拓扑指数在生物序列相似性比较中的应用被引量：3

Application of Topological Index in Analysis of Similarity of Biological Sequences

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摘要在生物序列的二维图形表示的基础上,利用Balaban指数和信息分布指数比较生物序列的相似性,我们以包括人类等9种不同物种的DNA序列和yar029w等6种蛋白质为例来说明该方法的使用． The Balaban index and distribution index are applied to compare the similarity of DNA sequences based on the 2D graphical representation of DNA sequences.

作者白凤兰廖波王天明

机构地区大连交通大学数理系湖南大学计算机与通信学院海南师范大学数学系

出处《生物数学学报》 CSCD 北大核心 2006年第4期521-530,共10页 Journal of Biomathematics

关键词 DNA序列拓扑指数相似性分析 DNA sequence Graphical representation Similarity

分类号 Q71 [生物学—分子生物学]

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参考文献20

1Nandy A.Graphical representation of DNA sequence[J].Curr Sci,J Chem Inf Comput Sci,2000,40(2):915-919. 被引量：1
2Gates W A.A simple way to look at DNA[J].J Thor Biol,1986,119,319-328. 被引量：1
3Leong M,Morgenthalar S.Random walk and gap plots of DNA sequences[J].Comput Applic Biosci,1995,21(7):503-511. 被引量：1
4Randic M,Vracko M.On the similarty of DNA primary sequence[J].J Chem Inf Comput,2000,40(9):599-606. 被引量：1
5YUAN Chunxin,LIAO BO,WANG Tianming.New 3D Graphical representation of DNA sequence and their numerical characterization[J].Chemical Physics Letters,2003,397:412-417. 被引量：1
6Nandy A.On 3-D Graphical representation of DNA primary sequence and their numerical characterization[J].J Inf Comput,2000,40(11):1235-1244. 被引量：1
7Randic M.Condensed representation of DNA primary sequence[J].J Chem Inf Comput Sci,2000,40(3):50-56. 被引量：1
8Hamori E,Ruskin J H curves.A novel method of representation of uncleotide series especially suited for long DNA sequence[J].J Biol Chem,1983,258(13):1318-1327. 被引量：1
9Nandy A.Nandy P.On the uniqueness of quantitative DNA difference descriptors in 2D graphical representation models[J].Chemical Physics Letters,2003,368,102-107. 被引量：1
10Randic M,Vracko M.Novel 2-D Graphical representation of DNA sequence and their numerical characterization[J].Chemical Physics Letters,2003,368:1-6. 被引量：1

二级参考文献4

1李晓琴,罗辽复.用信息聚类方法研究蛋白质的氨基酸组成和二级结构含量的关系[J].内蒙古大学学报（自然科学版）,1997,28(1):41-47. 被引量：5
2李宏，内蒙古大学学报，1995年，26卷，3期，280页被引量：1
3李宏，内蒙古大学学报，1995年，26卷，5期，544页被引量：1
4李晓琴,罗辽复.蛋白质结构型的定义和识别[J].生物化学与生物物理进展,2002,29(1):124-127. 被引量：5

共引文献13

1蔡渡江,王联结.基于电子效应的氨基酸分类与二级结构的倾向性分析[J].安徽农业科学,2010,38(36):20509-20510.
2史晓红,刘向荣,罗亮,刘文斌,许进.基于氨基酸分类的基本氨基酸秩序的研究[J].生物数学学报,2005,20(4):491-495. 被引量：8
3薛付忠,王洁贞,张娜,胡平.人类群体遗传结构的图论主坐标分析方法[J].山东大学学报（医学版）,2006,44(2):109-113. 被引量：6
4薛付忠,王洁贞,郭亦寿,胡平,王振光.人类群体遗传结构的图论主成分分析方法[J].中国卫生统计,2006,23(1):19-23. 被引量：2
5李春田,薛付忠,王洁贞,郭亦寿,胡平.人类群体遗传结构的图论多维尺度分析方法[J].预防医学论坛,2007,13(1):1-5.
6崔岩,王联结.Beta结构氨基酸支持度分析的研究[J].现代生物医学进展,2007,7(3):463-465.
7马鹏,王联结.核酸、氨基酸分类和蛋白质二级结构关系的分析与分子设计[J].生物工程学报,2007,23(6):1082-1085. 被引量：1
8李梅,白凤兰.基于DTW距离的DNA序列相似性分析[J].生物数学学报,2009,24(2):374-378. 被引量：11
9邵斌.核糖体蛋白基因上游转录调控元件协同作用的分析[J].生物数学学报,2010,25(3):484-492. 被引量：1
10马寿勇,王联结.序列上下文氨基酸与其蛋白质二级结构的关系[J].安徽农业科学,2011,39(30):18414-18416. 被引量：4

