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人脐带间充质干细胞外泌体的鉴定及其作用于肺动脉高压的生物信息学分析
1
作者
吴璐瑶
黎伟文
+2 位作者
肖梦媛
邓少东
陈建英
《中国现代应用药学》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第4期433-442,共10页
目的探讨人脐带间充质干细胞外泌体(human umbilical cord mesenchymal stem cell exosomes,hUCMSC-Exo)缓解肺动脉高压(pulmonary hypertension,PH)的潜在分子作用机制。方法对hUCMSC-Exo进行提取、鉴定及高通量测序。利用GeneCards搜...
目的探讨人脐带间充质干细胞外泌体(human umbilical cord mesenchymal stem cell exosomes,hUCMSC-Exo)缓解肺动脉高压(pulmonary hypertension,PH)的潜在分子作用机制。方法对hUCMSC-Exo进行提取、鉴定及高通量测序。利用GeneCards搜索PH作用靶点,在GEO数据库下载PH相关芯片(GSE53408、GSE113439),经过批次校正后筛选出差异基因。GeneCards和GEO数据库以及hUCMSC-Exo所含miRNAs预测的靶向调控的mRNAs取交集,构建蛋白互作网络筛选出hUCMSC-Exo作用于PH的关键靶点,并进行GO和KEGG富集分析。结果测序得到hUCMSC-Exo中43个高表达的miRNAs,其中17个miRNAs可作用于PH,发现其作用机制可能与前列腺癌、HIF-1信号通路、PI3K-Akt信号通路、癌症的蛋白多糖和癌症通路等相关。结论本研究可为hUCMSC-Exo防治PH的临床研究提供新思路。
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关键词
肺动脉高压
人脐带间充质干细胞
外
泌
体
外
泌
体测
序
生物信息学
原文传递
张应力下大鼠髁突软骨细胞外泌体微RNA表达谱分析
2
作者
施源
邵佳琪
+2 位作者
张佳男
张赞赞
卢海平
《中华口腔医学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第1期57-63,共7页
目的分析静止和循环张应力条件下大鼠髁突软骨细胞(mandibular condylar chondrocytes, MCC)外泌体显著差异微RNA(microRNA, miRNA)的表达谱并探究张应力调节髁突软骨内成骨的作用机制。方法分别选择5只2周龄雄性SD大鼠(共10只)在静止...
目的分析静止和循环张应力条件下大鼠髁突软骨细胞(mandibular condylar chondrocytes, MCC)外泌体显著差异微RNA(microRNA, miRNA)的表达谱并探究张应力调节髁突软骨内成骨的作用机制。方法分别选择5只2周龄雄性SD大鼠(共10只)在静止和循环张应力条件下培养大鼠MCC, 提取细胞外泌体, 两组外泌体分别命名为对照组和实验组。采用透射电子显微镜、纳米流式检测仪、纳米颗粒追踪分析等方法观察并鉴定, 通过高通量测序筛选表达显著差异的miRNA, 采用TargetScan、miRanda网站进行生物信息学分析及成骨相关靶基因预测。结果实验组大鼠MCC外泌体均呈"双凹圆盘状"单层膜结构, CD9、CD81表达阳性, 粒径分布符合外泌体特征, 与对照组大鼠MCC外泌体一致。高通量测序筛选表达显著差异的miRNA共85个(P<0.05)。差异miRNA主要参与的生物学过程与分子功能分别为生物学过程和蛋白质结合;京都基因与基因组数据库通路富集分析显示在哺乳动物雷帕霉素靶蛋白信号通路有显著富集(P<0.05)。其中miR-199a-5p的候选靶基因有骨形态发生蛋白3(bone morphogenetic protein 3, BMP3)、内皮素转换酶-1, miR-186-5p可靶向Smad8、BMP3, 以发挥成骨相关功能。结论相比于静止状态, CTS刺激能改变大鼠MCC外泌体中miR-199a-5p、miR-186-5p等miRNA的表达量, 可考虑作为调节外泌体应用潜能的一种手段。
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关键词
外
泌
体
张应力
外
泌
体测
序
微RNAS
大鼠髁突软骨细胞
原文传递
三维培养牙髓间充质细胞外泌体微小RNA表达谱分析
被引量:
1
3
作者
艾晓青
窦磊
+1 位作者
乔新
杨德琴
《国际口腔医学杂志》
CAS
CSCD
2022年第1期27-36,共10页
目的分析并比较二维(2D)与三维(3D)培养条件下人牙髓间充质细胞(DPSCs)外泌体(Exo)微小RNA (miRNA)的表达谱。方法2D与3D条件下分别培养DPSCs,提取细胞Exo,采用透射电子显微镜、蛋白质免疫印迹及纳米颗粒追踪分析等方法观察并鉴定;通过...
