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石斛及其常见混淆品的matK基因序列比较 被引量:57
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作者 滕艳芬 吴晓俊 +3 位作者 徐红 王峥涛 余国奠 徐珞珊 《中国药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第4期280-283,共4页
目的 比较几种药典收载石斛与常见市场混淆品种的 mat K基因序列 ,为石斛类药材的鉴定提供分子依据。方法 PCR扩增、测序、PAUP软件分析。结果 非石斛属的几种混淆品与正品石斛间的 mat K基因序列差异远大于正品石斛间的差异 ,PAUP4.... 目的 比较几种药典收载石斛与常见市场混淆品种的 mat K基因序列 ,为石斛类药材的鉴定提供分子依据。方法 PCR扩增、测序、PAUP软件分析。结果 非石斛属的几种混淆品与正品石斛间的 mat K基因序列差异远大于正品石斛间的差异 ,PAUP4.0构建的树型图亦显示几种石斛属植物聚在一起 ,而非石斛属植物聚在外方。结论 通过 mat K基因序列可以分析石斛及其混淆品间的遗传关系 ,将正品与混淆品区别开来。 展开更多
关键词 石斛 matk基因 分子标记 混淆品 药材鉴定
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三七及其伪品的DNA测序鉴别 被引量:38
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作者 曹晖 刘玉萍 +1 位作者 伏见裕利 小松かつ子 《中药材》 CAS CSCD 北大核心 2001年第6期398-402,共5页
目的:分析三七Panax notoginseng及其伪品竹节参P.japonicus、蓬莪术Curcuma phaeocaulis、温莪术C.wenyujin、桂莪术C.kwangsiensis的核基因和叶绿体基因序列,为三七的正品药材基原鉴定提供分子依据。方法:采用PCR直接测序技术测定三... 目的:分析三七Panax notoginseng及其伪品竹节参P.japonicus、蓬莪术Curcuma phaeocaulis、温莪术C.wenyujin、桂莪术C.kwangsiensis的核基因和叶绿体基因序列,为三七的正品药材基原鉴定提供分子依据。方法:采用PCR直接测序技术测定三七及其4种伪品的18S rRNA基因和matK基因核苷酸序列并作序列变异分析。结果:三七和竹节参的18S rRNA基因序列长度相同,均为1809 bp;matK基因长度亦相同,为1259 bp。蓬莪术、温莪术和桂莪术18S rRNA基因长度均为1811 bp、matK均为1548bp。根据排序比较,三七与4种伪品间的DNA序列存在很大差别。结论:通过序列差异比较分析,DNA测序技术可成为三七正品基原鉴定的准确、有效手段。 展开更多
关键词 三七 莪术 伪品 matk基因 基原 RRNA基因 正品 竹节参 核基因 技术测定
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用matK序列分析探讨木兰属植物的系统发育关系 被引量:38
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作者 王亚玲 李勇 +1 位作者 张寿洲 余兴生 《植物分类学报》 CSCD 北大核心 2006年第2期135-147,共13页
用木兰科Magnoliaceae57种植物的matK基因序列构建了该科的系统发育分支图。结果表明:(1)木兰属MagnoliaL.是一个因为性状的趋同演化而建立的多系类群;(2)木兰亚属subgen.Magnolia和玉兰亚属subgen.Yulania(Spach)Reichenb.亲缘关系较远... 用木兰科Magnoliaceae57种植物的matK基因序列构建了该科的系统发育分支图。结果表明:(1)木兰属MagnoliaL.是一个因为性状的趋同演化而建立的多系类群;(2)木兰亚属subgen.Magnolia和玉兰亚属subgen.Yulania(Spach)Reichenb.亲缘关系较远,支持将后者从该属中分出建立玉兰属YulaniaSpach,木兰亚属作为木兰属保留;(3)木兰亚属的sect.SplendentesDandyexVazquez组与皱种组sect.RytidospermumSpach的两个美洲种M.macrophyllaMichaux和M.dealbataZucc.亲缘关系较近,荷花玉兰组sect.TheorhodonSpach与常绿组sect.GwillimiaDC.的亲缘关系较近;(4)盖裂木属TalaumaJuss.可以成立,而其分布于亚洲的BlumianaBlume组可归入木兰属;(5)拟单性木兰属ParakmeriaHu&Cheng、华盖木属ManglietiastrumLaw以及单性木兰属Kmeria(Pierre)Dandy形成一个单系群,与玉兰亚属和含笑属MicheliaL.的亲缘关系较近。花的着生位置不足以作为木兰科的分族依据,含笑族Michelieae和木兰族Magnolieae的特征及其界定应做修改。将玉兰亚属从木兰属分出后,木兰属与含笑属无性状交叉,成为两个区别明显的属。 展开更多
