目的:预测中药抗颈椎病主要活性成分及其作用靶点,探讨其成分-靶点的作用机制。方法:检索近10年内服治疗颈椎病的有效中药复方,应用Access 2003数据库录入复方,应用Apriori算法进行关联分析,运用软件Cytoscape建立中药配伍网络,选择网...目的:预测中药抗颈椎病主要活性成分及其作用靶点,探讨其成分-靶点的作用机制。方法:检索近10年内服治疗颈椎病的有效中药复方,应用Access 2003数据库录入复方,应用Apriori算法进行关联分析,运用软件Cytoscape建立中药配伍网络,选择网络相对中心度较高的前5味药作为核心中药,通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)数据库查询中药的化学成分,运用Uniprot数据库查询靶蛋白对应的Gene Name,应用Cytoscape3.6进行成分-靶标-通路的网络分析和GO分析,通过KOBAS网络富集分析。结果:共纳入复方332首,当归、葛根、黄芪、川芎和甘草构成核心中药;共得到419个疾病靶标以及包括丝裂原活化蛋白激酶(Mitogen-activated Protein Kinase,MAPK)1、MAPK14、CCND1、EGFR、FOS、SRC等10个核心靶标在内的312个药物靶标。根据靶标对应的化学成分,从五味核心中药中筛选出包括槲皮素、大豆苷元、山柰酚、葛根素等146个成分。结论:五味核心中药很可能主要作用于MAPK14、FOS、CXCL8、CCL2、MAPK1、SRC等核心靶标及IL-17通路、MAPK通路,P13k-AKT信号通路、TNF信号通路等关键通路,通过调控细胞凋亡,延缓椎间盘老化,降低炎症介质的表达,减轻疼痛,通过减少缺血性伤害治疗眩晕以及促进钙离子释放,减缓肌肉痉挛来达到治疗颈椎病的目的。展开更多
目的基于网络药理学技术探讨柴胡加龙骨牡蛎汤治疗抑郁症的多靶标作用机制。方法采用网络预测和分子对接技术,从药物组成成分入手,借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索柴胡和龙骨牡蛎汤所含化学成分的相关信息。通过生物利用度和类...目的基于网络药理学技术探讨柴胡加龙骨牡蛎汤治疗抑郁症的多靶标作用机制。方法采用网络预测和分子对接技术,从药物组成成分入手,借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索柴胡和龙骨牡蛎汤所含化学成分的相关信息。通过生物利用度和类药性筛选潜在药效成分。同时从疾病入手,登录TTD、OMIM疾病数据库,检索与"depression"相关的已知靶基因或靶蛋白。通过Perl语言快速准确获取两部分数据的交集,并通过UniProt数据库确定与抑郁症相关靶蛋白的调控基因。通过可视化工具绘制潜在药效成分-靶基因、靶蛋白-疾病的网络示意图。最后通过R语言和DAVID数据库进行功能富集分析、聚焦核心通路、阐述柴胡加龙骨牡蛎汤治疗抑郁症的生物学过程。结果通过上述过程绘制作用网络,24个成分包括Stigmasterol、kaempferol、acacetin等,4个靶标包括MAOA、SLC6A2、ADRB2、DRD2。GO功能富集分析得到条目2个(P<0.05),生物过程条目regulation of sodium ion transport、分子功能条目integral component of plasma membrane。结论柴胡加龙骨牡蛎汤主要通过MAOA、SLC6A2、ADRB2、DRD2靶标的调节达到治疗抑郁症作用的目的。展开更多
目的基于网络药理学方法分析加味柴苓汤治疗高脂血症性胰腺炎的作用机制,为临床的合理使用、动物实验、新药研发提供依据。方法通过中医药系统药理学数据库及分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and ...目的基于网络药理学方法分析加味柴苓汤治疗高脂血症性胰腺炎的作用机制,为临床的合理使用、动物实验、新药研发提供依据。方法通过中医药系统药理学数据库及分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)数据库获取半夏、柴胡、党参、黄芩、生姜、大枣、甘草、猪苓、茯苓、泽泻、苍术、桂枝、厚朴、薏苡仁、丹参、陈皮的主要化学成分及其对应靶点;通过GenCards数据库获取高脂血症性胰腺炎的疾病靶点;利用Venny网站获取共同靶点。以Cytoscape3.7.2系统构建"疾病-中药-活性成分-靶点"网络图。通过STRING平台构建"PPI"网络图,进行蛋白质相互作用分析。采用Metascape平台进行基因本体(GO)和基因相互之间(KEGG)富集分析,并构建"靶点-通路"网络图以筛选重要通路,最终获取主要作用的关键靶点。