利用Pearson相关系数定量分析生物亲缘关系 被引量：100

1

作者 张宇镭 党琰 贺平安 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2005年第33期79-82,99,共5页

论文主要利用计算语言学中使用的统计学方法定量分析生物物种的亲缘关系。以包含生物体遗传信息的核酸序列为研究对象,采用计算语言学的思想和方法,将每一个生物体的核酸序列看作一篇很长的自然语言文本,抽取核酸序列的双核苷酸频率分... 论文主要利用计算语言学中使用的统计学方法定量分析生物物种的亲缘关系。以包含生物体遗传信息的核酸序列为研究对象,采用计算语言学的思想和方法,将每一个生物体的核酸序列看作一篇很长的自然语言文本,抽取核酸序列的双核苷酸频率分布特征向量,用以表征其数字特征。而后采用PearsonCorrelationCoefficient(Pearson相关系数)定量分析其亲缘关系的远近程度。将119个细菌的全基因组核酸序列进行两两比对,对所得的7021个r值进行分析,得出的结论是:亲缘关系越相近的物种,其Pearson相关系数越大。取定0.985作为“属”的分界阈值时,得到召回率为75.824%,准确率为73.404%。论文对定量分析生物学核酸序列的相似性和对生物亲缘关系远近的建模有重要的实际意义。 展开更多

关键词 Pearson相关系数 核酸序列 自然语言文本

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家蚕孤雌生殖差异蛋白——热休克相关蛋白的生物信息学分析 被引量：5

2

作者 夏佳音 龙晓辉 +6 位作者 陈健 聂作明 王丹 吕正兵 徐杰 贺平安 张耀洲 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期568-573,共6页

应用双向凝胶电泳(2-DE)技术研究家蚕孤雌生殖蚁蚕和正常蚁蚕的总蛋白质的差异,得到与孤雌生殖相关的差异蛋白点,并对这些蛋白点进行基质辅助激光解吸电离串联飞行时间质谱(MALDI-TOF-TOF MS)分析,获得了相关差异蛋白的序列特征。将这... 应用双向凝胶电泳(2-DE)技术研究家蚕孤雌生殖蚁蚕和正常蚁蚕的总蛋白质的差异,得到与孤雌生殖相关的差异蛋白点,并对这些蛋白点进行基质辅助激光解吸电离串联飞行时间质谱(MALDI-TOF-TOF MS)分析,获得了相关差异蛋白的序列特征。将这些序列与已构建的家蚕cDNA文库及蛋白质数据库进行比对,得到3个差异蛋白为热休克相关蛋白。通过5-′RACE的方法克隆到3个差异蛋白的全基因序列,并对它们进行结构和特征分析,有助于进一步研究其与孤雌生殖的关系。 展开更多

关键词 家蚕 孤雌生殖 双向凝胶电泳 基质辅助激光解析电离串联飞行时间质谱 差异蛋白 热休克蛋白 结构分析

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基于H&E图像和基因表达数据的多模态深度学习模型预测胃癌生存风险

3

作者 马艳雨 贺平安 《软件工程》 2024年第8期37-40,共4页

胃癌作为高发恶性肿瘤,其致死率近年来居高不下,因此精准预测胃癌患者的生存风险对于治疗至关重要。文章提出了一种基于多模态深度学习的预测模型,旨在评估胃癌患者的生存风险。该模型整合了H&E(Hematoxylin-Eosin staining)染色图... 胃癌作为高发恶性肿瘤,其致死率近年来居高不下,因此精准预测胃癌患者的生存风险对于治疗至关重要。文章提出了一种基于多模态深度学习的预测模型,旨在评估胃癌患者的生存风险。该模型整合了H&E(Hematoxylin-Eosin staining)染色图像和基因表达数据,首先,采用ResNet18卷积神经网络模型提取深层H&E图像信息,将其编码为一维特征向量。其次,采用多模态紧凑型双线性池化方法,将图像特征与基因表达数据进行融合,用于预测胃癌患者的风险分数。在TCGA的胃癌样本中,该模型的一致性指数(c-index)为0.70。在测试集上进行的Kaplan-Meier分析结果显示,模型成功地区分出高风险群和低风险群。结果表明,该模型在区分胃癌患者风险层次方面表现出色,具有显著优势。 展开更多

