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北京地区7种常见嗜尸性蝇类的COI基因序列分析及DNA条形码的建立 被引量:28
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作者 陈庆 白洁 +7 位作者 刘力 林红斌 唐晖 赵伟 周红章 严江伟 刘雅诚 胡松年 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期202-209,共8页
嗜尸性蝇类在命案死亡时间和现场推断方面有着十分重要的应用,而DNA条形编码技术能摆脱对虫卵和幼虫的饲养以及后续物种鉴定方面专业知识的依赖,有助于实现现场采集蝇类样本的快速鉴定。本研究采集了北京地区7个嗜尸性蝇类优势种共77个... 嗜尸性蝇类在命案死亡时间和现场推断方面有着十分重要的应用,而DNA条形编码技术能摆脱对虫卵和幼虫的饲养以及后续物种鉴定方面专业知识的依赖,有助于实现现场采集蝇类样本的快速鉴定。本研究采集了北京地区7个嗜尸性蝇类优势种共77个个体的样本,测定了所有个体线粒体DNA上细胞色素C氧化酶亚基I(COI)基因1 120bp的序列。基于序列的系统发生分析显示,同一物种不同个体的序列均以高达99%的支持值聚集在一起。序列间的分歧统计表明这些蝇类在物种内的个体分歧不超过1%,而不同物种间的净分歧均超过7.74%,最高可达14.85%。滑动窗口分析表明,在整个序列区段种间差异位点存在较平均的分布。通过测定COI基因的序列,建立了北京地区7个嗜尸性蝇类优势种的DNA条形码,据此实现了对这些物种准确、快速、简单的区分和鉴定,同时也为后续应用于物种鉴定的种属特异性位点之筛选提供了基础数据。 展开更多
关键词 法医昆虫学 嗜尸性蝇类 物种鉴定 线粒体COI基因 dna条形码 北京
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鳖甲及其混伪品的DNA分子鉴定 被引量:26
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作者 杜鹤 崔丽娜 +3 位作者 张辉 姚辉 宋经元 陈士林 《世界科学技术-中医药现代化》 2011年第2期429-434,共6页
目的:探讨快速、准确鉴定鳖甲及其混伪品的方法。方法:本文对中华鳖及其混伪品的COI序列用MEGA 4.0等软件进行遗传距离等分析,并构建中华鳖及其混伪品的NJ树。结果:中华鳖种内COI序列变异很小,种间存在较多的变异位点,种间的遗传距离显... 目的:探讨快速、准确鉴定鳖甲及其混伪品的方法。方法:本文对中华鳖及其混伪品的COI序列用MEGA 4.0等软件进行遗传距离等分析,并构建中华鳖及其混伪品的NJ树。结果:中华鳖种内COI序列变异很小,种间存在较多的变异位点,种间的遗传距离显著大于种内的遗传距离。由所构建的系统聚类树图可以看出,同属聚在一起,且各物种又形成相对独立的支。结论:基于COI序列的DNA条形码技术可以很好地鉴定鳖甲及其混伪品。 展开更多
关键词 鳖甲 COI 鉴定 dna条形码
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DNA条形码技术在动物类中药鉴定中的运用研究进展 被引量:9
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作者 杨帆 周丽珊 +4 位作者 何铭琪 祝诗欣 张春梅 孙敬 李海峰 《时珍国医国药》 CAS CSCD 北大核心 2018年第8期1968-1970,共3页
动物药材是我国中药资源的重要组成部分,但是许多药用动物野生资源正逐步萎缩,药材市场中混伪品乱用现象日益严重,因此准确鉴定基源物种是确保动物药临床使用安全的前提。DNA条形码作为一种新兴的分子鉴定技术,是对常规鉴定方法的有效补... 动物药材是我国中药资源的重要组成部分,但是许多药用动物野生资源正逐步萎缩,药材市场中混伪品乱用现象日益严重,因此准确鉴定基源物种是确保动物药临床使用安全的前提。DNA条形码作为一种新兴的分子鉴定技术,是对常规鉴定方法的有效补充,在中药材鉴定领域已有相关应用。文章综述了近年来国内外应用DNA条形码鉴定动物类中药材的研究进展,并对现存问题和解决策略进行了探讨,以期为加强药材市场监管和保护珍稀药用动物提供参考。 展开更多
关键词 动物类中药 分子鉴定 dna条形码 微型条形码 宏条形码
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卵形鲳鲹线粒体COI基因全长序列的克隆与分析 被引量:5
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作者 韦嫔媛 彭金霞 +4 位作者 房振峰 彭敏 蒋伟明 杨春玲 李咏梅 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2011年第4期1552-1557,共6页
根据近源物种线粒体序列的同源比对,在COI基因上下游保守区域设计一对通用引物COF/COR。以卵形鲳鲹肌肉总DNA为模板,PCR扩增获得特异的DNA片段,经克隆、测序和比对证实该片段包含了卵形鲳鲹线粒体COI基因完整编码区1551bp。对5个个体分... 根据近源物种线粒体序列的同源比对,在COI基因上下游保守区域设计一对通用引物COF/COR。以卵形鲳鲹肌肉总DNA为模板,PCR扩增获得特异的DNA片段,经克隆、测序和比对证实该片段包含了卵形鲳鲹线粒体COI基因完整编码区1551bp。对5个个体分别测序后比对,发现卵形鲳鲹COI基因DNA序列在钦州湾种群个体间至少存在7个变异位点,使5个个体分别具有5种不同的单倍型。将卵形鲳鲹种内不同个体及鲹科其他物种的CO I核酸序列进行比较分析,根据比对结果构建鲳鲹科各物种的系统进化树,支持鲹科下设四个亚科(鲹亚科,鰤亚科,鲳鲹亚科,鰆鲹亚科)的分类系统。通过COI基因遗传距离计算发现,卵形鲳鲹种内不同地理种群个体间遗传距离为0.001~0.005,显著低于Hebert等所推荐的物种鉴定最小种间遗传距离2%,而鲹科不同物种间遗传距离大于0.044,与形态学分类一致,说明COI作为卵形鲳鲹DNA条形码应用是可行的。 展开更多
