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大黄鱼(Pseudosciaena crocea)转铁蛋白(Tf)基因克隆及序列分析 被引量：4
1
作者 李明云 陈炯 +2 位作者 张祖兴 管丹东 张呈念 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期563-568,共6页
提要应用RNeasy animal mini试剂盒抽提大黄鱼total RNA,逆转录合成模板cDNA;同时综合分析从GenBank数据库查询到已报道的转铁蛋白(Tf)基因序列,先设计并合成扩增引物扩增出大黄鱼转铁蛋白部分基因序列,再应用RACE技术,克隆出大黄鱼转... 提要应用RNeasy animal mini试剂盒抽提大黄鱼total RNA,逆转录合成模板cDNA;同时综合分析从GenBank数据库查询到已报道的转铁蛋白(Tf)基因序列,先设计并合成扩增引物扩增出大黄鱼转铁蛋白部分基因序列,再应用RACE技术,克隆出大黄鱼转铁蛋白全长cDNA基因,全长2461个核苷酸,编码661个氨基酸。应用WCG软件包,采用DNADIST和NEIGHBOR分析方法,构建了转铁蛋白系统进化树。树图显示与传统的分类地位大致相符,可以看出转铁蛋白在海水鱼和淡水鱼的进化上的差异,同时也显示大黄鱼Tf与真鲷的同源性最高。 展开更多
关键词 大黄鱼 转铁蛋白 克隆 系统发育
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中蜂囊状幼虫病毒结构蛋白VP2的密码子优化表达及其免疫原性研究 被引量：5
2
作者 李芳兵 费东亮 +6 位作者 张皓淳 胡影 魏东 张鹤 岳金金 马鸣潇 曲祖乙 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期231-237,共7页
利用生物信息学软件对编码中蜂囊状幼虫病毒(Chinese sacbrood virus,CSBV)VP2结构蛋白的密码子进行优化来提高VP2蛋白表达量,并进行免疫原性研究确定VP2蛋白的免疫原性。通过对17株囊状幼虫病毒(SBV)和7株中蜂囊状幼虫病毒(CSBV)的VP2... 利用生物信息学软件对编码中蜂囊状幼虫病毒(Chinese sacbrood virus,CSBV)VP2结构蛋白的密码子进行优化来提高VP2蛋白表达量,并进行免疫原性研究确定VP2蛋白的免疫原性。通过对17株囊状幼虫病毒(SBV)和7株中蜂囊状幼虫病毒(CSBV)的VP2基因序列进行比对,选取代表毒株(GenBank:HM237361.1)CSBV-LN株VP2基因作为参考序列,并用在CSBV所有毒株中保守性相对较强的氨基酸替换CSBV-LN株VP2对应位置的氨基酸,通过在线软件(http://www.jcat.de/和http://genomes.urv.es/OPTIMIZER/)对其密码子进行优化,构建原核表达质粒pET-28a-optiVP2,并转化入BL21(DE3)中,进行诱导表达。表达产物经SDS-PAGE和Westren blot鉴定正确后,将表达蛋白纯化并免疫至白来杭母鸡,对免疫鸡的抗体水平和淋巴细胞增值指数进行检测,研究CSBV VP2蛋白的免疫原性。同时,收集免疫后鸡蛋制备卵黄抗体,经纯化再与CSBV相互作用后,接种于3日龄蜜蜂幼虫,观察接种后幼虫死亡率,研究卵黄抗体中和CSBV病毒能力。结果显示,优化后的optiVP2能够在大肠杆菌中高效表达,其表达产物具有良好免疫原性,表达产物接种白来杭母鸡可诱导产生抗体,制备的卵黄抗体具有中和CSBV的作用。本实验实现了CSBV结构基因VP2在原核系统的高效表达,鸡免疫实验表明其具有良好免疫原性,并且可诱导鸡产生保护作用中和抗体,为进一步开发防治CSBV的生物制剂提供了帮助。 展开更多
关键词 中蜂囊状幼虫病毒(CSBV) VP2基因 系统进化 密码子优化 原核表达
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基于线粒体及核DNA序列的河南烟草黑胫病菌群体遗传多样性分析 被引量：4
3
作者 封松利 蒋士君 +5 位作者 宋鹏宇 王海涛 邢国珍 康业斌 李淑君 郑文明 《中国农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期16-22,共7页