结果加味柴苓汤治疗高脂血症性胰腺炎的主要活性成分为槲皮苷、柚皮素、木犀草素、山柰酚、汉黄芩素等,关键靶点包括AKTI、TL6、PPARG、TNF、CASP3、NOS2等,主要的生物过程为脂质定位、类固醇代谢过程、脂质代谢过程的调节、对脂多糖的反应、活性氧代谢过程等;主要作用于脂质结合、细胞因子活性、丝氨酸型肽酶活性、辅因子结合、类固醇结合等分子功能;主要富集的通路有:糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、非酒精性脂肪性肝病、癌症的途径、缺氧诱导因子-1信号通路、PPAR信号通路、MAPK信号通路等。结论研究初步揭示加味柴苓汤治疗高脂血症性胰腺炎是多药物、多成分、多靶点、多通路共同参与作用的结果,为日后加味柴苓汤的临床使用提供了一定的科学依据。展开更多
[目的]运用网络药理学方法分析白术-白芍药对治疗肝纤维化的有效活性成分,预测其作用靶点,并分析其可能的作用机制,为肝脾同治理论提供网络药理学依据。[方法]利用中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems...[目的]运用网络药理学方法分析白术-白芍药对治疗肝纤维化的有效活性成分,预测其作用靶点,并分析其可能的作用机制,为肝脾同治理论提供网络药理学依据。[方法]利用中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)筛选白术-白芍药对的活性成分及其对应靶点,结合人类基因组注释数据库(Human Genome Annotation Database,GeneCards)、人类孟德尔遗传在线(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)数据库筛选治疗肝纤维化的潜在作用靶点。利用网站Venny 2.1.0绘制韦恩图,然后通过Cytoscape 3.7.2软件和String数据库构建成分-靶点-疾病网络图和靶点间的蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络,通过Metoscape平台对靶点进行基因本体(gene ontology,GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路与基因功能富集分析。[结果]经过筛选,共获得白术-白芍的20个有效药物成分,与肝纤维化相关的关键化学成分9个,药对-肝纤维化的共同靶点53个,PPI关键靶点11个,蛋白激酶B1(protein kinase B1,AKT1)、白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)、丝裂原激活蛋白激酶8(mitogen activated protein kinase 8,MAPK8)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)是白术-白芍作用的关键靶点。GO富集分析结果包括生物过程(biological process,BP)条目20条、细胞组分(celluar component,CC)11条、分子功能(molecular function,MF)18条;KEGG富集分析发现相关信号通路18条,涉及糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物-糖基化终末产物受体(advanced glycosylation end product-receptor of advanced glycosylation end product,AGE-RAGE)信号通路、癌症信号通路、流体剪切应力和动脉粥样硬化通路、核因子-κB(nuclear factor-κB,NF-κB)信号通路、铂剂耐药通路、大肠癌通路、小细胞肺癌通路、肝细胞癌通路等。[结论]白展开更多
目的:预测三七主要活性成分治疗肝细胞癌的作用靶点,探讨其多成分-多靶点-多通路的作用机制。方法:通过TCMSP数据库筛选三七的主要活性成分,并利用SEA数据库预测上述成分的潜在作用靶点;从人类基因组注释(Genecards)数据库获得肝细胞癌...目的:预测三七主要活性成分治疗肝细胞癌的作用靶点,探讨其多成分-多靶点-多通路的作用机制。方法:通过TCMSP数据库筛选三七的主要活性成分,并利用SEA数据库预测上述成分的潜在作用靶点;从人类基因组注释(Genecards)数据库获得肝细胞癌相关靶点;利用Venn软件对两者取交集获得三七治疗肝细胞癌的作用靶点。使用Cytoscape3.7.1软件构建有效成分-靶点网络。应用R语言软件包clusterProfiler对上述靶点进行基因本体论(gene ontology,GO)与代谢通路(metabolic pathway,KEGG)富集分析。