关键词 卵形鲳鲹 线粒体 COI基因 系统发育进化树 dna条形码
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DNA Barcoding:An Effective Tool for Species Identification of Lepidopteran Oak Pests 被引量:1
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作者 Yang Ruisheng Zhang Junyi +4 位作者 Chen Yubo Wang Yong Jiang Yiren Shi Shenglin Qin Li 《Animal Husbandry and Feed Science》 CAS 2018年第2期103-108,共6页
[Objective] The paper was to improve the efficiency and accuracy of early forecast of Lepidopteran oak-infesting pests.[Method] DNA barcoding technique was established for quick species identification using mitochondr... [Objective] The paper was to improve the efficiency and accuracy of early forecast of Lepidopteran oak-infesting pests.[Method] DNA barcoding technique was established for quick species identification using mitochondrial cytochrome C oxidase subunit Ⅰ(COⅠ) as the standard gene.This barcoding technique was used to amplify and sequence genomic DNA samples from eggs and pupae of 11 species of Lepidopteran pests collected from oak.[Result] The DNA barcoding standard genes of 594-708 bp were determined from eggs and pupae of Lepidopteran insects.There were differences of 0-2 bases in DNA barcode sequences between conspecific eggs and pupae,with the sequence identity of 99.7%-100%.The average content of A,T,G and C of DNA barcode sequences from Lepidopteran insects were 30.7%,38.5%,14.9% and 15.9%,respectively.The obtained DNA barcode sequences had 91.4%-100% identity and 0-8.6% difference degree with GenBank-deposited DNA barcode sequences from organisms of the genetically-closest relationship.Among them,DNA barcode sequences from egg and pupa samples of 10 Lepidopteran insects(No.1-20) had 99%-100% identity and 0-1.0% difference degree with homologous sequences in GenBank database,while the remaining samples(No.21-22) had high difference degree(8.6%) with homologous sequences.[Conclusion] The established DNA barcoding technique is an effeetive tool for species identification of Lepidopteran pests using genomic DNA from eggs and pupae of Lepidopteran insects. 展开更多
关键词 dna bareode Oak pest Lepidopteran insects Molecular identification Cytochrome CO
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国际生命条形码计划—DNA Barcoding 被引量:22
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作者 程佳月 王丽华 +4 位作者 彭克美 张宁波 唐中林 杨述林 李奎 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2009年第8期49-53,共5页
中国拥有数目庞大、种类繁多的动植物,也有很多珍贵、濒危生物,这些更是异常宝贵的科学资源。DNA条形码技术的出现可以更好的帮助鉴别这些物种,了解其分支来源,甚至可以预知其进化方向。笔者简述了DNA条形码的技术原理与操作步骤及这项... 中国拥有数目庞大、种类繁多的动植物,也有很多珍贵、濒危生物,这些更是异常宝贵的科学资源。DNA条形码技术的出现可以更好的帮助鉴别这些物种,了解其分支来源,甚至可以预知其进化方向。笔者简述了DNA条形码的技术原理与操作步骤及这项技术的产生与发展情况;简要列出了DNA条形码发展过程中的重要进步与研究相对集中的物种;概述了DNA条形码的应用途径及目前DNA条形码研究中存在的主要问题、矛盾、研究思路与发展方向,并对其发展前景做出展望。 展开更多