关键词 胃癌 H&E染色图像 基因表达 深度学习 多模态

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与结肠腺癌相关的细胞周期生物标志物的识别

4

作者 俞秋奕 贺平安 《浙江理工大学学报（自然科学版）》 2023年第5期628-637,共10页

结直肠癌是一种致死率较高的癌症,结肠腺癌是其最常见的病理亚型。挖掘与结肠腺癌相关的细胞周期相关基因、生长因子和激素,对研究结肠腺癌的发病机制以及诊断治疗都具有重要价值。利用加权基因共表达网络分析方法,根据TCGA和GTEx数据... 结直肠癌是一种致死率较高的癌症,结肠腺癌是其最常见的病理亚型。挖掘与结肠腺癌相关的细胞周期相关基因、生长因子和激素,对研究结肠腺癌的发病机制以及诊断治疗都具有重要价值。利用加权基因共表达网络分析方法,根据TCGA和GTEx数据库中结肠腺癌样本的转录组数据构建基因共表达网络;利用模块特征相关系数,筛选出与结肠腺癌相关的重要模块;通过基因差异表达分析和富集分析,得到重要模块的差异基因和模块功能信息;利用生存分析识别与结肠腺癌相关的细胞周期生物标志物;进一步根据蛋白互作网络推断诱导结肠腺癌发生的内源性因素。结果表明:结肠腺癌相关的7个细胞周期生物标志物(CDC45、EREG、PBK、TOP2A、PER1、SNCG、NGFR)和4个内源性因素(ANP、BNP、FGF、NGF),这些生物标志物和内源性因素可作为结肠腺癌诊断和治疗的依据。 展开更多

关键词 结肠腺癌 细胞周期 加权基因共表达网络分析 基因差异表达分析 蛋白互作网络

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基于GWAS的多元关联分析在精神类疾病遗传相关性分析中的应用 被引量：3

5

作者 侯龙傲 贺平安 《浙江理工大学学报（自然科学版）》 2020年第5期687-692,共6页

基于躁郁症、重度抑郁症、精神分裂症的三种疾病的全基因组关联分析(Genome-wide association study, GWAS)数据,将基于基因的多元全基因组关联分析模型(Multivariate gene-based genome-wide association analysis, MGAS)分别应用于混... 基于躁郁症、重度抑郁症、精神分裂症的三种疾病的全基因组关联分析(Genome-wide association study, GWAS)数据,将基于基因的多元全基因组关联分析模型(Multivariate gene-based genome-wide association analysis, MGAS)分别应用于混合线性模型和LD评分回归模型(LD score regression model, LD Hub)提供的遗传相关性数据分析,检测得到两组与三种疾病相关的基因。结果表明:对于混合线性模型和LD Hub模型提供的遗传相关性数据,两者多元关联分析检测出的显著性基因有较强的一致性。因此,作为一种替代策略,在由原始数据计算表型相关性困难的情况下,LD Hub模型得到的遗传相关性可以应用于更多类疾病的多元关联分析。 展开更多

