目的运用网络药理学和分子对接方法探讨六味地黄丸治疗糖尿病肾病(diabetic nephropathy,DN)的作用机制。方法通过检索多个数据库及查阅文献筛选出六味地黄丸活性成分和对应靶点,借助Genecard、OMIM和Drugbank数据库收集DN作用靶点并通...目的运用网络药理学和分子对接方法探讨六味地黄丸治疗糖尿病肾病(diabetic nephropathy,DN)的作用机制。方法通过检索多个数据库及查阅文献筛选出六味地黄丸活性成分和对应靶点,借助Genecard、OMIM和Drugbank数据库收集DN作用靶点并通过Venny 2.1软件筛选出药物-疾病共同作用靶点。随后,利用STRING和Cytoscape软件分析和构建蛋白质-蛋白质相互作用网络并使用CytoNCA插件进行拓扑分析刷选出核心靶点。然后,利用ClueGO插件进行GO(GO Ontology)功能富集分析和KEGG-(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路分析。最后,使用AutoDock软件通过分子对接验证活性化合物与核心靶点的结合能力。结果六味地黄丸40个活性成分通过调控128个DN相关靶点,尤其是通过调控28个核心靶点,参与调控体内基因转录、细胞凋亡和增殖、信号转导、炎症反应及蛋白质磷酸化等生物学过程,干预肿瘤、AGE-RAGE、IL-17、MAPK、HIF-1、Toll样受体等信号通路发挥治疗DN的作用。分子对接验证了5种活性化合物与其作用的关键靶点具有可靠的亲和力。结论推测六味地黄丸治疗DN具有多成分-多靶点-多途径的特点,为进一步研究六味地黄丸治疗DN的分子机制提供了新思路和新方向。展开更多
文摘目的运用网络药理学和分子对接方法探讨六味地黄丸治疗糖尿病肾病(diabetic nephropathy,DN)的作用机制。方法通过检索多个数据库及查阅文献筛选出六味地黄丸活性成分和对应靶点,借助Genecard、OMIM和Drugbank数据库收集DN作用靶点并通过Venny 2.1软件筛选出药物-疾病共同作用靶点。随后,利用STRING和Cytoscape软件分析和构建蛋白质-蛋白质相互作用网络并使用CytoNCA插件进行拓扑分析刷选出核心靶点。然后,利用ClueGO插件进行GO(GO Ontology)功能富集分析和KEGG-(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路分析。最后,使用AutoDock软件通过分子对接验证活性化合物与核心靶点的结合能力。结果六味地黄丸40个活性成分通过调控128个DN相关靶点,尤其是通过调控28个核心靶点,参与调控体内基因转录、细胞凋亡和增殖、信号转导、炎症反应及蛋白质磷酸化等生物学过程,干预肿瘤、AGE-RAGE、IL-17、MAPK、HIF-1、Toll样受体等信号通路发挥治疗DN的作用。分子对接验证了5种活性化合物与其作用的关键靶点具有可靠的亲和力。结论推测六味地黄丸治疗DN具有多成分-多靶点-多途径的特点,为进一步研究六味地黄丸治疗DN的分子机制提供了新思路和新方向。