关键词 木兰科 木兰属 mark基因 系统发育分析
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木兰族和含笑族的系统学关系——基于叶绿体matK基因序列分析 被引量:8
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作者 徐凤霞 《西北植物学报》 CAS CSCD 2003年第7期1169-1172,共4页
采用 PCR直接测序法 ,对木兰属国产组 各 1种 和含笑属各组 各 1种 的叶绿体 DNA mat K基因序列进行测定分析 ,结果表明 :木兰属和含笑属不能明显区分开 。
关键词 木兰属 含笑属 叶绿体DNA marK基因
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何首乌及其常见混淆品的matK基因序列分析及鉴别 被引量:12
5
作者 生书晶 严萍 +1 位作者 郑传进 赵树进 《中药材》 CAS CSCD 北大核心 2010年第11期1707-1711,共5页
目的:比较何首乌与其常见混淆品的matK基因序列,从分子水平对中药材何首乌进行鉴定。方法:改良的CTAB法提取基因组DNA,用一对matK通用引物进行PCR扩增,TA克隆后进行测序和序列分析。结果:除毛脉蓼之外,其他混淆品与正品何首乌间的matK... 目的:比较何首乌与其常见混淆品的matK基因序列,从分子水平对中药材何首乌进行鉴定。方法:改良的CTAB法提取基因组DNA,用一对matK通用引物进行PCR扩增,TA克隆后进行测序和序列分析。结果:除毛脉蓼之外,其他混淆品与正品何首乌间的matK基因序列差异较大,不论是核苷酸替代数还是遗传距离,都远远大于不同居群的何首乌之间;进一步比对分析,发现了可以快速鉴别何首乌及其同属混淆品的鉴别位点;运用matK序列分析成功地对3种市售何首乌药材进行了真伪鉴定。结论:根据matK序列特征,能有效区分何首乌及其常见混淆品,matK序列可以作为何首乌药材鉴定的分子标记。 展开更多
关键词 何首乌 matk基因 分子鉴定 混淆品
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石榴种质资源的matK基因序列分析 被引量:10
6
作者 马丽 周玉亮 +4 位作者 郝兆祥 丁城实 侯乐峰 康美玲 罗华 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2020年第16期5274-5279,共6页
本研究以60个石榴品种为材料,PCR扩增获得石榴品种的matK基因片段,分析石榴资源的matK基因序列的碱基组成、序列间碱基变异频率和转换/颠换比率;计算品种间遗传距离(K-2P),构建遗传关系分类图,研究matK基因序列对石榴品种鉴定的效果。... 本研究以60个石榴品种为材料,PCR扩增获得石榴品种的matK基因片段,分析石榴资源的matK基因序列的碱基组成、序列间碱基变异频率和转换/颠换比率;计算品种间遗传距离(K-2P),构建遗传关系分类图,研究matK基因序列对石榴品种鉴定的效果。结果表明,石榴物种的matK基因片段容易获得,PCR扩增成功率为98.3%,测序成功率为100%,59个石榴品种matK基因片段最长为897 bp,最短为820 bp。石榴的matK序列保守性为95.8%,G+C含量相对稳定,平均含量为33.3%,A+T平均含量高达66.7%,密码子偏好A和T;序列碱基存在转换/颠换比率为1.003,核苷酸多样性为0.000 8,每位点核苷酸多态性指数Theta值为0.000 54。K-2P遗传距离在0.000~0.024之间,平均遗传距离为0.007,邻接法(NJ)构建59个品种遗传关系聚类图,59个品种被分为6大类,分类结果与形态学和品种地理来源分类没有明显相关性。 展开更多
关键词 matk基因 石榴品种 遗传关系 DNA条形码
