摘要
基于转录组及表观组数据探究在黑色素瘤中长链非编码RNA MIR155HG 启动子甲基化对基因表达、免疫学特征和临床预后的影响。方法 本研究从TCGA数据库中获取472例黑色素瘤病人的甲基化、转录组表达及临床特征数据,将368例转移黑色素瘤病人作为发现集,104例原发黑色素瘤病人作为验证集。基于发现集,本研究评估了MIR155HG启动子甲基化与MIR155HG基因表达、免疫细胞浸润、免疫学分子特征和预后的相关性。最后在原发黑色素瘤病人中验证MIR155HG启动子甲基化与基因表达和预后的相关性。结果 本研究发现 MIR155HG基因表达与其启动子区域cg19769982甲基化呈显著负相关。在黑色素瘤中,cg19769982位点低甲基化与免疫细胞浸润水平增加(CD8+ T 细胞、M1 巨噬细胞、通过基因表达估计的活化自然杀伤细胞)、细胞溶解活性增加、免疫检查点分子(如PDCD1、LAG3、CTLA4、CD274、BTLA、TIGIT 和 HAVCR2)表达水平升高和黑色素瘤的良好预后显著相关。结论 本研究揭示了MIR155HG启动子cg19769982甲基化调控其基因表达,影响肿瘤微环境中免疫细胞的浸润水平,cg19769982低甲基化可以作为黑色素瘤病人的良好预后的预测标志物。
基金
河南省教育厅科技攻关项目(2011A320017)
新乡医学院博士科研项目启动基金(xyyfy2019BS-001)
