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亨尼帕病毒编码蛋白的特征及致病机制
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作者 汪芳洲 谭凌云 +2 位作者 李燕 谷宏婧 王慧 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期3802-3811,共10页
亨尼帕病毒(Henipavirus,HNV)是一类重要的新发人兽共患病原,经接触、口鼻传播感染可引发呼吸、神经系统疾病,死亡率高达75%。HNV属于副黏病毒科单股负链RNA包膜病毒,随着环境变化,新的亚型不断涌现,传播范围逐渐扩大,严重威胁全球公共... 亨尼帕病毒(Henipavirus,HNV)是一类重要的新发人兽共患病原,经接触、口鼻传播感染可引发呼吸、神经系统疾病,死亡率高达75%。HNV属于副黏病毒科单股负链RNA包膜病毒,随着环境变化,新的亚型不断涌现,传播范围逐渐扩大,严重威胁全球公共卫生安全、经济发展与社会稳定。然而,其致病机制尚不清楚,预防疫苗及治疗药物也未上市,引起WHO高度关注,HNV疫苗与药物研发列入需要紧急研发蓝图清单。本文通过对HNV的病原学特征、编码蛋白的结构和功能、致病机制进行总结,为研制有效干预HNV感染的药物和疫苗提供思路。 展开更多
关键词 亨尼帕病毒 病原学 编码蛋白 致病机制
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绵羊KAP1.1基因编码蛋白生物信息学分析 被引量:4
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作者 翟刚 杜天宁 +5 位作者 张天浩 李振林 葛丛丛 郑庆丰 郭瑞芬 巩元芳 《河北科技师范学院学报》 CAS 2019年第4期36-41,共6页
为了探究KAP1.1基因(keratin-associated protein 1-1)潜在的生物学功能,利用分子生物学软件对绵羊KAP1.1基因编码蛋白进行了生物信息学分析。结果表明,该基因共编码182个氨基酸,为一可溶性不稳定蛋白。分子量为18788.45 u,等电点为6.0... 为了探究KAP1.1基因(keratin-associated protein 1-1)潜在的生物学功能,利用分子生物学软件对绵羊KAP1.1基因编码蛋白进行了生物信息学分析。结果表明,该基因共编码182个氨基酸,为一可溶性不稳定蛋白。分子量为18788.45 u,等电点为6.03。另预测得知该蛋白含有6个磷酸化位点,无糖基化位点,不含有跨膜区和信号肽,推测其不是一个分泌型蛋白。亚细胞定位绵羊KAP1.1蛋白主要在线粒体和细胞核中发挥生物学功能,二级、三级结构显示,无规则卷曲是构成该蛋白的主要结构元件。物种间同源性分析显示,绵羊KAP1.1蛋白氨基酸组成与牛的相似度最高(85.9%)。 展开更多
关键词 KAP1.1基因 编码蛋白 生物信息学分析
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人巨细胞病毒主要编码蛋白生物学功能的研究进展 被引量:3
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作者 王爽(综述) 卢志涛 孙峥嵘(审校) 《国际儿科学杂志》 2020年第2期100-105,共6页
人巨细胞病毒(human cytomegalovirus,HCMV)感染是全球范围内导致出生缺陷和发育异常的主要原因之一,可使多系统多器官受累,危害较大.HCMV基因组可编码多种功能的蛋白,在病毒感染过程中,需要病毒自身及宿主免疫调节基因帮助其完成复制,... 人巨细胞病毒(human cytomegalovirus,HCMV)感染是全球范围内导致出生缺陷和发育异常的主要原因之一,可使多系统多器官受累,危害较大.HCMV基因组可编码多种功能的蛋白,在病毒感染过程中,需要病毒自身及宿主免疫调节基因帮助其完成复制,这种编码蛋白和宿主细胞因子之间的相互作用决定了病毒的最终命运.了解这些病毒基因编码蛋白的生物学功能及潜在作用机制有助于发现新的抗病毒药物,对减轻致病危害具有重要意义.该文就HCMV主要编码蛋白的生物学功能等方面进一步阐明病毒DNA复制以及感染过程的机理. 展开更多
关键词 人巨细胞病毒 编码蛋白 相互作用 生物学功能
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遗传性先天性白内障致病基因的研究进展 被引量:2
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作者 曹玉洁 王陆飞 《中国眼耳鼻喉科杂志》 2022年第6期642-646,共5页
先天性白内障是造成儿童视力下降甚至致盲的常见疾病之一,其致病因素多样,其中遗传因素占1/3左右且多数源于基因突变。该病的遗传方式分为常染色体显性遗传(AD)、常染色体隐性遗传(AR)和性染色体连锁遗传,有较大的遗传与表型异质性。基... 先天性白内障是造成儿童视力下降甚至致盲的常见疾病之一,其致病因素多样,其中遗传因素占1/3左右且多数源于基因突变。该病的遗传方式分为常染色体显性遗传(AD)、常染色体隐性遗传(AR)和性染色体连锁遗传,有较大的遗传与表型异质性。基于现代科学技术的不断发展和学者们对先天性白内障的研究,本文主要对遗传性先天性白内障致病基因的研究进展进行综述。 展开更多
