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蒺藜苜蓿耐酸铝性状的全基因组关联分析 被引量:6
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作者 姜格格 宋丽莉 +3 位作者 郭东林 蔡洪生 郭长虹 束永俊 《草业学报》 CSCD 北大核心 2013年第4期170-178,共9页
铝毒害是酸性土壤耕种的主要限制因素,每年造成大量作物减产。蒺藜苜蓿是紫花苜蓿的一年生近缘种,广泛分布于世界各地,是紫花苜蓿遗传改良的重要基因资源。本研究利用蒺藜苜蓿群体的耐酸铝性状差异,进行全基因组关联分析,筛选蒺藜苜蓿... 铝毒害是酸性土壤耕种的主要限制因素,每年造成大量作物减产。蒺藜苜蓿是紫花苜蓿的一年生近缘种,广泛分布于世界各地,是紫花苜蓿遗传改良的重要基因资源。本研究利用蒺藜苜蓿群体的耐酸铝性状差异,进行全基因组关联分析,筛选蒺藜苜蓿耐酸铝性状相关的遗传位点,共得到58个与蒺藜苜蓿耐酸铝性状相关的SNP标记。对其周围基因进行功能注释分析,发现这些SNP位点主要参与苜蓿的细胞壁、脂质代谢、环境胁迫响应过程、氧化还原反应过程以及小分子转运等过程。最后,通过基因组选择方法将发掘SNP标记应用到蒺藜苜蓿耐酸铝性状的预测,预测准确性达到0.80,这说明本研究发掘的SNP标记可以用于蒺藜苜蓿及其近缘物种紫花苜蓿耐酸铝性状的遗传改良。 展开更多
关键词 蒺藜苜蓿 全基因组关联分析 EMMA 基因组选择 岭回归
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MADS-box基因家族在蒺藜苜蓿的全基因组分析 被引量:4
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作者 张军 宋丽莉 +2 位作者 郭东林 郭长虹 束永俊 《草业学报》 CSCD 北大核心 2014年第6期233-241,共9页
MADS-box基因家族是植物体内的重要转录因子,它们广泛地调控着植物生长、发育和生殖等过程。本研究以蒺藜苜蓿基因组数据为材料,采用结构域搜索方法,鉴定了138个MADS-box基因。通过序列比对系统进化分析,将它们分成两大类:Ⅰ型(92个)和... MADS-box基因家族是植物体内的重要转录因子,它们广泛地调控着植物生长、发育和生殖等过程。本研究以蒺藜苜蓿基因组数据为材料,采用结构域搜索方法,鉴定了138个MADS-box基因。通过序列比对系统进化分析,将它们分成两大类:Ⅰ型(92个)和Ⅱ型(46个)。同时,通过染色体定位分析发现,134个MADS-box基因定位在染色体上,还有4个MADS-box基因定位在尚未完成最终拼接的超长片段上。蒺藜苜蓿的MADS-box基因家族成员之间存在大量的基因重复,特别是Ⅰ型MADS-box基因,通过基因复制,MADS-box基因家族在染色体上形成多个密集的MADS-box基因簇。对蒺藜苜蓿的RNA-seq表达谱数据分析,发现MADS-box基因在心皮组织、花器官等组织中表达量较高,这表明蒺藜苜蓿的MADS-box基因家族广泛地参与苜蓿组织分化、发育以及生殖等过程的调控,这将为进一步揭示MADS-box类转录因子在蒺藜苜蓿中作用机制提供了重要的参考。 展开更多
关键词 蒺藜苜蓿 MADS-BOX 系统进化分析 基因复制 表达模式
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基于高通量测序的长穗偃麦草功能分子标记发掘和分析 被引量:3
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作者 刘赢 张军 +2 位作者 敖游 宋丽莉 束永俊 《生物信息学》 2015年第2期82-87,共6页
长穗偃麦草是小麦重要的近源物种,含有丰富的抗逆基因,广泛地应用于小麦的遗传改良育种。本研究利用高通量测序,获得长穗偃麦草的转录组测序信息,利用比较基因组学方法研究其与小麦、水稻和玉米等作物的遗传关系,评估它们之间的亲缘关... 长穗偃麦草是小麦重要的近源物种,含有丰富的抗逆基因,广泛地应用于小麦的遗传改良育种。本研究利用高通量测序,获得长穗偃麦草的转录组测序信息,利用比较基因组学方法研究其与小麦、水稻和玉米等作物的遗传关系,评估它们之间的亲缘关系。同时,将长穗偃麦草的高通量序列比对到小麦基因,利用软件Freebayes和SAMtools/Bcftools发掘功能基因的变异位点,并对这些含有变异位点的功能基因进行注释分析,揭示长穗偃麦草优异性状形成的分子机制,这将为长穗偃麦草优异基因资源的开发和应用奠定重要基础。 展开更多
