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The History and Advances of Reversible Terminators Used in New Generations of Sequencing Technology 被引量:1
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作者 Fei Chen Mengxing Dong +4 位作者 Meng Ge Lingxiang Zhu Lufeng Ren Guocheng Liu Rong Mu 《Genomics, Proteomics & Bioinformatics》 SCIE CAS CSCD 2013年第1期34-40,共7页
DNA sequencing using reversible terminators, as one sequencing by synthesis strategy, has garnered a great deal of interest due to its popular application in the second-generation high-throughput DNA sequencing techno... DNA sequencing using reversible terminators, as one sequencing by synthesis strategy, has garnered a great deal of interest due to its popular application in the second-generation high-throughput DNA sequencing technology. In this review, we provided its history of develop- ment, classification, and working mechanism of this technology. We also outlined the screening strategies for DNA polymerases to accommodate the reversible terminators as substrates during polymerization; particularly, we introduced the "REAP" method developed by us. At the end of this review, we discussed current limitations of this approach and provided potential solutions to extend its application. 展开更多
关键词 DNA polymerases sequencing technology Modified nucleotide Primer extension Reversible terminator sequencing by synthesis
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用于DNA合成测序的可断裂连接单元研究现状
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作者 姜玉 谭连江 +3 位作者 殷燕 沈玉梅 龚兵 邵志峰 《化学进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2016年第1期58-66,共9页
DNA测序技术是遗传基因组相关疾病研究的基础。合成测序是DNA二代测序技术中非常重要的一种。合成测序技术能够有效地实现大规模平行测序,大大提高测序通量的同时也降低成本,目前已得到广泛的应用。在合成测序中,首先需要合成荧光素标... DNA测序技术是遗传基因组相关疾病研究的基础。合成测序是DNA二代测序技术中非常重要的一种。合成测序技术能够有效地实现大规模平行测序,大大提高测序通量的同时也降低成本,目前已得到广泛的应用。在合成测序中,首先需要合成荧光素标记的核苷酸,作为能够参与DNA链延伸的循环可逆终端。已有文献报道的可逆终端结构主要包括单位点修饰(MRT)和双位点修饰(DRT)两种类型。DRT类型可逆终端的最大优势是DNA聚合酶容易识别且合成路线简单,能够较好地应用于DNA合成测序。在此过程中可断裂连接单元将核苷酸和荧光素连接起来,它的性质直接决定了测序的效率、读长等关键指标。本文主要对目前用于DNA合成测序的可断裂连接单元研究现状进行介绍,并对其发展前景进行了展望。 展开更多
关键词 DNA合成测序 循环可逆终端 可断裂连接单元
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四色荧光标记二硫键可逆终端的合成及在DNA合成测序中的应用
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作者 汤道年 江敏 +6 位作者 李小卫 康亚妮 伍新燕 龚兵 邵志峰 赵小东 沈玉梅 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2014年第11期2346-2352,共7页
分别以5-碘-2'-脱氧尿苷、5-碘-2'-脱氧胞苷、7-去氮-7-碘-2'-脱氧腺苷及7-去氮-7-碘-2'-脱氧鸟苷为原料,以二硫键为可裂解连接单元,通过多步反应合成了四色荧光标记不同碱基的脱氧核糖核苷酸;研究了该类荧光标记核苷... 分别以5-碘-2'-脱氧尿苷、5-碘-2'-脱氧胞苷、7-去氮-7-碘-2'-脱氧腺苷及7-去氮-7-碘-2'-脱氧鸟苷为原料,以二硫键为可裂解连接单元,通过多步反应合成了四色荧光标记不同碱基的脱氧核糖核苷酸;研究了该类荧光标记核苷酸作为可逆终端在DNA合成测序中的应用.所得产物结构经1H NMR,31P NMR及HRMS表征,并对其进行了DNA高通量测序的测试.结果表明,该类荧光标记核苷酸作为DNA合成测序的可逆终端能够满足高通量测序的生化反应要求,具有较好的应用前景. 展开更多
关键词 DNA合成测序 可逆终端 可裂解连接单元 四色荧光标记
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第二代基因测序仪的硬件设计 被引量:1
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作者 韩九强 吴思佳 +2 位作者 刘瑞玲 吕红强 钟德星 《生命科学仪器》 2017年第1期43-45,42,共4页
随着基因序列分析研究的深入,中短基因片段的快速准确测序已经成为生物信息研究的瓶颈。本文针对第二代基因测序仪的硬件设计问题,在深入研究第二代基因测序原理和流程的基础上完成了硬件总体方案设计。此方案采用自上而下逐步分解的方... 随着基因序列分析研究的深入,中短基因片段的快速准确测序已经成为生物信息研究的瓶颈。本文针对第二代基因测序仪的硬件设计问题,在深入研究第二代基因测序原理和流程的基础上完成了硬件总体方案设计。此方案采用自上而下逐步分解的方法,设计了流动槽、PCR、边合成边测序、控制与数据传输等硬件模块,继续分解设计了温度控制、试剂控制、激光触发、光学采集、扫描控制等硬件子模块,并根据各个子模块的功能和厂商的产品说明书完成了部分关键器件的选型。为后续基因测序仪的机械结构设计和硬件组装奠定了基础。 展开更多
关键词 生物信息学 基因测序仪 边合成边测序 硬件设计
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