关键词 先天性白内障 基因突变 编码蛋白
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人高致病性禽流感病毒的分子生物学研究进展 被引量:1
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作者 马蕾 李国坚 蒋就喜 《医学综述》 2010年第2期176-178,共3页
禽流感是由甲型禽流感病毒引起的急性传染病,近年来这种向来只威胁家禽生命的病毒已经打破种属障碍直接导致人类死亡。尤其是高致病性禽流感病毒H5N1亚型的出现,严重威胁人类健康。关于H5N1的形态,基因结构及编码蛋白质的功能研究已取... 禽流感是由甲型禽流感病毒引起的急性传染病,近年来这种向来只威胁家禽生命的病毒已经打破种属障碍直接导致人类死亡。尤其是高致病性禽流感病毒H5N1亚型的出现,严重威胁人类健康。关于H5N1的形态,基因结构及编码蛋白质的功能研究已取得了较大进展,病毒致病性的研究也发展迅速。加强对人禽流感分子生物学的研究,对防控大流行有重要的意义。 展开更多
关键词 禽流感病毒 基因组 编码蛋白质 致病性
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伪狂犬病病毒US3基因编码丝/苏氨酸蛋白激酶功能的研究进展 被引量:1
6
作者 郭仕琦 许梦微 +3 位作者 王志胜 何青 王继春 张传健 《畜牧与兽医》 北大核心 2021年第8期126-130,共5页
伪狂犬病病毒(pseudorabies virus, PRV)属于甲型疱疹病毒亚科水痘病毒属,其基因组约为150 kb,可分为独特长区、内部重复序列、独特短区以及末端重复序列。PRV US3基因位于其基因组的独特短区,属于复制非必须基因,是病毒的重要毒力基因... 伪狂犬病病毒(pseudorabies virus, PRV)属于甲型疱疹病毒亚科水痘病毒属,其基因组约为150 kb,可分为独特长区、内部重复序列、独特短区以及末端重复序列。PRV US3基因位于其基因组的独特短区,属于复制非必须基因,是病毒的重要毒力基因,编码产物是丝/苏氨酸激酶。US3基因编码蛋白是一种多功能蛋白,可参与PRV逃避宿主免疫清除,抑制病毒介导的细胞凋亡,影响病毒粒子在细胞核质中的运输,调动感染细胞肌动蛋白骨架重排,诱导宿主细胞形态改变进而增强PRV在细胞中的传播能力,在病毒生命周期的多个阶段发挥作用。本文综述了PRV US3编码蛋白功能的研究进展,为PRV致病机制的研究提供了参考。 展开更多
关键词 伪狂犬病病毒 US3基因 编码蛋白 US3蛋白激酶
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人ANKRD49基因及其编码蛋白质的生物信息学分析 被引量:1
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作者 孙佳 刘跃华 +6 位作者 秦轲茹 胡金瑞 栗馨洋 徐白雪 庞敏 王维 王海龙 《中国生物制品学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第8期904-909,916,共7页
目的分析人ANKRD49基因及其编码蛋白的结构、理化性质、互作蛋白等信息,为研究其功能提供理论依据。方法利用基因分析网站Ensembl Genome Brower和NCBI分析人ANKRD49基因的开放阅读框、转录本、外显子;采用DNAMAN软件分析人ANKRD49蛋白... 目的分析人ANKRD49基因及其编码蛋白的结构、理化性质、互作蛋白等信息,为研究其功能提供理论依据。方法利用基因分析网站Ensembl Genome Brower和NCBI分析人ANKRD49基因的开放阅读框、转录本、外显子;采用DNAMAN软件分析人ANKRD49蛋白质与人、大鼠、小鼠、河狸、眼镜王蛇和白纹伊蚊氨基酸的同源性,同时分析与其他几种含ANK结构域蛋白质在进化上的亲缘关系;采用ProtP aram tool软件进行ANKRD49蛋白质的理化性质、等电点、相对分子质量预测,DNAMAN软件进行其二级结构及亲(疏)水性分析;采用SignalP4.1软件预测ANKRD49蛋白质的信号肽,TMpred软件预测其跨膜区;采用Motif Scan软件进行ANKRD49蛋白质翻译后修饰分析,Charles KW数据库(http://www.geneinfinity.org)预测其相互作用蛋白质。结果人ANKRD49基因位于第11号染色体,其转录的m RNA有1 908个碱基(bp),含有3个外显子,有7个转录本;该基因编码的蛋白质含239个氨基酸(aa),分子式为C1192H1860N340O386S5,相对分子质量为27 290.2,等电点理论值为5.00,不稳定系数为34.25。ANKRD49蛋白质为可溶性蛋白质,无信号肽,属于非跨膜类蛋白;与人、大鼠、小鼠、河狸、眼镜王蛇和白纹伊蚊同源性高达78.65%;与其他几种ANK家族的蛋白具有较高的亲缘关系;可能与MT3、KLF11、MPL、HBG1、HBG2、ZBED5、ELAVL2和ARHGEF16有相互作用。结论人ANKRD49基因及其编码蛋白在进化上高度保守,是一个可溶性蛋白质,互作蛋白分析推测其可能与MT3、KLF11等蛋白质相互作用,为研究ANKRD49的生物学功能提供了参考。 展开更多
