关联作图是一种利用连锁不平衡(linkage disequilibrium,LD)检测自然群体中基因位点及其等位变异的方法。利用60个SSR标记,对全国大豆地方品种群体(393份代表性材料)和野生大豆群体(196份代表性材料)的基因组变异进行扫描,分析两类群体...关联作图是一种利用连锁不平衡(linkage disequilibrium,LD)检测自然群体中基因位点及其等位变异的方法。利用60个SSR标记,对全国大豆地方品种群体(393份代表性材料)和野生大豆群体(196份代表性材料)的基因组变异进行扫描,分析两类群体的连锁不平衡位点、群体结构,并采用TASSEL软件的GLM(general linear model)方法对16个农艺、品质性状观测值进行标记与性状的关联分析。结果表明:(1)在公共图谱上不论共线性的或是非共线性的SSR位点组合都有一定程度的LD,说明历史上发生过连锁群间的重组;栽培群体的连锁不平衡成对位点数较野生群体多,但野生群体位点间连锁不平衡程度高,随距离的衰减慢。(2)群体SSR数据遗传结构分析发现,栽培群体和野生群体分别由9和4个亚群体组成,亚群的划分与群体地理生态类型相关联,证实地理生态类型划分有其遗传基础。(3)栽培群体中累计有27个位点与性状相关;野生大豆种质中累计有34个位点与性状相关。部分标记在两类群体中都表现与同一性状关联,检出的位点有一致性,也有互补性;一些标记同时与2个或多个性状相关联,可能是性状相关乃至一因多效的遗传基础;关联位点中累计有24位点(次)与遗传群体连锁分析定位的QTL一致。展开更多
为加速分子标记在芝麻研究中的应用,利用网上现有的芝麻EST(expressed sequencetags)数据信息,开展了芝麻EST-SSR功能性标记的开发和利用研究。在所有的3328条芝麻EST序列中共确认得到1785条非冗余EST序列。其中,在含有微卫星重复的148...为加速分子标记在芝麻研究中的应用,利用网上现有的芝麻EST(expressed sequencetags)数据信息,开展了芝麻EST-SSR功能性标记的开发和利用研究。在所有的3328条芝麻EST序列中共确认得到1785条非冗余EST序列。其中,在含有微卫星重复的148条序列中共检测有155个EST-SSR。非冗余EST序列总长为774.27kb,平均每4.99kb含有一个EST-SSR。EST-SSR的分布频率和特征分析表明,以AG/TC为重复基元(motif)的SSR出现最多,占总SSR的37.42%。利用这些序列,设计开发了50对EST-SSR引物,并分别选用36个芝麻、2个棉花、2个大豆和2个油葵进行多态性和通用性研究。其中44对引物在供试芝麻材料中扩增出条带,共产生108个位点,平均每对引物产生2.45个位点,多态信息含量(polymorphism information content,PIC)平均值为0.390。根据遗传相似性系数进行聚类,有26个芝麻材料聚类在两个大的亚类(III和IV)中,聚类结果表明芝麻的基因型与地理来源之间没有必然的联系。此外,分别有2对、3对和4对引物可以在棉花、大豆和油葵中进行通用性扩增。本研究证实这种全新开发的芝麻EST-SSR标记在芝麻遗传多样性分析、遗传图谱构建以及比较基因组等研究方面有广阔的利用前景。展开更多
大豆胞囊线虫1号和4号生理小种是黄淮地区的优势小种，ZDD2315是我国特优抗源。本文旨在定位ZDD2315对1号和4号生理小种抗性的QTL。试验以Essex为母本，ZDD2315为父本和轮回亲本，创建了一个包含114个单株的Bc。群体。采用250个SSR标记...大豆胞囊线虫1号和4号生理小种是黄淮地区的优势小种，ZDD2315是我国特优抗源。本文旨在定位ZDD2315对1号和4号生理小种抗性的QTL。试验以Essex为母本，ZDD2315为父本和轮回亲本，创建了一个包含114个单株的Bc。群体。采用250个SSR标记和1个形态标记通过MAPMAKER3．0构建了包含25个连锁群的遗传图谱，覆盖大豆基因组2963．5cM，平均每个连锁群上10．0个标记，标记平均间距11．8cM。采用Win QTL Cartographer Version 2．5复合区间作图法（CIM）检测到3个抗1号小种的QTL；其中rhgR1-1和rhgR1—2位于G连锁群的Sat_210～Sat_168和Sat_168～Sat_141区间，贡献率分别为22．4％和21.8％；rhgR1-3位于D2连锁群的Satt672～Satt413区间，贡献率6．2％；rhgR1-1和rhgR1—3分别与Sat_210和Satt672共分离。5个QTL与抗4号生理小种有关；其中rhgR4—1和rhgR4—-位于G连锁群的Satt275～Sat_210和Sat_168～Sat_141区间，贡献率分别为22．8％和28．9％；rhgR4—3和rhgR4—4位于H连锁群Satt442～Sat401和Sat_334～Satt181区间，贡献率分别为12．0％和10．5％；rhgR4—5位于L连锁群Satt652～Sat_301区间，贡献率5．9％；吨职4—2和rhgR4—5分别与Sat_168和Satt652共分离。不同遗传体系控制ZDD2315对1号和4号小种的抗性。抗1号和4号生理小种的主要QTL位于G连锁群的相近区段，且具有较大贡献率，通过标记辅助选择有可能育成兼抗两小种的品种。展开更多
