coat-ε基因表达的蛋白是组成COPⅠ的coatomer复合体的一个亚基,为获得中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)coat-ε基因全长序列,采用cDNA末端快速扩增(Rapid amplification of cDNA end,RACE)技术,扩增出coat-ε基因的3端和5端,测序...coat-ε基因表达的蛋白是组成COPⅠ的coatomer复合体的一个亚基,为获得中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)coat-ε基因全长序列,采用cDNA末端快速扩增(Rapid amplification of cDNA end,RACE)技术,扩增出coat-ε基因的3端和5端,测序结果经DNAMAN比对拼接得出coat-ε基因全长,基因全长1402 bp,5非编码区(UTR)84 bp,3'非编码区(UTR)310 bp,开放阅读框1008 bp,预测编码335个氨基酸,其中,第230–300的氨基酸属于TPR超家族,Signal P 3.0 Server预测氨基酸序列没有信号肽,TMHMM Server v.2.0分析此氨基酸不存在跨膜结构,PSORTⅡPrediction预测该蛋白位于线粒体、细胞质、内质网中,属胞内蛋白。系统进化树显示,中国明对虾的coat-ε基因与节肢动物门的动物亲缘关系相近。采用实时荧光定量方法分析该基因在鳃、上皮、胃、肌肉、肝胰腺等不同组织中的相对表达,结果显示,coat-ε在肌肉中的相对转录表达量最高,在鳃和附肢的表达次之。本研究获得的中国明对虾coat-ε全长序列,可为该基因功能研究提供基础。展开更多
文摘coat-ε基因表达的蛋白是组成COPⅠ的coatomer复合体的一个亚基,为获得中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)coat-ε基因全长序列,采用cDNA末端快速扩增(Rapid amplification of cDNA end,RACE)技术,扩增出coat-ε基因的3端和5端,测序结果经DNAMAN比对拼接得出coat-ε基因全长,基因全长1402 bp,5非编码区(UTR)84 bp,3'非编码区(UTR)310 bp,开放阅读框1008 bp,预测编码335个氨基酸,其中,第230–300的氨基酸属于TPR超家族,Signal P 3.0 Server预测氨基酸序列没有信号肽,TMHMM Server v.2.0分析此氨基酸不存在跨膜结构,PSORTⅡPrediction预测该蛋白位于线粒体、细胞质、内质网中,属胞内蛋白。系统进化树显示,中国明对虾的coat-ε基因与节肢动物门的动物亲缘关系相近。采用实时荧光定量方法分析该基因在鳃、上皮、胃、肌肉、肝胰腺等不同组织中的相对表达,结果显示,coat-ε在肌肉中的相对转录表达量最高,在鳃和附肢的表达次之。本研究获得的中国明对虾coat-ε全长序列,可为该基因功能研究提供基础。