关键词 ANKRD49基因 生物信息学分析 编码蛋白 互作蛋白
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Establishment of Novel Monoclonal Fabs Specific for Epstein-Barr Virus Encoded Latent Membrane Protein 1 被引量:1
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作者 Gaoxin Li Ling Ding +3 位作者 Xiaojing Ma Qiliang Cai Tianlei Ying Fang Wei 《Virologica Sinica》 SCIE CAS CSCD 2019年第4期467-470,共4页
Dear Editor,Epstein-Barr virus(EBV,also termed human herpesvirus-4)was the first identified human tumor virus.Since its discovery in 1964,studies have shown that EBV infects over 90%of all people by the time they are ... Dear Editor,Epstein-Barr virus(EBV,also termed human herpesvirus-4)was the first identified human tumor virus.Since its discovery in 1964,studies have shown that EBV infects over 90%of all people by the time they are adults(Williams and Crawford 2006).EBV infection can result in mucocutaneous and systemic diseases,ranging from selflimited illnesses to aggressive malignancies,including B cell Hodgkin lymphoma and nasopharyngeal carcinoma.In vitro,EBV transforms resting B cells into proliferating blast cells(Pope et al.1968). 展开更多
关键词 EPSTEIN-BARR VIRUS encoded Latent Membrane protein 1 NOVEL MONOCLONAL Fabs SPECIFIC EPSTEIN-BARR VIRUS
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SARS-Cov的结构及其分子生物学特征 被引量:1
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作者 胡建和 赵坤 +1 位作者 李敬玺 王丽荣 《河南科技学院学报》 2005年第3期4-7,共4页
本文综述了SARS-Cov的结构、基因组特征以及预测编码蛋白的结构和功能分析,以期为目前正在从事SARS-Cov分子生物学研究的科研人员提供一定的参考。
关键词 非典型性肺炎 SARS 冠状病毒 基因组结构 编码蛋白
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Amino acids essential for the interaction between cellular heat shock protein 90 and a Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus-encoded protein kinase ORF36
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作者 Chao Wang Jingchao Wang +3 位作者 Wei Guo Cong Long Huan Wang Xiaoping Sun 《Virologica Sinica》 SCIE CAS CSCD 2016年第6期509-512,共4页
