摘要
本文在最大权重匹配(Maximum Weighted Matching,MWM)算法的基础上引入与茎区长度相关的动态权重,采用一种递归算法逐步寻找具有最大权重和的茎区,从而最终确定RNA的二级结构.该算法避开了繁杂的自由能计算,同样也能达到较高的预测精确度并且还能预测到大多数类型的潜在假结(pseudoknots).
On the basis of Maximum Weighted Matching （MWM） algorithm, we introduced a dynamic weight related with stem length, which used a recursive algorithm to predict RNA secondary structures by searching the stem structure with maximum weight summation step-by-step. This algorithm not only avoids the complicated free energy calculation, but also attains higher prediction accuracy. Moreover, our algorithm can predict some types of potential pseudoknots in the RNA structure.
出处
《生物数学学报》
CSCD
北大核心
2008年第4期743-749,共7页
Journal of Biomathematics
基金
江苏高校自然科学研究计划项目(06KJB180016)
国家重点基础研究发展计划(973计划)(2005CB121000)
江苏大学青年自然科学基金(JDQ03011).
关键词
RNA二级结构
假结
动态权重匹配
RNA secondary structure
Pseudoknots
Dynamic weighted matching
