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昆明市一起聚集性发热疫情中腺病毒3型Penton base、Hexon和Fiber基因遗传进化分析
1
作者 刘艳艳 古文鹏 +5 位作者 段忠文 王钰 龚娇 茶琦雁 吴林蔚 侯敏 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期241-248,共8页
目的对昆明市一起聚集性发热疫情样本进行腺病毒检测和遗传进化分析。方法采集典型发热患者咽拭子标本,使用微流体芯片技术进行30种常见呼吸道传染病病原体核酸检测。对腺病毒核酸阳性标本使用Nanopore三代高通量测序技术进行Penton bas... 目的对昆明市一起聚集性发热疫情样本进行腺病毒检测和遗传进化分析。方法采集典型发热患者咽拭子标本,使用微流体芯片技术进行30种常见呼吸道传染病病原体核酸检测。对腺病毒核酸阳性标本使用Nanopore三代高通量测序技术进行Penton base、Hexon和Fiber三个重要基因全长序列扩增、测定和分型鉴定,构建系统进化树,开展分子变异、遗传进化等分析。结果共采集5份标本,均检出呼吸道腺病毒及流感嗜血杆菌。对腺病毒进行Nanopore三代基因测序最终均获得Penton base、Hexon和Fiber基因全长编码区核苷酸序列,5份标本之间3个基因核苷酸相似性依次为100.0%、99.9%~100.0%和100.0%,氨基酸同源性均为100.0%;与HAdV3原型株(AY599834)核苷酸相似性最高,分别为98.6%、98.7%和98.9%。系统发育分析表明,3个基因系统进化树分析结果基本一致,人腺病毒3型(HAdV3)原型株单独一支,本研究中HAdV3序列均划分在同一进化分支上,与较早年份国外及中国台湾毒株亲缘关系较远,与近年国内外毒株亲缘关系较近,与2019年日本株(LC703523)和中国广州株(MZ540961)高度同源。与原型株比较分析昆明HAdV3氨基酸突变位点,Penton base有5处变异;Hexon有10处变异;Fiber有11处变异。结论本起疫情中的腺病毒在Penton base、Hexon和Fiber基因全长序列中型别分型结果一致,为P3H3F3型,与包括原型株在内的国内外HAdV3毒株显示出非常小的遗传变异。与原型株相比发生了多处氨基酸位点突变,并且多数氨基酸位点变异发生在蛋白质的高变区或功能区,其中Hexon蛋白中M7L为昆明序列独有氨基酸突变位点。 展开更多
关键词 人腺病毒3型 五邻体基座蛋白 六邻体蛋白 纤维蛋白 遗传进化
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2021年云南省手足口病病例中柯萨奇病毒A2型的测序定型和基因特征分析 被引量：2
2
作者 刘艳艳 杨善蕊 +6 位作者 段忠文 姜黎黎 周晓芳 寸建萍 伏晓庆 罗春蕊 田炳均 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期27-34,共8页
目的对2021年云南省昆明市及曲靖市手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例中非肠道病毒A组71型(enterovirus A71,EVA71)和非柯萨奇病毒A组16型(coxsackie-virus A16,CVA16)的其他肠道病毒进行VP4/VP2区及VP1区基因测序检测,... 目的对2021年云南省昆明市及曲靖市手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例中非肠道病毒A组71型(enterovirus A71,EVA71)和非柯萨奇病毒A组16型(coxsackie-virus A16,CVA16)的其他肠道病毒进行VP4/VP2区及VP1区基因测序检测,并对检测到的CVA2 VP1区基因进行基因进化分析,为CVA2的预防及控制提供实验室证据。方法按《手足口病实验室手册(2018年版)》,对2021年昆明市和曲靖市送到云南省疾病预防控制中心HFMD实验室的标本进行前处理,提取病毒RNA后,先用MD91/OL68-1引物扩增肠道病毒VP4/VP2结合区基因并测序,编辑后的序列在GenBank上搜索确定病毒型别,再用肠道病毒A组引物分两段扩增CVA2 VP1区基因完整序列并测序,通过肠道病毒在线定型工具(Enterovirus Genotyping tool Version 0.1)进行病毒型别确认。