本研究选取2011年采自河南烟区的32个菌株,根据4个核基因(包括rDNA ITS、β-tubulin、Ras和Gpi基因)和1个线粒体基因(Cox1)的保守序列,克隆和测序分析160个相应的基因DNA片段。结果显示,这5个基因DNA序列在病菌群体内碱基序列与参照基... 本研究选取2011年采自河南烟区的32个菌株,根据4个核基因(包括rDNA ITS、β-tubulin、Ras和Gpi基因)和1个线粒体基因(Cox1)的保守序列,克隆和测序分析160个相应的基因DNA片段。结果显示,这5个基因DNA序列在病菌群体内碱基序列与参照基因序列相比保守度在83%~100%不等,平均基因型多样性指数(M)为1.422 7。综合使用5个基因联合序列联合构建群体进化系统树,揭示了分布于河南省14个县区的32个分离菌系可分为2个明显的组,包括15个不同的联合基因型,基因型多样性指数为2.35,反映了病菌致病变种内存在的遗传变异多样性。其中,最优势的2个联合基因型分别涵盖8个c基因型菌系和6个e基因型菌系。然而,各基因型间遗传分化的总水平很低,组间的遗传距离仅为0.000 5,说明烟草黑胫病菌在河南生长烟草中的菌株可能属于同一有效群体。同时,不同分化菌株遗传亲缘关系与地理来源之间也没有显著的相关性,表明烟草黑胫病菌河南群体内存在密切的菌源交流,没有形成明显的地理亚群体分化。本研究结果可广泛应用于大规模黑胫病菌群体菌系的动态检测,服务于烟草抗黑胫病育种和品种合理布局。 展开更多
关键词 烟草黑胫病菌 遗传多样性 系统进化 核基因 线粒体基因 序列分析
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巨魾线粒体12S rRNA和16S rRNA基因克隆及多态性分析 被引量：3
4
作者 杜民 牛宝珍 +2 位作者 贾梦应 刘艳红 艾加林 《西南大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2017年第5期83-89,共7页
运用酚-氯仿方法提取12尾采集于云南省境内河口县的巨魾DNA,利用GenBank中鮡科种类设计特异性引物进行PCR扩增和克隆,利用DNAMAN软件进行序列比对以及采用软件MEGA 4.0来分析巨魾的碱基含量、遗传距离和系统进化树.结果显示:(1)得到954b... 运用酚-氯仿方法提取12尾采集于云南省境内河口县的巨魾DNA,利用GenBank中鮡科种类设计特异性引物进行PCR扩增和克隆,利用DNAMAN软件进行序列比对以及采用软件MEGA 4.0来分析巨魾的碱基含量、遗传距离和系统进化树.结果显示:(1)得到954bp的12S rRNA基因序列和535bp的16S rRNA基因序列各12条;(2)12尾巨魾的12S rRNA基因、16S rRNA基因以及12S rRNA基因和16S rRNA的合并基因序列的相似性分别为99.89%,99.95%,99.89%;(3)12尾巨魾的12S rRNA,16S rRNA均表现出A+T碱基含量高于G+C碱基含量;(4)12尾巨魾的平均遗传距离为0.002,转换比颠换的平均值为3.065;(5)利用Neighbor-Joining(NJ)法构建的系统进化树表明魾属单独成一支,支持率达到99%,这一结果与传统的形态学分类基本相似. 展开更多
关键词 巨魾 12S RRNA基因 16S RRNA基因 系统进化
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雷蒙德氏棉扩展蛋白基因家族的鉴定和特征分析 被引量：2
5
作者 雷忠萍 贺道华 +3 位作者 海江波 邢宏宜 赵俊兴 程雪妮 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2016年第6期44-55,共12页
