CAA、AAA、AUU、GAA和CGA。本研究揭示了影响密码子偏好性形成的主要因素,为基因工程理论研究和目标性状的改良奠定了科学基础。