按文献下载CVA2 VP1区基因型/亚型代表株序列,Mega5.2软件构建基因进化树,分析病毒基因特征。结果共检测749份非EVA71和非CVA16的肠道病毒标本,两地皆以A组肠道病毒为主,B组肠道病毒有少量报告,CVA16居病原谱第一位。其中CVA25份,检出率为0.67%(5/749),为HFMD的稀有病原。VP4/VP2和VP1两个基因片段的测序检测、定型结果一致。基因特征分析表明,昆明市3株为基因型A,曲靖市2株为基因型D。结论2021年云南省HFMD监测网络中昆明市和曲靖市CVA2的检出率为0.67%,CVA2在这两个市是HFMD的稀有病原。基因进化分析表明,两个基因型分别在昆明市和曲靖市传播但尚未引起流行。昆明市CVA2基因型A为国内首次报道。加强云南省CVA2的实验室监测特别是分子流行病学监测,对追踪和分析病毒传染来源具有重要意义。 展开更多
关键词 手足口病 柯萨奇病毒A组2型 VP4/VP2 VP1 基因特征分析
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超声提取羟基红花黄色素A的工艺条件筛选 被引量：1
3
作者 徐忠亮 段忠文 《中国医药导刊》 2009年第4期666-666,588,共2页
目的:筛选超声提取纯化羟基红花黄色素A(HSYH)的最佳工艺条件。方法:用超声挺取法,以羟基红花黄色素HSYA百分含量为指标+,考查提取时间,提取次数,提取液用量,提取温度对HAYA纯化的影响。结果:红花黄色素A的最佳提取工艺为:加水8倍量,提... 目的:筛选超声提取纯化羟基红花黄色素A(HSYH)的最佳工艺条件。方法:用超声挺取法,以羟基红花黄色素HSYA百分含量为指标+,考查提取时间,提取次数,提取液用量,提取温度对HAYA纯化的影响。结果:红花黄色素A的最佳提取工艺为:加水8倍量,提取温度为30℃,提取次数为3次,时间为1h/次。结论:通过6次验证试验红花黄色素A含量平均值为16.157mg/g,表明该工艺稳定,重现性好。 展开更多
关键词 纯化羟基红花黄色素A 超声提取 正交试验
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2020年昆明市游泳场所水质卫生监测结果分析 被引量：2
4
作者 李光花 刘银权 +4 位作者 李领鑫 陶艳萍 梁孟军 段忠文 欧利华 《中国卫生监督杂志》 2022年第1期76-80,共5页
目的了解2020年昆明市游泳池水质卫生状况,为游泳池水质卫生监督管理提供科学依据,保障游泳人群的身体健康。方法按照(GB/T 18204—2013)《公共场所卫生检验方法》、(GB/T 5750—2006)《生活饮用水标准检验方法》进行采样并对游泳池水... 目的了解2020年昆明市游泳池水质卫生状况,为游泳池水质卫生监督管理提供科学依据,保障游泳人群的身体健康。方法按照(GB/T 18204—2013)《公共场所卫生检验方法》、(GB/T 5750—2006)《生活饮用水标准检验方法》进行采样并对游泳池水中尿素、游离性余氯、浑浊度、pH值、菌落总数及大肠菌群等6项指标进行检测,依据(GB 37488—2019)《公共场所卫生指标及限值要求》对检测结果进行评价。结果2020年7—10月监测水样共385份,合格率分别为73.68%、83.65%、87.10%、89.25%,合格率平均值为83.38%,每月合格率间差异具有统计学意义(χ^(2)=9.69,P<0.05)。高校游泳池、健身房游泳池、酒店游泳池、公共游泳池和其他游泳池水质合格率分别为100%、74.28%、85.71%、88.68%和77.59%,差异无统计学意义(χ^(2)=8.36,P>0.05)。按监测时期可分为高峰期与平峰期,其合格率分别为78.89%和88.17%,差异具有统计学意义(χ^(2)=5.79,P<0.05)。结论2020年昆明市游泳池水质卫生状况不容乐观,需要继续加强游泳池水质卫生监督管理,降低游泳场所暴发危害健康事故的风险。 展开更多
关键词 游泳池 水质 监测 监督管理
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云南省2021年手足口病病例8株埃可病毒18型分离株基因特征 被引量：1
5
作者 刘艳艳 杨善蕊 +3 位作者 段忠文 姜黎黎 伏晓庆 张勇 《中国疫苗和免疫》 CSCD 北大核心 2022年第5期503-508,共6页