文摘关联作图是一种利用连锁不平衡(linkage disequilibrium,LD)检测自然群体中基因位点及其等位变异的方法。利用60个SSR标记,对全国大豆地方品种群体(393份代表性材料)和野生大豆群体(196份代表性材料)的基因组变异进行扫描,分析两类群体的连锁不平衡位点、群体结构,并采用TASSEL软件的GLM(general linear model)方法对16个农艺、品质性状观测值进行标记与性状的关联分析。结果表明:(1)在公共图谱上不论共线性的或是非共线性的SSR位点组合都有一定程度的LD,说明历史上发生过连锁群间的重组;栽培群体的连锁不平衡成对位点数较野生群体多,但野生群体位点间连锁不平衡程度高,随距离的衰减慢。(2)群体SSR数据遗传结构分析发现,栽培群体和野生群体分别由9和4个亚群体组成,亚群的划分与群体地理生态类型相关联,证实地理生态类型划分有其遗传基础。(3)栽培群体中累计有27个位点与性状相关;野生大豆种质中累计有34个位点与性状相关。部分标记在两类群体中都表现与同一性状关联,检出的位点有一致性,也有互补性;一些标记同时与2个或多个性状相关联,可能是性状相关乃至一因多效的遗传基础;关联位点中累计有24位点(次)与遗传群体连锁分析定位的QTL一致。
文摘为加速分子标记在芝麻研究中的应用,利用网上现有的芝麻EST(expressed sequencetags)数据信息,开展了芝麻EST-SSR功能性标记的开发和利用研究。在所有的3328条芝麻EST序列中共确认得到1785条非冗余EST序列。其中,在含有微卫星重复的148条序列中共检测有155个EST-SSR。非冗余EST序列总长为774.27kb,平均每4.99kb含有一个EST-SSR。EST-SSR的分布频率和特征分析表明,以AG/TC为重复基元(motif)的SSR出现最多,占总SSR的37.42%。利用这些序列,设计开发了50对EST-SSR引物,并分别选用36个芝麻、2个棉花、2个大豆和2个油葵进行多态性和通用性研究。其中44对引物在供试芝麻材料中扩增出条带,共产生108个位点,平均每对引物产生2.45个位点,多态信息含量(polymorphism information content,PIC)平均值为0.390。根据遗传相似性系数进行聚类,有26个芝麻材料聚类在两个大的亚类(III和IV)中,聚类结果表明芝麻的基因型与地理来源之间没有必然的联系。此外,分别有2对、3对和4对引物可以在棉花、大豆和油葵中进行通用性扩增。本研究证实这种全新开发的芝麻EST-SSR标记在芝麻遗传多样性分析、遗传图谱构建以及比较基因组等研究方面有广阔的利用前景。
文摘大豆胞囊线虫1号和4号生理小种是黄淮地区的优势小种，ZDD2315是我国特优抗源。本文旨在定位ZDD2315对1号和4号生理小种抗性的QTL。试验以Essex为母本，ZDD2315为父本和轮回亲本，创建了一个包含114个单株的Bc。群体。采用250个SSR标记和1个形态标记通过MAPMAKER3．0构建了包含25个连锁群的遗传图谱，覆盖大豆基因组2963．5cM，平均每个连锁群上10．0个标记，标记平均间距11．8cM。采用Win QTL Cartographer Version 2．5复合区间作图法（CIM）检测到3个抗1号小种的QTL；其中rhgR1-1和rhgR1—2位于G连锁群的Sat_210～Sat_168和Sat_168～Sat_141区间，贡献率分别为22．4％和21.8％；rhgR1-3位于D2连锁群的Satt672～Satt413区间，贡献率6．2％；rhgR1-1和rhgR1—3分别与Sat_210和Satt672共分离。5个QTL与抗4号生理小种有关；其中rhgR4—1和rhgR4—-位于G连锁群的Satt275～Sat_210和Sat_168～Sat_141区间，贡献率分别为22．8％和28．9％；rhgR4—3和rhgR4—4位于H连锁群Satt442～Sat401和Sat_334～Satt181区间，贡献率分别为12．0％和10．5％；rhgR4—5位于L连锁群Satt652～Sat_301区间，贡献率5．9％；吨职4—2和rhgR4—5分别与Sat_168和Satt652共分离。不同遗传体系控制ZDD2315对1号和4号小种的抗性。抗1号和4号生理小种的主要QTL位于G连锁群的相近区段，且具有较大贡献率，通过标记辅助选择有可能育成兼抗两小种的品种。