结合BioGrid、InWeb_IM、OmniPath数据库构建靶点蛋白相互作用(target protein interaction,PPI),由Cytoscape软件进行可视化并进行网络拓扑分析以获得核心靶点。利用SYBYL-X2软件对核心靶点和对应活性成分进行分子对接验证结合强度。结果:共获得槲皮素、β-谷甾醇、豆甾醇、人参皂苷rh2等7个主要活性成分,可作用于肝细胞癌相关的32个靶点;这些靶点显著富集于核受体活性、转录因子活性,直接配体调节序列特异性DNA结合、类固醇激素受体活性、癌症中的蛋白多糖、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药等多个GO和KEGG条目。结论:三七治疗肝细胞癌作用体现了中药多成分、多靶点、多通路的特点,为三七有效成分的筛选及深入研究提供一定科学依据。展开更多
文摘目的:预测中药抗颈椎病主要活性成分及其作用靶点,探讨其成分-靶点的作用机制。方法:检索近10年内服治疗颈椎病的有效中药复方,应用Access 2003数据库录入复方,应用Apriori算法进行关联分析,运用软件Cytoscape建立中药配伍网络,选择网络相对中心度较高的前5味药作为核心中药,通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)数据库查询中药的化学成分,运用Uniprot数据库查询靶蛋白对应的Gene Name,应用Cytoscape3.6进行成分-靶标-通路的网络分析和GO分析,通过KOBAS网络富集分析。结果:共纳入复方332首,当归、葛根、黄芪、川芎和甘草构成核心中药;共得到419个疾病靶标以及包括丝裂原活化蛋白激酶(Mitogen-activated Protein Kinase,MAPK)1、MAPK14、CCND1、EGFR、FOS、SRC等10个核心靶标在内的312个药物靶标。根据靶标对应的化学成分,从五味核心中药中筛选出包括槲皮素、大豆苷元、山柰酚、葛根素等146个成分。结论:五味核心中药很可能主要作用于MAPK14、FOS、CXCL8、CCL2、MAPK1、SRC等核心靶标及IL-17通路、MAPK通路,P13k-AKT信号通路、TNF信号通路等关键通路,通过调控细胞凋亡,延缓椎间盘老化,降低炎症介质的表达,减轻疼痛,通过减少缺血性伤害治疗眩晕以及促进钙离子释放,减缓肌肉痉挛来达到治疗颈椎病的目的。
文摘目的基于网络药理学技术探讨柴胡加龙骨牡蛎汤治疗抑郁症的多靶标作用机制。方法采用网络预测和分子对接技术,从药物组成成分入手,借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索柴胡和龙骨牡蛎汤所含化学成分的相关信息。通过生物利用度和类药性筛选潜在药效成分。同时从疾病入手,登录TTD、OMIM疾病数据库,检索与"depression"相关的已知靶基因或靶蛋白。通过Perl语言快速准确获取两部分数据的交集,并通过UniProt数据库确定与抑郁症相关靶蛋白的调控基因。通过可视化工具绘制潜在药效成分-靶基因、靶蛋白-疾病的网络示意图。最后通过R语言和DAVID数据库进行功能富集分析、聚焦核心通路、阐述柴胡加龙骨牡蛎汤治疗抑郁症的生物学过程。结果通过上述过程绘制作用网络,24个成分包括Stigmasterol、kaempferol、acacetin等,4个靶标包括MAOA、SLC6A2、ADRB2、DRD2。GO功能富集分析得到条目2个(P<0.05),生物过程条目regulation of sodium ion transport、分子功能条目integral component of plasma membrane。结论柴胡加龙骨牡蛎汤主要通过MAOA、SLC6A2、ADRB2、DRD2靶标的调节达到治疗抑郁症作用的目的。
文摘目的基于网络药理学方法分析加味柴苓汤治疗高脂血症性胰腺炎的作用机制,为临床的合理使用、动物实验、新药研发提供依据。方法通过中医药系统药理学数据库及分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)数据库获取半夏、柴胡、党参、黄芩、生姜、大枣、甘草、猪苓、茯苓、泽泻、苍术、桂枝、厚朴、薏苡仁、丹参、陈皮的主要化学成分及其对应靶点;通过GenCards数据库获取高脂血症性胰腺炎的疾病靶点;利用Venny网站获取共同靶点。以Cytoscape3.7.2系统构建"疾病-中药-活性成分-靶点"网络图。通过STRING平台构建"PPI"网络图,进行蛋白质相互作用分析。采用Metascape平台进行基因本体(GO)和基因相互之间(KEGG)富集分析,并构建"靶点-通路"网络图以筛选重要通路,最终获取主要作用的关键靶点。结果加味柴苓汤治疗高脂血症性胰腺炎的主要活性成分为槲皮苷、柚皮素、木犀草素、山柰酚、汉黄芩素等,关键靶点包括AKTI、TL6、PPARG、TNF、CASP3、NOS2等,主要的生物过程为脂质定位、类固醇代谢过程、脂质代谢过程的调节、对脂多糖的反应、活性氧代谢过程等;主要作用于脂质结合、细胞因子活性、丝氨酸型肽酶活性、辅因子结合、类固醇结合等分子功能;主要富集的通路有:糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、非酒精性脂肪性肝病、癌症的途径、缺氧诱导因子-1信号通路、PPAR信号通路、MAPK信号通路等。结论研究初步揭示加味柴苓汤治疗高脂血症性胰腺炎是多药物、多成分、多靶点、多通路共同参与作用的结果,为日后加味柴苓汤的临床使用提供了一定的科学依据。