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6份狼尾草属菌草的ITS和叶绿体matK序列分析 被引量:9
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作者 林雄杰 范国成 +4 位作者 林冬梅 林辉 胡菡青 鲁国东 林占熺 《福建农林大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2015年第2期174-180,共7页
对来自福建农林大学、闽清、闽侯和南平等地的6份狼尾草属菌草的ITS片段和叶绿体matK基因序列进行测定,并用Clustal X 2.0和MEGA 4.1软件对其进行比对分析,构建系统发育树.结果表明,6份菌草的ITS序列长度均为585 bp,其中变异位点0-3个,... 对来自福建农林大学、闽清、闽侯和南平等地的6份狼尾草属菌草的ITS片段和叶绿体matK基因序列进行测定,并用Clustal X 2.0和MEGA 4.1软件对其进行比对分析,构建系统发育树.结果表明,6份菌草的ITS序列长度均为585 bp,其中变异位点0-3个,信息位点2个,遗传距离为0-0.089,平均遗传距离为0.022;mat K序列长度为880-881 bp,其中变异位点(信息位点)1个,遗传距离为0-0.016,平均遗传距离为0.010.ITS系统树结果显示6份共菌草聚成四类,其中杂交狼尾草和象草(MQ)聚类在第I类的同一分支,巨菌草和象草聚在第Ⅱ类的不同分支,表明其亲缘关系比较近;mat K序列系统树结果除了象草(MQ)外其余5份菌草均聚在了同一分支上,表明叶绿体mat K序列无法将供试的6份菌草区分开. 展开更多
关键词 ITS序列 matk基因 菌草 序列分析
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应用matK基因鉴别青天葵及其常见混伪品 被引量:8
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作者 黄琼林 梁凌玲 +2 位作者 何瑞 詹若挺 陈蔚文 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期299-303,共5页
分析了青天葵及其混伪品matK序列,以期在分子水平建立青天葵及其常见混伪品的鉴别方法。采用一对通用引物对matK基因进行PCR扩增并测序,所得序列用DNAMAN、MEGA等软件进行分析。获得青天葵及其混伪品的matK基因序列长度为587 bp,平均GC... 分析了青天葵及其混伪品matK序列,以期在分子水平建立青天葵及其常见混伪品的鉴别方法。采用一对通用引物对matK基因进行PCR扩增并测序,所得序列用DNAMAN、MEGA等软件进行分析。获得青天葵及其混伪品的matK基因序列长度为587 bp,平均GC含量为32.8%。青天葵的种内遗传距离为0,与混伪品种间遗传距离范围为0.016~0.375。基于matK基因序列构建的NJ聚类树能明显地区别青天葵及其混伪品。因此,应用matK基因序列可以有效鉴别青天葵及其混伪品。 展开更多
关键词 青天葵 matk基因 混伪品
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海南仙人掌matK基因的克隆和序列分析 被引量:9
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作者 吴育鹏 余乃通 +2 位作者 周启林 王健华 刘志昕 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第11期3135-3140,共6页
2015年12月,为了分析采自海南海口城西仙人掌mat K基因的序列及同源关系,利用RNA plant Reagent试剂盒提取仙人掌叶总RNA,反转录成第一链c DNA。同时设计仙人掌成熟酶K基因(mat K)的1对保守引物,利用RT-PCR的方法扩增仙人掌成熟酶K基因... 2015年12月,为了分析采自海南海口城西仙人掌mat K基因的序列及同源关系,利用RNA plant Reagent试剂盒提取仙人掌叶总RNA,反转录成第一链c DNA。同时设计仙人掌成熟酶K基因(mat K)的1对保守引物,利用RT-PCR的方法扩增仙人掌成熟酶K基因,所得序列经Blastn进行比对,发现与已报道的22个仙人掌mat K基因核苷酸序列一致;利用Blastn的Distance tree of results构建系统进化树,结果显示海南仙人掌mat K基因与其它报道的30个仙人掌mat K基因同源性最高,同源性在99%以上,属于同一组,而与Opuntia basilaris(Gen Bank accession No.JF786750.1)同源性最低,为96.6%。本研究利用RT-PCR方法获得了仙人掌成熟酶K基因序列,同时构建的系统进化树确定了该仙人掌成熟酶K基因的同源关系。本结果将为海南仙人掌的进化研究提供科学线索。 展开更多