目的分析并比较二维(2D)与三维(3D)培养条件下人牙髓间充质细胞(DPSCs)外泌体(Exo)微小RNA (miRNA)的表达谱。方法2D与3D条件下分别培养DPSCs,提取细胞Exo,采用透射电子显微镜、蛋白质免疫印迹及纳米颗粒追踪分析等方法观察并鉴定;通过高通量测序筛选差异表达miRNA,采用Dr.Tom系统及TargetScan网站进行生物信息学分析及组织再生修复相关靶基因预测。结果 3D培养下收集的DPSC-Exo均呈现"茶托样"双层膜结构,CD63和CD9表达阳性,粒径分布符合外泌体特征,与2D培养的DPSC-Exo一致。高通量测序共计检测外泌体来源miRNA 253个,其中3D组表达222个,特有表达99个;与2D组相比,表达显著差异60个[︱log_(2)(3D/2D)︱≥1,Qvalue≤0.001]。差异miRNA主要参与的生物学过程与分子功能分别为细胞过程和结合;京都基因与基因组数据库(KEGG)通路富集分析显示在代谢通路有显著富集。miR-302的候选靶基因有成纤维细胞生长因子(FGF) 19和表皮生长因子受体等;miR-24-3p可能靶向神经元分化因子2、神经上皮细胞转化因子1、神经元分化因子1、神经元再生相关蛋白、FGF11、FGF结合蛋白3、FGF受体3、血小板衍生生长因子受体(PDGFR)β多肽、PDGFRα多肽、血管生成素、胰岛素样生长因子结合蛋白5等,以发挥组织再生修复功能。结论相比2D培养,3D培养能调节DPSC-Exo部分miRNA表达量,上调一些与再生修复相关的miRNA,3D培养可考虑作为调节外泌体应用潜能的一种手段。
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关键词
三维培养
牙髓间充质细胞
外
泌
体测
序
微小RNA
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职称材料
题名
人脐带间充质干细胞外泌体的鉴定及其作用于肺动脉高压的生物信息学分析
1
作者
吴璐瑶
黎伟文
肖梦媛
邓少东
陈建英
机构
广东医科大学附属医院
广东医科大学第二临床医学院
广东医科大学附属东莞第一医院
出处
《中国现代应用药学》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第4期433-442,共10页
基金
国家自然科学基金项目(81370242)
广东医科大学学科建设项目(4SG21229GDGFY01,4SG21008G)
+3 种基金
广东医科大学校级大学生创新创业训练计划项目(GDMU2021117,GDMU2021156)
广东医科大学附属医院干细胞临床前研究项目(2018PSSC006)
广东医科大学青年科研培育基金项目(GDMUQ2021011)
湛江市科技计划项目(2021B01145)。
文摘
目的探讨人脐带间充质干细胞外泌体(human umbilical cord mesenchymal stem cell exosomes,hUCMSC-Exo)缓解肺动脉高压(pulmonary hypertension,PH)的潜在分子作用机制。方法对hUCMSC-Exo进行提取、鉴定及高通量测序。利用GeneCards搜索PH作用靶点,在GEO数据库下载PH相关芯片(GSE53408、GSE113439),经过批次校正后筛选出差异基因。GeneCards和GEO数据库以及hUCMSC-Exo所含miRNAs预测的靶向调控的mRNAs取交集,构建蛋白互作网络筛选出hUCMSC-Exo作用于PH的关键靶点,并进行GO和KEGG富集分析。结果测序得到hUCMSC-Exo中43个高表达的miRNAs,其中17个miRNAs可作用于PH,发现其作用机制可能与前列腺癌、HIF-1信号通路、PI3K-Akt信号通路、癌症的蛋白多糖和癌症通路等相关。结论本研究可为hUCMSC-Exo防治PH的临床研究提供新思路。
关键词
肺动脉高压
人脐带间充质干细胞
外
泌
体
外
泌
体测
序
生物信息学
Keywords
pulmonary hypertension(PH)
human umbilical cord mesenchymal stem cell exosomes(hUCMSC-Exo)
exosome sequencing
bioinformatics
分类号
R285.5 [医药卫生—中药学]
原文传递
题名
张应力下大鼠髁突软骨细胞外泌体微RNA表达谱分析
2
作者
施源
邵佳琪
张佳男
张赞赞
卢海平
机构
浙江中医药大学口腔医学院口腔正畸科
浙江大学医学院附属邵逸夫医院牙科正畸中心·口腔医学院、浙江省口腔生物医学研究重点实验室
宁波市第二医院口腔科
出处
《中华口腔医学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第1期57-63,共7页
基金
浙江省教育厅一般科研项目(Y202145953)。
文摘