文摘[目的]运用网络药理学方法分析白术-白芍药对治疗肝纤维化的有效活性成分,预测其作用靶点,并分析其可能的作用机制,为肝脾同治理论提供网络药理学依据。[方法]利用中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)筛选白术-白芍药对的活性成分及其对应靶点,结合人类基因组注释数据库(Human Genome Annotation Database,GeneCards)、人类孟德尔遗传在线(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)数据库筛选治疗肝纤维化的潜在作用靶点。利用网站Venny 2.1.0绘制韦恩图,然后通过Cytoscape 3.7.2软件和String数据库构建成分-靶点-疾病网络图和靶点间的蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络,通过Metoscape平台对靶点进行基因本体(gene ontology,GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路与基因功能富集分析。[结果]经过筛选,共获得白术-白芍的20个有效药物成分,与肝纤维化相关的关键化学成分9个,药对-肝纤维化的共同靶点53个,PPI关键靶点11个,蛋白激酶B1(protein kinase B1,AKT1)、白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)、丝裂原激活蛋白激酶8(mitogen activated protein kinase 8,MAPK8)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)是白术-白芍作用的关键靶点。GO富集分析结果包括生物过程(biological process,BP)条目20条、细胞组分(celluar component,CC)11条、分子功能(molecular function,MF)18条;KEGG富集分析发现相关信号通路18条,涉及糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物-糖基化终末产物受体(advanced glycosylation end product-receptor of advanced glycosylation end product,AGE-RAGE)信号通路、癌症信号通路、流体剪切应力和动脉粥样硬化通路、核因子-κB(nuclear factor-κB,NF-κB)信号通路、铂剂耐药通路、大肠癌通路、小细胞肺癌通路、肝细胞癌通路等。[结论]白
文摘目的:预测三七主要活性成分治疗肝细胞癌的作用靶点,探讨其多成分-多靶点-多通路的作用机制。方法:通过TCMSP数据库筛选三七的主要活性成分,并利用SEA数据库预测上述成分的潜在作用靶点;从人类基因组注释(Genecards)数据库获得肝细胞癌相关靶点;利用Venn软件对两者取交集获得三七治疗肝细胞癌的作用靶点。使用Cytoscape3.7.1软件构建有效成分-靶点网络。应用R语言软件包clusterProfiler对上述靶点进行基因本体论(gene ontology,GO)与代谢通路(metabolic pathway,KEGG)富集分析。结合BioGrid、InWeb_IM、OmniPath数据库构建靶点蛋白相互作用(target protein interaction,PPI),由Cytoscape软件进行可视化并进行网络拓扑分析以获得核心靶点。利用SYBYL-X2软件对核心靶点和对应活性成分进行分子对接验证结合强度。结果:共获得槲皮素、β-谷甾醇、豆甾醇、人参皂苷rh2等7个主要活性成分,可作用于肝细胞癌相关的32个靶点;这些靶点显著富集于核受体活性、转录因子活性,直接配体调节序列特异性DNA结合、类固醇激素受体活性、癌症中的蛋白多糖、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药等多个GO和KEGG条目。结论:三七治疗肝细胞癌作用体现了中药多成分、多靶点、多通路的特点,为三七有效成分的筛选及深入研究提供一定科学依据。