关键词 仙人掌 matk基因 克隆 序列分析
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剑麻种质资源DNA条形码遗传多样性分析 被引量:7
10
作者 董斌 田夏红 +5 位作者 谢月亮 刘文 贺立红 张祥会 李荣喜 叶子龙 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2021年第16期5546-5554,共9页
剑麻是重要的国防和工业战略物资,准确和快速鉴别剑麻种质对于剑麻品种选育具有重要意义。本研究对82份剑麻种质资源中的rbcL和matK的DNA条形码编码区进行测序,分析了rbcL和matK的NJ聚类图、条形码序列多样性以及碱基替换概率。结果显示... 剑麻是重要的国防和工业战略物资,准确和快速鉴别剑麻种质对于剑麻品种选育具有重要意义。本研究对82份剑麻种质资源中的rbcL和matK的DNA条形码编码区进行测序,分析了rbcL和matK的NJ聚类图、条形码序列多样性以及碱基替换概率。结果显示,rbcL序列GC含量为42.97%,matK序列GC含量为30.55%;matK DNA条形码差异位点数和位点变异率明显高于rbcL DNA;NJ聚类图显示,rbcL序列可将82个剑麻种质分为6个亚群,而matK序列可将82个剑麻种质分为8个亚群,群内每种剑麻种质与其他种质之间均存在一定的遗传距离;差异位点数、位点变异率、核苷酸多样性、中性检验统计等序列多样性结果表明,matK序列的差异性明显高于rbcL序列;rbcL序列和matK序列的碱基发生了不同程度的转换和颠换,碱基转换主要发生在T与C之间,而C和G碱基之间比较保守,发生的颠换概率最低。综上所述,matK序列在剑麻种质中遗传多样性更高,更适用于剑麻种质鉴别。 展开更多
关键词 剑麻 遗传多样性 DNA条形码 matk基因 RBCL基因
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保健食品铁皮石斛及其混淆品的分子鉴别及亲缘关系分析 被引量:7
11
作者 丁鸽 张代臻 +1 位作者 张伟超 丁小余 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第2期141-145,共5页
目的:寻找简易且重复性高的分子标记方法对保健食品铁皮石斛及其混淆品进行分子鉴别并对其亲缘关系进行分析。方法:对铁皮石斛及其混淆品的matK基因进行扩增、测序并进行序列分析,寻找其中存在的单核苷酸多态性(SNP)位点并根据SNP位点... 目的:寻找简易且重复性高的分子标记方法对保健食品铁皮石斛及其混淆品进行分子鉴别并对其亲缘关系进行分析。方法:对铁皮石斛及其混淆品的matK基因进行扩增、测序并进行序列分析,寻找其中存在的单核苷酸多态性(SNP)位点并根据SNP位点设计特异性鉴别引物;运用Mega3.0等软件进行遗传关系分析。结果:根据matK基因序列中存在的SNP位点及特异性鉴别引物,可将铁皮石斛与其混淆品成功分开;各样品之间存在较大的遗传差异。结论:SNP位点及特异性鉴别引物可对保健食品铁皮石斛及其混淆品进行快速、简便的鉴别,通过matK基因可以分析正品与混淆品之间的亲缘关系。 展开更多
关键词 铁皮石斛 matk基因 单核苷酸多态性 位点特异性聚合酶链式反应(PCR) 分子鉴别
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基于matK基因的高良姜及其同属混伪品的分子鉴别 被引量:7
12
作者 黄琼林 马新业 +1 位作者 詹若挺 陈蔚文 《中华中医药学刊》 CAS 北大核心 2017年第2期445-447,共3页
目的:建立基于matK基因的高良姜及其同属混伪品的分子鉴别方法。方法:采用通用引物对高良姜样品matK基因进行PCR扩增和双向测序,并从Gen Bank下载10种同属混伪品的matK基因序列。采用Clustal X、MEGA软件进行序列比对分析、计算遗传距... 目的:建立基于matK基因的高良姜及其同属混伪品的分子鉴别方法。方法:采用通用引物对高良姜样品matK基因进行PCR扩增和双向测序,并从Gen Bank下载10种同属混伪品的matK基因序列。采用Clustal X、MEGA软件进行序列比对分析、计算遗传距离以及构建聚类树。结果:获得的高良姜及其同属混伪品matK基因序列长度为732 bp,变异位点41个。高良姜种内遗传距离为0.000,与混伪品之间的最小遗传距离为0.003。基于matK序列构建的系统发生树显示高良姜样品聚在一起,能直观地与混伪品区分。结论:matK基因可以有效地鉴别高良姜及其同属混伪品。 展开更多
