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比较分子力场分析法(CoMFA)的研究新进展 被引量:11
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作者 朱杰 盛春泉 张万年 《化学进展》 SCIE CAS CSCD 2000年第2期203-207,共5页
Co MFA是目前 3D- QSAR中应用最广且最为成功的一种方法 ,但其在设计思想和实施过程中还存在一定缺陷 ,主要表现在匹配规则、新场引入、变量选择及数据处理等几个方面。本文对近年来关于 Co MFA方法的各种改进研究做了较为系统的综述 ,... Co MFA是目前 3D- QSAR中应用最广且最为成功的一种方法 ,但其在设计思想和实施过程中还存在一定缺陷 ,主要表现在匹配规则、新场引入、变量选择及数据处理等几个方面。本文对近年来关于 Co MFA方法的各种改进研究做了较为系统的综述 ,并就Co MFA在药物设计中的作用进行了展望。 展开更多
关键词 比较分子场分析法 3D-qsar 匹配规则 药物设计
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HEPT类逆转录酶抑制剂的三维定量构效关系 被引量:14
2
作者 孟歌 何严萍 陈芬儿 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2002年第7期1304-1308,共5页
利用比较分子力场分析 (Co MFA)方法对 3 2个 HEPT类 HIV-1逆转录酶抑制剂 (RTIs)的三维定量构效关系 (3 D-QSAR)进行了分析 ,建立了 HIV-1逆转录酶抑制剂的 3种 3 D-QSAR模型 ,发现影响其生物活性的主要因素为立体场因素 ,这与 HIV-1 R... 利用比较分子力场分析 (Co MFA)方法对 3 2个 HEPT类 HIV-1逆转录酶抑制剂 (RTIs)的三维定量构效关系 (3 D-QSAR)进行了分析 ,建立了 HIV-1逆转录酶抑制剂的 3种 3 D-QSAR模型 ,发现影响其生物活性的主要因素为立体场因素 ,这与 HIV-1 RT的非底物结合部位 (NNBS)的疏水性环境相吻合 .进一步分析表明 ,适当长度的 1 -位侧链对保持化合物的抗病毒活性致关重要 ;增大 5 -位取代基的体积可增强生物活性 ;在 1 -位苄氧甲基的对位引入大体积基团有利于提高活性 .同时考察立体场、静电场与生物活性的关系 ,表明 ,Co MFA模型 为最佳预测模型 ,其交叉验证系数 R2CV=0 .870 ,传统相关系数 R2 =0 .986,标准偏差SE=0 .1 46,F =2 94.5 46.用此模型预测了检验组 3个 HEPT类化合物的 -lg EC50 ,R2pred=0 .85 0 ,表明模型具有很好的预测能力 ,可为 HEPT类 HIV-1逆转录酶抑制剂的结构优化提供理论指导 . 展开更多
关键词 HEPT类逆转录酶抑制剂 HIV-1逆转录酶抑制剂 比较分子力场分析 三维定量构效关系 抗艾滋病药物
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三维定量结构-活性关系研究中的受体作用位点模型方法 被引量:8
3
作者 周家驹 陈红明 +2 位作者 谢桂荣 任天瑞 许志宏 《化学进展》 SCIE CAS CSCD 1998年第1期55-62,共8页
综述了三维定量构效关系研究的最新进展以及受体作用位点模型方法在3D-QSAR中的应用。重点介绍了Compass、GERM和RSM3种新的建立受体作用位点模型的算法,这些方法对于受体的三维结构未知情况下的QSAR研究提... 综述了三维定量构效关系研究的最新进展以及受体作用位点模型方法在3D-QSAR中的应用。重点介绍了Compass、GERM和RSM3种新的建立受体作用位点模型的算法,这些方法对于受体的三维结构未知情况下的QSAR研究提供了新的思路。 展开更多
关键词 受体作用位点 模型 三维定量 构效关系 药物设计
