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北京地区肉类中沙门氏菌全基因组分型及耐药分析 被引量:8
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作者 畅晓晖 张捷 +9 位作者 亓合媛 石嵩 杨向莹 杨磊 赵琢 李小林 史文聿 孙清岚 马俊才 陈广全 《食品安全质量检测学报》 CAS 2020年第3期783-791,共9页
目的对我国北京地区肉类产品中沙门氏菌进行分离鉴定,基于全基因组测序结果,分析其耐药基因分布情况及亲缘关系。方法以38株沙门氏菌为研究对象,对不同来源的沙门氏菌进行全基因组分析,然后通过测定菌株对15种抗生素的最小抑菌浓度,结... 目的对我国北京地区肉类产品中沙门氏菌进行分离鉴定,基于全基因组测序结果,分析其耐药基因分布情况及亲缘关系。方法以38株沙门氏菌为研究对象,对不同来源的沙门氏菌进行全基因组分析,然后通过测定菌株对15种抗生素的最小抑菌浓度,结合全基因组测序结果分析不同来源的沙门氏菌的耐药特性及多重耐药状况。结果对38株沙门氏菌进行15种抗生素耐药性检测,其中34.2%为多重耐药株,68.4%的沙门氏菌对喹诺酮萘啶酸耐药,42.1%分离株对氨苄西林耐药。基于全基因组测序结果,对38株沙门氏菌进行分型为12种型别,其中88.2%的肠炎沙门氏菌与标准菌株ATCC9184亲缘关系较近。结论全基因组耐药基因和毒力基因与耐药表型有一定的关联,为监控北京地区的沙门氏菌耐药基因和毒力基因的传播方式提供理论基础。 展开更多
关键词 沙门氏菌 全基因组测序 耐药基因 耐药表型
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小麦白粉病广抗基因筛选新方法初步研究 被引量:2
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作者 张胜利 李东方 刘宏伟 《作物杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期50-52,共3页
小麦白粉病是严重影响小麦生产的病害,培育抗病品种是防治小麦白粉病的最经济、有效的方法。为了探索白粉病广抗基因快速有效筛选及利用的新方法,根据MLO蛋白的跨膜保守结构域设计兼并引物,以24个抗性不同的小麦材料的基因组DNA为模板通... 小麦白粉病是严重影响小麦生产的病害,培育抗病品种是防治小麦白粉病的最经济、有效的方法。为了探索白粉病广抗基因快速有效筛选及利用的新方法,根据MLO蛋白的跨膜保守结构域设计兼并引物,以24个抗性不同的小麦材料的基因组DNA为模板通过PCR扩增进行研究。结果表明:本研究设计的兼并引物扩增效率可以达到95.8%(23/24),除5号材料外其余的小麦材料都能扩增出多条DNA片段。本研究所设计的兼并引物扩增效率高,但由于扩增条带不唯一,需要进一步优化扩增条件减少非特异扩增,为下游转化、克隆及进一步筛选广抗基因奠定良好基础。 展开更多
关键词 小麦 白粉病 广抗基因 兼并引物
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白叶枯病抗性水稻广亲和恢复系的鉴定和筛选
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作者 李维科 李振经 +1 位作者 于平福 罗高玲 《南方农业学报》 CAS CSCD 2011年第12期1443-1448,共6页
【目的】为采用分子标记辅助选择利用野生稻抗性基因提供科学依据,并为选育超级杂交水稻提供目标亲本和选育新的恢复系提供亲本。【方法】以白叶枯病抗性水稻中野5112为供体亲本、广亲和恢复系桂649为受体亲本进行有性杂交,将在分离群... 【目的】为采用分子标记辅助选择利用野生稻抗性基因提供科学依据,并为选育超级杂交水稻提供目标亲本和选育新的恢复系提供亲本。【方法】以白叶枯病抗性水稻中野5112为供体亲本、广亲和恢复系桂649为受体亲本进行有性杂交,将在分离群体中筛选的35份优良目标品系进行田间接菌鉴定,并用与水稻抗白叶枯病基因Xa23紧密连锁的SSR标记引物RM206对中野5112、恢复系桂649及其35份优良杂交后代F4材料进行分子检测。【结果】从桂649×中野5112杂交后代的35个F4品系中,筛选出13个同时具有白叶枯病抗性和广亲和性潜力及其他优良农艺性状的品系,其中属偏粳型11个,属偏籼型的仅有两个;供体材料中野5112及其13份杂交后代材料携有Xa23的抗性等位点,受体材料桂649及其他22份杂交后代材料未携带Xa23的抗性等位点。