目的通过基因分型探讨重庆市结核分枝杆菌分子流行病学特点,建立适合重庆市结核病基因分型的体系。方法复苏培养2019—2021年重庆市丰都县、奉节县2个国家级耐药监测点结核病患者痰培养菌株268例,提取菌株DNA,采用24位点可变串联重复序...目的通过基因分型探讨重庆市结核分枝杆菌分子流行病学特点,建立适合重庆市结核病基因分型的体系。方法复苏培养2019—2021年重庆市丰都县、奉节县2个国家级耐药监测点结核病患者痰培养菌株268例,提取菌株DNA,采用24位点可变串联重复序列(variable number of tandem repeats,VNTR)分型方法对菌株进行基因分型,并对成簇的菌株进行流行病学调查,分析2个监测点菌株的成簇率并比较其传播差异。结果2个地区菌株中奉节县的分辨率指数(Hunter-Gaston index,HGI)HGI指数从0到0.85,HGI 0.6以上的位点有10个;0.3≤HGI≤0.6的位点有11个;HGI<0.3的位点有3个。分辨力最高的位点为MIRU31,分辨力最低的位点为MIRU24。丰都县的HGI指数从0到0.81,HGI 0.6以上的位点有12个;0.3≤HGI≤0.6的位点有9个;HGI<0.3的位点有3个。分辨力最高的位点为MIRU26,分辨力最低的位点为MIRU23。在成簇性分析中,丰都县140例菌株中成簇的样本为10例,成簇数目为4簇,最大的1簇为4例样本,成簇率为4.1%。奉节县128例菌株中成簇的样本数为10例,成簇的数目为5簇,成簇率为4.2%。结论重庆市丰都县、奉节县发病的主要人群为独立的基因型,近期传播率较低。患者发病主要是内源性复燃即潜伏感染者发展为活动性肺结核,防控机构在对结核病患者进行规范化管理的同时,还应加大2个监测点潜伏感染者的筛查力度,对潜伏感染者进行预防性治疗,这是降低两地结核病疫情发病率的关键。展开更多
目的利用脑膜炎奈瑟菌基因组中可变数目串联重复序列(VNTR)特征,对中国C群脑膜炎奈瑟菌菌株进行基因分型。方法中国C群脑膜炎奈瑟菌菌株109株,选择脑膜炎奈瑟菌DNA中4个VNTR位点,PCR扩增含有串联重复序列的DNA片段,选择每一个VNTR位点...目的利用脑膜炎奈瑟菌基因组中可变数目串联重复序列(VNTR)特征,对中国C群脑膜炎奈瑟菌菌株进行基因分型。方法中国C群脑膜炎奈瑟菌菌株109株,选择脑膜炎奈瑟菌DNA中4个VNTR位点,PCR扩增含有串联重复序列的DNA片段,选择每一个VNTR位点有差别的PCR产物进行测序,序列比对,测算串联重复序列的拷贝数。Bio-Rad Gel DocTM XR凝胶成像分析系统计算PCR产物DNA片段的碱基含量,换算成串联重复数;对109株菌株4个位点的串联重复序列拷贝数进行聚类分析,依据聚类分析结果进行基因分型,并将VNTR基因分型结果与脉冲场凝胶电泳基因分型(PFGE)结果进行比较。结果109株C群脑膜炎奈瑟菌菌株分为22个VNTR基因型,同一暴发来源的菌株具有相同VNTR特征;VNTR基因分型方法与PFGE基因分型具有相关关系。结论应用VNTR技术可以对中国C群脑膜炎奈瑟菌进行基因分型和分子流行病学方面的研究,VNTR基因分型可较好地应用于追溯流行性脑脊髓膜炎暴发传染源。展开更多
目的采用基因分型方法对30株分离自西北三省的牛源分枝杆菌分离株进行鉴定。方法从西北三省的规模化奶牛场采集结核菌素(PPD)阳性奶牛的咽拭子和鼻拭子,经分离培养后,采用16S rRNA、MPT64以及多位点PCR进行菌株分型鉴定,利用数目可变串...目的采用基因分型方法对30株分离自西北三省的牛源分枝杆菌分离株进行鉴定。方法从西北三省的规模化奶牛场采集结核菌素(PPD)阳性奶牛的咽拭子和鼻拭子,经分离培养后,采用16S rRNA、MPT64以及多位点PCR进行菌株分型鉴定,利用数目可变串联重复序列分析(variable-number of tandem repeats,VNTR)和分枝杆菌散在分布重复单元(Mycobacterial interspersed repetitive unit,MIRU)连用的方法对其基因型进行了分析。结果菌株分型鉴定结果表明,30株牛源临床分离株全部为分枝杆菌属,其中,12株属于结核分枝杆菌复合群,18株属于非结核分枝杆菌;12株结核分枝杆菌中10株为牛分枝杆菌,2株为人型结核分枝杆菌。MIRU-VNTR分析结果表明,12株结核分枝杆菌呈现10种VNTR基因型,4株聚集为2个基因簇。结论30株分离株均属于分枝杆菌属,且结核分枝杆菌中以牛分枝杆菌为主。展开更多
