传统的blast+软件包中的blastp搜索,在大数据时代下,序列搜索速度已经慢得难以接受.同源搜索软件的开发在过去十几年取得了巨大进展,但缺乏综合的评估.本研究对7个快速同源搜索软件与blastp进行了综合比较,结果发现,diamond的fast模式...传统的blast+软件包中的blastp搜索,在大数据时代下,序列搜索速度已经慢得难以接受.同源搜索软件的开发在过去十几年取得了巨大进展,但缺乏综合的评估.本研究对7个快速同源搜索软件与blastp进行了综合比较,结果发现,diamond的fast模式总体上来说相比其他软件更快,并且有着最低的错误发现率,是追求快速搜索的最佳选择;在内存消耗上,MMseqs2的算法在内存消耗上非常低,而ghostx则最高;在鉴定的hits数量方面,除了blasp以外,MMseqs2的s7.5模式在中等基因组相似度GSS下得到的结果最多,但s5模式应是更好的选择.随着GSS的降低,ghostx得到的结果最多,而随着GSS的升高,ublast得到的结果最多;在鉴定的Reciprocal Best Hits(RBH)数量上,ghostx在远缘搜索上具有优势,这一优势同样也具有共线性证据支持.在同源搜索方面,除ghostx有43.4%的额外结果外,几乎所有软件的搜索结果之间都有着很大的重叠,并且ghostx还有着非常低的错误发现率,而MMseqs2的s3模式却有着最高的错误发现率.总之,MMseqs2、diamond和ghostx是综合来说最好的三款替代blastp搜索的软件,diamond非常适合进行直系同源推断,并且可以用“fast”模式准确地快速搜索,而“very”是权衡下来最佳的搜索模式,但如果是进行远缘物种的搜索,ghostx则更有优势,而对于中等GSS下同源蛋白的鉴定,MMseqs2的s5可能是更好的选择.展开更多
目的探讨新疆地区维吾尔族与汉族患者上颌窦相关线性距离的差异性。方法选取2014年6月-2015年6月新疆医科大学第一附属医院维吾尔族及汉族CBCT影像,测量上颌窦垂直向及近远中向线性距离并进行比较。结果汉族患者上颌窦近远中径的平均距...目的探讨新疆地区维吾尔族与汉族患者上颌窦相关线性距离的差异性。方法选取2014年6月-2015年6月新疆医科大学第一附属医院维吾尔族及汉族CBCT影像,测量上颌窦垂直向及近远中向线性距离并进行比较。结果汉族患者上颌窦近远中径的平均距离右侧为(29.1±5.31)mm,左侧为(29.0±4.92)mm;维吾尔族患者右侧为(30.6±4.98)mm,左侧为(30.7±4.74)mm,差异有统计学意义(P<0.05)。女性患者上颌窦近远中径中,汉族患者右侧为(28.9±4.14)mm,左侧为(29.1±4.59)mm;维吾尔族患者右侧为(31.0±4.78)mm,左侧为(31.1±4.70)mm,差异有统计学意义(P<0.05)。汉族患者上颌窦颊腭径的平均距离右侧为(22.5±4.58)mm,左侧为(23.0±4.63)mm;维吾尔族患者右侧为(22.59±4.46)mm,左侧为(23.4±4.55)mm,差异无统计学意义(P>0.05)。汉族患者窦底至牙槽嵴顶的平均高度(residual bone high,RBH)右侧为(9.2±3.86)mm,左侧为(9.2±3.73)mm;维吾尔族患者右侧RBH的平均高度为(9.5±3.53)mm,左侧为(9.1±3.29)mm。汉族缺牙患者右侧RBH为(7.9±4.08)mm,左侧为(6.9±3.41)mm;维吾尔族患者右侧RBH为(7.8±4.46)mm,左侧为(7.7±3.76)mm,差异均无统计学意义(P>0.05)。结论维吾尔族患者上颌窦解剖结构中除上颌窦内壁近远中径大于汉族外,其余结构均基本一致。展开更多
The Rb（5Dj）＋H2→RbH＋H photochemical reaction has been studied. Rb vapor mixed with H2 is irradiated in a glass cell with 778-nm pulses which populate one of the 52D states by two-photon absorption. Measurements fo...The Rb（5Dj）＋H2→RbH＋H photochemical reaction has been studied. Rb vapor mixed with H2 is irradiated in a glass cell with 778-nm pulses which populate one of the 52D states by two-photon absorption. Measurements for the relative intensities of the atomic fluorescence and the absorption of the RbH product near the axis of the cell yield the rate coefficients for the Rb（5D3/2）＋H2 and Rb（5D5/2）＋H2 reactions, which are （3.6±1.3） ×10^-11 and （1.7±0.6）×10^-11 cm^3/s, respectively. The relative reactivity with H2 for Rb（5D3/2） is higher than that for Rb（5D5/2）.展开更多