关键词 高良姜 MAT K基因 山姜属 混伪品 分子鉴定
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铁皮石斛的PCR-RFLP鉴别方法 被引量:1
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作者 王孟颖 万林春 +2 位作者 赵雯 饶毅 曾黎明 《药物分析杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期509-515,共7页
目的:建立铁皮石斛专有的分子鉴别方法。方法:通过对铁皮石斛及其近缘种石斛的叶绿体matk基因序列进行对比分析,根据鉴别位点设计特异的铁皮石斛鉴别引物,通过聚合酶链反应-限制性片段长度多态性方法(PCR-RFLP)技术进行鉴别。结果:本试... 目的:建立铁皮石斛专有的分子鉴别方法。方法:通过对铁皮石斛及其近缘种石斛的叶绿体matk基因序列进行对比分析,根据鉴别位点设计特异的铁皮石斛鉴别引物,通过聚合酶链反应-限制性片段长度多态性方法(PCR-RFLP)技术进行鉴别。结果:本试验中鉴别引物可成功扩增铁皮石斛及其近缘种石斛,PCR产物为331 bp,铁皮石斛的PCR产物可被Tru9 Ⅰ限制性内切酶切开,而近缘种石斛不能被切开,可通过琼脂糖凝胶电泳成功鉴别。结论:本试验建立的PCR-RFLP鉴别方法可以鉴别铁皮石斛及其近缘种石斛。 展开更多
关键词 铁皮石斛 PCR-RFLP法 分子鉴别 matk基因 近缘物种
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基于matK基因的几种苔藓植物的亲缘关系分析 被引量:5
14
作者 张安世 司清亮 +1 位作者 张为民 陈娟 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2012年第1期110-112,共3页
以钝鳞紫背苔(Plagiochasma appendiculation)为外类群(outgroup),利用ClustalX 2.0和MEGA 4.1软件对8种苔藓植物的matK基因序列进行比对和分析,构建分子系统树。结果表明:8种苔藓植物的matK序列长度为638bp~650bp,排序后总长度为664bp... 以钝鳞紫背苔(Plagiochasma appendiculation)为外类群(outgroup),利用ClustalX 2.0和MEGA 4.1软件对8种苔藓植物的matK基因序列进行比对和分析,构建分子系统树。结果表明:8种苔藓植物的matK序列长度为638bp~650bp,排序后总长度为664bp,其中变异位点357个,信息位点180个。遗传距离为0.058~0.557,平均遗传距离为0.287。利用NJ法建立的系统树显示,8种苔藓植物分为3组,其中2种丛藓科的聚为一组,3种青藓科的聚为一组,3种灰藓科的聚为另一组。序列分析结果与形态学结果一致,表明matK基因序列可用于苔藓植物的亲缘关系分析。 展开更多
关键词 苔藓植物 DNA条形码 matk基因 亲缘关系 系统发育分析
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基于matK基因序列的高良姜及其混淆品的鉴定(英文) 被引量:3
15
作者 庞启华 严萍 +1 位作者 赵翾 赵树进 《陕西科技大学学报(自然科学版)》 2008年第4期11-15,共5页
研究了通过matK基因测序对高良姜和大高良姜进行鉴定的方法.结果表明,两个山姜属品种的15个样品的部分matK基因序列共有21个位点的核苷酸替换,根据核苷酸位置12、211、291、411、440、618、631、684、686、847、844、921、954、988、1 ... 研究了通过matK基因测序对高良姜和大高良姜进行鉴定的方法.结果表明,两个山姜属品种的15个样品的部分matK基因序列共有21个位点的核苷酸替换,根据核苷酸位置12、211、291、411、440、618、631、684、686、847、844、921、954、988、1 011、1 076、1 103和1 116的序列可以区别高良姜与大高良姜,即这18个核苷酸位点是鉴别它们的核苷酸标记;高良姜matK基因序列的种内变异很小,没有发现可以区分不同产地高良姜的核苷酸位点.研究数据为进一步建立快速、简便的高良姜分子鉴定方法提供了依据. 展开更多