文摘目的通过基因分型探讨重庆市结核分枝杆菌分子流行病学特点,建立适合重庆市结核病基因分型的体系。方法复苏培养2019—2021年重庆市丰都县、奉节县2个国家级耐药监测点结核病患者痰培养菌株268例,提取菌株DNA,采用24位点可变串联重复序列(variable number of tandem repeats,VNTR)分型方法对菌株进行基因分型,并对成簇的菌株进行流行病学调查,分析2个监测点菌株的成簇率并比较其传播差异。结果2个地区菌株中奉节县的分辨率指数(Hunter-Gaston index,HGI)HGI指数从0到0.85,HGI 0.6以上的位点有10个;0.3≤HGI≤0.6的位点有11个;HGI<0.3的位点有3个。分辨力最高的位点为MIRU31,分辨力最低的位点为MIRU24。丰都县的HGI指数从0到0.81,HGI 0.6以上的位点有12个;0.3≤HGI≤0.6的位点有9个;HGI<0.3的位点有3个。分辨力最高的位点为MIRU26,分辨力最低的位点为MIRU23。在成簇性分析中,丰都县140例菌株中成簇的样本为10例,成簇数目为4簇,最大的1簇为4例样本,成簇率为4.1%。奉节县128例菌株中成簇的样本数为10例,成簇的数目为5簇,成簇率为4.2%。结论重庆市丰都县、奉节县发病的主要人群为独立的基因型,近期传播率较低。患者发病主要是内源性复燃即潜伏感染者发展为活动性肺结核,防控机构在对结核病患者进行规范化管理的同时,还应加大2个监测点潜伏感染者的筛查力度,对潜伏感染者进行预防性治疗,这是降低两地结核病疫情发病率的关键。
文摘目的利用脑膜炎奈瑟菌基因组中可变数目串联重复序列(VNTR)特征,对中国C群脑膜炎奈瑟菌菌株进行基因分型。方法中国C群脑膜炎奈瑟菌菌株109株,选择脑膜炎奈瑟菌DNA中4个VNTR位点,PCR扩增含有串联重复序列的DNA片段,选择每一个VNTR位点有差别的PCR产物进行测序,序列比对,测算串联重复序列的拷贝数。Bio-Rad Gel DocTM XR凝胶成像分析系统计算PCR产物DNA片段的碱基含量,换算成串联重复数;对109株菌株4个位点的串联重复序列拷贝数进行聚类分析,依据聚类分析结果进行基因分型,并将VNTR基因分型结果与脉冲场凝胶电泳基因分型(PFGE)结果进行比较。结果109株C群脑膜炎奈瑟菌菌株分为22个VNTR基因型,同一暴发来源的菌株具有相同VNTR特征;VNTR基因分型方法与PFGE基因分型具有相关关系。结论应用VNTR技术可以对中国C群脑膜炎奈瑟菌进行基因分型和分子流行病学方面的研究,VNTR基因分型可较好地应用于追溯流行性脑脊髓膜炎暴发传染源。
文摘目的采用基因分型方法对30株分离自西北三省的牛源分枝杆菌分离株进行鉴定。方法从西北三省的规模化奶牛场采集结核菌素(PPD)阳性奶牛的咽拭子和鼻拭子,经分离培养后,采用16S rRNA、MPT64以及多位点PCR进行菌株分型鉴定,利用数目可变串联重复序列分析(variable-number of tandem repeats,VNTR)和分枝杆菌散在分布重复单元(Mycobacterial interspersed repetitive unit,MIRU)连用的方法对其基因型进行了分析。结果菌株分型鉴定结果表明,30株牛源临床分离株全部为分枝杆菌属,其中,12株属于结核分枝杆菌复合群,18株属于非结核分枝杆菌;12株结核分枝杆菌中10株为牛分枝杆菌,2株为人型结核分枝杆菌。MIRU-VNTR分析结果表明,12株结核分枝杆菌呈现10种VNTR基因型,4株聚集为2个基因簇。结论30株分离株均属于分枝杆菌属,且结核分枝杆菌中以牛分枝杆菌为主。
