摘要
为了更好地保护和利用安庆六白猪这一优良种质资源,本实验使用“中芯一号”(Illumina CAUPorince50KSNP)芯片对118头健康成年安庆六白猪个体进行了SNP分型,其中包括18头公畜,100头母畜,平均检出率达98.86%。首先通过Plink(V1.90)与R语言软件对该群体进行主成分分析,发现18头公畜大致形成4个群落,100头母畜随机分布。其次,利用Gmatrix(V2)与R语言软件进行基于G矩阵的基因组亲缘关系分析。118头安庆六白猪群体中个体间平均IBS遗传距离值为0.2769±0.0417,公猪个体间平均遗传距离值为0.2738±0.0420。通过对群体中每个个体的ROH统计,共检测出3847个ROH片段,平均每个个体中大约有33个ROH片段且ROH总长度约为255.19 Mb,群体的平均近交系数值为0.107,证明该群体近交积累较多。最后使用邻接(Neighbor-Joining,NJ)法并且基于G矩阵结果对该群体进行了家系划分,将18个公畜样本划分为5个家系。通过上述多种分析发现该群体内个体间有一定的近交趋势,所以之后在针对该群体的育种与保种上尽量谨慎配种,避免群体内过度近交导致严重的近交劣势。
出处
《中国畜牧杂志》
CAS
北大核心
2022年第8期136-140,共5页
Chinese Journal of Animal Science
基金
安徽省科技重大专项(202103a06020013)
安徽农业大学高层次引进人才科研启动经费(rc392106)
国家自然基金(31972531)
安徽省地方猪新品种(系)培育及创新利用联合攻关项目(340000211260001000431)。