目的分析云南省2021年手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)病例埃可病毒18型(Echovirus 18,E18)分离株基因特征。方法从2021年云南省2个市州HFMD病例粪便标本中分离E18;对VP1区基因进行扩增、测序和拼接,获得全序列;构建E18分... 目的分析云南省2021年手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)病例埃可病毒18型(Echovirus 18,E18)分离株基因特征。方法从2021年云南省2个市州HFMD病例粪便标本中分离E18;对VP1区基因进行扩增、测序和拼接,获得全序列;构建E18分离株与GenBank中参考株的系统进化树,分析基因特征。结果从HFMD病例中获得8株E18分离株,其完整VP1区序列的核苷酸、氨基酸同源性分别为96.75%-99.77%、97.21%-100%;与原型株Metcalf相比的核苷酸、氨基酸同源性分别为77.24%-78.63%、91.99%-93.73%。基于VP1区分型,8株分离株均属于基因型5分支2,且在VP1区存在特有的氨基酸位点变异(T80A、I240V、T274S和H281R)。结论本研究E18分离株属于基因型5,可能在环境中循环了一段时间。需进一步加强HFMD病例E18监测和分子生物学特征研究。 展开更多
关键词 手足口病 埃可病毒18型 基因特征
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BD MAX全自动工作站在肠道病毒检测中的优势
6
作者 刘艳艳 侯敏 +5 位作者 陈春燕 段忠文 李桂满 张艳 李育芬 颜军 《中国热带医学》 CAS 2021年第10期956-958,980,共4页
目的比较常规检测方法与BD MAX全自动工作站在手足口病病原学检测中的差异,探讨应用BD MAX全自动工作站检测肠道病毒的可行性。方法收集2017年1月—2020年9月昆明市临床诊断为手足口病病例的标本,随机选择136份,以实验室常规采用的实时... 目的比较常规检测方法与BD MAX全自动工作站在手足口病病原学检测中的差异,探讨应用BD MAX全自动工作站检测肠道病毒的可行性。方法收集2017年1月—2020年9月昆明市临床诊断为手足口病病例的标本,随机选择136份,以实验室常规采用的实时荧光PCR检测方法和BD MAX全自动工作站方法,对结果进行Cohen’s kappa一致性分析;用无酶水对检测试剂盒提供的U/CA16/EV71假病毒阳性对照做10倍梯度稀释,记录各稀释度检测结果;随机取两份阳性标本,分别用两种方法平行重复检测10次,计算Ct值的平均值和变异系数,进行重复性分析。结果两种方法对肠道病毒U/CA16/EV71的检测结果一致性好,Cohen’s kappa值为0.889,95%置信区间(95%CI)为0.803~0.976;两种方法检测CA16的敏感性一致,常规方法检测EV71和U的敏感性略高于BD MAX方法;在CA16标本的检测中,常规检测方法变异系数CV(通用型)=1.07%、CV CA16=0.62%,BD MAX方法 CV(通用型)=1.63%、CV CA16=2.19%;在EV71标本的检测中,常规检测方法变异系数CV(通用型)=1.28%、CV EV71=1.20%,BD MAX方法 CV(通用型)=2.37%、CV EV71=1.73%。结论 BD MAX全自动工作站检测结果较为准确,敏感性、重复性好,人工操作少,便于标准化推广,且耗时短,在小批量标本的病原检测及暴发疫情或应急检测中具备较好优势。 展开更多
关键词 手足口病 BD MAX全自动工作站 实时荧光PCR 肠道病毒
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三网融合背景下数字电视终端技术的发展分析
7
作者 段忠文 《通讯世界》 2017年第18期96-96,共1页
三网融合是将计算机网络技术、电信网技术和有线电视网技术的互相融合,是当前全世界的电视、电信、广播行业发展的必然趋势,在三网融合的背景下,数字电视终端技术也被普遍使用,数字电视行业得到迅速发展。本文主要介绍了我国三网融合背... 三网融合是将计算机网络技术、电信网技术和有线电视网技术的互相融合,是当前全世界的电视、电信、广播行业发展的必然趋势,在三网融合的背景下,数字电视终端技术也被普遍使用,数字电视行业得到迅速发展。本文主要介绍了我国三网融合背景以及三网融合下数字电视终端技术的设计方向。 展开更多
关键词 三网融合 数字电视 终端技术发展
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