摘要
Silver-Russell综合征(SRS)是一组临床和遗传异质性疾病.主要临床表现为低出生体重、严重矮小、极低BMI、三角脸、肢体不对称等. SRS是表观遗传疾病的典型代表. 38%~62%患者有染色体11p15 IGF2-H19基因簇印记控制区1 (ICR1)低甲基化, 7%~10%患者有第7号染色体母源单亲二倍体(UPD7(mat)).另有约40%病因不清.本研究通过Illumina Methylation 450K芯片检测全基因组甲基化差异分析,旨在了解是否存在与SRS致病性相关的未知基因或印记基因,以及能否通过全基因组甲基化检测精细定位SRS低甲基化位置.选取临床确诊的7例SRS患儿,其中MLPA方法发现甲基化异常2例、未发现异常5例.年龄匹配的正常儿童5例作对照,通过Illumina 450K Infinium Methylation BeadChip芯片检测全基因组甲基化位点,并用经典的焦磷酸盐测序及数字PCR定量2种方法进行验证.甲基化位点探针筛选差异位点的标准同时满足:Adjust Pval≤0.05,如果Adjust Pval≥0.05,则参考校正之前的Pval,该数值需要≤0.05; case vs. control Beta-Difference不小于0.2.即|Beta-Difference|≥0.2.在484821个探针位点中共筛选出116个差异性甲基化位点.通过GO Pathway功能分析,本芯片研究再次证实经典的H19/IGF2低甲基化特征是SRS主要的表观遗传改变.并且发现1个位于染色体11p14印记基因OSBPL5的cg25963939位点,在实验组与正常对照组有最显著的甲基化差异(P=0.023,β值-0.243).经用经典焦磷酸盐测序及数字PCR定量分析两种方法进行验证,证实实验组与对照组OSBPL5的cg25963939位点的甲基化存在差异,提示与SRS致病性相关.本研究还发现, TGFβ3, HSF1, GAP43, NOTCH4, MYH14上述5个基因在实验组与对照组存在明显的甲基化差异,通过GO pathway功能分析,有可能与SRS致病相关.本研究通过全基因组甲基化芯片检测,焦磷酸盐测序及数字PCR定量两种方法验证,发现11p14的印记基因OSBPL5 5′UTR区cg25963939位点,有可能为
出处
《中国科学：生命科学》
CSCD
北大核心
2018年第9期953-961,共9页
Scientia Sinica(Vitae)
基金
国家自然科学基金(批准号:81670713)
首都医科大学基础-临床科研合作基金(批准号:14JL75)
金赛儿科中青年内分泌医师科研基金资助