关键词 全基因组关联分析 多元关联分析 遗传相关性 躁郁症 重度抑郁症 精神分裂症

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现代企业人际关系深度沟通的方式和策略 被引量：2

6

作者 包丽馨 京平 贺平安 《企业活力》 北大核心 2006年第9期80-81,共2页

关键词 企业人际关系 现代 管理学家 企业管理者 企业成功 企业发展 人际沟通 人与人 诺斯

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蛋白质序列的图形表示及其应用 被引量：2

7

作者 张艳萍 贺平安 《浙江理工大学学报（自然科学版）》 2010年第2期308-312,共5页

基于DNA序列的chaos game representation(CGR)图形表示,文中给出了一种新的蛋白质序列的3D空间表示,其空间曲线的x、y轴坐标由Randic文章中的方法得到,z轴坐标由蛋白质序列中氨基酸的累积个数得到。蛋白质序列的3D空间表示得到的曲线比... 基于DNA序列的chaos game representation(CGR)图形表示,文中给出了一种新的蛋白质序列的3D空间表示,其空间曲线的x、y轴坐标由Randic文章中的方法得到,z轴坐标由蛋白质序列中氨基酸的累积个数得到。蛋白质序列的3D空间表示得到的曲线比Randic的2D图形表示具有更好的可视性。利用不同的数学方法,对所得到的曲线进行了数值刻画;基于得到的数值刻画,比较了9个不同物种的线粒体NADH脱氢酶的相似性。 展开更多

关键词 图形表示 CGR 蛋白质序列 数学描述

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小学数学生活化教学策略探析

8

作者 贺平安 《传奇故事》 2023年第29期37-38,共2页

在小学教学中,数学是一门十分重要的课程。随着新课程标准的不断推广,作为小学数学教师应该重视培养小学生的数学核心素养能力,利用生活化教学的方式让小学生感受到教学的新鲜感,以至于能够在数学课堂之上极具学习的动力。生活化教学让... 在小学教学中,数学是一门十分重要的课程。随着新课程标准的不断推广,作为小学数学教师应该重视培养小学生的数学核心素养能力,利用生活化教学的方式让小学生感受到教学的新鲜感,以至于能够在数学课堂之上极具学习的动力。生活化教学让数学教学的难度随之降低,也让学生对于生活经验的增长随着提高,这样一来就不断的让学生能够利用数学知识来解释生活现象,促使学生对于数学知识应用能力的提升。为此,本文我结合自身教学经验,提出了几点小学数学生活化教学的策略。 展开更多

关键词 小学 数学教学 生活化 策略

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基于改进YOLOv5的多目标垃圾分类研究

9

作者 孙奥 代琦 贺平安 《计算机时代》 2023年第8期93-97,共5页

针对垃圾分类问题,传统图像识别算法通常只能对单个垃圾图像进行识别,效率低下,且对硬件要求高。本文实现了对YOLO模型改进的多目标实时轻量的目标检测模型,使用RepVGGBlock模块和结构重参数化技术来改进模型的特征提取结构,使模型轻量... 针对垃圾分类问题,传统图像识别算法通常只能对单个垃圾图像进行识别,效率低下,且对硬件要求高。本文实现了对YOLO模型改进的多目标实时轻量的目标检测模型,使用RepVGGBlock模块和结构重参数化技术来改进模型的特征提取结构,使模型轻量,方便移植进嵌入式设备中。使用BiFPN特征融合技术来融合不同特征图的信息,提高了模型对目标的定位能力。实验表明,改进后的模型比原始模型以及其他多目标检测模型的精度更高,速度更快,体积更小。 展开更多

关键词 YOLO图像识别 目标检测 结构重参数化 BiFPN

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故事的第一章

10

作者 贺平安 少君(图) 《中学生百科》 2023年第9期34-37,共4页

故事的第一章要从初中说起。开学那天,我坐在人声鼎沸的教室里,忍受着陌生眼光的打量,像个异类。过了一个月我才知道,其他人早就由于参加了本校的夏令营而相熟起来。唯有我,或者说我们家,被过高的费用劝退,导致我在这场盛大的狂欢里缺... 故事的第一章要从初中说起。开学那天,我坐在人声鼎沸的教室里,忍受着陌生眼光的打量,像个异类。过了一个月我才知道,其他人早就由于参加了本校的夏令营而相熟起来。唯有我,或者说我们家,被过高的费用劝退,导致我在这场盛大的狂欢里缺席了整整一个星期。周遭传来热络的漫谈,我两手支在桌子上,装出一副漫不经心的样子,仿佛什么都不在乎。天知道!我已经尴尬到脚趾蜷缩,只想快点儿有人来解救我! 展开更多

