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基因组组装问题建模——2014“深圳杯”数学建模夏令营B题评述

Genome Assembly Modeling—The Brief Summary on the Problem B's Solutions of the 2014 Summer School for Mathematical Modeling in Shenzhen
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摘要 基因组测序是当今生物学领域的一个重要研究手段,而基因组组装是其首要问题。2014年"深圳杯"数学建模夏令营B题要求学生对一个相对短的基因组(细菌人工染色体BAC)的下一代测序数据建立基因组组装算法,并编制程序加以实现。本文对学生所提交解答的情况进行了一个简单评述。 Gene sequencing is a major tool for modern biological researches,and genome assembly is the first step to such a study.During the 2014 summer school for mathematical modeling in Shenzhen,students are asked to assemble a relatively short genome from the next generation sequencing reads from a BAC(Bacteria Artificial Chromosome).A brief summary is given in this paper to demonstrate the highlights and shortages of the student's solutions.
作者 邓明华
出处 《数学建模及其应用》 2014年第3期64-66,73,共4页 Mathematical Modeling and Its Applications
关键词 下一代测序 基因组组装 DE Bruijin图 next generation sequencing genome assembly De Bruijin graph
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