关键词 长穗偃麦草 转录组分析 功能基因 单核苷酸多态性
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黄色条纹/黄色条纹样蛋白与植物中的铁转运功能 被引量:3
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作者 董晓雨 郝梦琪 郭东林 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第9期886-892,共7页
黄色条纹/黄色条纹样蛋白(yellow stripe/yellow stripe like,YS/YSL)在植物金属转运,尤其是在微量营养元素铁的分配和利用过程中发挥重要作用。近年来,植物的铁长距离运输机制已成为研究的热点之一。YS/YSL转运蛋白涉及铁的转移、运输... 黄色条纹/黄色条纹样蛋白(yellow stripe/yellow stripe like,YS/YSL)在植物金属转运,尤其是在微量营养元素铁的分配和利用过程中发挥重要作用。近年来,植物的铁长距离运输机制已成为研究的热点之一。YS/YSL转运蛋白涉及铁的转移、运输、装载和卸载。鉴定并精确解析YS/YSL的功能对于阐明铁的长距离运输机制具有重要的意义。本文综述了YS/YSL的蛋白质性质、金属转运活性、底物特异性及其功能表达,以期为植物YS/YSL相关铁转运机制研究奠定基础,并为提高作物籽粒铁营养提供理论依据。 展开更多
关键词 黄色条纹/黄色条纹样蛋白 铁转运 功能机制
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两株具促生作用的苜蓿内生菌的分离纯化与鉴定 被引量:23
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作者 康慧颖 王伟 +3 位作者 刘佳莉 程园园 郭长虹 郭东林 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期280-288,共9页
【目的】分离具有植物促生功能的苜蓿内生菌。【方法】从苜蓿的新鲜组织中分离纯化菌株,进行16S r RNA基因序列分析,生理生化鉴定并检测内生菌对苜蓿的促生特性。【结果】获得两株苜蓿内生菌,成团泛菌ASR16和短小芽孢杆菌ALR33。两株菌... 【目的】分离具有植物促生功能的苜蓿内生菌。【方法】从苜蓿的新鲜组织中分离纯化菌株,进行16S r RNA基因序列分析,生理生化鉴定并检测内生菌对苜蓿的促生特性。【结果】获得两株苜蓿内生菌,成团泛菌ASR16和短小芽孢杆菌ALR33。两株菌株均能产生植物生长激素IAA和嗜铁素,能溶解磷,对苜蓿的促生作用明显。【结论】获得两株具有植物促生特性的苜蓿内生菌ASR16和ALR33,可作为微生物菌肥的研究基础。 展开更多
关键词 苜蓿 内生菌 促生
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我国小麦抗白粉病研究进展 被引量:9
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作者 郭东林 彭一良 +2 位作者 汪慧 徐国辉 毕影东 《安徽农业科学》 CAS 2013年第25期10309-10312,共4页
介绍了小麦白粉病的发病症状、发生规律和病原菌特性,总结了小麦白粉病的抗性基因、抗性机制以及防治措施,并探索了我国小麦白粉病抗性育种研究的方向。
关键词 小麦 白粉病 抗病机制 防治策略
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含ACC脱氨酶的PGPR在植物抗非生物胁迫中的作用研究进展 被引量:8
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作者 史煦涵 刘佳莉 +1 位作者 方芳 郭长虹 《中国农学通报》 CSCD 2012年第27期1-4,共4页
用含ACC脱氨酶的PGPR接种植物,可降低乙烯含量,从而减轻非生物胁迫对植物生长和发育产生的影响。归纳了水、盐碱、温度、污染物胁迫下含ACC脱氨酶的PGPR对植物的接种效应,得出PGPR可提高植物对干旱、水涝、盐碱胁迫及温度的抗性和耐受性... 用含ACC脱氨酶的PGPR接种植物,可降低乙烯含量,从而减轻非生物胁迫对植物生长和发育产生的影响。归纳了水、盐碱、温度、污染物胁迫下含ACC脱氨酶的PGPR对植物的接种效应,得出PGPR可提高植物对干旱、水涝、盐碱胁迫及温度的抗性和耐受性,同时还可促进植物修复土壤污染。最后提出了展望。 展开更多
