目的对2021年采集于我国福建的A组轮状病毒(group A rotavirus,RVA)G3P[8]毒株FJ21351116进行全基因组分子特征分析。方法使用高灵敏度A组轮状病毒全基因组测序方法对FJ21351116进行全基因组测序。用MEGA11.0、Geneious9.0.2和DNASTAR...目的对2021年采集于我国福建的A组轮状病毒(group A rotavirus,RVA)G3P[8]毒株FJ21351116进行全基因组分子特征分析。方法使用高灵敏度A组轮状病毒全基因组测序方法对FJ21351116进行全基因组测序。用MEGA11.0、Geneious9.0.2和DNASTAR软件通过核酸序列分析评估病毒的基因组特征。使用BioEdit v.7.0.9.0和PyMOL v.2.5.2分析VP7和VP4(VP8*)的中和表位。结果我国福建RVA毒株FJ21351116基因型为G3-P[8]-I2-R2-C2-M2-A2-N2-T2-E2-H2,系统进化分析显示,FJ21351116株的VP7、VP4、VP3、NSP2-NSP5基因与近几年日本检测到的马样DS-1样G3P[8]基因存在亲缘关系。而VP6、VP1、VP2、NSP1基因与大部分国家G2P[4]的相应基因亲缘关系近,特别是新加坡,表明该毒株是马样G3P[8]毒株与G2P[4]毒株共感染过程中通过基因重配形成的。FJ21351116的VP7/VP4基因与Rotarix和RotaTeq疫苗的进化分析表明,VP7和VP4(VP8*)中和抗原表位与疫苗氨基酸位点均存在多个突变。推测Rotarix和RotaTeq疫苗针对马样DS-1样G3P[8]RVA的保护效果不佳,且与Rotarix的中和抗原表位氨基酸差异高于RotaTeq。结论本研究发现一例中国罕见的DS-1样G3P[8]型RVA毒株,且疫苗株可能对其保护效果差,强调了持续监测RVA毒株及研发高效覆盖面全的RVA疫苗的重要性。展开更多
目的研究我国一例G1P[8]基因型A组轮状病毒(group A rotvirus,RVA)SC18511073的序列特征及进化规律,分析SC18511073与RotaTeq^(TM)和Rotarix^(TM)疫苗的抗原表位之间的差异。方法用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)对SC18511073的11个节...目的研究我国一例G1P[8]基因型A组轮状病毒(group A rotvirus,RVA)SC18511073的序列特征及进化规律,分析SC18511073与RotaTeq^(TM)和Rotarix^(TM)疫苗的抗原表位之间的差异。方法用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)对SC18511073的11个节段进行RT-PCR扩增,利用在线RVA自动分型工具对其分型,采用DNAstar5.1和Mega11.0等软件对11个节段进行同源性及遗传进化分析。结果SC18511073全基因组基因型为G1P[8]-I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E2-H1,NSP4为E2型。VP7和NSP3与同年份四川流行G1P[8]-E1型毒株同源性较高,系统进化树显示位于同一分支,其余9个基因节段均与我国流行的G9P[8]-E2型RVA高度同源,且归属于同一进化分支。SC18511073与RotaTeq^(TM)和Rotarix^(TM)在VP7的抗原表位中7-1a和7-2区域存在5个氨基酸差异;VP4蛋白裂解后的VP8^(*)抗原表位中8-1、8-3区域存在差异。结论我国2018年RVA毒株SC18511073为罕见的G1P[8]-E2型,推测是由G1P[8]-E1基因型与G9P[8]-E2基因型RVA毒株共感染过程中VP7和NSP3节段发生重配产生的新型毒株。SC18511073与RotaTeq^(TM)和Rotarix^(TM)在VP7和VP4上的抗原表位存在较多氨基酸位点差异。展开更多
文摘目的对2021年采集于我国福建的A组轮状病毒(group A rotavirus,RVA)G3P[8]毒株FJ21351116进行全基因组分子特征分析。方法使用高灵敏度A组轮状病毒全基因组测序方法对FJ21351116进行全基因组测序。用MEGA11.0、Geneious9.0.2和DNASTAR软件通过核酸序列分析评估病毒的基因组特征。使用BioEdit v.7.0.9.0和PyMOL v.2.5.2分析VP7和VP4(VP8*)的中和表位。结果我国福建RVA毒株FJ21351116基因型为G3-P[8]-I2-R2-C2-M2-A2-N2-T2-E2-H2,系统进化分析显示,FJ21351116株的VP7、VP4、VP3、NSP2-NSP5基因与近几年日本检测到的马样DS-1样G3P[8]基因存在亲缘关系。而VP6、VP1、VP2、NSP1基因与大部分国家G2P[4]的相应基因亲缘关系近,特别是新加坡,表明该毒株是马样G3P[8]毒株与G2P[4]毒株共感染过程中通过基因重配形成的。FJ21351116的VP7/VP4基因与Rotarix和RotaTeq疫苗的进化分析表明,VP7和VP4(VP8*)中和抗原表位与疫苗氨基酸位点均存在多个突变。推测Rotarix和RotaTeq疫苗针对马样DS-1样G3P[8]RVA的保护效果不佳,且与Rotarix的中和抗原表位氨基酸差异高于RotaTeq。结论本研究发现一例中国罕见的DS-1样G3P[8]型RVA毒株,且疫苗株可能对其保护效果差,强调了持续监测RVA毒株及研发高效覆盖面全的RVA疫苗的重要性。
文摘目的研究我国一例G1P[8]基因型A组轮状病毒(group A rotvirus,RVA)SC18511073的序列特征及进化规律,分析SC18511073与RotaTeq^(TM)和Rotarix^(TM)疫苗的抗原表位之间的差异。方法用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)对SC18511073的11个节段进行RT-PCR扩增,利用在线RVA自动分型工具对其分型,采用DNAstar5.1和Mega11.0等软件对11个节段进行同源性及遗传进化分析。结果SC18511073全基因组基因型为G1P[8]-I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E2-H1,NSP4为E2型。VP7和NSP3与同年份四川流行G1P[8]-E1型毒株同源性较高,系统进化树显示位于同一分支,其余9个基因节段均与我国流行的G9P[8]-E2型RVA高度同源,且归属于同一进化分支。SC18511073与RotaTeq^(TM)和Rotarix^(TM)在VP7的抗原表位中7-1a和7-2区域存在5个氨基酸差异;VP4蛋白裂解后的VP8^(*)抗原表位中8-1、8-3区域存在差异。结论我国2018年RVA毒株SC18511073为罕见的G1P[8]-E2型,推测是由G1P[8]-E1基因型与G9P[8]-E2基因型RVA毒株共感染过程中VP7和NSP3节段发生重配产生的新型毒株。SC18511073与RotaTeq^(TM)和Rotarix^(TM)在VP7和VP4上的抗原表位存在较多氨基酸位点差异。