关键词 夏令营 缺席 初中 故事 第一章

原文传递

家蚕核糖体蛋白L7基因cDNA序列的克隆和分析 被引量：2

11

作者 贺平安 聂作明 +4 位作者 吕正兵 龙晓辉 王丹 陈健 张耀洲 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第8期719-726,共8页

为了研究家蚕孤雌生殖的调节机制,应用二维凝胶电泳(2DE)技术分离正常生殖的家蚕卵与孤雌生殖家蚕卵的差异蛋白质,在蛋白质水平上筛选与家蚕孤雌生殖过程相关的重要蛋白质.利用MALDI-TOF-TOFMS分析这些差异蛋白,获得了大量小肽的序列特... 为了研究家蚕孤雌生殖的调节机制,应用二维凝胶电泳(2DE)技术分离正常生殖的家蚕卵与孤雌生殖家蚕卵的差异蛋白质,在蛋白质水平上筛选与家蚕孤雌生殖过程相关的重要蛋白质.利用MALDI-TOF-TOFMS分析这些差异蛋白,获得了大量小肽的序列特征.BLAST搜索本实验室构建的cDNA文库,获得了1个与家蚕孤雌生殖相关的核糖体蛋白L7基因.根据已有的cDNA文库,采用RACE方法克隆得到该核糖体蛋白基因的全长cDNA.利用生物信息学的方法和工具,对这个基因在核酸水平和蛋白质水平分别作了详细的分析和讨论并进行蛋白结构预测.结果表明,核糖体L7基因的cDNA全长为858bp,编码区包含6个外显子,共编码268个氨基酸残基,蛋白的疏水性平均值为-0.586,分子量大小为30kD,极性的最大值为39.616,最小值为0.451,等电点为10.52.分子系统分析显示,该蛋白与Apis,Lysiphlebus和Meladema中的核糖体蛋白L7具有较高的同源性. 展开更多

关键词 家蚕 孤雌生殖 TOF-TOF 核糖体蛋白L7基因 生物信息学

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乳腺癌癌症干细胞的特异基因识别 被引量：2

12

作者 郭鹏飞 贺平安 《浙江理工大学学报（自然科学版）》 2017年第3期451-460,共10页

乳腺癌是一种严重威胁女性健康的恶性肿瘤,癌症干细胞假说的提出为乳腺癌的起因以及治疗提供了新的模型。对746个乳腺癌样本中的18409个基因和1035个miRNAs,通过生物信息学方法构建共表达网络,将其划分到不同的共表达模块中;利用胚胎干... 乳腺癌是一种严重威胁女性健康的恶性肿瘤,癌症干细胞假说的提出为乳腺癌的起因以及治疗提供了新的模型。对746个乳腺癌样本中的18409个基因和1035个miRNAs,通过生物信息学方法构建共表达网络,将其划分到不同的共表达模块中;利用胚胎干细胞和间充质干细胞的特性进一步筛选模块,得到两个大小分别为2019和859且与上述两类干细胞相关的基因集;最后通过构建这两个基因集的调控网络,筛选出两个胚胎干细胞的特异性关键基因TPX2和MCM10,以及间充质干细胞的特异基因COL5A2。这些基因可以作为癌症干细胞的候选特异性标志物,有望成为潜在的乳腺癌治疗标靶。 展开更多

关键词 乳腺癌 胚胎干细胞 间充质干细胞 基因调控网络 关键基因

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基于改进的多元关联分析模型的多种精神疾病相关基因识别

13

作者 赵国英 贺平安 《浙江理工大学学报（自然科学版）》 2022年第6期923-930,共8页

基于基因的多元关联分析(Multivariate gene-based association analysis,MGAS)模型能有效地识别基因与表型之间的相关性,然而现有MGAS模型在多元关联分析时会剔除很多相关性数值个数小于疾病种类数目的单核苷酸多态性(Single nucleotid... 基于基因的多元关联分析(Multivariate gene-based association analysis,MGAS)模型能有效地识别基因与表型之间的相关性,然而现有MGAS模型在多元关联分析时会剔除很多相关性数值个数小于疾病种类数目的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)位点。针对多元关联分析中潜在SNP位点缺失的问题,利用数据填充的方法改进了MGAS模型,并将其应用于6类精神疾病的基因与表型相关性的识别。通过对比改进的MGAS模型与原有模型得到的Top显著基因发现,改进的MGAS模型提高了多元关联分析与疾病相关基因的识别能力,有助于发现多种疾病间的潜在的风险基因,为疾病的预防、诊断和治疗研究提供新的工具和思路。 展开更多

