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题名开发SSR引物方法之研究动态
被引量：78
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作者
李明芳
郑学勤
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机构
中国热带农业科学院热带作物生物技术国家重点实验室
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出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2004年第5期769-776,共8页
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文摘
SSR标记是一种基于DNA长度多态性的分子标记技术,是进行群体遗传结构分析、构建遗传连锁图谱非常有效的工具。由于SSR标记是特异引物标记,必须在知道某个物种DNA序列的前提下,才能设计引物进行PCR扩增,故而存在一个引物开发的问题。从SSR标记的发展历程来看,开发SSR引物的方法有经典的构建与筛选基因组文库的方法、微卫星富集法、省略筛库法和数据库搜索法等四种。综述了这4种方法的操作流程及其在实际应用中的优缺点,并对近年来SSR引物在相近的物种间转移使用的情况作了介绍。
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关键词
ssr标记
ssr引物
开发ssr引物
ssr引物的可转移性
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Keywords
ssr markers
ssr primers
ssr primers development
transferability of ssr primers
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分类号
Q75
[生物学—分子生物学]
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题名基于转录组测序的黄枝油杉EST-SSR引物开发
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作者
石远婷
赖柏玟
王晓洁
秦惠珍
柴胜丰
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机构
广西师范大学
广西壮族自治区中国科学院广西植物研究所
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出处
《分子植物育种》
CAS
北大核心
2024年第7期2257-2264,共8页
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基金
广西自然科学基金项目(2018GXNSFAA281015)资助。
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文摘
黄枝油杉是中国特有的珍稀濒危树种,具有较高的生态、经济和科研价值。本研究基于转录组测序结果对黄枝油杉进行EST-SSR标记开发,使用MISA软件对黄枝油杉132 191条unigenes进行SSR搜索,共获得6 903个SSR位点,出现频率为5.22%,平均12.015 kb出现一个SSR位点。SSR重复类型以单核苷酸重复为主,二核苷酸重复和三核苷酸重复次之,所占比例分别55.15%、17.14%、17.07%。采用SSR分子标记筛选出225对扩增清晰且符合预期片段大小的引物,有效扩增率为69.23%,经复筛最终获得9对具有多态性SSR引物。对1个野生黄枝油杉种群25个样品进行多样性检测,所有位点均具有多态性。在9对多态性SSR位点中,等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Shannon's指数(I)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)分别为5.111、2.668、0.963、0.456、0.461、0.428。结果表明,9对SSR引物遗传多样性处于中等水平,基于黄枝油杉转录组序列的SSR标记开发是可行有效的,为开展黄枝油杉遗传多样性分析及辅助育种等研究提供参考。
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关键词
黄枝油杉
转录组
遗传多样性
ssr
引物开发
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Keywords
Keteleeria calcarea
Transcriptome
Genetic diversity
ssr
primers development
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分类号
S791.15
[农业科学—林木遗传育种]
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题名基于磁珠富集法开发并筛选西川红景天的微卫星标记
被引量：3
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作者
王久利
雷淑芸
陈世龙
张发起
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机构
中国科学院高原生物适应与进化重点实验室
中国科学院大学
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出处
《广西植物》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第3期342-347,共6页
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基金
国家自然科学基金(31400322)
青海省国际科技合作项目(2014-HZ-812)~~
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文摘
利用FIASCO磁珠富集法,开发和筛选青藏高原特有珍贵植物西川红景天(Rhodiola alsia)多态性微卫星标记。结果表明:用(AG)15和(AC)15两种微卫星标记探针构建富集文库,共获得阳性克隆约2500个;从中随机挑取1200检测,发现具有多态性的阳性克隆达400个;随机挑取200多态性的阳性克隆进行测序,从中获得105个SSR位点,用在线软件primer3-2.3.4成功设计得SSR引物105对;其中45对可以成功扩增,而13对所扩增的片段在相距较远的4个自然居群的24个个体中显示较高的遗传多态性。用4个居群的80个个体检测这13对引物发现,平均等位基因数(A)约为9.192,观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)均值分别约为0.712和0.734,如此高的多态性已经满足后期研究的需要;数个位点在某些居群中显著偏离哈迪温伯格平衡(P<0.01),这可能是实际研究的居群并不能达到哈迪—温伯格定律所假设的无限大等理想状态所致。结合此前基于表达序列标签(Expressed Sequence Tag,EST)序列开发的SSR多态性位点,该研究结果为今后利用SSR位点开展西川红景天的居群遗传结构分析和其他研究提供了一组有效工具。
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关键词
西川红景天
微卫星
引物
磁珠富集法
开发
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Keywords
Rhodiola alsia
ssr
primers
megnetic beads method
development
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分类号
Q941
[生物学—植物学]
Q948
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