田间接菌鉴定结果表明,在37个检测材料中,除中野5112外,对白叶枯病表现中抗以上的有18个品系,进一步证明这部分材料已携带有Xa23基因。将13份携有Xa23抗性等位点的材料与籼、粳稻品种及不育系配组,根据其F1代的育性表现,证明其中12个品系具有广亲和性。此外,与对照汕优63相比,初步鉴定出适合广西种植的具有超高产潜力的杂交稻组合3个,即龙特甫A×100-1-4、龙特甫A×08262-2-1和龙特甫A×08278-1-1。【结论】采用SSR标记引物与PCR检测方法进行Xa23基因分子标记检测是可行的,这为采用分子标记辅助选择利用野生稻抗性基因提供科学依据。筛选出的13份优良品系可用作选育超级杂交水稻的目标亲本或选育新恢复系的亲本。 展开更多
关键词 水稻 广亲和恢复系 抗白叶枯病基因 XA23 分子标记 鉴定
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马铃薯资源晚疫病抗性的全基因组关联分析 被引量:5
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作者 蒋伟 潘哲超 +4 位作者 包丽仙 周福仙 李燕山 隋启君 李先平 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期245-261,共17页
广谱抗性基因的挖掘是马铃薯高抗晚疫病品种选育的基础。本研究以288份国际马铃薯中心筛选的晚疫病抗性群体为试验材料,经过连续2年田间调查,计算AUDPC和sAUDPC值,评估群体晚疫病抗性;利用SLAF-seq方法进行群体简化基因组测序,通过对晚... 广谱抗性基因的挖掘是马铃薯高抗晚疫病品种选育的基础。本研究以288份国际马铃薯中心筛选的晚疫病抗性群体为试验材料,经过连续2年田间调查,计算AUDPC和sAUDPC值,评估群体晚疫病抗性;利用SLAF-seq方法进行群体简化基因组测序,通过对晚疫病抗性表型数据的全基因组关联分析,挖掘晚疫病抗性相关的遗传位点和候选基因,为晚疫病抗性品种选育和抗病机理研究提供一定的理论和材料基础。结果表明,晚疫病抗性在288份材料间存在着广泛的遗传差异;基于5种分析模型,共鉴定到82个与晚疫病抗性显著关联的位点;在关联区间关联到54个已知或可能与晚疫病抗性相关的基因。其中,23个基因为抗性基因,包括晚疫病抗性基因R1同源基因、Sw-5同源基因(R8)和Rpi-vnt1以及编码多效性耐药蛋白基因;5个基因编码MAPK蛋白和WRKY转录因子;1个基因参与茉莉酸途径;3个基因与水杨酸途径相关;6个基因是病程相关的基因;3个基因参与苯基丙酸类合成途径;其他与晚疫病抗性相关的基因,如HMGR基因(2个)、细胞色素P450(21个)。 展开更多
关键词 马铃薯 晚疫病抗性 全基因组关联分析 抗性基因 国际马铃薯中心
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普通菜豆镰孢菌枯萎病抗性种质资源筛选及全基因组关联分析
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作者 李园 常玉洁 +2 位作者 王兰芬 王述民 武晶 《植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期51-61,共11页
普通菜豆镰孢菌枯萎病是严重制约菜豆(Phaseolus vulgaris)产量的主要病害之一。采用下胚轴双孔注射法对601份普通菜豆种质资源进行枯萎病抗性鉴定,共筛选出4份高抗材料。在此基础上,基于分布在全基因组上的3765456个单核苷酸多态性(SNP... 普通菜豆镰孢菌枯萎病是严重制约菜豆(Phaseolus vulgaris)产量的主要病害之一。采用下胚轴双孔注射法对601份普通菜豆种质资源进行枯萎病抗性鉴定,共筛选出4份高抗材料。在此基础上,基于分布在全基因组上的3765456个单核苷酸多态性(SNP)标记,进行全基因组关联分析,以P<1×10^(–5)为阈值。结果检测到57个显著关联的SNP位点,分布于1、2、6、8和11号染色体上;共获得8个显著关联区域,其中位于1号染色体上的区域1包含SNP最多(48个),最显著SNP P值为2.18E–07。在8个显著关联区域中,共检测到186个基因,其中157个基因有注释信息,编码过氧化物酶、抗病蛋白、转录因子和蛋白激酶等。结合KEGG富集分析和序列同源性比对,鉴定出9个候选基因可能与抗性相关。 展开更多
关键词 普通菜豆 镰孢菌枯萎病 全基因组关联分析 抗性基因/种质资源
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