同被引文献30

1王占昌,张敏,迟忠先.一个新的多序列比对算法(英文)[J].生物数学学报,2005,20(3):279-285. 被引量：1
2张宝华,王海水,许禄.DNA序列编码及相似度计算[J].高等学校化学学报,2006,27(12):2277-2280. 被引量：9
3李菁,李逢博,王炜.蛋白质序列复杂性简化与非比对序列分析[J].生物化学与生物物理进展,2006,33(12):1215-1222. 被引量：4
4刘懿,鲍德沛,杨泽红,赵雁南,贾培发,王家钦.新型时间序列相似性度量方法研究[J].计算机应用研究,2007,24(5):112-114. 被引量：24
5宋杰.基于离散度函数的DNA序列的相似性分析[J].计算机与应用化学,2007,24(6):729-733. 被引量：2
6乌云高娃,王天明.两个生物序列比对的个数的渐近值[J].生物数学学报,2007,22(2):233-236. 被引量：1
7Randic M, Vracko M, Lerg N, et al. Novel 2-D graphical repre- sentation of DNA sequences and their numerical characteriza- tion[J]. Chemical Physics Letters, 2003,368 (1/2) : 1-6. 被引量：1
8Li C, Yu X, Nadia H. Similarity analysis of DNA sequences based on codon usage [J]. Chemical Physics Letters,2008,459 (1/6):172-174. 被引量：1
9Liu X, Tian F C, Wang S Y. Analysis of similarity/dissimilarity of DNA sequences based on convolutional code model[J]. Nu- cleosides Nucleotides & Nucleic Acids,2010,29(2):123-131. 被引量：1
10Richard F V. Evolution of long-range fractal correlations and 1/f noise in DNA base sequences [J]. Physical Review Let ters, 1992,68(25):3805-3808. 被引量：1

引证文献3

1郭颖,张久军.一种用于蛋白质相似性分析的新的相对距离(英文)[J].生物数学学报,2008,23(3):423-428. 被引量：2
2李梅,白凤兰.基于DTW距离的DNA序列相似性分析[J].生物数学学报,2009,24(2):374-378. 被引量：11
3刘晓,邹克琴,李素芳.基于Hurst指数的DNA序列相似性分析[J].西北农林科技大学学报（自然科学版）,2011,39(3):17-21. 被引量：1

二级引证文献13

1万祥辉,曾照芳.用系统进化树重建方法确定HCV基因分型的最佳区域[J].生物数学学报,2010,25(3):515-520. 被引量：2
2梁成,骆嘉伟,李仁发.一种新的RNA二级结构特征序列表示及相似性分析[J].计算机应用研究,2011,28(3):969-971. 被引量：1
3刘晓,邹克琴,李素芳.基于Hurst指数的DNA序列相似性分析[J].西北农林科技大学学报（自然科学版）,2011,39(3):17-21. 被引量：1
4唐勇,王江明,陈志坚,耿方方.DTW距离在潮汐河段桩顶应变监测异常识别中的应用[J].工程勘察,2011,39(7):78-80. 被引量：3
5王显金,阳军.Discriminant Classification Model of DNA Sequence[J].Agricultural Science & Technology,2011,12(6):781-784. 被引量：1
6王显金,阳军.DNA序列判别分类模型[J].安徽农业科学,2011,39(23):13955-13957. 被引量：1
7陈涛,刘丽川,方卫红,杨金林.基于Hurst指数的油罐声发射信号分析[J].后勤工程学院学报,2013,29(1):27-30.
8王樱,李锡辉.基于模式匹配的多序列相似性分析[J].网络安全技术与应用,2014(6):59-59.
9陈玉敏,张祖平,龙军.基于SDTW算法的DNA序列相似性分析[J].计算机与应用化学,2014,31(9):1080-1084.
10蒋洁,刘永学,钟礼山,李满春,孙超.SAR影像时间序列支持下的互花米草盐沼提取——以江苏盐城东部沿海为例[J].测绘科学技术学报,2015,32(3):271-276. 被引量：1

1陈如栋.饱和烃的沸点与拓扑指数[J].厦门大学学报（自然科学版）,1989,28(5):561-562.
2分子生物学[J].中国生物学文摘,2007,21(5):47-48.
3何广志,陈亚宁,陈亚鹏,王日照.柽柳根系构型对干旱的适应策略[J].北京师范大学学报（自然科学版）,2016,52(3):277-282. 被引量：17
4单立山,李毅,董秋莲,耿东梅.红砂根系构型对干旱的生态适应[J].中国沙漠,2012,32(5):1283-1290. 被引量：68
5张亚敏,马克明,曲来叶.干旱条件下接种AM真菌对小马鞍羊蹄甲幼苗根系的影响[J].生态学报,2017,37(8):2611-2619. 被引量：19
6刘宏德,孙啸.蛋白质序列的特征周期研究[J].生物物理学报,2008,24(2):145-154. 被引量：1
7单立山,李毅,任伟,苏世平,董秋莲,耿东梅.河西走廊中部两种荒漠植物根系构型特征[J].应用生态学报,2013,24(1):25-31. 被引量：66
8吕爽,张现慧,张楠,夏延国,井家林,李景文.胡杨幼苗根系生长与构型对土壤水分的响应[J].西北植物学报,2015,35(5):1005-1012. 被引量：25
9秦喜文,张树清,李晓峰,那晓东,刘春悦.基于Voronoi图的丹顶鹤巢址空间格局分析[J].生态学杂志,2008,27(12):2118-2122. 被引量：10
10杨晓燕,刘立盘,苏锡钧,叶远邦,黄爱英,苏鸿雁.Study on the Biological Diversity of Nematode-trapping Fungi in Erhai Lake[J].Agricultural Science & Technology,2011,12(8):1100-1102. 被引量：4

生物数学学报

2006年第4期

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