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Comparative physical mapping of rice BAC clones linked to resistance genes Glh,Bph-3 and xa-5 in Oryza sativa L. and O. granulata Nees et Arn.ex Watt. 被引量:6
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作者 XIONGZhiyong TANGuangxuan +4 位作者 YOUAiqing HEGuangyuan SHEChaowen LILijia SONGYunchun 《Chinese Science Bulletin》 SCIE EI CAS 2004年第6期591-596,共6页
Oryza granulata Nees et Arn. ex Watt. is one of the three wild relatives of rice, which are the most valuable for study and utilization in China. In this study, the homol-ogy and physical locations of three rice resis... Oryza granulata Nees et Arn. ex Watt. is one of the three wild relatives of rice, which are the most valuable for study and utilization in China. In this study, the homol-ogy and physical locations of three rice resistance genes, Glh, Bph-3 and xa-5 are comparatively analyzed between O. sativa and O. granulata by Southern blotting and fluorescence in situ hybridization (FISH). The results of Southern blotting indicate that there exist homologous sequences of the tested RFLP markers in O. granulata. By using three bacterial arti-ficial chromosome (BAC) clones scanned by the tested RFLP as probes, FISH signals are detected on both mitotic and pachytene chromosomes in O. sativa and O. granulata. Dual-color FISH demonstrates that two of the three BAC clones (14E16 and 38J9) are located on the short arm of the same chromosome pair in O. granulata. Additionally, colin-earity is shown for the two clones between O. sativa and O. granulata. Another BAC clone 44B4 is located on the end of the short arm of other chromosome pair in these two species. Although the phylogenetic relationship between O. sativa and O. granulata is the most distinct in Oryza and these two spe-cies have evidently different biological features and ecologi-cal habits, the relative lengths and arm ratios of the detected chromosomes and the relative positions of the tested clone signals on chromosomes in O. granulata are quite similar to those in O. sativa. 展开更多
关键词 水稻 亚洲栽培稻 疣粒野生稻 克隆 BAC-FISH 比较物理制图 有丝分裂
原文传递
Bph15在非洲栽培稻、药用野生稻和宽叶野生稻中的BAC-FISH比较物理定位 被引量:1
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作者 蓝伟侦 柳哲胜 +1 位作者 李刚 覃瑞 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期560-565,共6页
用覆盖抗褐飞虱基因Bph15的两个BAC克隆,即20M14(27kb)和64O9(36kb)作为探针,对非洲栽培稻、药用野生稻和宽叶野生稻体细胞染色体进行荧光原位杂交(FISH)。两个BAC克隆均被定位于非洲栽培稻和药用野生稻第4染色体的短臂上,杂交信号的百... 用覆盖抗褐飞虱基因Bph15的两个BAC克隆,即20M14(27kb)和64O9(36kb)作为探针,对非洲栽培稻、药用野生稻和宽叶野生稻体细胞染色体进行荧光原位杂交(FISH)。两个BAC克隆均被定位于非洲栽培稻和药用野生稻第4染色体的短臂上,杂交信号的百分距离分别为37.03±4.11和81.22±3.62,相应的信号检出率为41.18%和38.22%。在宽叶野生稻中,有两对同源染色体同时检出信号,分别定位于染色体的短臂和着丝粒区,信号距着丝粒平均百分距离分别为87.78±5.23和0,信号检出率为52.58%。由此推知,这两个BAC克隆在非洲栽培稻和药用野生稻的第4染色体分布同线且同区,并且在宽叶野生稻的DD基因组也存在Bph15基因的同源序列。在未封阻的情况下,BAC克隆在非洲栽培稻的多条染色体上有杂交信号,表明它和栽培稻C0t-1DNA在一定程度上具有同源性。上述结果初步显示Bph15在3个稻种染色体中的相对位置。文章讨论了Bph15在3个种间的关系,为有效分离和利用Bph15基因提供了有益的依据,对不同基因组及二倍体和四倍体中功能基因可能进化机制的分析提供了线索。 展开更多
关键词 药用野生稻 宽叶野生稻 BAC-HSH 比较物理定位 Bph15
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水稻Xa21基因在水稻和玉米中的比较物理定位 被引量:9
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作者 鄢慧民 宋运淳 +2 位作者 李立家 李霞 付彬英 《Acta Botanica Sinica》 CSCD 1999年第3期249-253,共5页
比较基因组分析证明,禾本科不同种基因组间存在广泛的同线性和共线性。对水稻(OryzasativaL.)这一模式植物与其它禾本科植物基因的原位杂交比较定位可以揭示禾本科植物基因组结构的共同特点和进化规律。利用含Xa21... 比较基因组分析证明,禾本科不同种基因组间存在广泛的同线性和共线性。对水稻(OryzasativaL.)这一模式植物与其它禾本科植物基因的原位杂交比较定位可以揭示禾本科植物基因组结构的共同特点和进化规律。利用含Xa21基因的pB822作探针筛选水稻的细菌人工染色体(BAC)文库,建立了一个包含3个BAC克隆的重叠群。用生物素标记其中一个BAC克隆,对水稻“广陆矮4号”和玉米自交系黄早四进行了染色体荧光原位杂交。同时,用pB822也作了原位杂交检测。在水稻第11染色体长臂中间检出了杂交信号,信号与着丝粒的百分距离约为24。在玉米的第1、3和第8染色体长臂观察到杂交信号,表明玉米基因组中具有三个Xa21的同源序列座位。BACFISH的信号检出率达在40%以上,大大高于质粒探针pB822的检出率(15%),而且可在同源染色体和姊妹染色单体上同时检出杂交信号的比例较高,证明了利用BAC克隆荧光原位杂交进行比较物理定位的可行性和优越性。在BACFISH中必须用相应基因组的CotⅠDNA封阻,以排除重复序列的干扰。 展开更多
关键词 水稻 FISH XA21 比较物理定位
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水稻Xa-5基因在水稻和玉米中的比较物理定位 被引量:6
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作者 覃瑞 魏文辉 +1 位作者 金危危 宋运淳 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第3期367-370,共4页
比较基因组分析证明 ,玉米和水稻基因组间存在广泛的同线性和共线性。对水稻和玉米基因的原位杂交定位可以揭示禾本科植物基因组结构的共同特点和进化规律。用与 Xa- 5连锁的 RG556及RG556筛选出的 BAC克隆 4 4 B4作探针对水稻广陆矮四... 比较基因组分析证明 ,玉米和水稻基因组间存在广泛的同线性和共线性。对水稻和玉米基因的原位杂交定位可以揭示禾本科植物基因组结构的共同特点和进化规律。用与 Xa- 5连锁的 RG556及RG556筛选出的 BAC克隆 4 4 B4作探针对水稻广陆矮四号和玉米自交系黄早四进行了原位杂交 ,在水稻第 5号染色体短臂和玉米第 8号染色体长臂检出了杂交信号 ,信号与着丝粒百分距离分别为 4 8.85、4 7.35、 63.0 5。 BAC- FISH信号检出率 ( 4 1% )大大高于 RFL P探针 RG556( 8% )的检出率。 BAC- FISH需要 Cot- 1DNA的封阻。取材于稻兜的根尖经低温处理后能促进姊妹染色单体的分开 。 展开更多
关键词 BACFISH 原位杂交 比较物理定位 水稻 玉米 基因定位 水稻Xa-5基因 比较基因组分析
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