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胃癌VEGF通路相关基因的预后模型的构建 被引量：3
1
作者 田莲莲 朱军 +3 位作者 马骞 章屹然 王兆熹 陈睿 《空军医学杂志》 2021年第3期227-231,共5页
目的证实VEGF通路在胃癌发生发展中的作用,建立VEGF通路相关基因的预后风险模型,并且评价模型的预测价值和临床运用价值。方法下载TCGA公共数据库中胃癌的转录组数据和临床数据,使用GESA富集分析验证VEGF通路在胃癌组织样品和癌旁组织... 目的证实VEGF通路在胃癌发生发展中的作用,建立VEGF通路相关基因的预后风险模型,并且评价模型的预测价值和临床运用价值。方法下载TCGA公共数据库中胃癌的转录组数据和临床数据,使用GESA富集分析验证VEGF通路在胃癌组织样品和癌旁组织样品中的富集情况。单因素COX风险回归分析和生存曲线用来筛选胃癌预后相关基因,多因素COX比例风险回归模型确定VEGF通路相关基因胃癌预后模型。ROC曲线和森林图验证该模型的预测能力。最后绘制列线图验证模型的临床价值。结果在TCGA公共数据库下载了375例胃癌组织样品和32例癌旁正常组织样品及相应的临床数据。GESA富集显示:与正常组织比较,VEGF通路在胃癌组织中显著富集(P<0.05)。单因素COX风险回归分析结果表明有28个VEGF通路相关基因与胃癌预后息息相关。多因素COX比例风险回归模型确定预后模型风险值公式:ANKRD1,ITGAV,NOS3,NRP1,COL6A3和POSTN的基因表达量与其相应系数β相乘累加得到。生存曲线和受试者工作特征曲线(ROC)显示该模型可以准确预测胃癌患者预后,其中1、3年和5年的ROC曲线下面积(AUC)分别为65.4%,72.2%和73.0%。临床单因素和多因素COX风险回归分析显示:该模型可以成为独立于胃癌患者分级分期以外的预后因素。列线图显示:该模型具有较准确的临床运用前景。结论本研究从生物信息学角度进一步确定了VEGF通路在胃癌发生发展过程中起到重要作用,并且建立预后相关的预后模型,为临床基因检测和靶向治疗提供了新的视角。 展开更多
关键词 胃癌 VEGF通路基因 预后模型
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基于exoRBase外泌体数据库结直肠癌竞争性内源RNA网络构建及富集分析 被引量：3
2
作者 马骞 朱军 +3 位作者 蔡梦珊 郝俊 章屹然 陈睿 《陕西医学杂志》 CAS 2021年第7期797-801,共5页
目的:基于结直肠癌(CRC)患者和正常人血浆外泌体RNA筛选差异性RNA,构建竞争性内源RNA(ceRNA)网络,并进行富集分析。方法:利用exoRBase数据库中CRC患者和正常人血浆标本外泌体RNA[包括信使RNA(mRNA)、长链非编码RNA(lncRNA)、环状RNA(cir... 目的:基于结直肠癌(CRC)患者和正常人血浆外泌体RNA筛选差异性RNA,构建竞争性内源RNA(ceRNA)网络,并进行富集分析。方法:利用exoRBase数据库中CRC患者和正常人血浆标本外泌体RNA[包括信使RNA(mRNA)、长链非编码RNA(lncRNA)、环状RNA(circRNA)]表达谱,依据ceRNA假说构建CRC发生相关的ceRNA调控网络,并对网络中mRNA进行基因本体论(GO)注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,探索ceRNA网络的潜在功能。结果:共筛选出125个差异表达的mRNAs(DEmRNAs)、53个差异表达的lncRNAs(DElncRNAs)和81个差异表达的circRNAs(DEcircRNAs),并与其对应的miRNA预测数据构建ceRNA调控网络,再对ceRNA网络的25个共同差异表达mRNA进行富集分析。GO注释富集分析显示,CRC ceRNA网络中的外泌体mRNA与癌症相关通路主要富集在GTP结合蛋白RAN通路。KEGG通路富集分析显示,调控网络中差异表达的mRNAs主要富集于促分裂原活化蛋白激酶(MAPK)和血管内皮生长因子(VEGF)信号通路。结论:本研究确定了CRC发生相关的外泌体RNA并构建了相应的ceRNA调控网络,为进一步研究CRC转移进展提供了分子基础,同时为CRC的早期诊断提供了新型的液体活检生物学标志物。 展开更多
关键词 结直肠癌 新型诊断标志物 外泌体 竞争性内源RNA 富集分析 液体活检
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FBW7基因敲除的放射诱导性胃肠综合征小鼠肠道损伤变化及其机制
3