Dear Editor,Protein-protein interactions(PPIs)often play important roles in biological processes(Zhang et al.,2016).The split Renilla luciferase complementation assay(SRLCA)is one of the methods in studying PPIs... Dear Editor,Protein-protein interactions(PPIs)often play important roles in biological processes(Zhang et al.,2016).The split Renilla luciferase complementation assay(SRLCA)is one of the methods in studying PPIs.SRLCA is based on the complementation of the N-terminal domains of Renilla luciferase(LN)and C-terminal domains of Renilla luciferase (LC) non-functional halves of Renilla luciferase fused to possibly interacting proteins and emit luminescence (Deng et al., 2011; Jiang et al., 2010) (Supplementary Figure S1A). 展开更多
关键词 ORF LC Amino acids essential for the interaction between cellular heat shock protein 90 and a Kaposi’s sarcoma-associated herpesvirus-encoded protein kinase ORF36 LN
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鱼类神经坏死病毒研究进展 被引量:2
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作者 谢海舟 王朝溪 欧阳松应 《福建师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2023年第1期101-110,共10页
神经坏死病毒(nervous necrosis virus, NNV)是病毒性神经坏死病(viral nervous necrosis, VNN)的病原,可感染120余种海水鱼,感染后导致鱼类脑部与视网膜空泡化,发病死亡率最高可达100%.综述了神经坏死病毒的基因组、编码的蛋白、病毒... 神经坏死病毒(nervous necrosis virus, NNV)是病毒性神经坏死病(viral nervous necrosis, VNN)的病原,可感染120余种海水鱼,感染后导致鱼类脑部与视网膜空泡化,发病死亡率最高可达100%.综述了神经坏死病毒的基因组、编码的蛋白、病毒的受体、诱导的免疫反应以及病毒的检测与防治研究,并对该疾病未来的防治手段和研究方向进行了探讨,以期对科学防治神经坏死病提供理论依据,推进石斑鱼、海鲈鱼等海水鱼养殖业的发展. 展开更多
关键词 神经坏死病毒 病毒编码的蛋白 病毒-宿主相互作用 疾病防治
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基于流式量子点微球技术的甲乙型流感病毒抗原检测方法的建立和初步应用分析
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作者 夏成静 李宝花 +3 位作者 郭燕妳 周小合 张润玲 牛英波 《现代检验医学杂志》 CAS 2024年第1期126-130,共5页
目的建立基于流式量子点微球技术的甲型流感病毒(FluA)和乙型流感病毒(FluB)抗原联检方法,为常见呼吸道病毒抗原多重检测打下基础。方法分别使用自制的不同量子点编码微球和小鼠抗FluA/FluB核蛋白(NP)单克隆抗体进行偶联,在流式细胞仪... 目的建立基于流式量子点微球技术的甲型流感病毒(FluA)和乙型流感病毒(FluB)抗原联检方法,为常见呼吸道病毒抗原多重检测打下基础。方法分别使用自制的不同量子点编码微球和小鼠抗FluA/FluB核蛋白(NP)单克隆抗体进行偶联,在流式细胞仪上对已知浓度的甲乙型流感病毒抗原分别和同时进行检测,对检测条件进行优化,建立甲乙型流感病毒抗原联检方法,利用此方法对临床样本进行检测,与实时荧光定量PCR法(quantitative real-time PCR,qPCR)进行比对,验证此方法的临床性能。结果建立了甲乙型流感病毒抗原联检方法,该方法的甲乙型流感病毒抗原的检出限分别为26.1 pg/ml和10.7 pg/ml,测量范围均为15.3~250000 pg/ml。对临床样本检测,与qPCR比对一致性良好,阳性符合率为57.4%,阴性符合率为100%,总符合率71.6%,并优于临床常用胶体金试剂(阳性符合率为56.49%,阴性符合率为99.75%)。结论此流式量子点微球多重检测方法可以用于甲乙型流感病毒抗原的联检,其灵敏度较高、特异度好、检测范围广,可以为呼吸道常见病毒多重检测打下良好基础,在临床上具有应用前景。 展开更多
关键词 甲型流感病毒 乙型流感病毒 量子点编码微球 液相蛋白芯片
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沙眼衣原体质粒编码蛋白3的致病性及免疫保护性研究