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嘧啶(氧)苯甲酸类除草剂的3D-QSAR研究 被引量:7
4
作者 苏华庆 王瑾玲 +2 位作者 李爱秀 孙命 缪方明 《化学研究与应用》 CAS CSCD 1999年第6期626-629,共4页
利用比较分子场分析 (Co MFA)方法 ,对 2 0种嘧啶 (氧 )苯甲酸类化合物进行了三维定量构效关系(3 D-QSAR)研究。得到了具有较强预测能力的 QSAR模型。并对此模型进行了验证 ,在此基础上 ,设计了具有更高活性的化合物。
关键词 嘧啶苯甲酸 嘧啶氧苯甲酸 ALS抑制剂 除草剂
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5,6-二芳基-2,3-二氢-1-吡咯里嗪酮类化合物抗炎作用的三维构效关系研究 被引量:7
5
作者 赵丽琴 袁越 +3 位作者 胡远东 张涛 张守芳 李松 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第5期343-346,共4页
目的 研究 5 ,6 二芳基 2 ,3 二氢 1 吡咯里嗪酮类化合物抗炎作用的三维构效关系 ,为进一步设计新结构类型化合物提供理论依据。方法和结果 用计算机辅助药物设计专家系统 (Apex 3D)软件模拟并构建药效基团模型和三维构效关系 (3D Q... 目的 研究 5 ,6 二芳基 2 ,3 二氢 1 吡咯里嗪酮类化合物抗炎作用的三维构效关系 ,为进一步设计新结构类型化合物提供理论依据。方法和结果 用计算机辅助药物设计专家系统 (Apex 3D)软件模拟并构建药效基团模型和三维构效关系 (3D QSAR)方程。结论 化合物的抗炎活性与分子总疏水性、空间体积和吡里酮环 1位基团和两个次级作用部位的性质有关 ;增加吡里酮环 1位基团π电子密度 ,降低分子总疏水性 ,及减弱 6位苯环对位取代 。 展开更多
关键词 5 6-二芳基-2 3-二氢-1-吡咯里嗪酮 计算机辅助设计 药物设计 专家系统 三维构效关系
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喜树碱及其衍生物的比较分子力场分析(CoMFA)研究 被引量:3
6
作者 朱杰 张万年 +3 位作者 季海涛 周有骏 朱驹 吕加国 《中国药物化学杂志》 CAS CSCD 1999年第4期277-284,共8页
采用最小二乘匹配和场匹配两种不同叠合规则,以sp3C+ ,sp3 O0-4 - 和sp3O2 - 3 种不同探针对喜树碱类化合物进行了比较分子力场分析法(CoMFA) 研究,并对CoMFA 中降低静电势的选项及偏最小二乘法(PLS) 分析中的比例调整方法选项的设置进... 采用最小二乘匹配和场匹配两种不同叠合规则,以sp3C+ ,sp3 O0-4 - 和sp3O2 - 3 种不同探针对喜树碱类化合物进行了比较分子力场分析法(CoMFA) 研究,并对CoMFA 中降低静电势的选项及偏最小二乘法(PLS) 分析中的比例调整方法选项的设置进行了比较.对所得较佳模型进行网格空间的系统平移获得了有更强预测能力的三维定量构效关系(3DQSAR) 模型,并成功地对检验组化合物作了活性预测.通过对模型的势场图分析,获得了该类化合物与受体相互作用的大量信息。 展开更多
关键词 喜树碱 三维定量构效 比较分子力场法 衍生物
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苯甲酰胺类化合物的结构/活性的定量构效关系研究 被引量:2
7
作者 吴亚平 许禄 +1 位作者 周玉新 刘百里 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 1998年第5期294-298,共5页
用分子连接性指数及比较分子力场分析分别研究了苯甲酰胺类化合物的结构与抗炎活性的关系,结果表明:三维空间上立体效应是描述该类化合物的抗炎活性和进行结构与性能关系研究的最重要的结构参数.