扩展蛋白具有松驰细胞壁和增加细胞壁柔韧性的功能。为了弄清该基因家族在雷蒙德氏棉中的特征,利用隐马尔科夫模型(HMM)在雷蒙德氏棉基因组中进行扩展蛋白家族基因成员的鉴定,获得了39个扩展蛋白基因家族成员,分布在12条染色体上。系统... 扩展蛋白具有松驰细胞壁和增加细胞壁柔韧性的功能。为了弄清该基因家族在雷蒙德氏棉中的特征,利用隐马尔科夫模型(HMM)在雷蒙德氏棉基因组中进行扩展蛋白家族基因成员的鉴定,获得了39个扩展蛋白基因家族成员,分布在12条染色体上。系统发育分析将其归入EXPA、EXPB、EXLA和EXLB共4个亚家族,分别含有26,4,3,6个基因。各亚家族中扩展蛋白基因具有相对多样化的基因结构;扩展蛋白基因家族在进化中经历了3次扩张;染色体片段重复是该基因家族扩张的主要方式;扩张后纯化选择占主导地位。比较棉纤维发育不同时期及叶片、花瓣的深度测序和基因芯片表达谱,发现大部分扩展蛋白基因参与了雷蒙德氏棉纤维、叶片和花瓣的生长发育,在不同的时空范围均表现出表达多样性。Gr EXLA1、Gr EXLA2和Gr EXPA16在花瓣中优势表达,Gr EXPA23和Gr EXPA24在叶片中表达水平较高,推测这些基因的表达分别参与了花瓣和叶片的发育进程;其余的基因,在纤维的不同发育阶段,表现出不同的表达丰度。研究结果有助于了解棉属扩展蛋白基因家族的特征及功能,为深入剖析棉纤维发育过程中的分子调控机理提供了基础。 展开更多
关键词 雷蒙德氏棉 扩展蛋白 基因结构 系统发育分析 进化分析 表达模式
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柯萨奇病毒B组4型河南分离株全基因组序列分析 被引量：1
6
作者 许玉玲 王海霞 +2 位作者 卫海燕 马红霞 黄学勇 《中国病毒病杂志》 CAS 2018年第1期33-38,共6页
目的了解河南省手足口病病原柯萨奇病毒B组4型(coxsackievirus B4,CV-B4)全基因组特征,分析不同疾病来源CV-B4病毒分离株VP1区基因异同。方法对采集的手足口病患者临床标本134份进行RT-PCR扩增和病毒分离鉴定;对其中1株分离株通过4对引... 目的了解河南省手足口病病原柯萨奇病毒B组4型(coxsackievirus B4,CV-B4)全基因组特征,分析不同疾病来源CV-B4病毒分离株VP1区基因异同。方法对采集的手足口病患者临床标本134份进行RT-PCR扩增和病毒分离鉴定;对其中1株分离株通过4对引物分段扩增,拼接CV-B4分离株基因组序列,用生物信息学软件分析,构建序列遗传树。结果测序获得河南省CV-B4分离株HN23/CB4/CHN/2013基因组全长序列7 394 bp,5'非编码区(5'-UTR)、P1、P2、P3、3'非编码区(3'-UTR)区域核苷酸序列与Gen Bank公布的其他分离株相似性分别为80.3%~95.7%、80.8%~93.9%、78.6%~87.7%、78.1%~81.2%和66.7%~87.5%;VP1区核苷酸相似性为81.2%~93.2%,氨基酸相似性为96.1%~99.3%,与糖尿病患者分离株E2核苷酸差异最大,达28.8%,与手足口病分离株差异最小,为6.8%。结论 CV-B4病毒同种疾病分离株VP1区域核苷酸同源性较高,不同疾病分离株差异性较大。 展开更多
关键词 手足口病 柯萨奇病毒B组4型 基因组 遗传进化
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海洋球石藻(Emiliania huxleyi)磷脂酶C的结构特点及系统进化分析 被引量：1
7
作者 郭强强 蔡伟聪 +3 位作者 李桂玲 曾珺 李健 刘静雯 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期106-116,共11页
磷脂酶C(phospholipase C,PLC)作为一种重要的细胞信号分子,是G蛋白信号转导过程中的重要调节因子之一,在动、植物环境胁迫应答及病原菌致病过程中发挥重要作用。海洋浮游植物生长代谢与环境因子之间的相互作用涉及细胞内复杂的信号通路... 磷脂酶C(phospholipase C,PLC)作为一种重要的细胞信号分子,是G蛋白信号转导过程中的重要调节因子之一,在动、植物环境胁迫应答及病原菌致病过程中发挥重要作用。海洋浮游植物生长代谢与环境因子之间的相互作用涉及细胞内复杂的信号通路,并最终通过调节细胞分裂过程控制浮游植物的增殖、种群生长动力及初级生产力。但对浮游植物PLC及其参与的信号通路的了解却非常少。通过NCBI基因数据库的关键词搜索、比对,发现海洋球石藻(Emiliania huxleyi)中含有30种PLC蛋白,利用SMART程序预测其结构保守域,以此将30种PLC分为四大类;对其氨基酸序列的信号肽、跨膜结构域、一级结构、二级结构、三级结构及其细胞定位等进行了生物信息学分析和预测。结果表明,海洋球石藻PLC具有丰富的多样性,它们在信号肽、跨膜区等方面均有一定的差别,其一级结构中存在多个可能的磷酸化修饰位点。二级结构中都含有α螺旋,β折叠,无规则卷曲,且都定位于线粒体,而三级结构相似度不高。从亲缘关系上看,海洋球石藻PLC与低等动物更接近。该研究补充和完善了对植物PLC信号转导网络系统的认识,并为进一步开展海洋球石藻PLC细胞定位及其参与的信号通路与环境胁迫之间关系的研究提供了重要的理论指导。 展开更多