关键词 高良姜 混淆品 matk基因 鉴定
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基于叶绿体基因matK及UPLC对市售大黄的种质资源鉴定和质量分析 被引量:4
16
作者 满金辉 石玥 +7 位作者 张靖晗 张志飞 尹光耀 王馨 刘凤波 张媛 王晓晖 魏胜利 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期514-524,共11页
大黄是多基原大宗常用药材,不同基原大黄其药理活性存在一定差异。本研究基于叶绿体基因matK序列对市售大黄饮片的种质资源进行鉴定,通过UPLC对其总蒽醌和游离蒽醌含量进行测定,以期确定市售大黄的主要种质及质量。本研究从27省40市收... 大黄是多基原大宗常用药材,不同基原大黄其药理活性存在一定差异。本研究基于叶绿体基因matK序列对市售大黄饮片的种质资源进行鉴定,通过UPLC对其总蒽醌和游离蒽醌含量进行测定,以期确定市售大黄的主要种质及质量。本研究从27省40市收集89份市售大黄样品并提取DNA,通过PCR扩增matK基因,扩增的matK基因序列的分析结果表明,收集的市售大黄样品都是同一基原,即掌叶大黄,共鉴定了其8个基因型:Rp1、Rp2、Rp3、Rp4、Rp5、Rp6、Rp10和Rp12,其中来自甘肃、四川和云南省的Rp4和Rp6是主要流通基因型,分别占总样品量40.45%和37.08%。系统发育树结果表明,8个基因型主要分成2大支,其中主要基因型Rp4和Rp6聚在同一大支,遗传距离分析结果表明8个基因型遗传距离在0.001~0.010之间。利用UPLC检测市场样品中的总蒽醌和游离蒽醌含量结果表明,93.26%样品符合药典标准。样品之间总蒽醌含量和游离蒽醌的含量差异显著,其中游离蒽醌相差1.01%;总蒽醌含量相差3.79%,说明市售大黄样品质量存在参差不齐的现象,但是不同采集省份之间市售大黄总蒽醌和游离蒽醌含量没有显著性差异,各基因型之间的大黄样品中总蒽醌和游离蒽醌含量没有显著性差异。本文对大黄市场样品的种质资源、产地来源和药材质量进行研究,有利于指导大黄市场样品流通及临床科学合理用药,为其他中药材市场样品种质及质量鉴定提供参考。 展开更多
关键词 大黄 matk基因 分子鉴定 质量评价
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基于20种桉树叶绿体matK基因序列的系统发育分析 被引量:4
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作者 刘果 谢耀坚 +2 位作者 张党权 罗建中 曾艳飞 《桉树科技》 2014年第3期1-9,共9页
随着公共数据库信息量的不断丰富,桉树基因组序列的公布数据也逐渐增多。本文利用NCBI数据库下载的21条桉树叶绿体matK基因序列进行分析研究,发现软件构建的系统发育树树与学术界承认和使用的Hill&Johnson形态分类学状态有一定的差... 随着公共数据库信息量的不断丰富,桉树基因组序列的公布数据也逐渐增多。本文利用NCBI数据库下载的21条桉树叶绿体matK基因序列进行分析研究,发现软件构建的系统发育树树与学术界承认和使用的Hill&Johnson形态分类学状态有一定的差异,可能与下载的序列数据不够全面、覆盖的信息量不能代表该种基因组序列有关。通过对MP法、ML法、NJ法、UPGMA法和Bayes法等5种方法构建系统发育树、序列信息位点分析和形态学分类状态的比较,UPGMA法构建的系统发育树与序列的信息位点分析结果较为一致,MP法构建的系统发育树较为可信,但进一步的信息确认还需后续的研究证实。 展开更多
关键词 桉树 叶绿体 matk基因 系统发育分析
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蛇床子地理分布与叶绿体matK基因序列的相关性分析 被引量:3
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作者 曹晖 蔡金娜 +2 位作者 刘玉萍 王峥涛 徐珞珊 《中国实验方剂学杂志》 CAS 2002年第S1期-,共7页