关键词 qsar 构效关系 抗炎活性 COMFA 苯甲酰胺类
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新烟碱型乙酰胆碱受体吡啶基醚类配体的3维定量构效关系 被引量:3
8
作者 刘春萍 戴梅 张华北 《北京师范大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2003年第6期785-789,共5页
采用比较分子力场分析方法 ,对一系列与烟碱型乙酰胆碱受体作用的吡啶基醚类配体进行构效关系分析 ,建立了这类化合物的 3维构效模型 .其交叉验证回归系数R2cv、非交叉验证回归系数R2ncv和标准偏差s分别为 0 .74 4,0 .973和 0 .2 5 6 .... 采用比较分子力场分析方法 ,对一系列与烟碱型乙酰胆碱受体作用的吡啶基醚类配体进行构效关系分析 ,建立了这类化合物的 3维构效模型 .其交叉验证回归系数R2cv、非交叉验证回归系数R2ncv和标准偏差s分别为 0 .74 4,0 .973和 0 .2 5 6 .结论说明该系列化合物的分子立体场和静电场的分布与生物活性之间有良好的相关性 .该模型对训练集分子的活性预测结果较好 ,表明该力场模型有一定的预测能力 。 展开更多
关键词 比较分子力场分析 3维定量构效关系 烟碱型乙酰胆碱受体 3-吡啶基醚类配体
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烯丙胺类抗真菌药物比较分子力场分析(CoMFA)的研究 被引量:3
9
作者 季海涛 张万年 +4 位作者 周有骏 吕加国 李科 朱驹 刘宁 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 1997年第8期593-595,共3页
本实验采用“活性类似物法”确定了烯丙胺类抗真菌化合物的药效构象,采用比较分子力场分析法(CoMFA)拟合了48个烯丙胺类抗真菌化合物对6种常见致病真菌的3DQSAR方程,并比较了2种不同叠合规则对模型的影响,最后,... 本实验采用“活性类似物法”确定了烯丙胺类抗真菌化合物的药效构象,采用比较分子力场分析法(CoMFA)拟合了48个烯丙胺类抗真菌化合物对6种常见致病真菌的3DQSAR方程,并比较了2种不同叠合规则对模型的影响,最后,用5个新合成化合物对所拟合的抗石膏样毛癣菌、抗烟曲霉菌的CoMFA模型的预测能力进行了检验。 展开更多
关键词 烯丙胺 抗真菌化合物 药效构象 叠合规则
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一类吡唑衍生物的3D-QSAR研究 被引量:2
10
作者 王建国 陈寒松 +3 位作者 赵卫光 马翼 李正名 韩玉芬 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第11期2043-2048,共6页
通过比较分子力场分析方法 (CoMFA)和比较分子相似性指数分析方法 (CoMSIA) ,系统研究了 30个 2 烷基(烷硫基 ) 5 吡唑基 1,3,4 二唑 (噻二唑、三唑 )类化合物抑制水稻纹枯病菌生物活性的三维定量构效关系 .对于CoMFA ,研究了不... 通过比较分子力场分析方法 (CoMFA)和比较分子相似性指数分析方法 (CoMSIA) ,系统研究了 30个 2 烷基(烷硫基 ) 5 吡唑基 1,3,4 二唑 (噻二唑、三唑 )类化合物抑制水稻纹枯病菌生物活性的三维定量构效关系 .对于CoMFA ,研究了不同移动步长对考虑静电场和立体场作用时构效关系的影响 ;对于CoMSIA ,研究了移动步长、场的组合、衰减因子α等参数变化对构效关系的影响 ,发现当考虑立体场、疏水场、氢键受体场的贡献时能得到较好的结果 .分别得到了两种方法最为理想的 3D QSAR模型 ,所得三维等值线图为发现更高活性化合物提供了有力的指导作用 . 展开更多
关键词 吡唑衍生物 水稻纹枯病 COMFA COMSIA 3D-qsar 比较分子场方法 结构 杀菌剂 生物活性 三维定量构效关系
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基于3D QSAR技术从毛冬青中筛选NF-кB小分子抑制剂 被引量:1
11
作者 李璐 田人魁 吴钉红 《广州化工》 CAS 2021年第23期78-82,共5页
建立3D QSAR模型,从具有抗炎作用的中药毛冬青中筛选小分子NF-кB抑制剂。采用20个已知活性的NF-кB抑制剂组成训练集和测试集,构建3D QSAR模型;并运用建立的药效团对毛冬青所含的76个小分子化合物抗NF-кB活性进行预测分析。得到十个3D... 建立3D QSAR模型,从具有抗炎作用的中药毛冬青中筛选小分子NF-кB抑制剂。采用20个已知活性的NF-кB抑制剂组成训练集和测试集,构建3D QSAR模型;并运用建立的药效团对毛冬青所含的76个小分子化合物抗NF-кB活性进行预测分析。得到十个3D QSAR药效图,选择药效团1对测试集进行预测,预测值与实验值相关系数r^(2)为0.9414;从毛冬青所含的76个化学成分中筛选出4个可能具有较好活性的分子,美商陆皂苷B(Phytolaccoside B),冬青苷A(Ilexoside A),异绿原酸A(3,5-dicaffeoylquinic acid)和Sibiricaphenone。建立的3D QSAR模型能较好地预测化合物的抗NF-кB的活性,毛冬青中含有潜在的NF-κB小分子抑制剂。 展开更多
