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基于GCBI平台骨关节炎芯片数据的生物信息学分析 被引量:1

Bioinformatics analysis of osteoarthritis gene microarray based on GCBI database
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摘要 目的从已知的GCBI公共基因芯片分析平台着手初步探索骨关节炎的机制,寻找该病的关键性靶点基因,为今后的研究和治疗指明方向。方法从公共基因芯片数据库GEO(GeneExpressionOmnibus)选取GCBI平台支持后期处理分析的人类骨关节炎组织全基因组RNA芯片(样本为OA患者和正常人的滑膜及软骨组织),下载芯片数据,利用GCBI在线实验室筛选出骨关节炎差异基因,分别对差异基因进行GO富集分析、KEGG通路分析以及参与生物功能的蛋白相互作用网络分析。结果从符合研究纳入条件的5个基因表达芯片数据集最终得到648个差异性基因,查到PRKCA、ITGB3、PLCB1、ADCY4、PIK3R3、NRAS、ITPR1等7个功能性蛋白在OA疾病发展进程中意义重大,PI3KAKT、MAPK信号通路、细胞凋亡、粘附相关通路、Wnt通路、P53通路,VEGF通路共9条通路与骨关节炎的发病密切相关。结论利用生物信息学有助于分析骨关节炎基因芯片数据,探索参与OA进程的核心蛋白和信号转导通路,为探索治疗靶点和发病机制提供理论依据。 ObjectiveTo explore the mechanism of osteoarthritis(OA)and search the key genes as new treating target for future research.MethodsGene microarray profiles on osteoarthritis(samples of synovial membranes or cartilage tissues came from osteoarthritis patients and healthy donors)were download from GEO(Database of Gene Expression Omnibus),then different expressed genes were identified through lab data analytics platform named GCBI,then key functions,pathways and Internal relations between these genes were explored through three methods include gene oncology(GO),KEGG pathway and protein protein interaction analysis(PPI).Results648different expressed genes were got from5gene expression data sets met the inclusion criteria,7genes(PRKCA、ITGB3、PLCB1、ADCY4、PIK3R3、NRAS、ITPR1)may play important roles in OA,9bio pathways appeared to be important in OA,including PI3K AKT signaling pathway、MAPK signaling pathway、cell apoptosis and adhesion pathway,P53signaling pathway,VEGF pathway.ConclusionBioinformatics analysis may be helpful to research OA gene microarray data and study key proteins and signaling pathways for treating targets or pathogenesis.
作者 卢云 梁江 邰湾 周静 黄维琛 徐宇 LU Yun;LIANG Jiang;TAI Wan;ZHOU Jing;HUANG Weichen;XU Yu(Guiyang College of Traditional Chinese Medicine,Miao Medicine Collaborative Innovation Center,Guiyang,Guizhou,550000)
出处 《中医眼耳鼻喉杂志》 2017年第4期215-220,共6页 Journal of Chinese Ophthalmology and Otorhinolaryngology
基金 基金编号:1)贵州省重大基础研究专项资助项目 项目编号:黔科合J重大字2002 2)贵州省自然科学技术基金资助项目:黔科合J字2074号,3)国家自然基金(地区基金):项目批准号 81560817
关键词 骨关节炎 基因芯片 生物信息分析 滑膜 软骨 Osteoarthritis Gene microarray Bioinformatics analysis Synovial membrane Cartilage
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