关键词 海洋球石藻 磷脂酶C结构 系统进化 信号转导 生物信息学
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巨桉ARF转录因子的鉴定与表达分析
8
作者 何春玲 齐妍 沈超 《安徽农业科学》 CAS 2022年第17期83-88,共6页
[目的]揭示巨桉基因组中生长素响应因子(auxin response factor, ARF)基因家族的特征,为深入解析其生物学功能奠定基础。[方法]基于生物信息学分析巨桉中鉴定出17个ARF基因,并对其基因结构特征和表达模式进行综合研究。[结果]巨桉ARF不... [目的]揭示巨桉基因组中生长素响应因子(auxin response factor, ARF)基因家族的特征,为深入解析其生物学功能奠定基础。[方法]基于生物信息学分析巨桉中鉴定出17个ARF基因,并对其基因结构特征和表达模式进行综合研究。[结果]巨桉ARF不均匀分布在9条染色体上,二级结构均含有α-螺旋、延伸链、无规卷曲和β-转角。根据系统发生关系分成4个亚族。表达分析表明ARF基因在巨桉的根、茎、叶等各组织中均有表达,但表达量存在差异。[结论]巨桉Eucgr.F04380、Eucgr.D00264和Eucgr.D00588在花中特异性表达,Eucgr.D01764、Eucgr.E00888和Eucgr.K03433在分生组织中特异性表达。 展开更多
关键词 巨桉 ARF 系统进化 表达分析
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真眼点藻纲的系统分类、生物学特性及应用研究 被引量：14
9
作者 高保燕 张成武 +1 位作者 万凌琳 李爱芬 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期945-956,共12页
真眼点藻纲是1970年、1971年Hibberd和Leedale根据其细胞学和超微结构的特征,将原黄藻纲中的一些成员重新调整而成立的一个新纲。自该纲成立以来,由于新种不断被发现,科、属和种的数量都有所增加,目前该纲已有1目6科13个属28个种。该纲... 真眼点藻纲是1970年、1971年Hibberd和Leedale根据其细胞学和超微结构的特征,将原黄藻纲中的一些成员重新调整而成立的一个新纲。自该纲成立以来,由于新种不断被发现,科、属和种的数量都有所增加,目前该纲已有1目6科13个属28个种。该纲藻类的主要细胞光合作用色素包括:叶绿素a、堇菜黄素、无隔藻黄素和β-胡萝卜素;细胞内具有一周生裂叶状的叶绿体或多个盘状的叶绿体,具一柄状蛋白核或无,叶绿体内具有三条类囊体为一组的片层,无环带形的片层,双层叶绿体膜外有一层叶绿体内质网膜包裹,它不与核膜相连;细胞中具有一个相对较大的、近球形的液泡,其中含有能振动的颗粒物和一个直径在1—3μm的红色球状体;繁殖方式通常形成2个D形或4个四面体形的似亲孢子,有时会形成8个或16个的似亲孢子;大多种类能产生烧瓶状的游动孢子,游动孢子具有单根两侧排列管状小茸毛的鞭毛(另一根退化)或另具一根为光滑型的鞭毛。通过18S rDNA和rbcL基因序列的分析,该纲与异鞭藻门其他各纲藻类的亲缘关系得到确定。脂肪酸分析结果发现该纲的藻类皆含有长链多不饱和脂肪酸—二十碳五烯酸。真眼点藻纲的藻类在淡水、海水和土壤表面等环境中都有分布。该纲的拟微绿球藻属中多个种类被广泛应用于轮虫、卤虫及珍贵海产品幼苗的开口饵料,亦已成为二十碳五烯酸和重要类胡萝卜素的潜在生产藻株。另外,研究发现该纲的大多数种类富含油脂,它们已成为微藻生物燃料开发的备选藻种资源。 展开更多
关键词 真眼点藻纲 超微结构 系统演化 生化组分 商业应用价值
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