关键词 3D qsar 虚拟筛选 NF-кB 毛冬青
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S-DABO类逆转录酶抑制剂的Topomer CoMFA及分子对接 被引量:1
12
作者 仝建波 王洋 +1 位作者 雷珊 秦尚尚 《陕西科技大学学报》 CAS 2018年第6期63-70,92,共9页
采用Topomer CoMFA方法对21个6-(1-萘甲基)取代S-DABO类化合物进行三维定量构效关系研究,建立了3D-QSAR模型,所得优化模型的主要参数分别为N=3,q^2=0.659,r^2=0.917,F=44.418,SEE=0.222,q_(stderr)~2=0.45,r_(stderr)~2=0.22.结果表明,... 采用Topomer CoMFA方法对21个6-(1-萘甲基)取代S-DABO类化合物进行三维定量构效关系研究,建立了3D-QSAR模型,所得优化模型的主要参数分别为N=3,q^2=0.659,r^2=0.917,F=44.418,SEE=0.222,q_(stderr)~2=0.45,r_(stderr)~2=0.22.结果表明,该模型具有良好的稳定性及预测能力.采用Topomer search在ZINC分子数据库中进行R基团的虚拟筛选,设计了8个活性优于模板分子的新化合物.借助Surflex-dock分子对接研究了新化合物与HIV-1逆转录酶作用模式与机制.结果显示,新化合物与HIV-1逆转录酶的LYS101、LYS103、TYR318位点作用显著. 展开更多
关键词 Topomer COMFA 6-(1-萘甲基)取代S-DABO 3D-qsar Topomer SEARCH Surflex-dock
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1,3-氮硫杂环化合物防治芦笋茎枯病的QSAR研究 被引量:1
13
作者 王建国 马翼 +2 位作者 赵卫光 李正名 韩嘉祥 《农药学学报》 CAS CSCD 2002年第2期35-39,共5页
用比较分子力场分析 (Co MFA)方法对三小类 1,3-氮硫杂环化合物防治芦笋茎枯病的定量构效关系进行了研究。分别研究了每一小类及综合的 QSAR模型 ,发现对于各小类 ,苯环上取代基的变化影响其活性 ,从整体来看 ,影响活性的因素则集中在... 用比较分子力场分析 (Co MFA)方法对三小类 1,3-氮硫杂环化合物防治芦笋茎枯病的定量构效关系进行了研究。分别研究了每一小类及综合的 QSAR模型 ,发现对于各小类 ,苯环上取代基的变化影响其活性 ,从整体来看 ,影响活性的因素则集中在杂环上。所得的 展开更多
关键词 1 3-氮硫杂环化合物 COMFA qsar 芦笋茎枯病
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酪氨酸激酶抑制剂的三维定量构效关系研究 被引量:2
14
作者 彭涛 裴剑锋 周家驹 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第2期163-166,共4页
利用柔性原子受体模型(FLARM)方法对一系列的异黄酮和喹诺酮衍生物表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂进行了三维定量构效关系研究,得到了合理的构效关系模型.FLARM方法的计算结果还给出了虚拟的受体模型,该模型说明了抑制剂与受体之间... 利用柔性原子受体模型(FLARM)方法对一系列的异黄酮和喹诺酮衍生物表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂进行了三维定量构效关系研究,得到了合理的构效关系模型.FLARM方法的计算结果还给出了虚拟的受体模型,该模型说明了抑制剂与受体之间可能的相互作用.由该虚拟受体模型得到的受体-配体相互作用与Novartis药效团模型比较类似. 展开更多
关键词 酷氨酸激酶抑制剂 三维定量构效关系 柔性原子受体模型 FLARM
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地棘蛙素类似物的CoMFA和CoMSIA的3D-QSAR研究 被引量:1
15
作者 刘春萍 李宏宇 张华北 《北京师范大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2004年第2期237-242,共6页