文摘传统的blast+软件包中的blastp搜索,在大数据时代下,序列搜索速度已经慢得难以接受.同源搜索软件的开发在过去十几年取得了巨大进展,但缺乏综合的评估.本研究对7个快速同源搜索软件与blastp进行了综合比较,结果发现,diamond的fast模式总体上来说相比其他软件更快,并且有着最低的错误发现率,是追求快速搜索的最佳选择;在内存消耗上,MMseqs2的算法在内存消耗上非常低,而ghostx则最高;在鉴定的hits数量方面,除了blasp以外,MMseqs2的s7.5模式在中等基因组相似度GSS下得到的结果最多,但s5模式应是更好的选择.随着GSS的降低,ghostx得到的结果最多,而随着GSS的升高,ublast得到的结果最多;在鉴定的Reciprocal Best Hits(RBH)数量上,ghostx在远缘搜索上具有优势,这一优势同样也具有共线性证据支持.在同源搜索方面,除ghostx有43.4%的额外结果外,几乎所有软件的搜索结果之间都有着很大的重叠,并且ghostx还有着非常低的错误发现率,而MMseqs2的s3模式却有着最高的错误发现率.总之,MMseqs2、diamond和ghostx是综合来说最好的三款替代blastp搜索的软件,diamond非常适合进行直系同源推断,并且可以用“fast”模式准确地快速搜索,而“very”是权衡下来最佳的搜索模式,但如果是进行远缘物种的搜索,ghostx则更有优势,而对于中等GSS下同源蛋白的鉴定,MMseqs2的s5可能是更好的选择.
文摘目的探讨新疆地区维吾尔族与汉族患者上颌窦相关线性距离的差异性。方法选取2014年6月-2015年6月新疆医科大学第一附属医院维吾尔族及汉族CBCT影像,测量上颌窦垂直向及近远中向线性距离并进行比较。结果汉族患者上颌窦近远中径的平均距离右侧为(29.1±5.31)mm,左侧为(29.0±4.92)mm;维吾尔族患者右侧为(30.6±4.98)mm,左侧为(30.7±4.74)mm,差异有统计学意义(P<0.05)。女性患者上颌窦近远中径中,汉族患者右侧为(28.9±4.14)mm,左侧为(29.1±4.59)mm;维吾尔族患者右侧为(31.0±4.78)mm,左侧为(31.1±4.70)mm,差异有统计学意义(P<0.05)。汉族患者上颌窦颊腭径的平均距离右侧为(22.5±4.58)mm,左侧为(23.0±4.63)mm;维吾尔族患者右侧为(22.59±4.46)mm,左侧为(23.4±4.55)mm,差异无统计学意义(P>0.05)。汉族患者窦底至牙槽嵴顶的平均高度(residual bone high,RBH)右侧为(9.2±3.86)mm,左侧为(9.2±3.73)mm;维吾尔族患者右侧RBH的平均高度为(9.5±3.53)mm,左侧为(9.1±3.29)mm。汉族缺牙患者右侧RBH为(7.9±4.08)mm,左侧为(6.9±3.41)mm;维吾尔族患者右侧RBH为(7.8±4.46)mm,左侧为(7.7±3.76)mm,差异均无统计学意义(P>0.05)。结论维吾尔族患者上颌窦解剖结构中除上颌窦内壁近远中径大于汉族外,其余结构均基本一致。
基金supported by the National Natural Science Foundation of China under Grant No.10664003
文摘The Rb（5Dj）＋H2→RbH＋H photochemical reaction has been studied. Rb vapor mixed with H2 is irradiated in a glass cell with 778-nm pulses which populate one of the 52D states by two-photon absorption. Measurements for the relative intensities of the atomic fluorescence and the absorption of the RbH product near the axis of the cell yield the rate coefficients for the Rb（5D3/2）＋H2 and Rb（5D5/2）＋H2 reactions, which are （3.6±1.3） ×10^-11 and （1.7±0.6）×10^-11 cm^3/s, respectively. The relative reactivity with H2 for Rb（5D3/2） is higher than that for Rb（5D5/2）.
