目的筛选三阴性乳腺癌(triple-negative breast cancer,TNBC)预后相关基因,并探讨影响TNBC预后的可能机制。方法GEO和TCGA数据库下载表达谱数据,分别使用GEO2R和R语言程序包筛选TNBC和非三阴性乳腺癌差异基因;GO和KEGG富集分析差异基因...目的筛选三阴性乳腺癌(triple-negative breast cancer,TNBC)预后相关基因,并探讨影响TNBC预后的可能机制。方法GEO和TCGA数据库下载表达谱数据,分别使用GEO2R和R语言程序包筛选TNBC和非三阴性乳腺癌差异基因;GO和KEGG富集分析差异基因的分子功能及信号通路;生存曲线和单变量Cox回归分析筛选预后相关基因,ROC曲线进一步验证;Cibersort算法探讨预后相关基因与免疫细胞浸润的关系;HPA数据库在线分析预后相关基因在正常乳腺组织中的分布。结果获得TNBC差异基因217个,富集在雌激素相关信号通路,生物过程主要富集在乳腺上皮发育、腺体发育、腺体形态发生等,细胞成分主要富集在微绒毛膜、细胞基底外侧膜等,分子功能主要富集于跨膜受体蛋白酪氨酸激酶活性等;筛选出7个预后相关基因,ROC曲线显示AUC值>0.8的有COL9A3;免疫浸润分析显示COL9A3表达与记忆B细胞和单核细胞的浸润程度呈负相关,与初始B细胞和中性粒细胞的浸润程度呈正相关。单细胞测序结果显示COL9A3主要分布在成纤维细胞中。结论筛选出COL9A3可能作为TNBC预后相关基因;TNBC的发生发展可能与雌激素受体相关信号通路、细胞基底外侧膜和基膜的改变以及单核细胞、中性粒细胞的浸润及EMT的进程有关,为TNBC临床治疗提供参考。展开更多
文摘目的筛选三阴性乳腺癌(triple-negative breast cancer,TNBC)预后相关基因,并探讨影响TNBC预后的可能机制。方法GEO和TCGA数据库下载表达谱数据,分别使用GEO2R和R语言程序包筛选TNBC和非三阴性乳腺癌差异基因;GO和KEGG富集分析差异基因的分子功能及信号通路;生存曲线和单变量Cox回归分析筛选预后相关基因,ROC曲线进一步验证;Cibersort算法探讨预后相关基因与免疫细胞浸润的关系;HPA数据库在线分析预后相关基因在正常乳腺组织中的分布。结果获得TNBC差异基因217个,富集在雌激素相关信号通路,生物过程主要富集在乳腺上皮发育、腺体发育、腺体形态发生等,细胞成分主要富集在微绒毛膜、细胞基底外侧膜等,分子功能主要富集于跨膜受体蛋白酪氨酸激酶活性等;筛选出7个预后相关基因,ROC曲线显示AUC值>0.8的有COL9A3;免疫浸润分析显示COL9A3表达与记忆B细胞和单核细胞的浸润程度呈负相关,与初始B细胞和中性粒细胞的浸润程度呈正相关。单细胞测序结果显示COL9A3主要分布在成纤维细胞中。结论筛选出COL9A3可能作为TNBC预后相关基因;TNBC的发生发展可能与雌激素受体相关信号通路、细胞基底外侧膜和基膜的改变以及单核细胞、中性粒细胞的浸润及EMT的进程有关,为TNBC临床治疗提供参考。
