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油棕^(Δ)9硬脂酰-ACP脱氢酶基因(SAD)鉴定及表达分析
1
作者 周丽霞 曾春茹 +2 位作者 吴秋妃 曹红星 杨耀东 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2024年第17期5604-5609,共6页
9硬脂酰-ACP脱氢酶(SAD)是调控油棕果实不饱和脂肪酸合成和积累的关键酶,鉴定油棕EgSAD家族成员,对其理化性质及表达模式的分析对EgSAD的基因功能及调控机制研究提供信息。本研究在全基因组范围内鉴定获得4个EgSAD基因,EgSAD1定位在油棕... 9硬脂酰-ACP脱氢酶(SAD)是调控油棕果实不饱和脂肪酸合成和积累的关键酶,鉴定油棕EgSAD家族成员,对其理化性质及表达模式的分析对EgSAD的基因功能及调控机制研究提供信息。本研究在全基因组范围内鉴定获得4个EgSAD基因,EgSAD1定位在油棕2号染色体上,EgSAD2定位在7号染色体上,Eg SAD4定位在11号染色体上,Eg SAD1有2个外显子,EgSAD2~EgSAD4有3个外显子。4个油棕EgSAD蛋白均定位在细胞核,油棕EgSAD1~EgSAD4蛋白质大小分别为471、393、391和399 aa,EgSAD1和Eg SAD2的等电点分别为6.05、EgSAD3和EgSAD4的等电点分别为5.99和7.13,分子量分别为43.41、45.01、44.94和45.92 kD。EgSAD2在油棕中果皮的4个时间点均超高量表达,其余3个基因在各组织中只有微量表达或不表达,该结果为油棕Eg SAD基因调控不饱和脂肪酸合成的分子机理解析理论依据。 展开更多
关键词 油棕 SAD基因 生物信息学 表达分析
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油棕脂氧合酶(LOX)家族成员全基因组鉴定及表达分析
2
作者 周丽霞 吴秋妃 +2 位作者 曾春茹 曹红星 李睿 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2024年第20期6719-6730,共12页
为了明确油棕LOX基因种类、特性及其在油棕生长发育中的调控作用,本研究以拟南芥LOX蛋白序列为标签,在油棕全基因组数据库中BLAST同源LOX蛋白序列,并通过CDD和PFAM数据库对LOX蛋白序列进行分析,利用生物信息学对油棕LOX家族成员进行染... 为了明确油棕LOX基因种类、特性及其在油棕生长发育中的调控作用,本研究以拟南芥LOX蛋白序列为标签,在油棕全基因组数据库中BLAST同源LOX蛋白序列,并通过CDD和PFAM数据库对LOX蛋白序列进行分析,利用生物信息学对油棕LOX家族成员进行染色体定位、进化树、基因结构及保守结构域等可视化分析。结果表明,共获得75个油棕LOX基因,其中有61个基因在油棕的15条染色体上分布不均匀,在12号染色体上分布的基因最多,为10个;基因长度范围为1550~99179 bp,外显子数目为1~24个;油棕LOX基因家族共含有10个motif保守基序;通过预测蛋白的二级结构,发现EgLOX蛋白均存在α-螺旋、β-转角、无规卷曲及延伸链这4种结构,其中57个蛋白以无规卷曲为主要结构,18个蛋白以α-螺旋为主要结构,而β-转角及延伸链所占比例均较少;通过表达模式分析发现EgLOX基因在油棕中果皮、果仁、根、叶、茎和花中均有不同程度的表达,具有组织和时空表达特异性。基因重复和组织表达特异性是油棕EgLOX基因家族的两大特点,推测该家族基因在油棕脂质降解过程中起调控作用。本研究为油棕LOX的功能研究提供一定的参考。 展开更多
关键词 油棕 脂氧合酶(LOX) 生物信息学 表达分析
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椰肉糖生物合成的转录组学和代谢组学联合分析
3
作者 周丽霞 曾春茹 +3 位作者 吕湘 孙熹微 李静 杨耀东 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2024年第19期6301-6309,共9页