目的 :探讨中药蛇床子Cnidiummonnieri(L .)Cuss .居群间的DNA序列变异与地理分布的关系 ,为蛇床子品质评价提供分子依据。方法 :采用PCR直接测序技术对蛇床子 6个居群 6个个体样品的叶绿体matK基因进行测序分析研究。结果 :蛇床子 6个... 目的 :探讨中药蛇床子Cnidiummonnieri(L .)Cuss .居群间的DNA序列变异与地理分布的关系 ,为蛇床子品质评价提供分子依据。方法 :采用PCR直接测序技术对蛇床子 6个居群 6个个体样品的叶绿体matK基因进行测序分析研究。结果 :蛇床子 6个居群的matK基因核苷酸序列长 12 6 8bp ,编码 4 2 2个氨基酸成熟酶。根据排序比较 ,蛇床子 6个居群间的matK基因序列存在 12个变异位点 ,氨基酸序列 10个变异位点。邻接法构建的系统分支树表明 :蛇床子居群间的亲缘关系与地理分布及所含香豆素化学型呈良好的相关性。结论 :结合香豆素分析数据 ,基因测序分析技术可以成为蛇床子品质评价的有力工具。 展开更多
关键词 蛇床子 品质评价 matk基因 DNA测序
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基于matK基因和ITS序列的江苏地方豆类植物的亲缘关系研究 被引量:4
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作者 王彤 刘静 +2 位作者 郭月 袁娜 杜建厂 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第5期795-803,共9页
[目的]为探究江苏地方豆类植物之间的亲缘关系,从分子水平上对14种豆科植物进行了深入分析,旨在为后续豆类植物的种质创新和遗传改良提供理论依据。[方法]对14种豆类植物的mat K基因和ITS序列的扩增片段进行PCR产物直接测序,并结合Gen B... [目的]为探究江苏地方豆类植物之间的亲缘关系,从分子水平上对14种豆科植物进行了深入分析,旨在为后续豆类植物的种质创新和遗传改良提供理论依据。[方法]对14种豆类植物的mat K基因和ITS序列的扩增片段进行PCR产物直接测序,并结合Gen Bank数据库中的大豆(Glycine max)、菜豆(Phaseolus vulgaris)、红小豆(Vigna angularis)和绿豆(Vigna radiata)4种豆类植物基因组序列,利用Clustal W、MEGA 6.0、Bio Edit软件对这18种材料的mat K基因和ITS序列分别进行比对和分析,并以百脉根(Lotus corniculatus)为外类群,分别构建系统进化树并计算分化时间。[结果]18种豆类植物的mat K基因序列长度为750 bp,其中变异位点数为85,信息位点数为82,遗传距离的范围为0~0.099。ITS序列长度为795 bp,其中变异位点数为260,信息位点数为242,遗传距离的范围为0~0.292。以百脉根为外类群,用mat K基因序列和ITS序列分别构建的进化树显示,18种豆类植物可分为3组,即红小豆和绿豆分为一组,菜豆和大豆分别聚为一组。分化时间结果表明,大豆与菜豆的分化时间为19.02百万年前,菜豆与红小豆的分化时间为13.50百万年前,绿豆与红小豆的分化时间为2.94百万年前。[结论]序列分析和系统进化树的结果与形态学的特征基本一致,表明mat K基因和ITS序列可用于豆类植物属间亲缘关系分析。 展开更多
关键词 豆类植物 matk基因 ITS序列 亲缘关系 分化时间
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赛黑桦matK基因生物信息学分析 被引量:4
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作者 高宇婷 林琳 +3 位作者 姚殿国 周立平 许建闻 穆怀志 《北华大学学报(自然科学版)》 CAS 2019年第1期33-37,共5页
matK基因广泛应用于植物亲缘关系和物种鉴定研究.利用生物信息学对赛黑桦matK基因进行开放阅读框、氨基酸组成、蛋白质跨膜结构区、亚细胞定位和结合区分析,预测信号肽、氨基酸亲/疏水性、氨基酸二级结构,利用同源建模构建赛黑桦成熟酶... matK基因广泛应用于植物亲缘关系和物种鉴定研究.利用生物信息学对赛黑桦matK基因进行开放阅读框、氨基酸组成、蛋白质跨膜结构区、亚细胞定位和结合区分析,预测信号肽、氨基酸亲/疏水性、氨基酸二级结构,利用同源建模构建赛黑桦成熟酶K的三维结构及12种桦木属植物的系统进化树.结果表明:赛黑桦matK基因序列长度为2 524 bp,有13个开放阅读框; matK基因编码的成熟酶K含20种氨基酸,由17. 86%的α螺旋、9.52%的β折叠和72. 62%的无规则卷曲组成,为亲水性蛋白,具有10个蛋白结合区和1个多核苷酸结合区;赛黑桦与白桦、真桦、沼桦、甸生桦、绒毛桦和垂枝桦的亲缘关系较近.研究结果可为赛黑桦苗期的分子鉴定提供参考. 展开更多
关键词 赛黑桦 matk基因 生物信息学 系统进化树
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