关键词 非生物胁迫 ACC脱氨酶 PGPR 乙烯
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紫花苜蓿F-box蛋白基因MsFTL的克隆及功能分析 被引量:7
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作者 陈秀秀 张彤 +4 位作者 余倩文 周薇 安逸民 杜秉昊 郭长虹 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期750-759,共10页
FTL(F-box Triple LRR protein)是F-box蛋白家族的成员,具有F-box保守结构域,在植物抵御逆境胁迫过程中起重要作用。本研究参考低温胁迫下紫花苜蓿转录组数据设计引物,通过RT-PCR克隆获得紫花苜蓿MsFTL基因,该基因的全长1422 bp,编码47... FTL(F-box Triple LRR protein)是F-box蛋白家族的成员,具有F-box保守结构域,在植物抵御逆境胁迫过程中起重要作用。本研究参考低温胁迫下紫花苜蓿转录组数据设计引物,通过RT-PCR克隆获得紫花苜蓿MsFTL基因,该基因的全长1422 bp,编码473个氨基酸。该蛋白含有1个F-box结构域及3个LRR重复。系统进化分析表明,MsFTL与蒺藜苜蓿XP_003626345.1 F-box/FBD/LRR-repeat protein亲缘关系最近。两者蛋白序列比对发现共有11个差异位点。在低温、盐、干旱以及外源ABA处理下,MsFTL基因受到诱导,表达量上调。构建植物过表达载体pCBM-MsFTL,通过农杆菌介导法转化烟草。对经过抗性筛选、PCR和Real-time PCR验证的转基因植株进行低温抗性鉴定。在-4℃低温胁迫下,野生型烟草叶片出现了明显的萎蔫失水现象,而转基因烟草萎蔫程度相对较轻。生理检测结果表明,4℃处理24 h之后,转基因烟草的可溶性蛋白含量、可溶性糖含量、SOD活性,CAT活性高于野生型,MDA含量低于野生型。本研究表明,MsFTL基因在提高植物对低温胁迫的抗性方面具有重要的作用。 展开更多
关键词 紫花苜蓿 MsFTL基因 低温 基因克隆 功能分析
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小麦改良的可利用资源:黑麦抗病基因 被引量:6
9
作者 孙媛媛 杜秉昊 +3 位作者 汪慧 束永俊 郭长虹 郭东林 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期327-332,共6页
黑麦(Secale cereale)蕴藏着丰富的抗病基因,是改良小麦抗性的重要资源,黑麦抗病基因的导入一直是小麦育种的重要研究课题。本文综述了黑麦抗病基因的染色体定位、分子标记研究和含黑麦抗病基因的小麦种质资源在我国小麦育种中的应用,... 黑麦(Secale cereale)蕴藏着丰富的抗病基因,是改良小麦抗性的重要资源,黑麦抗病基因的导入一直是小麦育种的重要研究课题。本文综述了黑麦抗病基因的染色体定位、分子标记研究和含黑麦抗病基因的小麦种质资源在我国小麦育种中的应用,对应用中存在的问题进行了分析,并对今后的研究方向进行了展望。 展开更多
关键词 黑麦 抗病基因 小麦育种
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紫花苜蓿MsCIPK8基因的克隆与表达分析 被引量:4
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作者 李亚坤 陈乃钰 +3 位作者 杨晓雪 安逸民 陈秀秀 郭长虹 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期491-499,共9页
CIPK是植物中一类丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶,在植物响应逆境胁迫中发挥着重要的作用。本研究根据盐碱胁迫下紫花苜蓿(Medicago sativa L.)转录组数据设计引物,通过RT-PCR克隆获得紫花苜蓿MsCIPK8基因,该基因CDS全长1341bp,编码446个氨基酸... CIPK是植物中一类丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶,在植物响应逆境胁迫中发挥着重要的作用。本研究根据盐碱胁迫下紫花苜蓿(Medicago sativa L.)