关键词 精神疾病 多元关联分析 MGAS模型 显著基因 数据填充

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矩阵填充算法在抗癌药物敏感性研究中的运用 被引量：1

14

作者 黄莉 贺平安 《浙江理工大学学报（自然科学版）》 2017年第6期881-887,共7页

从不完整的数据推断完整有效的数据,继而对原始数据给出可靠的分析是一个重要的数学问题。根据低秩矩阵填充算法,提出一种融合癌细胞系基因表达数据相似性信息的低秩矩阵填充算法。应用该算法对癌细胞系与抗癌药物反应的敏感性缺失数据... 从不完整的数据推断完整有效的数据,继而对原始数据给出可靠的分析是一个重要的数学问题。根据低秩矩阵填充算法,提出一种融合癌细胞系基因表达数据相似性信息的低秩矩阵填充算法。应用该算法对癌细胞系与抗癌药物反应的敏感性缺失数据进行恢复,并对相对反应低的数值进行重评估。利用均方根误差和10倍交叉验证法评估该算法,结果显示该算法比已有算法的均方根误差减少22.7%,说明该算法具有很好的数据恢复效果。 展开更多

关键词 抗癌药物敏感性 低秩矩阵填充 癌细胞系 10倍交叉验证 均方根误差

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蛋白质序列的图形表示及相似性分析

15

作者 强静 贺平安 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2010年第5期673-677,共5页

基于20个氨基酸的3个理化性质,给出了一种蛋白质序列的三维图形表示。在此基础上,进一步利用数学方法对所得到的蛋白质序列曲线进行了数值刻画;最后,基于这种数学描述,对9个不同物种的线粒体NADH脱氢酶进行了相似性分析。

关键词 蛋白质序列 图形表示 数学描述 相似性分析

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基于广义迭代函数的蛋白质分析及其应用

16

作者 黄嘉禾 贺平安 《浙江理工大学学报（自然科学版）》 2019年第2期269-276,共8页

通过将蛋白质图形表示中的迭代函数推广到高维空间,提出了一种适用范围更加广泛的广义迭代函数,该函数能反映空间中坐标不同压缩比例与不同氨基酸残基理化性质参数。应用该广义迭代函数和氨基酸残基的某些理化指标,得到了一种新的蛋白... 通过将蛋白质图形表示中的迭代函数推广到高维空间,提出了一种适用范围更加广泛的广义迭代函数,该函数能反映空间中坐标不同压缩比例与不同氨基酸残基理化性质参数。应用该广义迭代函数和氨基酸残基的某些理化指标,得到了一种新的蛋白质序列图形表示。研究结果表明,该图形表示反映了对应蛋白质序列的主要信息。应用该蛋白质图形表示方法和相应的数值刻画,比较了10种物种的ND5蛋白质序列相似性,并分析这些物种的进化关系。与经典的蛋白质多重序列比对ClustalW方法的比较结果表明,该方法对蛋白序列相似性比较和物种进化分析是可靠且有效的。 展开更多

关键词 蛋白质序列 非序列比对 图形表示 广义迭代函数方法 相似性比较

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基于密码子特征的蛋白质序列图形表示

17

作者 朱正阳 贺平安 《浙江理工大学学报（自然科学版）》 2018年第4期474-483,共10页

根据密码子碱基位置特征和氨基酸的疏水性指数值,20种氨基酸被映射为3维空间中的向量,提出一种新的迭代函数关系将氨基酸序列转化为三维空间中的一条曲线,获得一种新的蛋白质图形表示方法。对蛋白质图形,利用闵可夫斯基距离刻画两个3维... 根据密码子碱基位置特征和氨基酸的疏水性指数值,20种氨基酸被映射为3维空间中的向量,提出一种新的迭代函数关系将氨基酸序列转化为三维空间中的一条曲线,获得一种新的蛋白质图形表示方法。对蛋白质图形,利用闵可夫斯基距离刻画两个3维曲线之间的距离,依此推断蛋白序列之间的差异性和物种之间的进化关系。将该方法分别应用在9个物种的ND5蛋白和12个物种的β-珠蛋白序列分析中,所得结果与ClustalW方法的结果以及其他文献中的结果对比后证明该文方法有效可行。 展开更多