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作者 邓晗 程瑞琴 +7 位作者 陈土地 宋雅欣 梁银迎 李平露 赵婉星 马璟玥 王惠平 侯淑萍 《中国中西医结合皮肤性病学杂志》 CAS 2024年第1期6-11,共6页
目的 探索沙眼衣原体(CT)质粒编码蛋白3(Pgp3)的致病性及免疫保护性。方法 CT L2构建株(GFP)、野生株(WT)和质粒缺失株(PF)分别感染Hela细胞,蛋白质免疫印迹法(Western blotting)和间接免疫荧光法(IFA)检测Pgp3蛋白表达水平;L2 GFP、WT... 目的 探索沙眼衣原体(CT)质粒编码蛋白3(Pgp3)的致病性及免疫保护性。方法 CT L2构建株(GFP)、野生株(WT)和质粒缺失株(PF)分别感染Hela细胞,蛋白质免疫印迹法(Western blotting)和间接免疫荧光法(IFA)检测Pgp3蛋白表达水平;L2 GFP、WT和PF菌株经阴道分别感染C3H小鼠,感染后不同时间点经IFA评估生殖道包涵体形成单位(IFU)数量;组氨酸标记的Pgp3(His-Pgp3)体外刺激人输卵管上皮细胞,24 h后经Hoechst 33 528染色和流式细胞术检测细胞凋亡情况;L2 WT体外感染L929和L929-Pgp3细胞,在感染后30、60及80 h固定细胞并计算IFU和细胞核数量。L2 GFP和WT菌株经阴道分别感染C3H小鼠,50 d后各组均以L2 WT菌株攻毒,攻毒后不同时间点评估生殖道IFU数量。结果 L2 GFP Pgp3蛋白表达水平高于L2 WT,L2 PF无Pgp3蛋白表达;小鼠感染后第3、7、10和14天,L2 GFP感染组IFU数量显著高于L2 WT和L2 PF感染组,且L2 GFP组感染周期最长;Pgp3体外干预组细胞凋亡率显著低于空白组,L2 WT体外感染L929和L929-Pgp3细胞60 h和80 h后,L929-Pgp3组IFU值显著高于L929组,且宿主细胞消亡数量显著低于L929组;动物实验显示L2 GFP组经L2 WT菌株攻毒后下生殖道IFU数量显著低于L2 WT组,且L2 GFP组感染周期显著短于L2 WT组。结论 Pgp3可抑制宿主细胞凋亡并促进CT在细胞间播散感染;内源性Pgp3有良好的免疫保护性。 展开更多
关键词 沙眼衣原体 质粒编码蛋白3 致病性 免疫保护性
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环形泰勒虫亚端粒编码可变分泌蛋白家族部分基因的研究进展
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作者 李志 刘军龙 +3 位作者 张学勇 付永 朵红 郭志宏 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2024年第1期87-93,共7页
环形泰勒虫作为一种转化型泰勒虫,可感染牛单核巨噬细胞,并使其发生转化。目前,仅知环形泰勒虫通过劫持宿主细胞信号通路完成转化,但其转化机制尚未阐明。环形泰勒虫亚端粒编码可变分泌蛋白(SVSP)家族作为环形泰勒虫基因组的最大多基因... 环形泰勒虫作为一种转化型泰勒虫,可感染牛单核巨噬细胞,并使其发生转化。目前,仅知环形泰勒虫通过劫持宿主细胞信号通路完成转化,但其转化机制尚未阐明。环形泰勒虫亚端粒编码可变分泌蛋白(SVSP)家族作为环形泰勒虫基因组的最大多基因家族,其在虫体-宿主相互作用中的功能尚不清楚。因此,本文通过对环形泰勒虫SVSP家族中部分基因的结构、表达特征、与宿主相互作用和可能发挥的功能进行总结,以期为环形泰勒虫-宿主相互作用机制和致病机理研究提供思路,同时也为癌症基础生物学研究提供借鉴。 展开更多
关键词 环形泰勒虫 转化 亚端粒编码可变分泌蛋白 相互作用
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Unleashing chemical power from protein sequence space toward genetically encoded “click” chemistry 被引量:4
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作者 Fei Sun Wen-Bin Zhang 《Chinese Chemical Letters》 SCIE CAS CSCD 2017年第11期2078-2084,共7页
Synthesis of macromolecular systems with precise structural and functional control constitutes a fundamental challenge for materials science and engineering. Development of the ability to construct complex bio-macromo... Synthesis of macromolecular systems with precise structural and functional control constitutes a fundamental challenge for materials science and