摘要
与哺乳动物不同,禽类胚胎在卵中发育,在胚胎后期表现为胸肌萎缩,为探明其涉及的分子机制,探索高邮鸭和金定鸭在孵化后18胚龄(ed)至出雏后7日龄(d)的胸肌发育规律,在21 ed、27 ed和5 d 3个时间点采集胸肌样品进行转录组测序(RNA-seq)。采用加权基因共表达网络分析(WGCNA),以及基于KEGG数据库的过表征(ORA-KEGG)和基因集富集分析(GSEA-KEGG)2种功能富集分析方法,鉴定与27 ed胸肌萎缩特征相关的信号通路及相关基因;最后通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法验证WGCNA得到的棕色模块中核心基因的表达水平。高邮鸭和金定鸭的胸肌质量均从18 ed到24 ed迅速增加,24 ed开始到1 d逐渐下降,1 d后继续增加。通过WGCNA得到的7个共表达模块中棕色模块与27 ed的相关性最高(r=0.98,P=2×10^(-12)),该模块内的基因通过ORA-KEGG方法富集到了氧化磷酸化和柠檬酸循环2条能量代谢相关的信号通路。通过GSE-KEGG方法对所有转录表达的基因功能富集,挖掘到了自噬相关的信号通路。qRT-PCR验证的棕色模块内基因中,自噬通路中的突触体相关蛋白29(SNAP29)和蛋白激酶AMP激活的催化亚基α2(PRKAA2)基因在27 ed时表达量显著增加(P<0.05)。在胚胎后期,鸭胸肌出现发育停滞甚至萎缩,这可能是胸肌动员降解以释放能量从而应对能量紧张状态的结果。在这一过程中,能量传感器AMPK的激活和自噬途径中SNAP29等关键基因表达的升高可能是胸肌蛋白质降解途径激活的原因。
出处
《江苏农业科学》
北大核心
2023年第22期190-199,共10页
Jiangsu Agricultural Sciences
基金
江苏省种业振兴“揭榜挂帅”项目(编号:JBGS[2021]111、JBGS[2021]030)
苏州市科技计划(编号:SNG2020068)
江苏省现代农业(水禽)产业技术体系项目(编号:JATS[2022]404)。