为探明香型和非香型椰肉中糖的组分及其分子合成机理,本研究借助转录组学和代谢组学联合分析方法,共获得14种显著差异糖代谢物,以非香型椰肉为对照,香型椰肉中蔗糖、果糖、海藻糖、1-磷酸甘露糖、二磷酸尿苷乙酰氨基葡萄糖和尿苷二磷酸... 为探明香型和非香型椰肉中糖的组分及其分子合成机理,本研究借助转录组学和代谢组学联合分析方法,共获得14种显著差异糖代谢物,以非香型椰肉为对照,香型椰肉中蔗糖、果糖、海藻糖、1-磷酸甘露糖、二磷酸尿苷乙酰氨基葡萄糖和尿苷二磷酸葡萄糖含量上升,腺苷二磷酸葡萄糖含量下降,差异表达分别为2.51、2.13、1.18、1.33、8.37、3.41和1.63倍。共鉴定出16个差异表达基因,其中蔗糖合成酶基因SS表达量上升,蔗糖含量升高,呈正向调控;蔗糖合成酶基因SS和果糖合成酶基因HK上调,果糖含量升高,呈正相关关系;甘露糖苷酶基因MAN下调,己糖激酶基因HK上调,1-磷酸甘露糖含量升高,分别呈负相关和正相关关系;葡糖醛酸4-差向异构酶基因GAE下调,腺苷二磷酸葡萄糖含量降低,呈正相关关系;尿苷二磷酸-葡萄糖6-脱氢酶基因UGDH下调,尿苷二磷酸葡萄糖含量升高,呈负相关关系。该研究为深入阐述糖合成的分子调控机理提供依据。 展开更多
关键词 椰肉 转录组-代谢组学 糖代谢产物 荧光定量PCR
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基于非靶向代谢组学的椰肉代谢产物差异分析
4
作者 周丽霞 曾春茹 +1 位作者 孙熹微 杨耀东 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2024年第18期5985-5993,共9页
为探明香型和非香型椰肉中代谢产物种类及差异,本研究利用非靶向代谢组学分析方法,通过主成分分析、正交偏最小二乘判别分析,构建多变量统计分析模型。结果表明,共获得51种显著差异代谢物,包括脂类16种、氨基酸及衍生物8种、黄酮类10种... 为探明香型和非香型椰肉中代谢产物种类及差异,本研究利用非靶向代谢组学分析方法,通过主成分分析、正交偏最小二乘判别分析,构建多变量统计分析模型。结果表明,共获得51种显著差异代谢物,包括脂类16种、氨基酸及衍生物8种、黄酮类10种、糖类14种、醇类3种。通过KEGG对显著差异代谢物进行代谢通路富集分析,发现9条代谢途径,分别为组氨酸生物合成、半胱氨酸生物合成、氰基氨基酸生物合成、脂类生物合成、糖类生物合成、黄酮类生物合成、谷氨酸新陈代谢、ABC转运器和转移核糖核酸。其中,差异最显著的代谢途径是糖类生物合成,P值为0.003 4,与非香型椰肉相比,香型椰肉中单糖(果糖,葡萄糖等)、二糖(蔗糖,海藻糖等)的含量呈上调趋势,腺苷二磷酸葡萄糖呈下调趋势。本研究为阐明脂肪酸和糖合成的分子调控机理提供一定的参考。 展开更多
关键词 椰肉 非靶向代谢组学 代谢产物 差异分析
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椰子CnRADIALIS-like转录因子的克隆与表达分析 被引量：1
5
作者 郭树宽 曾春茹 +3 位作者 吴翼 李静 李新国 杨耀东 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2021年第9期2478-2486,共9页
本研究依据前期已经完成的4个品种椰子外果皮转录组测序数据结果,筛选获得在4个品种椰子外果皮中表达水平显著差异的MYB类基因CnRADIALIS-like。从椰子(Cocos nucifera L.)外果皮中克隆获得CnRADIALIS-like,序列分析显示,CnRADIALIS-lik... 本研究依据前期已经完成的4个品种椰子外果皮转录组测序数据结果,筛选获得在4个品种椰子外果皮中表达水平显著差异的MYB类基因CnRADIALIS-like。从椰子(Cocos nucifera L.)外果皮中克隆获得CnRADIALIS-like,序列分析显示,CnRADIALIS-like基因的开放阅读框(ORF)长288 bp,编码95个氨基酸。结构域分析显示,CnRADIALIS-like含有1个典型的SANT/MYB结构域,属于MYB转录因子家族中的I-box-binding-MYB型。多序列比对发现,CnRADIALIS-like氨基酸序列与油棕MYB-RADIALIS(RAD)氨基酸序列相似度最高。理化性质、亲/疏水性和无序化分析显示,CnRADIALIS-like转录因子是亲水性蛋白且偏碱性,存在无序化区域。信号肽和跨膜结构域分析表明,其不存在信号肽和跨膜结构域。空间结构分析显示,CnRADIALIS-like有典型的α-螺旋结构。实时荧光定量PCR(qRT-PCR)显示,CnRADIALIS-like基因在4个品种椰子外果皮中的表达量存在显著差异,在红矮椰子中表达量最高,红矮椰子不同组织中在外果皮表达量最高。该基因的表达在红矮椰果从幼果至成熟果的3个发育阶段依次降低,套袋条件下表达量低于正常光照条件下,表明该基因可能与光形态下细胞发育及代谢产物合成存在相关作用。通过对该基因的生物信息功能进行分析,为深入研究其功能及作用机制提供参考,同时以期为深入剖析椰子的外果皮颜色形成机制提供重要的理论依据。 展开更多
关键词 椰子 外果皮颜色 MYB家族 RAD蛋白
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