关键词 密码子特征 蛋白质序列 图形表示 相似性分析

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基于网络间随机游走算法的lncRNA与疾病关系预测

18

作者 尚敏 贺平安 《浙江理工大学学报（自然科学版）》 2020年第5期693-700,共8页

通过构造疾病之间、lncRNA之间、基因之间的相似性网络模型,根据已有三者之间的相互关联数据,引入网络间随机游走算法预测潜在与疾病相关的lncRNA。将该算法应用到已有数据库中的lncRNA与疾病关联信息数据上,通过10倍交叉验证和AUC评估... 通过构造疾病之间、lncRNA之间、基因之间的相似性网络模型,根据已有三者之间的相互关联数据,引入网络间随机游走算法预测潜在与疾病相关的lncRNA。将该算法应用到已有数据库中的lncRNA与疾病关联信息数据上,通过10倍交叉验证和AUC评估该算法。结果表明:与其他算法相比,该算法在10倍交叉验证下有更优的AUC值,显示该算法具有良好的预测性能。进一步应用该算法预测了与胃癌和结直肠癌相关的lncRNA,结果与已知的医学数据一致,表明该算法对于新疾病相关lnRNA的预测结果是有效的。 展开更多

关键词 疾病 基因 长链非编码RNA 网络模型 网络间随机游走 相似性 预测

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基于矩阵填充算法的抗癌药物敏感性预测

19

作者 徐慧 贺平安 《浙江理工大学学报（自然科学版）》 2020年第2期277-282,共6页

在已有矩阵填充模型的基础上,融入癌细胞系的相似性信息与抗癌药物的相似性信息,提出了一种低秩矩阵填充模型,用于预测因受试验条件等影响而缺失的抗癌药物敏感性数据。将模型应用在CGP数据库中有缺失值的抗癌药物敏感性数据中,利用已... 在已有矩阵填充模型的基础上,融入癌细胞系的相似性信息与抗癌药物的相似性信息,提出了一种低秩矩阵填充模型,用于预测因受试验条件等影响而缺失的抗癌药物敏感性数据。将模型应用在CGP数据库中有缺失值的抗癌药物敏感性数据中,利用已有数据训练新模型的参数,并利用训练得到的最优参数对CGP数据库中的数据进行预测,得到最优近似值。结果表明,相较于其他模型,该模型能有效提高对缺失数据的填充效果。 展开更多

关键词 低秩矩阵填充 癌症细胞系 抗癌药物敏感性 相似性 抗癌药物 预测

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带载流导体微机电系统动态Pull-in阈值研究

20

作者 王重阳 贺平安 +1 位作者 张建明 张丽俊 《浙江理工大学学报（自然科学版）》 2020年第3期389-393,共5页

利用动力系统和微分方程定性理论研究了带载流导体微机电系统动态pull-in阈值。通过对系统轨线的分析,得到该系统集总参数存在唯一的阈值;分析该阈值与系统周期解、pull-in解和趋于平衡态解之间的关系,进一步得到当集总参数超过该阈值时... 利用动力系统和微分方程定性理论研究了带载流导体微机电系统动态pull-in阈值。通过对系统轨线的分析,得到该系统集总参数存在唯一的阈值;分析该阈值与系统周期解、pull-in解和趋于平衡态解之间的关系,进一步得到当集总参数超过该阈值时,系统发生动态pull-in。 展开更多

关键词 微机电系统 动力系统 周期解 动态pull-in

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