engineering. Development of the ability to construct complex bio-macromolecular architectures provides a solution to this challenge. The past few years have witnessed the emergence of a new category of peptide-protein chemistry which can covalently stitch together protein]peptide molecules with high specificity under mild physiological conditions. It has thus inspired the concept of genetically encoded click chemistry (GECC). As a prototype of GECC, SpyTag/ SpyCatcher chemistry has enabled the precise synthesis ofmacromolecules both in vitro and in vivo, exerting precise control over the fundamental properties of these macromolecules including length, sequence, stereochemistry and topology and leading to the creation of diverse biomaterials for a variety of applications. We thus anticipate a potential toolbox of GECC comprising multiple mutually orthogonal, covalent-bond forming peptide-protein reactive pairs with diverse features, which shall bridge synthetic biology and materials science and open up enormous opportunities for biomaterialsin the future. 展开更多
关键词 Genetically encoded click chemistry SpyTag SpyCatcher Topology protein engineering
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内含子编码蛋白与内含子的转移 被引量:4
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作者 张惟杰 何志勇 徐晋麟 《生物工程进展》 CSCD 1999年第2期29-31,55,共4页
具有自我剪接能力的Ⅰ型和Ⅱ型内含子有编码蛋白质的功能。Ⅰ型内含子编码成熟酶和核酸内切酶,后者参与Ⅰ型内含子的归巢。Ⅱ型内含子编码的蛋白质呈现成熟酶核酸内切酶和逆转录酶活性,三种活性都在Ⅱ型内含子归巢中起作用。除归巢外... 具有自我剪接能力的Ⅰ型和Ⅱ型内含子有编码蛋白质的功能。Ⅰ型内含子编码成熟酶和核酸内切酶,后者参与Ⅰ型内含子的归巢。Ⅱ型内含子编码的蛋白质呈现成熟酶核酸内切酶和逆转录酶活性,三种活性都在Ⅱ型内含子归巢中起作用。除归巢外,Ⅰ型和Ⅱ型内含子的转移还表现为转位和丢失。内含子作为可转移遗传因子,可能在进化中有一定的意义。 展开更多
关键词 内含子转移 编码蛋白 核酸内切酶 逆转录酶
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叶绿体介导的植物抗病毒防卫反应及病毒的反防御机制研究进展
17
作者 李宗迪 王亚琴 +1 位作者 吴建祥 周雪平 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期111-117,269,共8页
植物拥有复杂且精密的免疫系统以识别并应对各种病原物的侵染,保护自身免受侵害。叶绿体作为高等植物特有的细胞器,不仅能通过光合作用为细胞提供碳源和能量,还是植物细胞内活性氧、钙离子信号、水杨酸和茉莉酸等免疫分子产生的重要场... 植物拥有复杂且精密的免疫系统以识别并应对各种病原物的侵染,保护自身免受侵害。叶绿体作为高等植物特有的细胞器,不仅能通过光合作用为细胞提供碳源和能量,还是植物细胞内活性氧、钙离子信号、水杨酸和茉莉酸等免疫分子产生的重要场所。近年来,越来越多的研究表明,叶绿体介导的免疫反应在抵抗植物病毒侵染过程中发挥了重要作用。本文综述了叶绿体免疫反应在抵抗病毒侵染过程中的作用及病毒如何通过与叶绿体互作来抑制叶绿体免疫反应,展望了该领域未来的研究方向。 展开更多
关键词 叶绿体免疫 植物病毒 病毒蛋白 叶绿体寄主因子 相互作用
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基于蛋白的宫颈癌相关基因生物信息学分析
18