关键词 dna条形码 生物分类学 物种鉴定 线粒体COI基因
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基于线粒体COI和16S片段序列的北部湾北部水螅水母DNA条形码分析 被引量:16
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作者 张珰妮 郑连明 +3 位作者 何劲儒 张文静 林元烧 李阳 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期50-60,共11页
水螅水母类是浮游动物群落的重要组成部分,在近岸海洋生态系统物质循环和能量流动中扮演着重要角色。水螅水母类形态结构简单,但其物种的准确鉴定一直是分类工作中的难点。DNA条形码极大地促进了水螅水母物种的快速、准确鉴定。本研究... 水螅水母类是浮游动物群落的重要组成部分,在近岸海洋生态系统物质循环和能量流动中扮演着重要角色。水螅水母类形态结构简单,但其物种的准确鉴定一直是分类工作中的难点。DNA条形码极大地促进了水螅水母物种的快速、准确鉴定。本研究扩增了北部湾北部28种水螅水母的线粒体COI和16S序列,分别为92条和116条;比较了2个基因片段的种内、种间K2P(Kimura 2-parameter)遗传距离;构建了基于这2个基因片段的系统发育邻接树(neighbor-joining phylogenetic tree);并结合矢量分析构建了Klee-diagram图。结果显示:COI序列的种内遗传距离为0.008±0.005(0–0.033),种间遗传距离为0.298±0.128(0.092–0.597);16S序列的种内遗传距离为0.006±0.010(0–0.047),种间遗传距离为0.394±0.195(0.068–0.898)。2个基因序列在所调查种类中,种内遗传差异均小于种间遗传差异,存在明显的条形码间隔(barcoding gap)。基于2个基因片段的NJ树均显示,单种所有个体都位于同一独立分枝。研究结果表明,以COI和16S作为DNA条形码均能对北部湾北部常见水螅水母类进行物种鉴定。 展开更多
关键词 dna条形码 分子标记 矢量分析 物种鉴定 水螅水母
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不同海拔血满草居群cpDNA psbA-trnH序列特征及其遗传结构 被引量:4
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作者 杨青松 熊勇 +3 位作者 胡琳 赵艳 卢志敏 刘瑞 《生物技术》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期337-342,408,共7页
[目的]针对云南常用民族药血满草遗传背景研究少的现状,利用叶绿体DNA分析血满草遗传多样性和遗传背景。[方法]采集5个不同海拔分布的野生血满草居群,通过PCR技术扩增psb A-trn H序列并测序,然后利用生物学软件分析序列特征以及不同野... [目的]针对云南常用民族药血满草遗传背景研究少的现状,利用叶绿体DNA分析血满草遗传多样性和遗传背景。[方法]采集5个不同海拔分布的野生血满草居群,通过PCR技术扩增psb A-trn H序列并测序,然后利用生物学软件分析序列特征以及不同野生居群遗传多样性。[结果]血满草psbA-trn H序列长度范围在487~530 bp之间,GC含量为29.12~30.17%。Bioedit软件排列比对后长度为485 bp,其中有45个信息位点,包括1个单碱基缺失、15个点突变、29个同源信息位点。根据该序列,DnaSP软件分析表明血满草多样性(pi)为0.02004,平均变异数目为9.019,构成27个单倍型,单倍型多样性为0.997。其中居群1(海拔3 343 m)多样性最高,其次是居群3(海拔3 554m),再次是居群5(海拔3 790 m),最小的为居群2(海拔3 445 m)。居群间的遗传分化系数在0.~0.089之间,居群间的遗传距离在0.013~0.022之间。[结论]不同海拔血满草居群之间遗传分化不明显,远低于异交生物平均水平。另外,谱系分析也表明血满草不同居群之间的系统关系不清晰,与地理分布和海拔分布的关系不明显。该结果可能与血满草为克隆繁殖、高适应能力、种子传播范围广等生活史策略相关。同时也可能是psb A-trn H序列在居群水平上分辨率不够造成。 展开更多
关键词 遗传多样性 民族药 接骨木属 dna条形码
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部分景天属植物DNA条形码引物的筛选 被引量:1
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作者 张洋 郝海叶 那冬晨 《安徽农业科学》 CAS 2015年第16期53-54,共2页
[目的]对景天属植物分类所需用的相关DNA条形码引物进行筛选。[方法]以景天属(Sedum)中的佛甲草、八宝景天、华北景天、费菜、垂盆草5种植物为研究材料,采用CTAB法分步提取核DNA和叶绿体DNA,PCR扩增筛选引物,琼脂糖凝胶电泳检测PCR扩增... [目的]对景天属植物分类所需用的相关DNA条形码引物进行筛选。[方法]以景天属(Sedum)中的佛甲草、八宝景天、华北景天、费菜、垂盆草5种植物为研究材料,采用CTAB法分步提取核DNA和叶绿体DNA,PCR扩增筛选引物,琼脂糖凝胶电泳检测PCR扩增产物。[结果]从psb A-trn H、rop B、rbc L、rpo C1、ITS 2、mat K 6个候选序列引物中初步筛选出适合景天属植物DNA条形码的4对引物——psb A-trn H、rop B、rpo C1、ITS 2,这4对引物的扩增率均达到100%。[结论]为景天属植物DNA条形码研究提供相关依据。 展开更多
关键词 景天属植物 引物筛选 dna条形码
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