目的通过网络药理学方法联合GEO数据库预测黄芪治疗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)的核心活性成分及靶点,并通过分子对接初步验证。方法利用中药系统药理分析平台(TCMSP)提取黄芪的活性成分及对应靶点,借助Uniprot数据库对靶点进...目的通过网络药理学方法联合GEO数据库预测黄芪治疗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)的核心活性成分及靶点,并通过分子对接初步验证。方法利用中药系统药理分析平台(TCMSP)提取黄芪的活性成分及对应靶点,借助Uniprot数据库对靶点进行规范化,通过GEO数据库提取溃疡性结肠炎的差异表达基因,并利用R语言筛选药物与疾病的交集基因,分别通过DAVID数据库、STRING数据库对交集基因进行富集分析和蛋白互作分析;通过Cytoscape软件构建黄芪"活性成分-药物靶点"网络、黄芪治疗溃疡性结肠炎"活性成分-疾病靶点"网络及蛋白互作网络筛选出核心成分及靶点,借助Auto dock Vina软件进行分子对接验证,PyMol软件绘制对接结果图。结果共获得黄芪16个活性成分,对应189个作用靶点;GEO数据库提取获得溃疡性结肠炎差异表达基因1355个;药物与疾病交集基因44个;富集分析显示多与炎症相关;筛选得到核心活性成分异鼠李素(Isorhamnetin)和毛蕊异黄酮(Calycosin),核心靶点前列腺素G/H合成酶2(PTGS2);分子对接结果表明其核心活性成分与核心靶点之间均有较强的结合活性。结论黄芪中的异鼠李素、毛蕊异黄酮等主要活性成分可能通过参与炎症相关信号通路及生物功能作用于PTGS2等疾病靶点,从而发挥治疗溃疡性结肠炎的效用。展开更多
文摘目的通过网络药理学方法联合GEO数据库预测黄芪治疗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)的核心活性成分及靶点,并通过分子对接初步验证。方法利用中药系统药理分析平台(TCMSP)提取黄芪的活性成分及对应靶点,借助Uniprot数据库对靶点进行规范化,通过GEO数据库提取溃疡性结肠炎的差异表达基因,并利用R语言筛选药物与疾病的交集基因,分别通过DAVID数据库、STRING数据库对交集基因进行富集分析和蛋白互作分析;通过Cytoscape软件构建黄芪"活性成分-药物靶点"网络、黄芪治疗溃疡性结肠炎"活性成分-疾病靶点"网络及蛋白互作网络筛选出核心成分及靶点,借助Auto dock Vina软件进行分子对接验证,PyMol软件绘制对接结果图。结果共获得黄芪16个活性成分,对应189个作用靶点;GEO数据库提取获得溃疡性结肠炎差异表达基因1355个;药物与疾病交集基因44个;富集分析显示多与炎症相关;筛选得到核心活性成分异鼠李素(Isorhamnetin)和毛蕊异黄酮(Calycosin),核心靶点前列腺素G/H合成酶2(PTGS2);分子对接结果表明其核心活性成分与核心靶点之间均有较强的结合活性。结论黄芪中的异鼠李素、毛蕊异黄酮等主要活性成分可能通过参与炎症相关信号通路及生物功能作用于PTGS2等疾病靶点,从而发挥治疗溃疡性结肠炎的效用。