采用比较分子力场 (CoMFA)分析法和比较分子相似性指标场 (CoMSIA)分析法 ,进行偏最小二乘法 (PLS)分析 ,建立了地棘蛙素类化合物的三维构效模型 .通过验证 ,说明该系列化合物分子立体场、静电场、氢键场和疏水场的分布与生物活性之间... 采用比较分子力场 (CoMFA)分析法和比较分子相似性指标场 (CoMSIA)分析法 ,进行偏最小二乘法 (PLS)分析 ,建立了地棘蛙素类化合物的三维构效模型 .通过验证 ,说明该系列化合物分子立体场、静电场、氢键场和疏水场的分布与生物活性之间有良好的相关性 .用模型预测同系列测试集分子 ,结果与实验值偏差较小 .预测结果表明 ,该力场模型有一定的预测能力 .并得出了新的药效团定义模型 ,可用来指导设计新的地棘蛙素类化合物烟碱型乙酰胆碱配体 . 展开更多
关键词 地棘蛙素 比较分子力场分析 比较分子相似性指标场 三维定量构效关系 烟碱型乙酰胆碱受体
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糖蛋白IIb/IIIa受体拮抗剂三维构效关系研究 被引量:2
16
作者 张洪旺 屈凌波 郭宗儒 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2000年第1期18-21,共4页
目的:研究三维构效关系,建立药效模型,为设计新型糖蛋白IIb/IIIa 受体拮抗剂提供指导。方法和结果:利用比较分子力场方法,建立了IIb/IIIa 受体拮抗剂的三维定量构效模型。在比较分子力场分析中,利用拮抗剂晶体结... 目的:研究三维构效关系,建立药效模型,为设计新型糖蛋白IIb/IIIa 受体拮抗剂提供指导。方法和结果:利用比较分子力场方法,建立了IIb/IIIa 受体拮抗剂的三维定量构效模型。在比较分子力场分析中,利用拮抗剂晶体结构为模板,进行了多种分子叠合形式研究,建立了具有良好预测能力的三维定量构效关系模型,表征模型预测能力的交叉验证系数RCV2 = 0-834 ,传统相关系数R2 = 0-988,F= 323-63 ,标准偏差SE(Standard Error ofEstimate)= 0-135 。结论:所得模型解释了已有的构效关系,系数等势图映射的受体性质与实验结果相一致,可以指导新的拮抗剂设计。 展开更多
关键词 Ⅱb/Ⅲa拮抗剂 三维构效关系 抗血栓药
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Molecular Docking Studies on Anticonvulsant Enaminones Inhibiting Voltage-Gated Sodium Channels
17
作者 Yayin Fang Jamiya Kirkland +2 位作者 Isis J. Amaye Patrice Jackson-Ayotunde Matthew George Jr. 《Open Journal of Physical Chemistry》 2019年第4期241-257,共17页
Epilepsy is described as the most common chronic brain disorder. A typical symptom of epilepsy results in uncontrolled convulsions caused by temporary excessive neuronal discharges. Although several new anticon-vulsan... Epilepsy is described as the most common chronic brain disorder. A typical symptom of epilepsy results in uncontrolled convulsions caused by temporary excessive neuronal discharges. Although several new anticon-vulsants have been introduced, some types of seizures have still not been adequately controlled with these new and current therapies. There is an urgent need to develop new anticonvulsant drugs to control the many different types of seizures. Many studies have shown that the epilepsies involve more than one mechanism and therefore may be responsible for the various types of observed seizures. Recently reported studies have shown that a group of newly synthesized 6 Hz active anticonvulsant fluorinated N-benzamide enaminones exhibited selective inhibitions of voltage-gated sodium (Nav) channels. Nav channels are responsible for the initial inward currents during the depolarization phases of the action potential in excitable cells. The activation and opening of Nav channels result in the initial phases of action potentials. We hypothesize that there is an essential pharmacophore model for the interactions between these enaminones and the active sites of Nav channels. The research reported here is focused on molecular docking studies of the interactions that occur between the fluorinated N-benzamide enaminones and the Nav channels. These studies may open an avenue for designing anticonvulsant drugs by inhibiting Nav channels. 展开更多
关键词 ANTICONVULSANT ENAMINONES VOLTAGE-GATED Sodium Channels STRUCTURE-BASED Drug Design MOLECULAR DOCKING 3D qsar
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丙型肝炎病毒抑制剂的三维药效团和构效关系 被引量:1
18
作者 侯廷军 吴增茹 +4 位作者 廖宁 李正 骆宏鹏 汪家权 徐筱杰 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2000年第3期196-201,共6页
通过CATALYST软件包得到了两类HCVNS3丝氨酸蛋白酶抑制剂的三维药效团模型.尽管这两类抑制剂具有完全不同的骨架结构,但得到的药效团却具有共同的特性.这表明当这两类抑制剂和受体发生相互作用时,可能采用了相似的结合模式.根据药效团模... 通过CATALYST软件包得到了两类HCVNS3丝氨酸蛋白酶抑制剂的三维药效团模型.尽管这两类抑制剂具有完全不同的骨架结构,但得到的药效团却具有共同的特性.这表明当这两类抑制剂和受体发生相互作用时,可能采用了相似的结合模式.根据药效团模型,进行了三维构效关系的研究.结果表明 ,得到的药效团模型具有很好的预测能力 (线性回归系数R=0.89). 展开更多
关键词 丙肝病毒抑制剂 药效团模型 三维构效关系
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基于结构的HIV-1整合酶抑制剂设计:计算机模拟方法 被引量:1
19
作者 梁峰 李科 李国秀 《药学进展》 CAS 2003年第6期378-382,共5页
HIV整合酶是一种病毒编码蛋白质 ,它催化病毒DNA整合进入宿主基因组 ,这为开发新的抗HIV和抗艾滋病疗法提供了一个重要的靶标。综述通过计算机模拟方法进行基于结构的HIV 1整合酶抑制剂设计 ,内容包括基于配体 (如药效团 )和基于靶向 (... HIV整合酶是一种病毒编码蛋白质 ,它催化病毒DNA整合进入宿主基因组 ,这为开发新的抗HIV和抗艾滋病疗法提供了一个重要的靶标。综述通过计算机模拟方法进行基于结构的HIV 1整合酶抑制剂设计 ,内容包括基于配体 (如药效团 )和基于靶向 (如对接 )的设计方法以及三维定量构效关系研究。 展开更多
关键词 HIV-1整合酶抑制剂 设计 计算机模拟方法 药物设计 三维定量构效关系
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真蛸胺类杀虫剂药效团模型的确定 被引量:1
20
作者 周卫红 文欣 +1 位作者 刘小兰 缪方明 《计算机与应用化学》 CAS CSCD 2000年第4期341-343,共3页
用比较分子场分析方法 (CoMFA)研究了 2 1种真蛸胺类杀虫剂的三维定量构效关系 ,确定了药效团模型 ,得到了具有较好预测能力的CoMFA模型。研究表明 ,苯环与支链N原子及它们间的距离对于这些化合物的活性有重要影响 ,而且立体场与静电场... 用比较分子场分析方法 (CoMFA)研究了 2 1种真蛸胺类杀虫剂的三维定量构效关系 ,确定了药效团模型 ,得到了具有较好预测能力的CoMFA模型。研究表明 ,苯环与支链N原子及它们间的距离对于这些化合物的活性有重要影响 ,而且立体场与静电场对其药效均起作用。 展开更多
关键词 真蛸胺类杀虫剂 三维定量构效关系 药效团 AoMFA
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