作者 程灵婧 李贺同 +8 位作者 张升校 刘鸿齐 于琦 郑超越 冯爽 孔腾 孙翔飞 贺培凤 吕小萍 《医学信息学杂志》 CAS 2023年第12期47-54,共8页
目的/意义运用生物信息学方法挖掘与宫颈癌相关的基因,探讨与HPV E6/E7密切相关差异表达基因的特征及临床意义。方法/过程以UCSC的TCGA和GTEx中宫颈癌的宫颈组织及临床信息作为训练集。以GEO中与宫颈癌相关的表达谱芯片GSE63514作为验... 目的/意义运用生物信息学方法挖掘与宫颈癌相关的基因,探讨与HPV E6/E7密切相关差异表达基因的特征及临床意义。方法/过程以UCSC的TCGA和GTEx中宫颈癌的宫颈组织及临床信息作为训练集。以GEO中与宫颈癌相关的表达谱芯片GSE63514作为验证集。首先,使用R软件limma包筛选肿瘤和正常样本的DEGs,制作与MigDB中E6/E7蛋白相关基因的韦恩图。利用survival包进行生存分析,通过ROC和蛋白表达水平进行验证。其次,通过拷贝数变异和甲基化相关性得到关键基因。最后,构建特异性共表达网络并进行富集分析和免疫浸润分析。结果/结论与HPV E6/E7蛋白相关的差异表达基因有101个,经筛选有3个基因意义显著,分别是E2F1、MCM4和PCNA。同时,经通路分析后发现特异性共表达网络中的基因显著富集在DNA复制、染色体组织等通路。通过免疫相关性分析发现关键基因与CD4 T细胞、B细胞和中性粒细胞显著相关。DNA复制、染色体组织等为宫颈鳞癌发生发展以及HPV E6/E7编码蛋白显著相关的分子机制和关键基因。 展开更多
关键词 宫颈癌 宫颈组织 差异基因 HPV E6/E7编码蛋白
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草鱼呼肠孤病毒HZ08株S10编码蛋白多克隆抗体制备及其特性分析 被引量:3
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作者 李永刚 曾伟伟 +6 位作者 王庆 殷亮 王英英 梁红茹 刘春 石存斌 吴淑勤 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期449-456,共8页
为研究草鱼呼肠孤病毒(GCRV)HZ08株S10基因节段编码蛋白的可能功能,采用PCR方法扩增草鱼呼肠孤病毒HZ08株S10基因节段,并把该基因节段克隆至表达载体pET-32a(+),获得的重组表达载体pET-32a-S10转化到大肠杆菌BL21(DE3)菌株,用IPTG诱导表... 为研究草鱼呼肠孤病毒(GCRV)HZ08株S10基因节段编码蛋白的可能功能,采用PCR方法扩增草鱼呼肠孤病毒HZ08株S10基因节段,并把该基因节段克隆至表达载体pET-32a(+),获得的重组表达载体pET-32a-S10转化到大肠杆菌BL21(DE3)菌株,用IPTG诱导表达,表达产物通过SDS-PAGE分析鉴定后,再通过变性、过Ni柱纯化、透析复性纯化获得目的蛋白。然后用纯化的重组蛋白免疫昆明小白鼠,制得多克隆抗体,用间接ELISA方法测定抗体效价,用Western blot和IFA(间接免疫荧光试验)鉴定抗体特异性。结果表明,SDS-PAGE分析表达的重组蛋白约为53 ku,大小与预期相符,目的蛋白主要存在于包涵体中;过Ni柱纯化、透析复性纯化后的重组蛋白纯度可达97.4%;间接ELISA测得制备的多克隆抗体效价约为1∶106,Western blot和IFA结果显示,制备的多克隆抗体能识别HZ08毒株,表明S10编码蛋白为GCRV-HZ08株的结构蛋白。 展开更多
关键词 草鱼呼肠孤病毒 HZ08株 S10编码蛋白 多克隆抗体
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内含子编码蛋白Mg2+结合位点功能分析及验证 被引量:3
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作者 崔古贞 陈相好 +3 位作者 洪伟 张峥嵘 綦廷娜 陈峥宏 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第10期165-172,共8页
旨为筛选并构建II型内含子编码蛋白Mg2+结合位点突变体,验证该位点突变对II型内含子“归巢”效率的影响。利用生物信息学技术筛选关键位点,利用定点突变技术构建突变体,利用Targetron及蓝白斑计数法验证其“归巢”效率。结果显示,筛选到... 旨为筛选并构建II型内含子编码蛋白Mg2+结合位点突变体,验证该位点突变对II型内含子“归巢”效率的影响。利用生物信息学技术筛选关键位点,利用定点突变技术构建突变体,利用Targetron及蓝白斑计数法验证其“归巢”效率。结果显示,筛选到D308和D309两个位点是II型内含子编码蛋白Mg2+结合的核心催化位点,并成功构建该位点的三种突变体,包括两个单点突变体(D308A和D309A)和一个双点突变体(D308A/D309A),大肠杆菌体内实验结果表明,三种突变体均完全失活了II型内含子的“归巢”功能。证实了II型内含子编码蛋白Mg2+结合位点是其发挥功能的核心催化位点。 展开更多
关键词 Ⅱ型内含子 内含子编码蛋白 Mg2+结合位点 Targetron 反转录结构域
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