作者 章屹然 王兆熹 +3 位作者 彭涵 朱军 张健 李惠晨 《山东医药》 CAS 2022年第20期41-45,共5页
目的观察FBW7基因敲除的放射诱导性胃肠综合征(GIS)小鼠肠道损伤变化,并探讨相关机制。方法野生型雄性C57/BL小鼠15只纳入对照组,另选15只通过Cre/loxp系统进行FBW7肠道特异性基因敲除,作为实验组。对两组小鼠进行60Go全身照射,照射剂量... 目的观察FBW7基因敲除的放射诱导性胃肠综合征(GIS)小鼠肠道损伤变化,并探讨相关机制。方法野生型雄性C57/BL小鼠15只纳入对照组,另选15只通过Cre/loxp系统进行FBW7肠道特异性基因敲除,作为实验组。对两组小鼠进行60Go全身照射,照射剂量为8 Gy,建立GIS模型。比较两组小鼠的存活时间、体质量改变情况和腹泻情况以评价放射损伤;观察两组小鼠小肠段组织病理学情况,测量小肠绒毛长度、隐窝深度及小肠上皮细胞髓过氧化物酶(MPO)活性;采用ELISA法检测两组小肠上皮细胞中的IL-1β、IL-6、TNF-α;采用免疫组化染色观察并计数Ki-67、PCNA阳性细胞以反映肠道细胞增殖情况;采用TUNEL免疫荧光染色观察小肠上皮细胞凋亡情况,采用免疫组化法检测小肠上皮细胞中的Caspase-3、Bax蛋白。结果与对照组相比,实验组存活时间更长,体质量下降更快,腹泻评分降低,小肠组织病理学评分降低,肠道绒毛长度及小肠隐窝深度增高(P均<0.05)。实验组小肠上皮细胞MPO活性及IL-1β、IL-6、TNF-α表达低于对照组(P均<0.05)。实验组Ki-67、PCNA阳性细胞数量多于对照组,小肠上皮细胞凋亡数及Caspase-3、Bax蛋白相对表达量低于对照组(P均<0.05)。结论肠道FBW7基因敲除的GIS小鼠放射性肠道损伤程度减轻,炎症反应减轻,其机制可能与抑制小肠上皮细胞凋亡、促进肠道隐窝干细胞增殖有关。 展开更多
关键词 FBW7基因 泛素连接酶复合体 辐射损伤 胃肠综合征 放射疗法
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胃癌Wnt信号通路相关基因预后模型的构建
4
作者 田莲莲 朱军 +4 位作者 马骞 彭涵 章屹然 王兆熹 陈睿 《西安交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期252-257,共6页
目的验证Wnt信号通路在胃癌发生发展中的作用,建立胃癌Wnt信号通路相关基因预后模型,评价模型的预测价值。方法下载TCGA胃癌基因转录数据和生存资料,使用GSEA富集分析方法验证Wnt信号通路在胃癌组织样品和癌旁样品富集情况。采用单因素... 目的验证Wnt信号通路在胃癌发生发展中的作用,建立胃癌Wnt信号通路相关基因预后模型,评价模型的预测价值。方法下载TCGA胃癌基因转录数据和生存资料,使用GSEA富集分析方法验证Wnt信号通路在胃癌组织样品和癌旁样品富集情况。采用单因素COX回归分析和生存曲线分析初步筛选胃癌预后相关基因;使用多因素COX比例风险回归模型确定Wnt信号通路相关基因的预后模型;结合受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC)和森林图验证该模型的临床预测价值;该模型在GEO外部数据集中进行验证;应用实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)在8对临床胃癌和癌旁组织中检测Wnt信号通路相关基因的表达水平。结果下载32例胃癌癌旁的正常样品和375例癌组织样品及其相应的临床数据。GSEA富集分析显示,与正常组织相比,Wnt信号通路在胃癌组织中显著富集(P<0.05)。单因素COX分析结果表明,13个Wnt信号通路的基因与胃癌预后息息相关。多因素COX确定了模型由ETV2、SERPINE1、CPZ、VPS35和IGFBP1与其相应的系数β相乘累加得到。生存曲线和ROC曲线证明该模型可准确预测胃癌患者的预后,其中1年、3年和5年ROC下面积(area under curve,AUC)分别为68.0%、69.4%和78.5%。临床单因素和多因素COX分析表明,该模型可以成为独立于胃癌分级分期系统以外的独立预后因素。胃癌外部数据集(GSE84437)验证结果显示,该模型可以较好地预测胃癌患者预后。qPCR结果显示,与癌旁组织相比,ETV2、SERPINE1、CPZ、VPS35和IGFBP1在胃癌组织中表达上调。结论本研究从生物信息学角度进一步确定了Wnt信号通路在胃癌发生发展过程中的重要作用,并且建立了预后相关的预后模型,为临床基因检测、靶向治疗和个体化治疗提供了新的视角。 展开更多
关键词 胃癌 WNT信号通路 预后模型
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