转录组数据设计引物,通过RT-PCR克隆获得紫花苜蓿MsCIPK8基因,该基因CDS全长1341bp,编码446个氨基酸,编码蛋白相对分子质量50.73 kD,等电点6.72,具有CIPKS家族蛋白所特有的N端激酶域和C端NAF/FISL结构域。生物信息学分析结果显示,MsCIPK8为可溶性蛋白,二级结构多为无规矩卷曲;系统进化分析表明,紫花苜蓿MsCIPK8与蒺藜苜蓿(Medicago truncatula Gaertn.)MtCIPK8亲缘关系最近。两个蛋白序列比对发现存在4个差异位点,其中3个在保守结构域内。MsCIPK8在低温、干旱、盐和盐碱胁迫下表达量均受到诱导上调表达。低温胁迫下,MsCIPK8在根和叶中的表达量分别在12 h和3 h达到峰值;盐胁迫下,MsCIPK8在根中的表达量12 h达到峰值;盐碱胁迫下,根和叶中MsCIPK8的表达量在12 h后持续高表达;干旱胁迫下,MsCIPK8在根和叶中的表达量在12 h均达到峰值。上述结果表明MsCIPK8参与紫花苜蓿对干旱、低温、盐和盐碱等非生物胁迫的应答。 展开更多
关键词 紫花苜蓿 CIPK8基因 非生物胁迫 基因克隆
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小偃麦的创制及应用研究进展 被引量:1
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作者 程舒唯 王惠 +8 位作者 赵心宇 于晓宁 高岐玉 宋维富 杨雪峰 宋庆杰 丁佳蕊 张会新 张延明 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期86-101,共16页
偃麦草属是小麦近缘种属中应用较为广泛的野生资源之一,作为小麦遗传改良和种质创新的重要基因源,在创制小麦桥梁材料和遗传育种方面发挥了重要作用。小偃麦创制工作始于20世纪20年代,是通过远缘杂交,将偃麦草属植物的染色体或染色体组... 偃麦草属是小麦近缘种属中应用较为广泛的野生资源之一,作为小麦遗传改良和种质创新的重要基因源,在创制小麦桥梁材料和遗传育种方面发挥了重要作用。小偃麦创制工作始于20世纪20年代,是通过远缘杂交,将偃麦草属植物的染色体或染色体组遗传成分导入到普通小麦中,培育小偃麦(部分)双二倍体、异附加系、异代换系、易位系和渐渗系。小偃麦(部分)双二倍体主要是八倍体小偃麦(AABBDDXX, 2n=8x=56)和六倍体小偃麦(AABBXX,2n=6x=42),来源于偃麦草的染色体组(XX)多为混合染色体组(异源染色体组)。我国自20世纪50年代开始小麦与偃麦草远缘杂交工作,创制了类型丰富的小偃麦,在小麦抗病研究和新种质创制方面表现突出,在此基础上培育出一系列高产优质的小麦品种。小偃麦创制过程中,中间偃麦草(Thinopyrum intermedium (Host) Barkworth&D. R. Dewey)和3种长穗偃麦草(Thinopyrum elongatum (Host) D. R.Dewey×ponticum(Podp.) Barkworth&D. R. Dewey)因易于同小麦杂交,具有抗寒、抗旱、耐盐碱、抗小麦多种病虫害等特性,成为创制小偃麦的主要亲本来源,应用范围最广。本研究从5部分综述小偃麦的创制与应用研究进展,旨在为小偃麦的研发利用和小麦遗传资源创新提供科学依据。 展开更多
关键词 小麦 小偃麦 中间偃麦草 长穗偃麦草 杂交
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植物高温抗性转录因子基因工程研究进展 被引量:3
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作者 赵迪 刘仁泽 +1 位作者 郭长虹 郭东林 《黑龙江农业科学》 2014年第6期130-134,共5页
高温胁迫是影响植物生长代谢和产量的重要因素之一,通过基因工程方法能提高植物抵御热胁迫的能力。现对近年来发现的与植物高温抗性有关的转录因子进行综述,并阐述了通过基因工程方法利用已知转录因子提高植物抗热性的研究进展,以期为... 高温胁迫是影响植物生长代谢和产量的重要因素之一,通过基因工程方法能提高植物抵御热胁迫的能力。现对近年来发现的与植物高温抗性有关的转录因子进行综述,并阐述了通过基因工程方法利用已知转录因子提高植物抗热性的研究进展,以期为利用基因工程方法培育抗热植物提供参考。 展开更多
关键词 植物 高温抗性 热胁迫 转录因子 基因工程
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