目的分析静止和循环张应力条件下大鼠髁突软骨细胞(mandibular condylar chondrocytes, MCC)外泌体显著差异微RNA(microRNA, miRNA)的表达谱并探究张应力调节髁突软骨内成骨的作用机制。方法分别选择5只2周龄雄性SD大鼠(共10只)在静止和循环张应力条件下培养大鼠MCC, 提取细胞外泌体, 两组外泌体分别命名为对照组和实验组。采用透射电子显微镜、纳米流式检测仪、纳米颗粒追踪分析等方法观察并鉴定, 通过高通量测序筛选表达显著差异的miRNA, 采用TargetScan、miRanda网站进行生物信息学分析及成骨相关靶基因预测。结果实验组大鼠MCC外泌体均呈"双凹圆盘状"单层膜结构, CD9、CD81表达阳性, 粒径分布符合外泌体特征, 与对照组大鼠MCC外泌体一致。高通量测序筛选表达显著差异的miRNA共85个(P<0.05)。差异miRNA主要参与的生物学过程与分子功能分别为生物学过程和蛋白质结合;京都基因与基因组数据库通路富集分析显示在哺乳动物雷帕霉素靶蛋白信号通路有显著富集(P<0.05)。其中miR-199a-5p的候选靶基因有骨形态发生蛋白3(bone morphogenetic protein 3, BMP3)、内皮素转换酶-1, miR-186-5p可靶向Smad8、BMP3, 以发挥成骨相关功能。结论相比于静止状态, CTS刺激能改变大鼠MCC外泌体中miR-199a-5p、miR-186-5p等miRNA的表达量, 可考虑作为调节外泌体应用潜能的一种手段。
关键词
外
泌
体
张应力
外
泌
体测
序
微RNAS
大鼠髁突软骨细胞
Keywords
Exosomes
Tensile stress
Exosome sequencing
MicroRNAs
Rat condylar chondrocytes
分类号
R78 [医药卫生—口腔医学]
原文传递
题名
三维培养牙髓间充质细胞外泌体微小RNA表达谱分析
被引量:
1
3
作者
艾晓青
窦磊
乔新
杨德琴
机构
重庆医科大学附属口腔医院牙体牙髓科口腔疾病与生物医学重庆市重点实验室重庆市高校市级口腔生物医学工程重点实验室
出处
《国际口腔医学杂志》
CAS
CSCD
2022年第1期27-36,共10页
基金
国家自然科学基金(31970783)
国家自然科学基金青年基金(81800958)。
文摘
目的分析并比较二维(2D)与三维(3D)培养条件下人牙髓间充质细胞(DPSCs)外泌体(Exo)微小RNA (miRNA)的表达谱。方法2D与3D条件下分别培养DPSCs,提取细胞Exo,采用透射电子显微镜、蛋白质免疫印迹及纳米颗粒追踪分析等方法观察并鉴定;通过高通量测序筛选差异表达miRNA,采用Dr.Tom系统及TargetScan网站进行生物信息学分析及组织再生修复相关靶基因预测。结果 3D培养下收集的DPSC-Exo均呈现"茶托样"双层膜结构,CD63和CD9表达阳性,粒径分布符合外泌体特征,与2D培养的DPSC-Exo一致。高通量测序共计检测外泌体来源miRNA 253个,其中3D组表达222个,特有表达99个;与2D组相比,表达显著差异60个[︱log_(2)(3D/2D)︱≥1,Qvalue≤0.001]。差异miRNA主要参与的生物学过程与分子功能分别为细胞过程和结合;京都基因与基因组数据库(KEGG)通路富集分析显示在代谢通路有显著富集。miR-302的候选靶基因有成纤维细胞生长因子(FGF) 19和表皮生长因子受体等;miR-24-3p可能靶向神经元分化因子2、神经上皮细胞转化因子1、神经元分化因子1、神经元再生相关蛋白、FGF11、FGF结合蛋白3、FGF受体3、血小板衍生生长因子受体(PDGFR)β多肽、PDGFRα多肽、血管生成素、胰岛素样生长因子结合蛋白5等,以发挥组织再生修复功能。结论相比2D培养,3D培养能调节DPSC-Exo部分miRNA表达量,上调一些与再生修复相关的miRNA,3D培养可考虑作为调节外泌体应用潜能的一种手段。
关键词
三维培养
牙髓间充质细胞
外
泌
体测
序
微小RNA
Keywords
three-dimensional culture
dental pulp stromal cells
exosomes sequencing
microRNA
分类号
R783 [医药卫生—口腔医学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
人脐带间充质干细胞外泌体的鉴定及其作用于肺动脉高压的生物信息学分析
吴璐瑶
黎伟文
肖梦媛
邓少东
陈建英
《中国现代应用药学》
CAS
CSCD
北大核心
2023
0
原文传递
2
张应力下大鼠髁突软骨细胞外泌体微RNA表达谱分析
施源
邵佳琪
张佳男
张赞赞
卢海平
《中华口腔医学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2023
0
原文传递
3
三维培养牙髓间充质细胞外泌体微小RNA表达谱分析
艾晓青
窦磊
乔新
杨德琴
《国际口腔医学杂志》
CAS
CSCD
2022
1
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职称材料
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